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- 来自专栏单细胞天地
CAF里也有好人-使用CD105明辨好坏CAF
作者对两者进行差异分析，发现TGFβ通路在CD105pos CAF中富集而TNFα，NF-κB通路，IL6通路，JAK2通路，STING通路在CD105neg CAF中富集。 （Fig4E,F）但是我们能看到这些因子显著的改变了其他CAF marker的表达，即CAF的表型发生了很大转变。 两种CAF对肿瘤生长的影响 Fig6 作者皮下构建了胰腺癌小鼠模型，之后分别注射带有荧光的CD105 pos和neg的正常成纤维细胞（为啥不注射CAF呢）。 首先，作者发现肠癌和胰腺癌的CAF聚在一起，而其他癌种分别聚类，体现了这两种癌种的相似性，其次，作者发现没有一种marker能标记所有的CAF。 这篇文献与他人最大的不同还是作者对”谱系“的思考与一个”好人“CAF的发现。而进来越来越多的文章以CAF亚群为突破点冲击顶刊，值得关注。
49830编辑于 2023-02-10 - 来自专栏四月天的专栏
CAF:c++ actor framework
> caf::behavior msgHandle(caf::event_based_actor *self) { return{ [=](std::string &what) ); msgHandelActor = boost::shared_ptr<caf::actor>(new caf::actor(self->spawn<caf::detached>( ::atom_constant<caf::atom("actorOne")>; using actorTwo = caf::atom_constant<caf::atom("actorTwo")>; using actorDelay = caf::atom_constant<caf::atom("catorDelay")>; //函数声明 msgHandleFuntion caf::behavior msgHandleFuntion "); } 消息指针 spwan msgHandelLoopActor = boost::shared_ptr<caf::actor>(new caf::actor(self->spawn<caf::detached
1.2K30编辑于 2023-03-10 - 来自专栏硬件大熊
CAF效应导致PCB漏电
什么是CAF效应： CAF，全称为导电性阳极丝(CAF：Conductive Anodic Filamentation)， 指的是PCB内部铜离子从阳极（高电压）沿着玻纤丝间的微裂通道，向阴极（低电压） 如何防止或减少CAF的发生？ 1. 提高板材在抗CAF方面的能力。对于电路板基材工艺，可以从提高材料中离子纯度、使用低吸湿性树脂、玻璃布被树脂充分浸泡结合良好等方面进行提高。 对于应用端的工程师，在板材选型时，可以考虑使用耐CAF板材。如下板材供应商生益的板材选型中，就有耐CAF的板材可供选型。 2. PCB设计时，增加通孔间距，另外，由于CAF通道几乎沿着同一玻璃纤维束产生，因此，将相邻的通孔交叉发布有助于降低CAF的发生； 4. /2014/12/caf/ 《电路板内微短路现象》 https://www.researchmfg.com/2015/08/caf-cause-solution/ 《CAF形成的原因及改善对策
99020编辑于 2022-06-23 - 来自专栏苹果mac
cafCONVERTER for mac(caf音乐格式转换器)
cafCONVERTER for mac是一款简单好用的音乐格式转换器，可用于将各种音频、音乐和声音转换为 Apple 的 .caf 格式。它甚至可以用于从视频中提取音频。 软件介绍 一个小巧但方便的转换器，可用于将各种音频、音乐和声音转换为 Apple 的 .caf 格式。它甚至可以用于从视频中提取音频。 对于批量 .caf 转换，请升级到我们的“batchCAF”。 图片 软件下载地址：cafCONVERTER for mac(caf音乐格式转换器) 1.36中文版 windows软件安装：Sidify Apple Music Converter(Apple音乐格式转换工具
