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binning分箱
一、什么是 binning？ 在宏基因组分析中，由于是混合微生物的测序，通过聚类的方法，将相同的微生物聚成一类，这个过程就是 binning。通过 binning，可以从菌落中提取到“单菌基因组”。 二、binning 分类 按 Binning 的对象不同，可分为 3 种，即基于 reads、contig、gene 三种。通常 contig 的 binning效果比较好。 三、binning 原理 按 Binning 的方法，也可分为 3 种，即基于核酸组成、丰度、同时基于核酸组成和丰度。 四、binning 软件 做 binning 的软件有很多中，目前主流的包括 MaxBin 2.0， MetaBAT, CONCOCT 等。
1.4K20编辑于 2023-02-24 - 来自专栏ISP图像处理相关
sensor binning
Signal是简单的增加，Noise是以均方根形式增加 例如：2*2的binning模式中，signal增加4倍，noise增加\sqrt4倍，so SNR增加2倍。 sony sensor 每个pixel是10bit的，4个10bit的 binning后输出一个12bit数据 signal data S is： S = S_{10} + S_{10} + S_{10 Binning是将相邻pixel（相同颜色）感应的电荷加在一起，以一个pixel的模式读出。 1、电荷域的N个pixel做binning，signal放大N倍，readout noise 减少，所以 S/N差不多增加N倍。 比如800w pixels 的sensor，良好光照环境下，输出800w 10bit数据，低照环境下做2x2的binning，输出200w 的12bit数据较之前会有信噪比的提升，若输出10bit数据
1.4K12编辑于 2022-01-14 - 来自专栏linux驱动个人学习
Camera Binning Mode
Camera Binning Mode：像素合并模式，将相邻的像素单元电荷通过物理的方法叠加在一起作为一个像素输出信号； 水平方向Binning: 同列相邻行的电荷叠加 垂直方向Binning: 同行相邻列的电荷叠加 采用这种方式,相邻的像元中感应的电荷被加在一起,以一个像素的方式读出.B Binning分为水平方向Binning和垂直方向Binning. 0 Binning Mode 优势：增加感光面积，提高暗处对光感应的灵敏度 ； Binning Mode 劣势：降低输出分辨率； 应用：增加物理感光像素单元，采用像素合并模式，提升暗处对光感应的灵敏度； ?
1.5K21发布于 2019-05-25 - 来自专栏极客慕白的成长之路
数据分箱技术Binning
数据分箱技术Binning 数据分箱就是按照某种规则将数据进行分类。就像可以将水果按照大小进行分类，售卖不同的价格一样。
1.5K20发布于 2020-01-02 - 来自专栏微生态与微进化
宏基因组binning原理
宏基因组binning也即将序列进行聚类、分装，是根据基因组特征以及组装信息等将属于不同基因组的序列分离开来的过程。 目前已发表的宏基因组关联分析（MWAS）和多组学联合分析文章中，宏基因组binning很多都用genes binning方法，尤其是疾病的MWAS研究中基本都用genes binning[4]。 这种方法的优势是基于genes丰度变化模式进行binning可操作性比较强，过程比较简单，可复制性强，对计算机资源消耗比较低。 contig binning目前应用十分广泛，最常用的就是用于组装单物种基因组，目前已经有多种基于contig binning的软件[1]，对于丰度较高的物种contigs binning效果较好，但是目前也有些缺陷或者说还有很多可提升的空间 binning结果对于参数设置是很敏感的，但是很多binning软件只有有限的可调整的参数，这使得想要获得高质量的bins经常需要手动调整。
1.5K20编辑于 2022-05-05 - 来自专栏微生态与微进化
宏基因组binning：MetaBAT
基于reads比对注释的物种binning可以获得宏基因组微生物群落的物种组成信息，但无法获得组成物种的基因组。 要获得这些基因组数据，还需要基于不同基因组的特征对拼接的contigs进行binning。 目前基于contigs binning的方法使用非常广泛，也已经开发了多种软件，其中最高引用次数的两款为MaxBin和MetaBAT。 这两款软件均支持使用多样本拼接的contigs来提高binning的成功率，也即根据contigs在多个library中丰度的相关性（co-abundance pattern）来进行聚类。 MetaBAT使用修改的k-medoids聚类算法进行迭代binning。
1.9K30编辑于 2022-05-05 - 来自专栏科技记者
宏病毒组binning工具—— vRhyme教程
