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Submit fastq files to SRA
terminal：(There is standard introduction in the SRA submission page to guide users how to upload the fastq files through FTP) New Remote Connection--Secure file transfer--输入User--点击connect---弹出的对话框输入password /new_folder mput *.fq (upload multiple files) # 由于数据存放在server上，Mac OS terminal上总是无法定位到fastq存放的文件夹，导致始终没法 / #go to the directory where fastq files locate for file in *; do curl -u $username:$password-T $file ftp://$ftpAdress/$directory/; done #transfer all files into the wangxiaoer/new_Folder.
32600编辑于 2024-06-29 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
BioPython分割大fastq为小fastq
biopython.org/wiki/Splitlargefile It useful to be able to split a sequence file into a set of smaller files 第一步：模拟生成双端fastq文件 wgsim -N 4000 -1 150 -2 150 NC_008253.fna reads_1.fastq reads_2.fastq -N 参数用来指定reads "%(i+1) with open(filename,"w") as handle: count = SeqIO.write(batch,handle,"fastq") print("Wrote %i records to %s"%(count,filename)) 相比原文代码稍微改动了一点 使用方法 python3 split_Fastq_into_multiple_Small_fastq.py fastq reads_1.fastq 1000 第一个位置指定文件格式 fastq或者 fasta 第二个位置指定输入文件 第三个位置指定每个小的fastq文件存储的reads数量 结语：好像很慢！
1K30发布于 2020-03-03 - 来自专栏生信喵实验柴
了解fastq文件
.fastq.gz gzip -d illumina_2.fastq.gz 压缩 gzip illumina_1.fastq gzip illumina_2.fastq 2 fastq 文件统计 seqkit stats illumina_1.fastq.gz illumina_2.fastq.gz 3 统计 fastq 文件每条序列 ATCG 四种碱基组成以及质量值分布 seqtk comp illumina _1.fastq.gz illumina_2.fastq.gz 4 ATCG 以及质量值分布 seqtk fqchk illumina_1.fastq.gz seqtk fqchk illumina_2 .fastq.gz 57 交叉合并 pairend 文件 seqtk mergepe illumina_1.fastq.gz illumina_2.fastq.gz >merge.fastq 6 过滤短的序列 illumina_1.fastq.gz 13 拆分数据 seqkit split2 -1 illumina_1.fastq.gz -2 illumina_2.fastq.gz -p 2 -f 14 转换为
3.5K30编辑于 2021-12-21 - 来自专栏我的技术专刊
fastq 批量处理
首先进入fastq所在文件夹 #cd /path/to/file 1. 质控 #fastqc -o FASTQC/ -t 8 *.fastq.gz #multiqc ./ 2. 过滤 for i in ls *_combined_R1.fastq.gz; do i=${i/_combined_R1.fastq.gz/}; nohup cutadapt -a AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCAC p ${i}_out_R2.fastq.gz ${i}_combined_R1.fastq.gz ${i}_combined_R2.fastq.gz & done 3. 比对 #for i in ls *_out_R1.fastq.gz; do i=${i/_out_R1.fastq.gz/}; nohup hisat2 -p 8 --dta -x /path/to/file /hg19/genome -1 ${i}_out_R1.fastq.gz -2 ${i}_out_R2.fastq.gz -S ${i}.sam & done 4.
94620编辑于 2021-12-06 - 来自专栏单细胞
sra转fastq
因为恰好遇到了PRJNA752099这个数据集，他上传的fastq文件被合并成了一个，所以我需要下载SRA文件重新拆分。正好作为上游最后一块的补充内容。 mkdir fastq_storels SRR* > list.txt#sh脚本samples=$(<list.txt)for s in ${samples};do echo "${s} starts /${s} -O fastq_store -e 10 --include-technical -S echo "${s} finished at $(date)"done这里解释一下faster-dump 运行完成后可以看到每个样本输出了3个fastq文件。 nohup gzip SRR*_1.fastq SRR*_2.fastq SRR*_3.fastq &
48611编辑于 2024-07-12 - 来自专栏生物信息学_troubleshooting
Download fastq from SRA
./ will save the tmp downloading files, and will be deleted when the download is finished. #-O save the output (fastq files, not sra files) in the sra folder.
