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Bioconductor：GEOquery包
本文介绍GEOquery这个包，官方教程地址： http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GEOquery/inst/doc 转化为 BioConductor的 ExpressionSets 和 limma MALists对象 GEO数据集(与其他一些GEO实例不同)非常类似于LIMMA数据结构的MAList对象和BioBase 原文地址： http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GEOquery/inst/doc/GEOquery.html
7K12发布于 2020-06-17 - 来自专栏生信技能树
R语言公益课程之bioconductor
接下来带来的是R包集合Bioconductor及高通量数据处理中数据呈现、输入输出以及大家比较关注的注释的代表性R包介绍。 Bioconductor用于分析和理解高通量基因组数据；其在统计上有严谨的方法对设计的实验进行微阵列预处理和分析，并且对生物信息学处理有综合和可重复的方法而获得了很高的可信度。 Bioconductor现含749+R包，包用于表达和其他微阵列、序列分析、流式细胞术、成像和其他领域。 ?
1.1K31发布于 2020-05-25 - 来自专栏单细胞天地
Bioconductor就够用了
最近，bioconductor团队出版了一本电子书，其整合了其网站上关于单细胞的R包并制定了一套常规的分析流程包括分析，可视化，导入导出。 不仅如此，前三章还分别教你如何下载使用R，使用bioconductor网站以及如何设计单细胞实验，对初学者很友好了，哪怕你对R语言一窍不懂，也能跟着走完流程。 《Orchestrating Single-Cell Analysis with Bioconductor》 1.简介 1.1 能学到什么？ 2.R与Bioconductor(for beginner) 因为这本书关于单细胞分析的软件都是用R写的。如果对R完全不了解，你也不知道做出来的到底什么鬼，所以还是简单的介绍一下必备的背景吧。 大陆的孩子一言难尽) 以及bioconductor P.S 最近bioconductor容易出现联网失败的问题，具体的解决方法见Jimmy老师的推文【紧急通知】下载R包却联网失败？
2K40发布于 2020-04-27 - 来自专栏生信技能树
BiocManager安装R包失败——Bioconductor version cannot be validated
BiocManager安装R包失败——Bioconductor version cannot be validated; no internet connection 目录 前言1. 报错内容2. 报错内容 这次的报错主要是： Error: Bioconductor version cannot be validated; no internet connection? 解决方案 在安装前运行一句代码： options(BIOCONDUCTOR_ONLINE_VERSION_DIAGNOSIS=TRUE) 这个是设置了：让Bioconductor通过联网去验证版本。 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor ") options(BIOCONDUCTOR_ONLINE_VERSION_DIAGNOSIS=TRUE) ## 设置下载方式 options("download.file.method"="libcurl
16.7K21编辑于 2023-02-27 - 来自专栏BioIT爱好者
Bioconductor 中的 R 包安装教程(续一)
安装新版本的 Bioconductor R 包 Bioconductor 是与特定版本的 R 绑定的，正常来说当 Bioconductor 的包都来自同一版本时，它们的效果最佳。 开发的，在低版本的 Bioconductor/R 中直接执行BiocManager::install("package")，安装得到的 package 版本默认是与当前版本 Bioconductor/ 以 DiffBind 包为例，DiffBind==3.4.0 是基于 Bioconductor==3.14（对应 R-4.1）开发的；我们在 Bioconductor==3.13（对应 R-4.0）中执行 > source("https://bioconductor.org/biocLite.R") Bioconductor version 3.6 (BiocInstaller 1.28.0), ? https://bioconductor.org Using Bioconductor 3.6 (BiocInstaller 1.28.0), R 3.4.3 (2017-11-30).
