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circRNA_ID转化
前些天生信技能树系统性的总结了circRNA的相关背景知识： 首先了解一下circRNA背景知识 circRNA芯片分析的一般流程 circRNA-seq分析的一般流程 ceRNA-芯片分析的一般流程 ID，看论文的人特别是初次接触circRNA的人苦不堪言，在此列出了常见的几种circRNA_ID供大家参考。 01 六位数字circRNA_ID： Agilent公司circRNA芯片 我们查阅GEO数据库发现，目前经常使用的人类circRNA芯片主要有以下几种： GPL21825：074301 Arraystar 对我们感兴趣的GSE，下载相应的GPL信息即可获得circRNA_ID，当然还有其他物种的circRNA芯片，可自行探索。 基本涵盖了论文中提及的ID；安捷伦circRNA芯片使用6位数ID，我们实验室测序结果使用的7位数ID，当然除此三种外，还有一些其他的circRNA_ID命名方式，欢迎各路大神补充。
8.1K75发布于 2019-12-31 - 来自专栏单细胞天地
单细胞circRNA不温不火
前面我们系统性的总结了circRNA的相关背景知识： 但都是基于大量细胞的，而我们是单细胞天地平台，有必要也系统性探索一下单细胞circRNA技术的进展。 single-cell universal poly(A)-independent RNA sequencing (SUPeR-seq) 谷歌能搜索到的单细胞circRNA技术最早应该是Published 是北京大学光学中心黄岩宜教授的团队出品，因为circRNA技术领域本身没有RNA本身应用广泛，所以这个SUPeR-seq技术到现在（2020-01-05 ），也就150多个引用而已。 ? 单细胞水平评价circRNA检测软件性能 我提到过2015年12月10日发表在《Nucleic Acid Research》 的 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ 研究者还测试了 GSE53386 数据集(7 single HEK293T cells,)里面的单细胞circRNA检测情况，同样的是4个软件的比较。
80420发布于 2020-03-27 - 来自专栏用户7627119的专栏
circRNA蛋白编码能力预测
前面给大家介绍了 ☛circRNA的形成、功能、与癌症的关联 ☛circRNA研究综述+研究工具推荐 ☛【收藏】23个circRNA数据库网址 我们知道很多circRNA其实是由exon构成的 ，exon是有编码能力的，因此我们可以推测很多circRNA应该是有编码蛋白能力的。 下图所示的circRNA的其中一个功能就是编码蛋白。 事实上，也已经有文献报道过 ☛circRNA可翻译成蛋白质 那么除了直接检测circRNA的蛋白产物，我们能否大规模的预测circRNA的编码蛋白的能力呢？答案是肯定的。 目前已经有很多用于预测circRNA编码能力的生物信息学工具。 下图总结了预测circRNA编码能力的一些生物信息学工具。
56810编辑于 2022-09-21 - 来自专栏生信修炼手册
circRNA:环状RNA简介
从该示意图可以看出，同一个pre-mRNA可以产生多个circRNA异构体，根据包含的exon和intro的个数，分成了以下四类 single exon circRNA multi-exon circRNA exon-intron circRNA intronic circRNA 产生circRNA的基因通常称之为host gene, 也叫来源基因。 目前针对环状RNA的研究，有两种建库方式，一种就是去rRNA的文库，这种文库中同时包含了mRNA,lncRNA,circRNA等多种RNA分子，一次可以获得多种RNA分子的信息，缺点就是circRNA占比较低 分子头尾相接的部分称之为连接点breakpoint, 上述检测circRNA的软件本质上都是去识别覆盖到连接点两侧的reads， 然然用检测到的reads数目来作为circRNA的表达量。 在最初的研究中,circRNA被划分为ncRNA的一种,更多的探索其在生命活动中的调控作用,比如研究疾病相关的circRNA等，另外circRNA还可以作为miRNA sponge与miRNA结合,从而通过
1.4K20发布于 2019-12-19 - 来自专栏生信技能树
circRNA芯片也是同样的差异分析
完全是一个意外啊，是一个粉丝问我ceRNA调控的问题，文章标题是：《Comprehensive circular RNA profiling reveals the regulatory role of the circRNA The circRNA microarray process was performed by KangChen Biotech, Inc. (Shanghai, China). 前面我们在生信技能树已经系统性的总结了circRNA的相关背景知识： 首先了解一下circRNA背景知识 circRNA芯片分析的一般流程 circRNA-seq分析的一般流程 ceRNA-芯片分析的一般流程 circRNA_ID转化 而且差异分析呢，可以看到我五年前的教程，推文在： 解读GEO数据存放规律及下载，一文就够 解读SRA数据库规律一文就够 从GEO数据库下载得到表达矩阵 一文就够 GSEA分析一文就够