Hello，Hello小伙伴们大家好，好久没有给大家更新微信公众文了，最近小编在学习宏病毒组，其中一个和宏基因组类似的过程——binning，然后和宏基因组binning不同是，目前宏基因组binning 工具数目众多，宏病毒组binning工具数目稀少，今天小编为大家介绍一款宏病毒组binning工具—— vRhyme。 --bin_size 每个binning中包含最小scaffold数量 默认为2。 --iter binning算法的迭代次数，范围 10-20 默认为20。 --red 每个binning中冗余蛋白的最大数量 默认为50，表示宽松，运行binning存在yi定的污染。 --cov 某个样本中scaffold最低覆盖度 默认为0.8。 ，跳过binning流程 默认为关闭。
1K10编辑于 2025-02-28 - 来自专栏完美Excel
Pandas基础：使用Cut方法进行数据分箱（Binning Data）
有时候，我们需要执行数据分箱操作，而pandas提供了一个方便的方法cut可以实现。
5.1K20编辑于 2022-06-04 - 来自专栏用户3288143的专栏
【数据分析可视化】数据分箱技术Binning
分箱：抽象理解为苹果根据大小不同分级分箱 import numpy as np import pandas as pd from pandas import Series,DataFrame # 模拟成绩分箱 score_list = np.random.randint(35, 100, size=20) score_list array([93, 35, 83, 44, 56, 62, 37, 86, 44, 82, 49, 91, 49, 82, 53, 89, 47, 56, 38,
1.3K20发布于 2020-07-07 - 来自专栏完美Excel
pandas基础：使用between方法进行数据分箱（Binning Data）
获取分箱数据的一种更简单的方法是使用pandas的cut方法，具体参见：《Pandas基础：使用Cut方法进行数据分箱（Binning Data）》。
3.8K20编辑于 2022-06-04 - 来自专栏ISP图像处理相关
ISP之图像降分辨率
图、开窗效果 2.2 binning binning是将多个相邻像元响应累加，以一个像素的形式输出，灰度和RGB sensor均可使用。一般sensor不支持这种模式，需要前端自己做。 1、binning分为水平binning和垂直方向binning，可以独立配置，当水平binning配置为2时，图像分辨率行数减半，列数不变，像素总数为原始分辨率的50%。 2、binning分为求和binning和求平均binning，累加处理方式不同。求和方式是将局部区域像元累加求和，求和可以提升图像亮度；求平均是将局部区域像元求平均值，求平均可以提高图像信噪比。 图、求平均binning 图、求和binning 2.3 skip skipping mode是按照一定规律，采集需要的分辨率数据，比如保留一行，丢弃一行，达到行数减半的目的。
87630编辑于 2023-06-27 - 来自专栏天意生信俱乐部
宏基因组进阶：从 Contigs 到高质量基因组草图 (MAGs) 的分箱实战
现在，我们将进入宏基因组分析中最激动人心的环节之一：基因组分箱 (Genome Binning)。 metaWRAP 的 binning 模块 可以一键并行运行这三款软件，并将它们的原始分箱结果分别存放在独立的文件夹中。这种“集思广益”的策略是获得高质量 MAGs 的第一步。 模块 metawrap binning \ -o S1_BINNING \ -t ${THREADS} \ -a ${CONTIGS} \ --metabat2 --maxbin2 -t ${THREADS} \ -A S1_BINNING/metabat2_bins/ \ -B S1_BINNING/maxbin2_bins/ \ -C S1_BINNING } \ -b S1_BINNING/BIN_REFINEMENT/metawrap_50_10_bins/ # 参数解释: # -o: 指定质量评估结果的输出目录。
1K10编辑于 2025-09-30 - 来自专栏科技记者
文献解读-基于多种组装与 binning 工具的二代与三代宏病毒组比较评测：解析肠道病毒基因组功能特征
方法 肠道病毒组分析中选择的宏基因组组装工具与 binning 工具 本研究为选择适用于肠道病毒组（gut virome）数据的最优组装工具（assembler）和 binning 工具，在分析中共纳入了 病毒contigs binning 在组装完成后，对各样本中已识别的病毒 vOTUs 进行多覆盖度（multi-coverage）binning。 注：multi-coverage binning--binning 策略的一种优化形式。 不同 binner 的 vOTU binning 性能与偏好比较 Fig.5｜主要比较了四种 binning 工具（CONCOCT、MetaBAT、AVAMB、vRhyme）在不同组装工具生成的 vOTU 箱线图比较了 binning 前（单个 contig）与 binning 后（bin）的完整度，四种工具均显著提升了完整度（Wilcoxon 检验，p<0.001 或 p<0.0001）。 D.