18700编辑于 2024-11-20 - 来自专栏HUBU生信
fastq-dump从SRA文件中提取fastq文件
fastq-dump是SRAtoolkit中使用频率很高的命令，用于从SRA文件中拆解提取fastq文件。 具体用法如下： Usage: fastq-dump [options] <path> [<path>...] 拆解一个sra文件 cd ~/Seqs fastq-dump --split-files SRR6232298.sra SRR6232298.sra是一个PE测序结果，所以，需要--split-files 参数可以将其分解为两个fastq文件。 /bin/sh for i in *sra do echo $i fastq-dump --gzip --split-files $i done Ctrl+O; Ctrl+X保存退出。
9.5K30发布于 2018-12-27 - 来自专栏时悦的学习笔记
Oracle ASM Files
ASM文件(ASM Files) 存储在ASM 磁盘组的文件称之为ASM 文件，Oracle数据库和ASM通过ASM 文件来交互 磁盘组支持如下类型的文件 控制文件 数据文件，临时文件，数据文件拷贝 SPFILEs
1.8K30发布于 2020-08-18 - 来自专栏TopFE
Download files
下载存储在谷歌云端硬盘中的文件 要下载存储在谷歌云端硬盘中的文件，使用 files.get方法与文件的ID来下载和alt=mediaURL参数。 file_id = '0BwwA4oUTeiV1UVNwOHItT0xfa2M' request = drive_service.files().get_media(fileId=file_id) fh 例如： Range: bytes=500-999 注：部分下载而出口谷歌文档不支持 下载谷歌文档 下载使用G套房文档 files.export方法。 下面的例子演示了如何使用客户端库以PDF格式下载谷歌文档： file_id = '1ZdR3L3qP4Bkq8noWLJHSr_iBau0DNT4Kli4SxNc2YEo' request = drive_service.files
1.6K20编辑于 2022-01-24 - 来自专栏快乐阿超
Files.delete
boolean delete = file.delete(); } catch (Exception e) { e.printStackTrace(); } } 还可以使用Files 工具类： try { boolean delete = Files.deleteIfExists(Paths.get("D:\\file\\projects\\img-comparison-demo \\target\\generated-sources")); } catch (IOException e) { e.printStackTrace(); } Files还提供了很多的api就不一一列举了
98140编辑于 2022-08-21 - 来自专栏若尘的技术专栏
fastq文件格式解读
原理就是将两个文件内容依次输入到一个新的文件内，你也可以将第二个文件内容追加到第一个文件后面。
2.1K105编辑于 2021-12-04 - 来自专栏技术小黑屋
Scan Media Files in Android
Android Media Scanning Mechanism Android provides a great application for developers to add created media files http://developer.android.com/reference/android/media/MediaScannerConnection.html How To Scan Mutiple Files file.exists()) { return null; } // lastModified is in milliseconds on Files file.lastModified() / 1000; // always scan the file, so we can return the content://media Uri for existing files
1.9K20发布于 2018-09-04 - 来自专栏生信技能树
fast5和fastq格式
通过MinKNOW2.2软件包中的Guppy软件进行base calling后会将fast5格式数据转换为fastq格式，用于后续质控分析。 （通常测序服务商会给你fastq格式的数据结果） 上次我们提到对于ONT原始下机数据混样建库和非混样建库数据稍微有些区别。 rawdata_file 主要是看fast5和fastq文件： fast5：原始电信号文件，以.fast5为文件结尾。此文件既有测序得到的序列信息，还有甲基化修饰信息。 fastq：由fast5文件转换而来，以.fastq或.fq结尾，与二代格式一样，四行为一个单位，只不过序列要长很多，这是三代的一个优势。 ? fastq 可以看到，测序的每个reads的碱基数量非常多！这里面的质量值，仍然是符合fastq格式的定义哦！
1.7K20发布于 2020-04-14 - 来自专栏R语言&linux
FASTQ数据格式介绍