1.2K30发布于 2021-01-18 - 来自专栏用户7627119的专栏
处理ENCORI预测的miRNA-circRNA结果
批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系-ENCORI篇 ☞零代码生存曲线—ENCORI篇 ☞miRNA数据库简介及miRNA靶基因批量预测 最近有小伙伴反映，使用这个数据库预测的miRNA-circRNA 调控关系的结果中geneName这一列有些显示的是标准的circRNA的ID号，但是大多数显示的都是基因名字。 怎么样才能让这一列全部显示circRNA的ID号呢？ ☞R下载合并ENCORI miRNA靶基因数据 用代码下载下来的结果，你会发现跟直接从网页上下载的结果不太一样，似乎多了一列circID，而这一列正式我们需要的circID，里面全部是标准的circRNA 但是这里又有一个问题，一个miRNA可以同时靶向多个circRNA，所以有些行里面会出现多个circRNA ID，用逗号隔开。这种格式是没办法直接作为cytoscape的输入文件的。
1.2K10编辑于 2022-09-21 - 来自专栏用户7627119的专栏
circRNA的形成、功能、与癌症的关联
环状RNA（circRNA）是一类相对较新的具有调控作用的RNA，虽然数量比较丰富，但探索开始时间较晚。有成千上万的基因能够产生circRNA，但是其中绝大多数circRNA的功能还有待确定。 关于circRNA的功能，探讨最多的就是对其它基因表达调控因子的“海绵”作用，尤其是可以直接结合并调控基因表达的miRNA，所谓“海绵”作用，就是circRNA可以结合miRNA，从而影响miRNA对基因表达的调控 虽然通常情况下，circRNA的表达丰度低于其对应线性RNA，但它们通常以组织和发育阶段特异性的方式表达，并且circRNA由于具有共价的闭环结构，对RNA酶活性具有显著的抗性，因此有望成为癌症和其它疾病的新型生物标志物 今天小编给大家推荐的这篇前沿综述中，作者综合讨论了circRNA的形成、功能以及其与癌症的关联的研究进展，整理了circRNA作为癌症生物标志物的研究，并探讨了其在临床应用中可能面临的挑战。 circRNA的形成途径示意图： ? circRNA调控基因表达的机制示意图： ? circRNA作为癌症标志物的研究（部分）： ?
1K30发布于 2020-08-06 - 来自专栏生信技能树
circRNA分析利器KNIFE试用笔记
根据circRNA分析软件benchmark文献推荐，KNIFE准确度最高，circRNA分析优先推荐使用KNIFE工具。
1.5K20发布于 2018-09-21 - 来自专栏生信修炼手册
使用circRNA_finder识别环状RNA
circRNA_finder是一款环状RNA预测软件，在对果蝇的研究中采用该软件进行了环状RNA的预测，该软件的源代码托管在github上，网址如下 https://github.com/orzechoj /circRNA_finder 软件的安装比较简便，直接下载解压就可以了，需要注意的是，该软件依赖以下几个软件 perl awk STAR samtools 其中samtools的版本必须是低于1.0 运行circRNA_finder 第二步就是预测环状RNA,代码如下 perl \ postProcessStarAlignment.pl \ --starDir star_out_dir \ --minLen
1.2K10发布于 2019-12-19 - 来自专栏医学数据库百科
circRNA相互作用预测数据库
除了基本的相互作用的预测，这个数据库还可以进行circRNA相关信息的检索以及circRNA引物以及siRNA的设计。可谓是circRNA研究的一体化服务。 在数据库的使用方面。 基本上就是点击相对应的功能，然后输入想要进行分析的circRNA即可。比如我们可以了解一个circRNA的基本信息，就可以在Circular RNA当中输入相对应的circRNA即可。 进一步，如果选好了circRNA想要进行后续的基础实验的话，那就需要设计circRNA的引物以及相关敲减的siRNA。 image.png 在这个数据库当中，我们只需要检测相对应的circRNA，然后就可以获得这个circRNA在肿瘤细胞当中是否表达。 同时也可以看到这个circRNA和哪些miRNA以及RBP有相互作用。 不过需要注意的是，这个数据库对于circRNA的鉴定是通过circRNA基因组的位置来展示的。而没有使用circRNA ID。
1.6K20编辑于 2022-05-17 - 来自专栏生信技能树
首先了解一下circRNA背景知识