1.1K50编辑于 2023-03-06 - 来自专栏科研猫
12分+纯生信=CAF+单细胞+肿瘤耐药，这个热点组合相当哇噻~
目前基于特定细胞表面标记物对CAF的研究不仅加深了人们对其表型异质性和功能多样性的认识，而且也将靶向CAF治疗癌症提上了议程，使CAF成为肿瘤研究的又一热点。 Pan-CAF亚型的鉴定和分子表征 作者首先整合了三种癌症类型的 CAF ，高分辨率聚类确定了Pan-CAF 1-7这7个 CAF 亚型，这些泛CAF亚型存在于三种癌症类型中，但各丰度不同。 CAF。 B，个别癌症类型中 CAF 亚型的比例。 C，显示泛 CAF 亚型的标记基因表达的点图。 D，泛 CAF 亚型的丰富基因集。 E， UMAP 描绘了泛 CAF 亚型的细胞周期状态。 2.瘤内和瘤间CAF异质性 为了解决泛 CAF 在肿瘤中的空间分布这个问题，作者使用 CIBERSORTx 和整合的 pan-CAF scRNA-seq 数据，发现通常估计的 pan-CAF 丰度显示肿瘤
2.2K31编辑于 2022-04-09 - 来自专栏生信技能树
任意单细胞转录组的细胞通讯结果都是CAF和TAM的信号最多吧
CAF和TAM的信号最多最强 a UMAP visualization of the main cell clusters in the breast TME in human scRNA-seq data 但是研究者们根据细胞亚群的生物学注释后简单的跑一个CellChat方法的细胞通讯后，发现是CAF和TAM的信号最多最强，接下来的故事就主要是湿实验验证这个细胞通讯结果，就让我有点担忧！ acc=GSE161529 大家可以试试看进行类似的基础的降维聚类分群后，人工给出来了一些常见的亚群的名字，然后跑CellChat方法的细胞通讯看看是不是CAF和TAM的信号最多最强？ 其次，需要找类似的另外的十几个乳腺癌的单细胞转录组数据集，做同样的发现看看是不是CAF和TAM的信号最多最强？ GSE225600-邵志敏-单细胞-空间单细胞-乳腺癌.pdf GSE202695-转移性乳腺癌 GSE206638-TNBC的髓系异质性 最后，延伸到其它常见的癌症， 也是做类似的数据分析，看看是不是CAF
35410编辑于 2023-11-26 - 来自专栏生信技能树
任意单细胞转录组的细胞通讯结果都是CAF和TAM的信号最多吧
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29300编辑于 2023-11-26 - 来自专栏生信技能树
任意单细胞转录组的细胞通讯结果都是CAF和TAM的信号最多吧
CAF和TAM的信号最多最强 a UMAP visualization of the main cell clusters in the breast TME in human scRNA-seq data 但是研究者们根据细胞亚群的生物学注释后简单的跑一个CellChat方法的细胞通讯后，发现是CAF和TAM的信号最多最强，接下来的故事就主要是湿实验验证这个细胞通讯结果，就让我有点担忧！ acc=GSE161529 大家可以试试看进行类似的基础的降维聚类分群后，人工给出来了一些常见的亚群的名字，然后跑CellChat方法的细胞通讯看看是不是CAF和TAM的信号最多最强？ 其次，需要找类似的另外的十几个乳腺癌的单细胞转录组数据集，做同样的发现看看是不是CAF和TAM的信号最多最强？ GSE225600-邵志敏-单细胞-空间单细胞-乳腺癌.pdf GSE202695-转移性乳腺癌 GSE206638-TNBC的髓系异质性 最后，延伸到其它常见的癌症， 也是做类似的数据分析，看看是不是CAF
45411编辑于 2023-11-26 - 来自专栏单细胞天地
人乳腺癌中成纤维细胞的异质性和免疫抑制微环境研究
