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cellranger拆分BCL数据
cellranger mkfastq Illumina测序下机后的数据为 原始数据（raw base call ）BCL文件，拿到BCL文件之后，第一步是使用cellranger的cellranger 以10X提供的例子来说，需要确定输出目录，BCL文件的目录，以及一个csv文件。 cellranger mkfastq --id=tiny-bcl \ --run=cellranger-tiny-bcl-1.2.0 \ --csv=cellranger-tiny-bcl-simple-1.2.0.csv 其中id指定的cellranger mkfastq将输出目录的名称，run指的是下机的原始BCL文件目录，csv文件包含了测序
1.8K31发布于 2021-02-04 - 来自专栏张善友的专栏
微软正式发布了Microsoft.Bcl.Async
微软发布了Microsoft.Bcl.Async的最终版本,参看博客Microsoft.Bcl.Async is Now Stable。 该包由三个库组成：Microsoft.Bcl、Microsoft.Bcl.Async和Microsoft.Bcl.Build。由于使用了程序集统一的方式，解决方案中的所有工程都必须引用这三个库。 ? 微软正式发布了Microsoft.Bcl.Async的最终版本，这让.NET4里头也可以用上async/await，而不需要把项目更改为.net 4.5.
1.2K70发布于 2018-01-30 - 来自专栏BioIT爱好者
测序数据学习笔记：bcl2fastq 安装
相比二进制的 bcl2fastq2，基于 Perl 语言的 bcl2fastq-1.8.4 或许是从源码层面学习了解 Illumina 测序数据处理一个不错的选择。 源码版本的 bcl2fastq-1.8.4.tar.bz2 目前没能安装成功，这是基于 bcl2fastq-1.8.4-Linux-x86_64.rpm 的一些折腾记录。 RTA 以单个读取碱基（base call，或称 BCL）文件的形式存储碱基检出数据。测序完成后，必须将 BCL 文件中的测定的碱基转换为序列数据。此过程称为 BCL 到 FASTQ 的转换。 The bcl2fastq2 Conversion Software v2.18 can be used to convert BCL files from MiniSeq, MiSeq, NextSeq 如果你的 RTA 版本大于 1.18.54，可以考虑安装 bcl2fastq2，我在这里安装了 bcl2fastq v1.8.4 主要是想从源码层面对 Illumina 测序数据的转化作进一步了解学习。
2.4K30发布于 2021-10-15 - 来自专栏生命科学
MCE | BCL6 小分子也能发挥类 PROTAC 的功能
(BI-3812是 BI-3802 类似物，竞争性结合 BCL6 的 BTB 结构域，可有效抑制 BI-3802 诱导的 BCL6 “病灶”，但不能诱导 BCL6 蛋白的降解。) ■E3 连接酶 SIAH1 降解 BI-3802 诱导的 BCL6 “病灶”SIAH1 E3 泛素连接酶通过作用 BCL6 蛋白的 VxP 基序 (位于 BCL6 的 249-251 残基)，降解 BI BI-3802 促进了 BCL6 蛋白和 SIAH1 之间的相互作用 (EC50= 640 nM)，加速 BCL6 蛋白的泛素化和降解。 野生型 SIAH1 过表达不仅增强 BI-3802 诱导的 BCL6 降解，也会明显降低内源性的 BCL6 蛋白丰度，表明 SIAH1 也是内源性 BCL6 蛋白降解的依赖途径。) of BCL6.
51420编辑于 2023-03-22 - 来自专栏DotNet NB && CloudNative
一个被BCL遗忘的高性能集合：C# CircularBuffer深度解析
CircularBuffer<T> 的实现 C# 的基础类库（BCL）中并没有内置 CircularBuffer<T> 这个类型，但这完全不妨碍我们自己动手，丰衣足食。
32510编辑于 2025-09-02 - 来自专栏生物信息云
单细胞专题 | 3.单细胞转录组的上游分析-从BCL到FASTQ
cellranger mkfastq的本质是调用bcl2fastq生成bcl2fastq，并生成额外的10x样本信息。Bcl2fastq是 illumina开发的bcl到fastq的转换程序。 ，因为Cellranger依赖于bcl2fastq。 #https://anaconda.org/dranew/bcl2fastq conda install -c dranew bcl2fastq (2) 案例 公司提供的bcl原始测序文件，本次教学使用使用 --id=tiny-bcl --run=cellranger-tiny-bcl-1.2.0 --csv=cellranger-tiny-bcl-simple-1.2.0.csv • --id：mkfastq 命令输出FASTQ文件的文件夹名称 • --run：BCL（Base CALL）所在文件夹名称（该文件为illumina测序的下机文件） • --csv：对应BCL文件的样本信息表，用于描述如何在 Illumina
2K30编辑于 2022-06-13 靶向BCL-XL的蛋白降解疗法：选择性抑制肿瘤生长与血小板毒性规避策略