从示意图可以看到，具体的circRNA都是在基因内部的一些外显子连接起来了，就是所谓的环化！而这个基因就是具体的circRNA的host gene啦。 ? 对circRNA的注释就更丰富了，CircRNA检测的基本原理是去识别反向剪切的位点(backsplice)，最主要的circRNA类型是外显子来源的，当然，在内含子、间区、UTR区域、lncRNA区域以及已知转录本的反义链区域也都鉴定到 circRNA，同一个位点可能形成多个circRNA，每个circRNA可能包含一个或多个外显子。 那些并不在基因上面的circRNA比例并不多哦，它们就没有host gene ? circRNA形成的3种方式 circRNA产生方式包括外显子环化和内含子环化。 ? circRNA 详细信息，还可以下载 circRNA 序列。
1.8K41发布于 2019-12-23 - 来自专栏生信技能树
circRNA芯片分析的一般流程
比如： 中南大学湘雅二医院陈林老师实验室通过Arraystar circRNA芯片发现一种调控口腔鳞状细胞癌发生发展的circRNA分子—circRNA_100290。 就是分析OSCC及NCMT样本，分析circRNA表达谱，发现共有280个circRNA表达发生显著表达，其中139个circRNA上调，141个circRNA下调，从上调最显著的10个circRNA中选出 circRNA_100290， q-PCR验证circRNA_100290确实在OSCC组织中表达显著上调。 carcinoma， HCC）的生长 在7例肝癌组织和7例正常肝组织中circRNA的差异表达，筛选出肝细胞癌中20个差异显著的CircRNA做聚类分析（其中10个circRNA上调，10个circRNA 第一款用于circRNA检测的商业化芯片 针对circRNA设计，所有circRNA来源于该领域的标志性研究文献，所有circRNA都经过了严谨的实验验证。 2.
2.5K10发布于 2019-12-23 - 来自专栏百味科研芝士
生信如何巧妙利用circRNA发3分+
上述circRNA的相互作用对可能参与了肝癌的发生和发展。 摘要 背景：环状RNA（circRNA）是一种新型的非编码RNA，在癌症的发病机理和发展中起着至关重要的作用。 CircRNA标记可用作预后和预测因素，以及作为评估疾病状态和预后的临床工具。 本研究以探索肝细胞癌（HCC）中新的circRNA标记为目的。 方法：CircRNA表达谱从GEO中得到。 通过qPCR检测到总共26个差异表达的circRNA，然后选择了6个circRNA来构建circRNA-miRNA-mRNA网络。 ceRNA网络的构建和功能分析 为了更好地理解circRNA在miRNA介导的mRNA中的作用，作者构建了circRNA-miRNA mRNA（ceRNA）网络。 与DemiRNA相交后，仅保留了13个circRNA-miRNA对，包括6个circRNA和11个DEmiRNA。
2.8K21发布于 2020-10-09 - 来自专栏用户7627119的专栏
【收藏】23个circRNA数据库网址
但眼下circRNA研究的一个巨大挑战就是，有关circRNA的可参考信息不多，怎么往下研究也没有目标。为了让大家早日玩转circRNA，小编推荐给大家23个circRNA数据库，祝大家早日成功！ 的互作网络；circRNA 亚型的表达水平circRNA亚型的基因组注释；circRNA亚型的序列 3. ，包括circRNA注释，circRNA序列，circRNA保守性，miRNA-circRNA失活，circRNA修饰，circRNA蛋白编码潜力 8. circRNA Disease http://cgga.org.cn 将有关共表达网络、circRNA-miRNA和RBP结合位点的信息结合起来，对circRNA进行全面注释。使用GO和KEGG数据库预测这些circRNA的潜在功能。 这个circRNADb的最新版本包含32914个带注释的外显子circRNA，可以作为大规模研究circRNA，特别是人类circRNA的宝贵资源。
6.3K31发布于 2020-08-05 - 来自专栏科研菌
这么热的circRNA如何结合生信发文章？
B展示了每个基因衍生的circRNA数量。其中对FL3C数据集中那些至少在30个细胞系表达circRNA的基因进行分组。 C和D展示了circRNA在基因/反向剪接位点水平的频数分布。 作者分析了circRNA中沿mRNA表达的外显子，发现第一个和最后一个外显子很少在circRNA中表达。 可见circRNA和总RNA的比率有很大的差异 ? 图5：circRNA与总（线性）之间的相关性 6. C：对circRNA/总RNA的CGC和非CGC基因之间circRNA数量差异的频率分布。可见circRNA比率低的基因座更少见于癌基因。 ? 图6：癌基因（CGC）中的circRNA表达 7. 图12：circRNA过表达对肺癌细胞系克隆形成的影响 小结 作者在FL3C数据集中，使用rRNA-耗竭的方法检测circRNA，描述了circRNA在NSCLC细胞系中的表达格局：大多数circRNA
77930发布于 2020-06-28 - 来自专栏生信技能树
circRNA-seq分析的一般流程