在这里，我们表征了乳腺癌中具有不同特性和激活水平的四个 CAF 子集。两种肌成纤维细胞亚群（CAF-S1、CAF-S4）在三阴性乳腺癌（TNBC）中量的不同。 最后，与 CAF-S4 相比，CAF-S1 增强了调节性 T 细胞抑制 T 效应子增殖的能力。 结论是不同乳腺癌类型的CAF亚型数量、空间分布不一样 CAF-S1 主要和FOXP3 淋巴细胞的积累有关 分别研究不同亚群的功能。主要分析CAF 与免疫浸润的关系。 图A可以看到不同癌型的CAF-S1 聚类到一起了。通过对文献的综述CAF相关的信号通路分子，mapping到图D 。鉴定出CAF-S1高表达的基因，在免疫调节方面有作用。 CAF-S1 促进调节T细胞分化和活性，CAF-S4 没有这些功能 接着看到CAF-S1,CAF-S4 对 CD25+FOXP3+ T 分化的影响。
1.6K30编辑于 2022-03-14 文献分享---通过单细胞空间多组学揭示的癌症相关成纤维细胞的保守空间亚型和细胞邻域（visium、Xenium、CODEX、CosMx、MERSCOPE）
不同的CAF表型亚型，包括肌纤维母细胞性CAF（myCAF）、炎性CAF（iCAF）、抗原呈递CAF（apCAF）和其他不太常见的亚型已经使用先进的分子谱分析技术鉴定，例如单细胞RNA测序（scRNA-seq 计算每个CAF半径80 mm内的细胞组成，称为“相邻向量”，使用非负矩阵分解（NMF）进行空间模式提取，我们确定了四种空间上不同的CAF亚型：s1-CAF，s2-CAF，s3-CAF和s4-CAF。 每个CAF亚型表现出不同的空间组织模式，邻域细胞组成，和相互作用网络。四个空间上不同的CAF亚型，CAF在癌症中的空间组织异质性。 结果4、不同癌症类型CAF的保守空间亚型和细胞邻域使用NMF方法提取CAF空间模式，量化相关CAF邻域内的细胞类型和状态组成。 共定位分析揭示了一致的CAF空间分布模式，包括CAF与癌细胞的共定位，类似于s1-CAF的空间分布; CAF与巨噬细胞的共定位，类似于s3-CAF;以及CAF在LA/TLS内的共定位，类似于s4-CAF
35120编辑于 2025-03-31单细胞空间多组学揭示肿瘤相关成纤维细胞的保守空间亚型和细胞邻域-空间细胞亚群细分代码实现
背景介绍 CAF 是肿瘤微环境中的关键成分，能够通过细胞间相互作用影响免疫逃逸、药物耐受和转移。然而，CAF 的空间异质性与其生物功能尚未完全理解。 空间模式提取与亚型命名 以80 µm半径定义CAF邻域，构建“邻域向量”。采用非负矩阵分解（NMF）提取空间模式，识别出四个空间CAF亚型：s1-CAF、s2-CAF、s3-CAF、s4-CAF。 各亚型的空间分布特征 s1-CAF：紧邻癌细胞，44.8%邻域为癌细胞。 s2-CAF：位于基质区，33.9%邻域为基质细胞。 s3-CAF：靠近血管的髓系富集基质微环境，35.9%邻域为髓系细胞。 CAF空间亚型识别流程 步骤一：定义邻域构成向量 以 CAF 为中心，设定一定半径（如 80μm），统计其邻域细胞类型比例，构建 CAF × cell type 的矩阵 步骤二：使用非负矩阵分解（NMF caf_coords = coords[caf_mask] for i, idx in enumerate(caf_indices): center = coords
41000编辑于 2025-07-20- 来自专栏用户7627119的专栏
利用单细胞转录组研究发现促进胆管癌生长的癌症相关成纤维细胞亚群
本文研究了CAF在肝内胆管癌(ICC)中的功能作用，通过遗传谱系追踪、单细胞RNA测序和配体-受体分析发现肝星状细胞(HSC)是CAF的主要来源，而HSC来源的CAF是与肿瘤细胞相互作用的主要亚群。 利用TdTom标记HSC，发现在四个ICC的模型中，85％–95％Col1a1-GFP+CAF和85％–93%aSMA+CAF被标记，表明了CAF的HSC来源。 HSC源性的CAF促进ICC增长 为了阐明CAF在ICC中的功能，在小鼠模型中耗竭HSC-CAF或aSMA+CAF，可使CAF降低多达85％，同时纤维化程度降低。结果发现耗竭CAF会抑制ICC的发展。 通过scRNA-seq分析了鼠CAF和人CAF，发现了富集炎症和生长因子的CAF(iCAF)、myCAF以及表达PF/间皮标记物的间皮CAF(mesCAF)亚群。 结 论 该研究确定了ICC中CAF的来源和功能，并发现了不同的CAF亚群，这些CAF亚群可通过不同的介质促进ICC的生长。因此，CAF及其介质可作为ICC的治疗靶点。 参考文献 1.
