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文献解读-LettuceGDB: The community database for lettuce genetics and omics
文献介绍 标题（英文）：LettuceGDB: The community database for lettuce genetics and omics 标题（中文）：生菜GDB：生菜遗传学和组学的社区数据库
26210编辑于 2025-05-08 - 来自专栏R语言数据分析指南
nature genetics图表复现-自定义绘制散点图
❝本节来复现「nature genetics」上的一张图，自定义绘制误差线图；下面小编就通过一个详细的案例介绍如何绘制此图；❞ 图形展示 ❝此图作为基础图形系列，但是又在基础图形的基础上做了一点细微的变化
62910编辑于 2022-12-20 - 来自专栏生信技能树
Nature Genetics杂志特别版单细胞marker基因气泡图
单细胞的marker基因气泡图，我们前面已经绘制过几个，今天的这个还是来自王凌华团队的最新文献，来自2025年10月21号发表在Nature Genetics杂志上，标题为《Multi-modal spatial
26510编辑于 2025-11-20 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
跟着Nature Genetics学数据分析：R语言admixtools群体历史推断初次尝试
https://www.nature.com/articles/s41588-023-01423-w
1.3K40编辑于 2023-08-23 - 来自专栏空间转录组数据分析
Nat Genetics|单细胞、单核、VDJ、空间构建肺全图谱和免疫生态位
spatially resolved atlas of the human lung characterizes a gland-associated immune niche,2023年1月发表于nature genetics
59510编辑于 2023-07-10 - 来自专栏生信菜鸟团
生信程序 | 量化癌症进化谱系中的细胞分裂 | Nature Genetics
evolutionary lineages in cancer 中文标题：量化癌症进化谱系中的细胞分裂 发表日期：04 February 2025 文章类型：Article 所属期刊：Nature Genetics
28510编辑于 2025-04-04 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
跟着Nature Genetics学作图：R语言ggplot2曼哈顿图完整示例
https://www.nature.com/articles/s41588-022-01051-w
1.5K10编辑于 2023-01-06 - 来自专栏生信技能树
最新Visium HD数据发表在Nature Genetics杂志（IF=31.7）：GSE280315
一篇大家已经很熟悉的空间 Visium HD数据于2025年6月5号正式发表在Nature Genetics杂志（IF=31.7）上，文献标题为《High-definition spatial transcriptomic
49610编辑于 2025-06-08 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
跟着Nature Genetics学画图：R语言ggbio包画基因结构图
（示例数据和代码可以在今天推文次条的广告文案留言处获得下载链接，哈哈哈哈 想到了一个提高广告阅读量的好办法 哈哈哈 ）
4.1K31发布于 2021-07-12 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
跟着Nature Genetics学GWAS分析：emmax软件gwas分析qqman包展示结果
https://www.nature.com/articles/s41588-023-01340-y
1.1K20编辑于 2023-08-23 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
跟着Nature Genetics 学画图：R语言ggplot2散点图展示PCA结果
这里直接读入excel文件用到的是readxl包中的read_excel()函数，需要制定
1.7K60发布于 2021-05-07 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
跟着Plos Genetics学数据分析：LTRpred流程注释完整的LTR（1）安装篇
https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1008370
37410编辑于 2024-03-01 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
跟着Nature Genetics 学画图：R语言ggplot2画箱线图(boxplot)展示D statistic
论文中提供的是宽格式数据，如果使用ggplot2作图需要转换成长格式，这里本来想尝试一下tidyr包中的pivot_longer()函数了，帮助文档没有看明白。没有搞定，还是直接使用reshape2中的melt()函数吧
3.1K31发布于 2021-05-07 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
跟着Nature Genetics学作图：R语言ggplot2散点图突出强调其中某些点
https://www.nature.com/articles/s41588-022-01051-w
83120编辑于 2023-01-06 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
跟着Genes|Genomes|Genetics学数据分析：WGCNA分析前期的数据预处理01
https://github.com/bensutherland/sfon_wgcna
85520编辑于 2023-01-06 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
跟着Genes|Genomes|Genetics学数据分析：R语言edgeR包做转录组差异表达分析
https://github.com/bensutherland/sfon_wgcna
82330编辑于 2023-01-06 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
跟着Nature Genetics 学画图：R语言ggplot2画基因结构示意图
今天试着重复的图片对应着的是论文附件中的Figure8c，基因结构图，论文中文字部分对图的描述是 Gene structure of Lsat_6X11620. Closed bars represent exons, and open bars represent untranslated regions and introns. The positions of the SNPs in the promoter region are indicated by black triangles. An highly associated SNP, A-to-G transition at Chr. 6:15,542,968 is represented by a red triangle.
2.1K30发布于 2021-05-08 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
跟着Nature Genetics学数据分析~SNP数据计算距离矩阵然后构建NJ树
工具对应的github主页 https://github.com/BGI-shenzhen/VCF2Dis
6.1K40发布于 2021-01-20 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
跟着Nature Genetics学作图：R语言ggplot2散点图及多图共享图例
https://www.nature.com/articles/s41588-022-01051-w
94820编辑于 2023-01-06 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
跟着Nature Genetics学做图：R语言ggplot2做热图展示基因存在缺失变异
作图代码不是难点，主要是作图数据准备成什么格式。这里用来填充颜色的数据，基因不存在统一填充为0，基因存在填充为不同的群体值。
54610编辑于 2023-12-19
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