前面我们已经介绍过circRNA的基础概念: 首先了解一下circRNA背景知识，背景知识，以及 circRNA芯片分析的一般流程，但是跟mRNA一样，不仅仅是芯片可以检测，也是可以使用NGS技术，就是 circRNA-seq咯。 首先看circRNA的注释分类 前面我们提到过，circRNA的注释很丰富了，CircRNA检测的基本原理是去识别反向剪切的位点(backsplice)，最主要的circRNA类型是外显子来源的，当然， 在内含子、间区、UTR区域、lncRNA区域以及已知转录本的反义链区域也都鉴定到circRNA，同一个位点可能形成多个circRNA，每个circRNA可能包含一个或多个外显子。 其实本研究还统计了circRNA在不同染色体的数量，还有其它数据库收录与否等等 表达矩阵的标准的差异分析 其实circRNA-seq和circRNA-array最后都是得到表达矩阵，然后就是走标准分析流程
2.7K20发布于 2019-12-23 - 来自专栏医学数据库百科
CSCD2 ｜circRNA相互作用预测数据库
之前在介绍[[circRNA相互作用预测]]数据库的时候，我们提到了一个 CSCD 的数据库。 在这个数据库当中，我们可以预测正常组织或者癌当中特异性的 circRNA 以及这个 circRNA 相互作用的 miRNA和RBP。 功能方面的话，和之前版本没有多大的区别，主要也是用来预测 circRNA 和 miRNA/RBP 的相互作用。但是在数据查询方面的， 1.0的版本只提供了基于 circRNA 的查询。
80820发布于 2021-11-12 - 来自专栏生信技能树
CircRNA-seq上游分析工具测评：CIRIquant VS. CIRCexplorer3
前言 本次测评CircRNA-seq上游分析的两大最新工具CIRCexplorer3及CIRIquant。 月 28 14:09 circRNA_info_1.csv 1.7M 11月 28 14:09 circRNA_ratio_1.csv 240 11月 28 14:09 library_info_1. _2.csv \ --bsj circRNA_bsj_2.csv \ --ratio circRNA_ratio_2.csv #查看生成的文件 11 circRNA_info_2.csv 3.4M 11月 28 14:11 circRNA_ratio_2.csv 259 11月 28 14:11 library_info_2.csv 168 library_info_1.csv --bsj circRNA_bsj_1.csv --gene gene_count_matrix_1.csv --out circRNA_de_D3_VS_D6.
4K72编辑于 2021-12-17 - 来自专栏生信技能树
十行代码完成circRNA多种ID相互转换
前面我们在生信技能树已经系统性的总结了circRNA的相关背景知识： 首先了解一下circRNA背景知识 circRNA芯片分析的一般流程 circRNA-seq分析的一般流程 ceRNA-芯片分析的一般流程 circRNA_ID转化 而且在单细胞天地平台也探索一下单细胞circRNA技术的进展，这个链接就不放了，感兴趣的自己去单细胞天地搜索哈。 通常呢，我们需要把这样的探针ID转换为circRNA的基因名字，虽然说circRNA基因名字也有两种： 首先看看 探针ID 和 circRNA 的6位数代号基因名字的转换： > tail(head(b, CircRNA Array v2 GPL23467：Agilent-082557 CBChuman circRNA array V2.0 对我们感兴趣的GSE，下载相应的GPL信息即可获得circRNA_ID 2 hsa_circRNA_100003 hsa_circ_0000002 3 hsa_circRNA_100011 hsa_circ_0000007 4 hsa_circRNA_100017 hsa_circ
2.7K40发布于 2020-04-07 - 来自专栏生信技能树
circRNA表达量差异分析网页工具和代码哪个更可靠
几年前我们在生信技能树已经系统性的总结了circRNA的相关背景知识： 首先了解一下circRNA背景知识 circRNA芯片分析的一般流程 circRNA-seq分析的一般流程 ceRNA-芯片分析的一般流程 circRNA_ID转化 而且circRNA领域的芯片或者测序技术拿到的也是表达量矩阵，所以表达量矩阵的差异分析呢，都可以看到我8年前的教程，推文在： 解读GEO数据存放规律及下载，一文就够 解读SRA 而绝大部分小伙伴喜欢网页工具做差异分析，比如：一文教你在线分析circRNA表达矩阵，举例说明了进入circMine的网页服务器页 circMine ( http://www.biomedical-web.com 学徒作业 首先跟着教程：一文教你在线分析circRNA表达矩阵，然后自己写代码完成GSE159808数据集的差异分析，两次差异分析对比一下是否区别很大。 一次circRNA差异分析可以发多少篇文章？
62520编辑于 2023-02-27
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