一、BCL-XL作为抗肿瘤治疗靶点的价值与挑战BCL-XL是B细胞淋巴瘤-2（BCL-2）蛋白家族中的重要抗凋亡成员，在多种肿瘤细胞中过度表达，通过抑制细胞凋亡过程促进肿瘤细胞的存活与增殖。 二、DT2216：BCL-XL/VHLPROTAC分子的设计原理与优势为克服上述挑战，研究团队利用蛋白水解靶向嵌合体技术，对已知的BCL-2/XL双重抑制剂ABT263进行理性改造，设计出新型PROTAC 1.高效降解肿瘤细胞中的BCL-XL：在急性T淋巴细胞白血病MOLT-4细胞中，DT2216表现出高效的BCL-XL降解能力，其半数降解浓度（DC50）为63nM，最大降解率（Dmax）可达90.8%。 3.高度的蛋白降解选择性：DT2216展现出对BCL-XL的特异性降解。 尽管在体外结合实验中，DT2216对BCL-2同样具有高亲和力，但在活细胞内的功能实验中，它仅有效降解BCL-XL，而对BCL-2和MCL-1等其他抗凋亡蛋白无显著影响。
23010编辑于 2026-01-19BCL-XLCRBN PROTAC试剂盒：推动肿瘤选择性蛋白降解疗法开发的标准化工具
三、BCL-XL靶向PROTAC开发的关键挑战：选择性降解BCL-XL是BCL-2蛋白家族的关键成员，在多种肿瘤细胞中过表达并介导凋亡抵抗，是重要的抗肿瘤靶点。 然而，由于BCL-XL对维持血小板存活至关重要，传统抑制剂（如ABT263）常伴随严重的剂量限制性血小板毒性，极大地限制了其临床应用。 因此，开发靶向BCL-XL的PROTAC降解剂的核心目标，是构建能够选择性降解肿瘤细胞中的BCL-XL，同时最大限度保护血小板功能的分子。 四、BCL-XL/CRBNPROTAC试剂盒：赋能精准研发与药效评价为解决上述挑战，并加速高质量的BCL-XL/CRBNPROTAC分子的发现与优化过程，标准化的BCL-XL/CRBNPROTAC试剂盒应运而生 4.脱靶效应与选择性验证•通过蛋白免疫印迹（WesternBlot）模块，可同步检测PROTAC处理对BCL-2家族其他成员（如BCL-2,MCL-1）蛋白水平的影响，验证其降解选择性。
14110编辑于 2026-01-19- 来自专栏生命科学
PI3K αβ 靶向抑制剂协同 BCL-2 阻断过程可用于治疗 DLBCL | MedChemExpress
Kamil Bojarczuk 等,使用十个具有不同遗传背景的原发性 DLBCL 亚群细胞，用于BCR/PI3K 的信号传导干扰和 BCL-2 表达失调的相关研究。 研究人员分析了被 AKT19 转录调节的抗凋亡蛋白 BCL-2 家族成员，MCL-1。 基于已经 BCR 信号抑制剂对于凋亡的影响，研究人员继续深入探讨，利用回归正交试验的方式，发现 Copanlisib 诱导的细胞凋亡依赖于 BCL-xL和 MCL-1介导的线粒体应答进程。 研究结果表明， 在 BCR 依赖型 DLBCL 细胞中，BCL-2 的异构会增强 PI3K α/β 的结合和 BCL-2 阻滞敏感性（如 Figure2.所示）。 在具有共同的基因背景（BCL-2 调节异常）的 DLBCL 细胞系中发现，Copanlisib 和 Venetoclax 在 DHL4，DHL-6,LY1,HBL1 和 TMD 8 中均发挥协同作用。
36610编辑于 2023-02-22 - 来自专栏生信技能树
人人都可以学会生存分析（学徒数据挖掘）
生存结局事件是：Disease-specific (DSS) survival 表达量分组策略是： BCL11A High + MBNL1 Low (n=148) BCL11A Low + MBNL1 最后BCL11A和MBNL1 来自维基百科 BCL11A（BAF染色质重塑复合物亚基BCL11A）是一种蛋白质编码基因。与BCL11A相关的疾病包括智力发育障碍伴持续性胎儿血红蛋白和胼胝体发育不全。 所述BCL11A用于调节C2H2型锌指蛋白基因编码，可结合到DNA。BCL11A在几个造血谱系中高度表达，并在胎儿向成人红细胞生成过渡过程中，从γ-珠蛋白表达转变为β-珠蛋白发挥作用。 此外，BCL11A在大脑中表达，在大脑中与CASK形成蛋白质复合物，以调节轴突的生长和分支。在新皮质中，BCL11A与TBR1调节区结合并抑制TBR1的表达。 $BCL11A)&tmp$MBNL1<median(tmp$MBNL1),'Bh-ML', ifelse(tmp$BCL11A<median(tmp$BCL11A)&tmp
3.1K40发布于 2020-09-22 - 来自专栏点云PCL
点云深度学习系列三： SPLATNet
ICLR 2015 ） BCL平滑地将输入点映射到稀疏的格子上，在稀疏的点阵上执行卷积，然后将过滤后的信号平滑地插入到原始的输入点上。主要分为: Splat、Convolve、Slice。 Convolve:投影到dl维网格上，BCL使用可学习的滤波器内核执行dl维卷积。就像在标准CNN一样，BCL在dl维空间中容易指定滤波器邻域。 Slice:通过质心插值将滤波后的信号映射回输入点。 SPLATNet3D:输入点云首先通过一个1*1的卷积层，之后采用不同尺度的BCL层（采用了和CNN一样的思想，格子变的越来越大，感受野也更加大，提取的特征越来高层），之后将这些BCL层合并，通过两个1 对于分类问题，采用global pooling处理 SPLATNet2D-3D: CNN1: 首先采用2D分割的CNN，本文采用的Deeplab BCL2D-3D: 采用下图的BCL只包含（splat ：对于图像的分类问题我们需要将3D特征投影到2D图像，采用BCL2D-3D的逆操作完成 CNN2：将输入图像，CNN1的输出和BCL3D-2D放到一个2DCNN处理 ?
