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ggpubr—专为学术绘图而生
ggpubr-专为学术绘图而生 由Hadley Wickham创建的ggplot2(https://ggplot2.tidyverse.org/)非常好用的可视化包了，但是由ggplot2绘制的图形通常不能直接用于发表 因此，ggpubr应运而生，它提供了简单易用的函数，用于绘制定制的高质量图，可以直接用于发表。 以下演示官方教程： 1Sys.setlocale('LC_ALL','C') 2library(ggpubr) 3set.seed(1234) 4wdata = data.frame( 5 用简单的函数即可对图形进行高度的定制，熟悉这些参数，然后调整自己的数据格式，绘制各种高级的图，R真是包罗万象 参考资料(https://rpkgs.datanovia.com/ggpubr/)
3.3K23发布于 2019-10-23 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
用ggpubr包制图
而ggpubr软件包提供了一些易于使用的功能，基于ggplot2编写，语法十分简单的的图标。对于一些刚了解R语言，而想用R做可发表的图表的人来说，这真的太好用了！ 下面对该文章ggpubr: Publication Ready Plots[2]进行讲解。 安装 从CRAN安装： install.packages("ggpubr") 从GitHub安装最新版本： if(! require(devtools))install.packages("devtools") devtools :: install_github("kassambara / ggpubr") 可视化函数汇总 ggboxplot() 柱状图 gghistogram() 小提琴图 ggdotchart() 条形图 ggdotchart() 棒棒图,克利夫兰图 ggdotchart() 密度图 library(ggpubr
2K30发布于 2020-11-13 - 来自专栏生信补给站
ggplot2|ggpubr进行“paper”组图合并
本文利用R包-ggpubr函数从0开始介绍组图的合并方式，也许。。。比AI或者PS更简单易学呢。 基础函数进行组图合并可参考R|绘图边距及布局 载入数据，R包 加载函数包及数据集 #install.packages("ggpubr") library(ggpubr) # ToothGrowth数据集 图形组合 使用ggpubr包的函数ggarrange（）中在一页上进行组合展示 1）ToothGrowth数据集的箱线图，点图 组合展示 ggarrange(Box_plot, Dot_plot,labels hjust = 1, x = 1, face = "italic", size = 10), left = text_grob("Figure arranged using ggpubr 参考链接： http://www.sthda.com/english/articles/24-ggpubr-publication-ready-plots/81-ggplot2-easy-way-to-mix-multiple-graphs-on-the-same-page
2.8K20发布于 2020-08-06 - 来自专栏生物信息学、python、R、linux
ggpubr加相关性系数和p值
ggpubr是基于ggplot2的一个作图包，在画图的时候比较省事，用一行代码可以做几行代码的事情。 比如： 如果做scatter plot需要计算correlation及其对应p值的话，如果不考虑ggpubr的话，可能需要先用cor()或者cor.test()函数求出correlation及p值，然后在用如 如果用ggpubr中的stat_cor()则省事很多： library(ggplot2) library(ggpubr) data("iris") p <- ggplot(data = iris, aes
2.6K20发布于 2020-04-01 - 来自专栏R语言交流中心
R语言中科研绘图神器ggpubr
此包就是ggpubr，一个联合ggplot2包进行绘图工具包。首先看下包的安装： install.packages("ggpubr") 接下来我们通过实例来深度剖析下此包： 1. 13 housetasks in the couple data <- read.delim( system.file("demo-data/housetasks.txt", package = "<em>ggpubr</em>
2.3K20编辑于 2022-11-21 - 来自专栏生物信息学、python、R、linux
ggplot2 ggpubr 实现发散型棒棒糖图
2. ggpubr实现 library(ggpubr) ggdotchart(mtcars, x = "name", y = "mpg", color = "cyl", sorting = "ascending", # ggpubr中可以直接排序 add = "segments", rotate转变为垂直方向，group实现分组，dot.size修改点的大小： library(ggpubr) ggdotchart(mtcars, x = "name", y = "mpg",
2.3K10发布于 2020-05-08 R可视化：ggpubr的基本图形
而ggpubr是ggplot2的一个扩展包，它进一步简化了图形的创建过程，特别是对于初学者来说，提供了一种更为直观和易于理解的绘图方式。 ggpubr包中包含了许多高级的绘图功能，其中stat_compare_means函数是一个特别有用的工具，它能够对不同的数据组进行假设检验分析，并且将检验结果直接可视化在图形上。 安装ggpubr包# install.packages("ggpubr")# devtools::devtools::install_github("kassambara/ggpubr")library (ggpubr)准备数据plotdata <- data.frame(sex = factor(rep(c("F", "M"), each=200)), weight plotpmain <- ggplot(iris, aes(x = Sepal.Length, y = Sepal.Width, color = Species))+ geom_point()+ ggpubr
73710编辑于 2024-06-11- 来自专栏叮当猫学生信
十一、画图（ggplot2、ggpubr）及图片保存
生信技能树学习之画图 一、ggplot2与ggpubr作图时的代码之间的差异 ## ggplot2 library(ggplot2) ###用某一个包之前，最好先library()加载一下 Sepal.Length, y = Petal.Length, color = Species)) ## ggpubr ###去掉了映射、去掉了语法加号+，列名需要带引号 library(ggpubr) ggscatter(iris, x="Sepal.Length", 增加组间比较P值 ggpubr可以给箱线图增加组间比较P值，ggplot2不能。 #2.ggplot系列图(包括ggpubr)通用的简便保存 ggsave ggsave("iris_box_ggpubr.png") ##如下例子： p <- ggboxplot(iris, x
3.1K50编辑于 2023-02-27 - 来自专栏数据 学术 商业 新闻
ggpubr!一键绘制出版级论文配图，绘图小白福音...