8.9K10发布于 2021-11-26 - 来自专栏生信技能树
bioconductor有新的镜像选择啦（西湖大学）
'getOption("repos")' replaces Bioconductor standard repositories, see 'help("repositories", package = ； 试开URL’https://bioconductor.org/packages/3.17/data/annotation/src/contrib/pd.hg.u133a.2_3.12.0.tar.gz 我们的马拉松助教团队给大家整理了这个问题： 根据 Bioconductor 的安排，在 5 月 15 日，3.18 及此前版本的相关数据已经被归档，并从其同步来源中被移除。 官方网站，发现bioconductor有新的镜像选择啦，如下所示的设置： options(BioC_mirror="https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor 但是这个并不是一劳永逸的解决方案，因为西湖大学也有可能会把 bioconductor的 3.18以 及此前版本的相关bioconductor包文件数据归档，并从其同步来源中被移除，为节约镜像站磁盘空间。
11.1K22编辑于 2024-05-27 - 来自专栏生信小王子
专属于六倍体小麦的Bioconductor注释包
做小麦的同学赶快下载下来试一下吧~ 参考资料： Bioconductor的注释包太旧怎么办？自己做呀 https://www.jianshu.com/p/77246ff36214
1.8K51发布于 2020-08-10 - 来自专栏生信技能树
甲基化芯片的3种bioconductor包有什么区别
但是实际上甲基化芯片才是最高频的产品，在人类研究领域主要是27k, 450k, 850k 以及最新的925k，而成熟的芯片早就有一系列公共资源在Bioconductor网页里面。 丰富的生物信息学工具包：Bioconductor 提供了大量的 R 语言工具包，涵盖了各种生物学领域，包括基因表达分析、蛋白质组学、代谢组学、表观基因组学等。 标准化的数据结构和格式：Bioconductor 提供了标准化的数据结构和格式，有助于不同工具包之间的数据交互和整合。 强大的统计和分析工具：Bioconductor 包含了一系列强大的统计和分析工具，能够满足生物学研究中复杂数据的需求。 整合多种数据类型的能力：由于涵盖了多个领域的工具包，Bioconductor 有助于整合不同类型的生物学数据，如基因表达数据、DNA甲基化数据、蛋白质质谱数据等。
57810编辑于 2023-11-30 - 来自专栏生信技能树
一个bioconductor包居然发在了cancer research杂志
最近在刷bioconductor包，无意中跳转到了一个文章， 标题是：《Software for the Integration of Multiomics Experiments in Bioconductor 其bioconductor 链接是：https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/MultiAssayExperiment.html 定义了一个数据结构 下面是一些单细胞转录组R包的对象的介绍： ExpressionSet Bioconductor的ExpressionSet是基石，多次讲解过，GEO数据库在R里面下载的就是这个对象。 ? 而单细胞转录组本质上也是转录组，即表达量矩阵的分析，所以后面的R包的对象，其实或多或少借鉴了这个Bioconductor的ExpressionSet对象。 # 参考 https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/scater/inst/doc/vignette-intro.R sce <-
69511发布于 2021-05-27 - 来自专栏单细胞天地
OSCA单细胞数据分析笔记-2—R与Bioconductor
对应原版教程2-3章 http://bioconductor.org/books/release/OSCA/ （对R基本了解的读者可跳过这一节） 1、简介 R语言是生信人最熟悉的编程语言之一，其核心在于有上万个 CRAN 二是Bioconductor(https://bioconductor.org/)，为生信人建立的R包库。其主要包含了许多专门用于分析某一类生信数据的包。(当然也包含一些数据包) ? Bioconductor 2、基础操作 2.1 设置镜像 提高下载安装包的速度。 的包：BiocManager::install()；其中BiocManager是管理下载Bioconductor包的包，::表示引用该包的函数，install()就是下载包的函数。 方式3：CRAN/Bioconductor的官网里的该包出处。其中如作者所说，Bioconductor对开发包人员所提供的帮助文档有更严格的要求 ?
1.2K10发布于 2021-04-16 - 来自专栏生信技能树
Bioconductor的质谱蛋白组学数据分析
这篇跟之前的一篇博文Bioconductor的DNA甲基化芯片分析流程一样，主要简单的记录下如何基于bioconductor的R包对蛋白组质谱数据进行分析。 还好biocondutor将蛋白组质谱数据分析相关的R包做了总结，如上述那篇文章，我也正好来学习下 安装 首先是这篇教程相关R包的安装，以常规的bioconductor包安装方式即可，PS.记得换源（如中科大
4.5K51发布于 2018-06-11 - 来自专栏LN生物笔记
生信 | 利用Bioconductor包注释探针，进行探针ID转换
1.安装GPL相应的R包 （1）得到GPL对应R包的名称 不同的GPL进行注释所需要用到的R包是不同的，我们首先要明白我们的GPL应该用什么R包 方法一：通过Bioconductor官网进行检索 去Bioconductor
3.1K30编辑于 2023-02-23 - 来自专栏生信技能树
一个包的升级居然造成bioconductor如此大的破坏
以前从来不报错的 org.Hs.eg.db 类似的bioconductor包，这两天居然各个交流群都有人在问它！ bioconductor 的包主要是生物信息学相关 众所周知，发布在bioconductor的包主要是生物信息学相关，在官方可以看到其主要是分成3类： 软件方面的包（包括各种芯片数据处理，NGS数据处理 不过，bioconductor除了罗列这3种包，还给了一些其它资源，比如： S4对象的讲解(这个是综合性质的讲解，因为bioconductor系列的包的基础就是一系列对象及函数，需要细致的讲解) 分析流程的讲解 ImmunoOncologyWorkflow (14) ProteomicsWorkflow (2) ResourceQueryingWorkflow (2) SingleCellWorkflow (2) 其它学习资源收集与翻译( bioconductor
68920发布于 2021-04-29 - 来自专栏生信技能树
都不需要正式发布在bioconductor的包也可以发文章了
