Foldit (科学上网)Foldit is a one-of-a-kindprotein folding computer gamedeveloped by university scientists 通过玩 Foldit,您可以贡献于人类健康、尖端生物工程和生物内部运作的高级研究。Foldit isfree to playand not-for-profit. always credited for their contributions.Foldit 免费游玩且非营利。 游戏中做出的发现将在同行评审的研究期刊上发表,Foldit 玩家总是因其贡献获得认可。 想尝试蛋白质设计,请查找设计类别的 Foldit 谜题。
这个问题促使Foldit的发展,一款将图形用户界面应用于蛋白质建模套件Rosetta的视频游戏。 除了充当出色的教育工具外,Foldit旨在探索人类用于解决蛋白质结构难题的策略,希望可以对这些操作进行分析以改善或自动化设计算法。 Foldit示例和设计步骤。 蛋白质设计涉及三个主要组成部分:评分标准以指导运动、策略改变结构以及序列调整以改进模型(图1 D,E)。在Foldit中,后两者由人类玩家控制。 实际上,在随后的回合中,Foldit被配置为强制执行打包和主干正则化规则。 由于采用了构建规则,Foldit生产的模型与受过训练的专家长期能够生产的设计不再产生令人震惊的差异。 但是,对于非科学家而言,仅通过最大程度地提高游戏得分来实现这些新颖的设计,Foldit实验表明,计分方案(即Rosetta力场)必须非常稳健。
于是这款名为Foldit的益智免费游戏,火了。参与参加可以构建一种蛋白质,来阻止新冠病毒攻击人类细胞。 根据Foldit的描述,当冠状病毒表面上那些尖尖的东西(刺突蛋白),和人类细胞表面的受体蛋白紧密结合时,病毒就会造成感染。 因此,Foldit就希望通过这样的游戏,来寻找一种蛋白质,从而阻止新冠病毒感染人类细胞。 那么这个游戏具体怎么玩? Foldit 一共设置38个关卡。 ? 第一关,你要用鼠标拖动这两个侧链的位置,消除病毒,并让分数达到7700分。 ? 所以相比之下,Foldit就显得更良心且公益。 完全免费,还能为研究蛋白质做出一些微小的工作。 你怎么看?
三名获奖者中,贝克教授是以计算预测蛋白质结构这一工作的领军者,而吸引Deepmind两名AI专家加入的“接力棒”,则是一款叫做Foldit的游戏。 2008年,基于罗塞塔构建的功能游戏Foldit应运而生,允许用户以闯关形式,将氨基酸的“链”折叠成适当的三维形状,再由科学家检验结果。 “超级玩家”哈萨比斯接棒AI通关蛋白质折叠游戏Foldit这颗子弹,将在多年后击中Deepmind创始人、游戏人工智能专家哈萨比斯的眉心。 游玩Foldit的经历在哈萨比斯脑海中闪现。 下半场:科学众包和游戏人工智能加速前进Foldit仍在不断迭代,逐步成为了科研人员和普通公众互动的社区。
Top7设计成功后,作者进一步尝试设计未在训练集中的数据Peak6 (PDB ID 6MRS)、Foldit(PDB ID 6MRR)、Ferredog-Diesel (PDB ID 6NUK)。
为了实现这一目标,David Baker团队与华盛顿大学计算机科学系合作,开发了名为FoldIt的在线多人游戏(https://fold.it/),它包装了Rosetta的优化算法和能量函数,并提供了一个交互式游戏界面 FoldIt玩家协助解决了逆转录病毒蛋白酶的结构、开发了寻找低能蛋白质构象的新算法等等。FoldIt至今仍在积极更新并为解决生命科学问题做出独特贡献。 图14:使用FoldIt帮助设计小分子药物 结语 David Baker教授被媒体誉为“上帝之手”,即便是在AI时代来临之前,其团队在蛋白质结构预测和设计领域的成果也远远超过这篇短文所能涵盖的范围。
所以在华盛顿大学利用蛋白质游戏Foldit,集众智对抗新冠病毒之后,不少人纷纷发问:为什么AlphaFold没有出现? 现在,它来了。
计算化学 在生物制药里的应用 第一,在蛋白质结构设计的领域里,美国西雅图华盛顿大学的David Baker教授是先驱,他发明了一个网络游戏——Foldit。 而且发表在了《nature》的主刊上,其标题为:Predicting protein structures with a multiplayer online game, 而文章的作者也包括了成千上万的Foldit
除了这个项目之外,机器之心之前还报道过一款名为「Foldit」的游戏,玩家可以通过这款游戏协助研究人员发现抗击新冠病毒的潜在蛋白质,从而助力药物研发等工作。其本质也是利用全球的闲置算力。
机器之心报道 参与:张倩、蛋酱、杜伟 最近,一款名为「Foldit」的游戏风靡全球。
工作,从事深度学习与强化学习的应用研究 据他回忆,大约在2016年3月,DeepMind启动了AlphaFold 1,起因是在一次内部黑客马拉松Hackathon上,尝试将深度强化学习和优化算法应用于FoldIt
在Hassabis观看AlphaGo的比赛时,他想起了Baker在2008年发布的在线游戏《FoldIt》,玩家可以在游戏中探索并创建精确的蛋白质结构模型。
比如曾参与抗击新冠肺炎疫情的游戏——Foldit。 它将蛋白质结构预测与空间解谜游戏的思路相结合,玩家需要不断调整蛋白质的侧链、骨架等结构,让最终结构达到所需的分数。
该平台基于Foldit游戏,玩家使用小分子设计工具优化分子结构,设计结果经多轮筛选、评估和实验验证。
people bring - got: What are these three billion people bring on our - source: Es ist ein Spiel das Foldit heißt - expected: It's a game called Foldit - got: This is a game called <UNK> - source: Und dies
performance of the subdataset, which significantly conduces to a less complex classification process 【3】 FoldIt : Haustral Folds Detection and Segmentation in Colonoscopy Videos 标题:Foldit:结肠镜检查视频中的Haustral Fold检测和分割 我们提出了一种新的生成性对抗网络FoldIt,用于将光学结肠镜视频的特征一致性图像转换为具有haustral折叠覆盖的虚拟结肠镜渲染。 We present a novel generative adversarial network, FoldIt, for feature-consistent image translation of
1.2 Foldit: 一个结合了游戏和科学的蛋白质折叠和设计平台,允许用户通过 游戏界面参与蛋白质设计。
正如公共项目所显示的那样(如用于蛋白质折叠的Foldit),基于物理的方法和基于知识的方法的组合可能是最有效的。重要的是,需要人类的直觉和洞察力来充分融合这两种方法并正确解释计算结果。
分形生活之三:分形抽屉 趣题:在指定形状的棋盘内放置n个相同的图形 Foldit:全球玩家都来为生物科学做贡献!