我想这应该是很多刚学习可视化的同学都会遇到的问题，今天这篇推文就给大家推荐一个非常好用的、可以一键绘制出版级别论文配图的可视化工具-「ggpubr」 「ggpubr介绍」 ggpubr是一个基于ggplot2 ggpubr的目标是简化复杂的绘图操作，使用户能够通过几行代码快速创建美观且具有信息丰富的图形。 安装 在R中安装ggpubr可以使用以下命令： install.packages("ggpubr") 主要特点 ggpubr是一个基于ggplot2的扩展，因此它继承了ggplot2的所有功能，并添加了更多的实用功能和自定义选项 ggpubr支持处理多组数据、分组、堆叠、分面、添加回归线、椭圆、置信区间、自定义标记等功能，可以满足各种不同的数据展示需求。 ggpubr提供了丰富的主题和样式选项，使用户可以轻松地自定义图形的外观和风格，以适应不同的出版和展示要求。
1.1K10编辑于 2024-01-15 - 来自专栏生信技能树
新手绘图一站式R包之ggpubr
对这样的小白来说，各种拥有操作界面的软件可能是更适合，比如orgin和prism等等，其实R里面也有类似的骚操作，比如新手绘图一站式R包 ggpubr ，你就可以看成是一个商业化拥有操作界面的软件： 链接 ：http://www.sthda.com/english/articles/24-ggpubr-publication-ready-plots/ ? 更多高颜值函数大家可以自行阅读文档：http://www.sthda.com/english/articles/24-ggpubr-publication-ready-plots/ 其实它的底层仍然是ggplot
1.7K50发布于 2021-07-06 - 来自专栏简说基因
出版级直方图绘制，轻松拿捏（初学者友好的R包ggpubr在线版）
工具地址 Galaxy中国（UseGalaxy.cn）> Graph/Display Data > Ggpubr 直方图 功能描述 这个工具可以绘制出版级直方图，是在线版的 ggpubr::gghistogram
40210编辑于 2023-11-25 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
跟着Nature Communication学作图：R语言ggpubr包画箱线图并添加显著性P值
ucassee/Challenger-Deep-Microbes 论文里提供了大部分图的数据和代码，很好的学习材料，感兴趣的同学可以找来参考，今天的推文重复一下论文中的Figure1b 论文中提供的代码是用ggpubr
97720编辑于 2023-01-06 - 来自专栏简说基因
出版级箱线图绘制，轻松拿捏（初学者友好的R包ggpubr在线版）
功能描述 这个工具可以绘制出版级箱线图，是在线版的 ggpubr::boxplot 工具。 箱线图是一种数据可视化工具，用于展示数据集的分布情况和统计特征。
61910编辑于 2023-11-22 - 来自专栏北野茶缸子的专栏
58-R可视化-7-用ggpubr与ggstatsplot快速出高颜值图
ggpubr ggpubr 就是一个傻瓜版的ggplot，功能和细节相对少了很多，但代码也简洁了不少。 除此之外，ggpubr 还增加了ggsigif 包，可以进行简单统计分析绘图内容。 ggscatter(iris,x="Sepal.Length", y="Petal.Length", color="Species") 爱学的你可以看：R语言可视化学习笔记之ggpubr 两个包的官方教程 ggplot2 Based Publication Ready Plots • ggpubr[3] ggplot2 Based Plots with Statistical Details • ggstatsplot[4] 参考资料 [1]R语言可视化学习笔记之ggpubr包 - 简书: https://www.jianshu.com/p/678213d605a5 [2]一文解决基本科研绘图需求 : https://rpkgs.datanovia.com/ggpubr/ [4]ggplot2 Based Plots with Statistical Details • ggstatsplot:
1.1K20编辑于 2021-12-17 - 来自专栏简说基因
出版级柱状图绘制，轻松拿捏（初学者友好的R包ggpubr在线版）
工具地址 Galaxy中国（UseGalaxy.cn） > Graph/Display Data > 柱状图 功能描述 这个工具可以绘制出版级柱状图，是 ggpubr 包的 barplot 工具的在线版
38220编辑于 2023-11-21 - 来自专栏R语言的基本操作
R语言day6.5：ggpbur函数画图和保存