众所周知，发布在bioconductor的包主要是生物信息学相关，在官方可以看到其主要是分成3类： 软件方面的包（包括各种芯片数据处理，NGS数据处理，差异分析等等！） 不过，bioconductor除了罗列这3种包，还给了一些其它资源，比如： S4对象的讲解(这个是综合性质的讲解，因为bioconductor系列的包的基础就是一系列对象及函数，需要细致的讲解) 分析流程的讲解 ImmunoOncologyWorkflow (14) ProteomicsWorkflow (2) ResourceQueryingWorkflow (2) SingleCellWorkflow (2) 其它学习资源收集与翻译( bioconductor 牵头的一些网络公开课或者研讨会) 以前看到这些资源的时候，发现每个bioconductor都是一篇生物信息学文章， 那个时候还在诧异，这科研文章都这么容易的吗？ //bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-021-04028-4 其实就是一个生物信息学包，也就是说都不需要正式发布在bioconductor
50320发布于 2021-04-29 - 来自专栏sci666
R的bioconductor包来批量得到芯片探针与gene的对应关系
一般有三种方法可以得到芯片探针与 gene 的对应关系： （1）金标准是去基因芯片的厂商的官网直接下载 （2）从 NCBI 里面下载文件来解析 （3）直接用 bioconductor 包。 其中前两种方法都比较麻烦，所以接下来要讲的是： 如何用 R 的 bioconductor 包来批量得到芯片探针与 gene 的对应关系。 一、说明 1 、一般重要的芯片在 R 的 bioconductor 里面都是有包的，用一个 R 包可以批量获取有注释信息的芯片平台，选取了常见的物种。 2、 通过探针矩阵查找注释平台信息（GPL6244），根据平台信息在 jimmy 博客中搜索 bioconductor 中包含关系所对应的包(http://www.bio-info-trainee.com
3.1K10发布于 2019-07-20 - 来自专栏生信技能树
去波士顿与李恒大佬一起参加bioconductor的2023会议吧
使用R语言做生物信息学数据分析的小伙伴应该是对bioconductor并不陌生了，绝大部分专业内的数据处理包都是在bioconductor而不是在cran，所以大家不能是使用常规的 install.packages 比如： # https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html if (! Multiomics Experiments in Bioconductor》的文章，其bioconductor 链接是：https://bioconductor.org/packages/release 关于bioconductor的2023会议 bioconductor每年的会议都是非常好的生物信息学教程，2023的8月初会在大名鼎鼎的 Boston, MA, Dana Farber Cancer Institute ： 李恒大佬 而且历年会议资料，包括PPT和录屏都会在bioconductor的官网公开：https://www.bioconductor.org/help/course-materials/
98420编辑于 2023-02-27 - 来自专栏生信技能树
R包安装大全-番外篇一
/biocLite.R") biocLite("SingleCellExperiment") Bioconductor version 3.5 (BiocInstaller 1.26.1), ? biocLite for help A newer version of Bioconductor is available for this version of R, ? BiocUpgrade for help BioC_mirror: https://bioconductor.org Using Bioconductor 3.5 (BiocInstaller 1.26.1 看到了升级选项： biocLite("BiocUpgrade") > source("https://bioconductor.org/biocLite.R") Bioconductor version biocLite for help > biocLite("SingleCellExperiment") BioC_mirror: https://bioconductor.org Using Bioconductor
2.1K80发布于 2018-03-09 - 来自专栏生物信息与临床医学专栏
R语言入门之R包的安装
通常来说，R包的安装主要有四种方法，包括：1）从R语言官网上直接下载相关R包并安装；2）从Bioconductor上下载R包并安装；3）从Github上下载R包并安装；4）手动安装R包。 2）如果所要下载的R包不在R语言官网上，那它极有可能在Bioconductor或者Github上，可以先登录Bioconductor官网（http://www.bioconductor.org/）搜索相关 搜索到后先查看其相关用途，再进行如下安装： install.packages('BiocManager') library(BiocManager) install('edgeR') 这里需要注意的是，下载Bioconductor 3）接下来便是安装源自Github（https://github.com/）的R包了，它的步骤和安装源自Bioconductor的R包类似，需要先安装devtools包，然后用devtools包里的install_github
4.5K30发布于 2020-08-06 - 来自专栏生物信息学
设置国内的源加快R包下载速度
c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))) 通过 getOption("repos") 命令可以知道目前的镜像网站是哪里的 2 修改 bioconductor 的安装源 绝大部分的生物信息相关的R包（如DESeq2, limma, clusterProfiler）都在 bioconductor，并不在官方的源里面，所以通过 install.packages( quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("DESeq2") 同样，使用option命令修改bioconductor 的源为国内源，就再也不用忍受bioconductor 的龟速了，代码如下： options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor
6.3K30发布于 2020-04-14 - 来自专栏生信技能树
如果这个R包真的不存在了肿么办
报错信息如下： BiocManager::install('IlluminaHumanMethylation450k.db') #Bioconductor version 3.9 (BiocManager 学员来求助于我，下意识的我会检查他的R或者bioconductor版本，然后看是不是R包名字输入错误。 版本是：Bioconductor version 3.9 (BiocManager 1.30.4), R 3.6.1 (2019-07-05) 看起来没有问题，R包名字我也谷歌搜索了：https://www.bioconductor.org 但是我注意到了一行字： Home Bioconductor 2.12 Annotation Packages IlluminaHumanMethylation450k.db IlluminaHumanMethylation450k.db 也就是说，这个包是被删除了，在 https://bioconductor.org/about/removed-packages/ 可以看到是很早之前，就被删除了。
1.7K30发布于 2019-09-18
腾讯云开发者
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