64710编辑于 2025-08-15 - 来自专栏科技记者
文献解读-基于鸟枪法宏基因组测序数据构建宏基因组组装基因组（MAGs）：方法、应用、挑战与机遇
宏基因binning 宏基因组binning是指将来自同一物种甚至同一菌株的序列归为同一个基因组bin。 根据聚类的序列类型不同，binning可以分为read binning、contig binning和gene binning。近年来，contig binning已成为组装基因组bin的主要方法。 Variational Autoencoders for Metagenomic Binning（VAMB）是近年新开发的一款宏基因组binning工具。 为了进一步优化MAG质量，DAS Tool、Binning_refiner 和 MetaWRAP 等软件可以整合多种binning结果，从而提升MAG的完整度并降低污染度。 目前，通过宏基因组binning获得的MAGs主要为细菌，古菌MAGs较少，病毒序列则很难被准确binning，且容易与细菌、古菌或真核生物序列混杂。因此，古菌、病毒和真菌的MAGs相对匮乏。
1.7K10编辑于 2025-07-26 - 来自专栏科技记者
跟着NC学宏基因分析流程-冠状病毒与人类微生物组之间相互作用
文章主要内容是作者使用六个研究机构已经发表的宏基因组二代测序数据，从514个来自于COVID-19患者的鼻腔与粪便样本，通过宏基因组装和binning技术共获得11584个MAGs（metagenome-assembled 数据分析方法: 1.宏基因的组装与binning 作者使用宏基因分析流程MetaWRAP对原始测序数据进行处理，MetaWRAP是是一款整合了质控、拼接、分箱、提纯、评估、物种注释、丰度估计、功能注释和可视化的分析流程 模块对原始数据进行质控和去除宿主污染； 2）使用metaWRAP-Assembly模块中的metaSPAdes工具对去除污染后的数据进行组装； 3）使用MaxBin2、metaBAT2和CONCOCT软件进行binning ，并使用bin_refinement模块对binning结果进行提纯，最后用CheckM评估结果的污染率与完整度。 学习心得 文章通过使用公共数据库中的测序数据，对宏基因组原始下机数据进行组装和binning，结合统计学和机器学习算法对数据进行个性化的挖掘，并且在GitHub（https://github.com/Owenke247
1.5K50编辑于 2023-01-11 - 来自专栏腾讯技术工程官方号的专栏
GPU 性能原理拆解
移动端的 GPU 现在都是 TBDR 架构，分为两个 Pass：Binning Pass 和 Rendering Pass。 相比于 PowerVR 的 HSR，LRZ 由于是 binning pass 做的，可以减少 Rasterization 的开销。 第二次 VS 的执行，Mali 是在 binning 阶段，称为 "Varying Shading"，只执行非 Position 的那部分逻辑。 在 iOS 中只在 binning pass 阶段执行一次 VS，render pass 只执行 PS。 但是对于移动端来说，由于 binning pass 的 LRZ 已经做了类似的事情，因此移动端的 Opaque 物体是没必要做这个事情的。
1.5K11编辑于 2024-08-08 【ISP】提升工业相机图像亮度，改善画面暗
提升亮度可以使用binning、gamma等算法。 binning使用求和模式提升亮度，但是会减少图像分辨率，例如使用2X2求和binning，分辨率为使用前的1/4。 提升图像亮度的方式有很多，但每种方式几乎都伴随着不利的影响,如: 1、优先调节曝光时间，但是曝光时间过长会影响检测效率，且检测物体移动的话会有拖影； 3、相比数字增益，先调高模拟增益，会出现更多的噪声； 3、用Binning
16010编辑于 2026-01-14- 来自专栏量化投资与机器学习
Quant面试『真题』系列：第三期
Two methods, referred to as binning and smoothing, are often used for noise removal. Binning The method of binning divides the data into time intervals of size denoted by , etc. Moving-Average Smoothing Moving-average methods reduce the loss in binning by using overlapping bins, As in the case of binning, averages are computed over windows of the time series.
1.3K10编辑于 2022-06-08 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
空间转录组学: 计数矩阵 定量
大致都要经历下面四步： 条形码解析（Barcode Deconvolution） 读段比对（Read Alignment） 过滤与质控（Filtering and QC） 计数与分箱（Counting and Binning 为了让数据不那么稀疏、分析更顺畅，绝大多数平台会再做一步“合并spot”（binning）：把相邻的 n × n 个小方格（n 常取 20、50、100 或 200，取决于原始spot有多密）里的读段数加在一起 如果平台的spot比组织里的细胞还小，我们还能把 binning 做到真正的“单细胞级”。
23800编辑于 2025-07-29 - 来自专栏数据科学与人工智能
机器学习特征工程的7个技巧
离散化 原文是Binning/Converting Numerical to Categorical Variable，实际就是把连续型的数据利用Binning等方法转为离散的分类变量（Categorical
1.5K100发布于 2018-02-28
腾讯云开发者
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