" set.seed(19875) sample(m2,1) ## [1] "入门1" set.seed(1710165991) sample(m2,1) ## [1] "挖掘3" 画图的另一个函数 ggpubr 函数 # ggpubr 搜代码直接用，基本不需要系统学习 # sthda上有大量ggpubr出的图 library(ggpubr) p = ggboxplot(iris, x = "Species", y = "Sepal.Length", color = "Species", shape = "Species",add = "jitter") p ggpubr比ggplot labels = 'hello') dev.off() #关闭画板#可多次运行到null device为止或dev.new() ## RStudioGD ## 2 2.ggplot系列图(包括ggpubr ") 3.eoffice包 导出为ppt,全部元素都是可编辑模式 library(eoffice) topptx(p,"iris_box_ggpubr.pptx")#超多点和超多行列不行，ppt会卡掉
34310编辑于 2024-03-13 - 来自专栏数据驱动实践
R语言 轻松绘制顶级配图
01 — ggdensity{ggpubr} 密度图 library(ggpubr) ## 创建数据 set.seed(1024) dt = data.frame( sex = factor(rep } Box plots library(ggpubr) ## 数据 data("ToothGrowth") df <- ToothGrowth head(df, 4) # len supp dose palette =c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"), add = "jitter", shape = "dose") p library(ggpubr } bar plots library(ggpubr) # 数据 data("mtcars") dfm <- mtcars # Convert the cyl variable to a factor } Dot chart library(ggpubr) # Calculate the z-score of the mpg data dfm$mpg_z <- (dfm$mpg -mean(dfm$mpg
1K20发布于 2020-07-08 - 来自专栏数据驱动实践
ggplot2拓展功能：局部放大和边际密度图
01 — ggExtra/ggpubr：边际密度示意图 ggplot拓展功能 第一部分的添加边际密度示意图。 #-----ggpubr-------# # One limitation of ggExtra is that it can’t cope with multiple groups in the scatter plot and the marginal plots. # A solution is provided in the function ggscatterhist() [ggpubr]: library (ggpubr) # Grouped Scatter plot with marginal density plots ggscatterhist( iris, x = "Sepal.Length" # ylim control ggplot(iris, aes(Petal.Length, Petal.Width, colour = Species)) + geom_point() + ggpubr
2K10发布于 2020-11-03 - 来自专栏生信小王子
R语言绘图 | 给箱线图加个点
ggpubr是一个广泛应用于学术绘图的R包，可以让我们轻松绘制出用于发表的高质量图形。 ## 安装R包 install.packages("ggpubr") ## 加载R包 library("ggpubr") ## 导入数据 traits <- read.table("input.txt" 参考资料： https://www.jianshu.com/p/5d541e44bb5c https://cran.r-project.org/web/packages/ggpubr/ggpubr.pdf
3.2K40发布于 2020-08-10 - 来自专栏优雅R
统计绘图 | 一行代码教你绘制顶级期刊要求配图
主要内容如下： R-ggpubr包主要类型函数介绍 R-ggpubr包主要案列展示 R-ggpubr包主要类型函数介绍 虽然在Python中我们也可以通过使用Matplotlib定制化出符合出版要求的图表 而我们今天则介绍一个高性能的R包-ggpubr，从名字就可以看出这个包的主要用途了。 官网:https://rpkgs.datanovia.com/ggpubr/index.html 几大绘图函数类型 这个包对于绘图类型分的较为详细，主要按照变量个数进行划分，详细介绍如下 「绘制一个变量 R-ggpubr包主要案列展示 Density plot set.seed(1234) wdata = data.frame( sex = factor(rep(c("F", "M"), each add_density = TRUE,rug = TRUE)+ labs( title = "Example of ggpubr
98620编辑于 2022-01-21
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