1.9K20编辑于 2022-09-21 文献复习--单细胞空间多组学揭示癌症相关成纤维细胞的保守空间亚型与细胞邻域结构
s2/s3-CAF邻域：Tstr细胞比例分别增加2.1倍和2.9倍，其中s3-CAF邻域占比最高。 巨噬细胞的表达谱在不同CAF邻域中同样呈现差异：s1-CAF邻域：巨噬细胞高表达IL15RA和IL32s3-CAF邻域：显著上调CCR1、CCL18、CCL3L3、CCL3等趋化因子），以及CD163、 其空间分布特征包括：s1-CAF邻域：CAFs形成致密"屏障"阻隔浆细胞与肿瘤细胞接触s2-CAF邻域：浆细胞与CAFs在基质微环境中紧密共定位s4-CAF邻域：浆细胞与CAFs共定位于TLSs外层，可能介导浆细胞向肿瘤组织的迁移这些发现揭示了 结果7、基于COMET技术的空间CAF亚型及组织结构模式验证COMET检测结果在LUAD和PDAC中均验证了四种空间CAF亚型及其邻域细胞组织模式的存在。 结果8、基于CODEX与IMC技术的空间CAF亚型验证及临床关联性分析为探究空间CAF亚型的临床意义，分析了CODEX和IMC两个公共数据集。
51820编辑于 2025-07-14- 来自专栏单细胞天地
HCC微环境中肿瘤免疫屏障的鉴定及其对免疫治疗效果的决定作用
CAF/SPP1+Macrphage细胞相互作用 A: 对Fibroblast进行细胞亚群注释； B: CAF在Tumor中的比例显著高高于Normal; C: 在TCGA-LIHC数据集中，CAF在Tumor SPP1/CAF中显著高; G/H: 根据scRNA-seq数据，用SPP1+Macrophage top20的基因作为基因集，对每个spot进行打分,，发现在SPP1/CAF中显著高; L: 病人1的 ST数据中，CAF和SPP1+Macrophage 对应的spots中，CAF和SPP1+Macrophage得分的相关性。 M: CAF/SPP1+Macrophage spot的差异基因的代谢通路，与细胞外基质重塑相关； 利用NicheNet做CAF/SPP1+Macrphage之间的细胞通讯分析 附图 A: SPP1+ 将CAF top20的受体的平均表达量，映射到ST切片中。 Q: SPP1+Macrophage top20的配体基因，和 CAF top20的受体基因的平均表达量，在ST分组中的热图展示。
1K11编辑于 2023-11-14 文献分享--食管癌发生的单细胞多阶段空间演化图谱（Xenium）
结果4、来自HGIN期的侵袭性上皮细胞和临近CAF的CAF-Epi niche形成NF（normal fibroblasts）密度在LGIN、HGIN和ESCC中保持稳定，广泛分布于肌肉层中，在NOR 比较了在离上皮细胞每10 mm的距离处总成纤维细胞中CAF的比例，并揭示了当离上皮细胞的距离从91-100 mm缩小到1-10 mm时，CAF的比例显著增加。 使用scRNA-seq数据的细胞间通讯分析揭示了从侵袭性上皮细胞到CAF的相互作用比从分化细胞到CAF的相互作用显著更强。这些结果表明，在HGIN出现的侵袭性上皮细胞已经可以将NF激活为CAFs。 侵袭性上皮细胞和CAF的空间共定位在促进和维持CAF-Epi niche的形成中起着关键作用，早在HGIN就开始了。 结果6、CAF-Epi niche在肿瘤区域形成免疫隔离微环境在肿瘤边缘处的CAF-Epi niche周围形成了致密的纤维化ECM此外，分析鉴定了类似的CAF-Epi niche，并且其在HNSC中诱导
24620编辑于 2025-03-13- 来自专栏文献阅读
Xenium最新文章 | 空间转录组揭示食管癌多阶段空间演化图谱
CAF-Epi微环境形成机制研究团队进一步探讨了CAF-Epi微环境的形成机制。他们发现，侵袭性上皮细胞通过JAG1-NOTCH1信号通路招募和激活成纤维细胞，形成CAF-Epi微环境。 JAG1-NOTCH1信号通路作用JAG1-NOTCH1信号通路在CAF-Epi微环境形成过程中发挥了关键作用。 这些趋化因子能够招募和激活成纤维细胞，形成CAF-Epi微环境。CAF激活与微环境重塑在CAF-Epi微环境中，CAFs表现出高度的激活状态，并分泌大量的ECM成分和生长因子等分子。 CAF-Epi微环境的临床潜力研究团队还探讨了CAF-Epi微环境在临床上的应用潜力。他们发现，CAF-Epi微环境相关分子的表达水平与食管癌患者的预后密切相关。 CAF-Epi生态位的发现，为开发靶向JAG1-NOTCH1通路的新型疗法奠定了基石。未来，结合人工智能与多模态数据，有望实现从图谱到疗法的跨越，真正迈向个体化抗癌新时代。