.fastq.gz | grep '^@SRR' |wc -lzless -S SRR1039510_1.fastq.gz | paste - - - - |wc -lzless SRR1039510 _1.fastq.gz |wc -l | awk '{print $0/4}'zless -S SRR1039510_1.fastq.gz |awk '{ if(NR%4==2) {print} }' _1.fastq.gz |awk '{if(NR%4==1){print}}' |less -S3.输出SRR1039510_1.fastq.gz文件中所有的序列（即第二行）zless SRR1039510 _1.fastq.gz | paste - - - - |cut -f 2 |less -Szless -S SRR1039510_1.fastq.gz |awk '{if(NR%4==2){print }}' |less -S 4.统计SRR1039510_1.fastq.gz碱基总数# 简单版本zless -S SRR1039510_1.fastq.gz |paste - - - - |cut -f
1.2K20编辑于 2023-10-19 - 来自专栏技术小黑屋
BashBites:Check Files
Here is a reference material from Stackoverflowhttp://stackoverflow.com/questions/3767267/check-if-file-exists
84420发布于 2018-09-04 - 来自专栏小道
spark-submit --files
一、原理 spark-submit --files通常用来加载外部资源文件，在driver和executor进程中进行访问 –files和–jars基本相同 二、使用步骤 2.1 添加文件 spark-submit --files file_paths 其中file_paths可为多种方式：file: | hdfs:// | http:// | ftp:// | local:（多个路径用逗号隔开 xxx/lib/spark/jars/gson-2.8.1.jar,/xxx/CDH-x.x.x-1.cdhx.1.1.p0.xxx/lib/hive/lib/* -Dspark.yarn.dist.files "$files" \ #/path/服务器本地文件 --class xxxApplication /xxx/xxx-1.0-SNAPSHOT.jar -jn $obj -sq "$sql" -ptby $ptby 2.2 获取文件 2.2.1 方案一 //If you add your external files using "spark-submit --files" your files will
1.4K20编辑于 2023-10-17 - 来自专栏生物信息学
根据id快速提取fastq序列
根据fastq序列的id，从原始fastq中提取序列这个操作，应该是大家在处理序列文件的过程中经常遇到的。如果大家用过Biopython，应该知道Bio模块在做fastq这些文件的处理时非常方便。 还是举个例子比较好，我从比对筛选过滤之后的bam文件中提取了第一列序列名，保存为id.name文件，想根据这个id文件从原始的fastq文件（单端）raw.fastq中把序列提出来。 这里id.name中id数目42万左右，raw.fastq序列数1000万左右： $ wc -l id.name426648 id.name$ wc -l raw.fastq 41867248 "):#input raw.fastq if seq_record.id in name_list: SeqIO.write(seq_record,out_handle,"fastq")#write 然后我查了下Bio中其实有针对fastq快速处理的FastqGeneralIterator，于是我使用FastqGeneralIterator又写了一个脚本： extract_fastq_reads_by_bam_id_v1
3.9K30发布于 2020-04-14 - 来自专栏YG小书屋
MapReduce：N keys，N files
MapReduce中，不管是map阶段还是reduce阶段，二者的输入和输出都是key，value类型的值。现在有个需求是根据map阶段返回值key的个数，生成相应个数的文件。也就说一个key写到一个文件中，每个文件只能包含一个key。
1.1K40发布于 2018-12-14 - 来自专栏技术向
Use multiple files in latex(xelatex)
本文由腾讯云+社区自动同步，原文地址 http://blogtest.stackoverflow.club/multiple-files-in-latex/ include指令 与c语言的include
65310发布于 2019-11-21 - 来自专栏花落的技术专栏
如何对fastq文件进行批量处理
首先进入fastq所在文件夹 #cd /path/to/file 1. 质控 #fastqc -o FASTQC/ -t 8 *.fastq.gz #multiqc ./ 2. 过滤 for i in ls *_combined_R1.fastq.gz; do i=${i/_combined_R1.fastq.gz/}; nohup cutadapt -a AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCAC p ${i}_out_R2.fastq.gz ${i}_combined_R1.fastq.gz ${i}_combined_R2.fastq.gz & done 3. 比对 #for i in ls *_out_R1.fastq.gz; do i=${i/_out_R1.fastq.gz/}; nohup hisat2 -p 8 --dta -x /path/to/file /hg19/genome -1 ${i}_out_R1.fastq.gz -2 ${i}_out_R2.fastq.gz -S ${i}.sam & done 4.
2.5K10编辑于 2021-11-26
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