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来自专栏生信修炼手册
sleuth:基于TPM值的差异分析
kallisto/control-3 4 case-1 case kallisto/case-1 5 case-2 case kallisto/case-2 6 case -3 case kallisto/case-3 第一列为样本名称，第二列为样本对应的分组信息，第三列为每个样本kallisto定量结果的文件夹。每组3个生物学重复，可以通过以下代码构建上述的数据框 samples = c( "control-1", "control-2", "control-3", "case-1", "case-2", "case 上述代码要求将所有样本的定量结果放在同一个文件夹下，目录结构如下 kallisto/ ├── control-1 ├── control-2 ├── control-3 ├── case-1 ├── case-2 └── case
4.6K11发布于 2020-05-08
来自专栏生信修炼手册
使用DESeq2进行两组间的差异分析
读取数据读取基因的表达量表格和样本的分组信息两个文件，其中表达量的文件示例如下 gene_id ctrl-1 ctrl-2 ctrl-3 case-1 case-2 case-3 geneA 14 分组信息的文件示例如下 sample condition ctrl-1 control ctrl-2 control ctrl-3 control case-1 case case-2 case case
4.2K21发布于 2020-05-08
来自专栏生信修炼手册
使用edgeR进行两组间的差异分析
读取文件需要读取基因在所有样本中的表达量文件，示例如下 gene_id ctrl-1 ctrl-2 ctrl-3 case-1 case-2 case-3 geneA 14 0 11 4 0
1.8K10发布于 2020-05-08
来自专栏生信修炼手册
使用limma进行两组间的差异分析
读取文件读取基因在所有样本中的表达量文件，示例如下 gene_id ctrl-1 ctrl-2 ctrl-3 case-1 case-2 case-3 geneA 14 0 11 4 0 12
7.2K10发布于 2020-05-08
来自专栏poslua
Lua table 如何实现最快的 insert?
CASE 4 CASE-3 的性能已经非常好了，但还是漏了一个优化的点：table 的扩容。
2.8K30发布于 2020-03-18
来自专栏小浩算法
漫画：常考的荷兰国旗问题你还不会吗？（初级）
（CASE-3）继续移动 C。 ? 主要就这三种 CASE，我们把剩下的图都绘制出来： ? ? ? ? 总结一下： 1）若遍历到的位置为0，则说明它一定位于A的左侧。
5.6K42发布于 2020-05-08
来自专栏向治洪
红黑树深入剖析及Java实现
之所以说case-3是一个中间状态，是因为根据红黑树的定义来说，下图并不是平衡的，他是通过case 2操作完后向上回溯出现的状态。
1.2K60发布于 2018-02-06

sleuth:基于TPM值的差异分析

使用DESeq2进行两组间的差异分析

使用edgeR进行两组间的差异分析

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