47210编辑于 2025-05-29 - 来自专栏生信宝典
癌中之王：基质微环境塑造胰腺癌瘤内结构|Cell
CAF细胞之间的互作。。。） -3）和mCherry CAF细胞系（CAF-1）来分离每种细胞；以不同比例（50:50,30:70和10:90 PDAC:CAF）共培养PDAC细胞和CAF 72h后，进行scRNA-seq测序；作者发现一组 (2) CAF条件培养基（CAF-CM）（其实就是CAF分泌的因子）对不同的PDAC细胞系的PRO和EMT表型的影响;作者发现在三种不同的CAF-CM中均发现了相对较高的PRO和EMT表型的细胞，并且作者在免疫缺陷小鼠中注射入不同比例 PDAC-3和CAF细胞组成的胰腺原位肿瘤，并使用体内荧光素酶成像进行体内观察，发现10:90 PDAC：CAF肿瘤中原发肿瘤生长明显更快（4周时与对照组相比大7.9 3），但在30:70 PDAC：CAF (4)CAF分泌的转化生长因子b（TGF-β）驱动PDAC细胞系中的DP表型;作者对无血清CAF-CM和无血清PDAC-CM进行了质谱分析并比较了CAF和PDAC分泌蛋白组学，发现TGF-β1是PDAC
2K20发布于 2019-06-17 - 来自专栏生信菜鸟团
文献阅读：多种病理类型肾细胞癌的scRNA 测序揭示新的潜在肿瘤特异性标志物
CAF 2、CAF 3 和 CAF 4 表达与上皮相关的标志物，尤其是表达KRT8和KRT18（图 6B）。这些 CAF 可能是上皮间质转化 (EMT) 并保留上皮特征。 在 ccRCC 中发现了两个表达 CAF 标志物ACTA2 和TAGLN的 CAF亚群（图 6E）。 CAF 1 高表达ACTA2和TAGLN，而CAF 2 特异表达SFRP2、MMP2、TGFBI和TNC。TGFBI编码转化生长因子-β，它是 CAF 的重要分泌物。 肿瘤细胞与 CAF 和免疫细胞中的配体受体的相互作用发现了 2 型 pRCC 和 CAF 之间密切关系的特征 作者计算肿瘤细胞和 CAF/免疫细胞之间的配体-受体相互作用评分。 使用免疫染色对 CAF 进行可视化，以了解 CAF 在 2 型 pRCC 中的空间位置。它们位于肿瘤细胞周围（图 9D）。CAF 的空间位置可能有助于它们与肿瘤细胞的相互作用。
1.2K40编辑于 2022-05-24 嚼槟榔下的空间转录+代谢景观改变
CAF1在转录模式和空间分布上与pEMT相似，但与CAF2存在显著差异，这表明CAF1代表了C2中经历EMT并获得成纤维细胞(间充质)样表型的肿瘤细胞亚群，而CAF2是由OSCC细胞诱导和募集的邻近非癌组织中的 CAF2。 为了进一步验证这一假设，我们对具有ppt、CAF1和CAF2特征的点进行了无监督主成分分析(PCA)。PCA结果显示，pEMT细胞更接近CAF1细胞，而CAF2则表现出显著的转录差异。 利用配体受体分析算法CellPhoneDB，对四种类型的细胞(上皮细胞、免疫细胞、CAF1细胞和CAF2细胞)进行了配体-受体相互作用分析。 然而，尽管在肿瘤细胞、CAF1和CAF2细胞中存在显著表达的配体受体对(如GRN/SORT1、PLA2G2A/a5b1复合体)，但CAF1和CAF2细胞之间缺乏空间接近性。
44220编辑于 2024-04-10今日课题---人类胰腺癌中repeat RNAs对细胞可塑性的破坏
CAF从myCAF到iCAF表型的过渡状态。 含有repeat RNAs的EVs诱导PDAC和CAF细胞的细胞状态失调EVs提供了在TME中不同细胞类型之间传递repeat RNA的载体，驱动PDAC-CAF细胞串扰，调节细胞可塑性和肿瘤内异质性。 为了研究重复RNA对CAF亚型的动态变化，对转染了IVT HSATII ssRNA的三种CAF细胞系进行了scRNA测序。 数据表明，在单细胞空间转录组学中观察到，repeat RNA species之间CAF细胞状态从myCAF到iCAF的共同改变。 repeat RNAs足以改变CAF细胞身份，并提供细胞外部信号，促进PDAC EMT。
31420编辑于 2024-10-14
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