1.3K40发布于 2019-07-30 - 来自专栏图形化开放式生信分析系统开发
图形化开放式生信分析系统开发 - 9 Illumina测序仪测序数据自动拆分
一、bcl2fastq安装与运行 说到Illumina的下机数据拆分，就一定会用到Illumina官方的软件bcl2fastq2，目前最新版本2.20软件可以从Illumina官网下载，默认提供的是Linux sudo apt-get install alien sudo alien bcl2fastq2_0v2.20.0.422-2_amd64.rpm dpkg -i bcl2fastq2_0v2.20.0.422 export BUILD=${TMP}/bcl2fastq2-v2.19.x-build export INSTALL_DIR=/usr/local/bcl2fastq2-v2.19.x ##Build and Installthe Software ${TMP}/bcl2fastq: cd ${TMP} tar -xvzf bcl2fastq2-v2.19.x.tar.gz 运行bcl2fastq分拆数据。 分拆成功后，更新系统中相关的Sample状态，标识该样本数据已经分拆过，避免重复运行。 在pipeline起始输入端，匹配分拆后的数据输入目录。
3.1K01发布于 2020-01-17 - 来自专栏DrugOne
JMC | 新型苯并咪唑酮类BCL-6小分子降解剂（非PROTACs类）- 结构决定性质
DNA损伤，BCL-6的表达失控将会直接导致B细胞淋巴瘤的产生，因此BCL-6被认为是弥漫性大B细胞淋巴瘤的治疗靶标。 近年来，相继有活性良好的靶向小分子抑制剂和降解剂报道，但关于BCL-6降解机制尚未研究透彻。 由于BCL-6降解剂的开发同样是研究热点，于是他们转而对24b开始优化，通过替换哌啶环上的不同取代基降低亲脂性，最终他们得到了一个口服生物度较高的BCL-6降解剂1（CCT369260），对OCI-Ly1 DLBCL异种移植小鼠模型15 mg/kg口服给药可观察到肿瘤中BCL-6表达水平的明显降低。 ，在缺乏BCL-6的情况下也不能实现与E3连接酶的有效结合。
84940发布于 2021-02-01 - 来自专栏林德熙的博客
dotnet 将C#编译为wasm让前端html使用
/wasm/mscorlib.dll /r:f:/lindexi/mono/wasm-bcl/wasm/System.dll /r:f:/lindexi/mono/wasm-bcl/wasm/System.Core.dll /r:f:/lindexi/mono/wasm-bcl/wasm/Facades/netstandard.dll /r:f:/lindexi/mono/wasm-bcl/wasm/System.Net.Http.dll /publish\managed\Example.dll cp: Always - f:\lindexi\mono\wasm-bcl\wasm\mscorlib.dll -> . /publish\managed\netstandard.dll cp: Always - f:\lindexi\mono\wasm-bcl\wasm\System.dll -> . /publish\managed\System.dll cp: Always - f:\lindexi\mono\wasm-bcl\wasm\Mono.Security.dll -> .
3.4K10编辑于 2022-08-12 - 来自专栏编译思想
CefSharp基于.Net Framework 4.0 框架编译
、Microsoft.Bcl.Build以及Microsoft.Bcl.Async三个库到本项目中，然后将上述的所有地方的调用都替换为Microsoft.Threading.Tasks.TaskEx，如下 这里讲一下背景，微软发布了Microsoft.Bcl.Async的最终版本，参看博客Microsoft.Bcl.Async is Now Stable。 该包由三个库组成：Microsoft.Bcl、Microsoft.Bcl.Async和Microsoft.Bcl.Build。由于使用了程序集统一的方式，解决方案中的所有工程都必须引用这三个库。 \packages\Microsoft.Bcl.Build.1.0.21\build\Microsoft.Bcl.Build.targets" Condition="Exists('.. 制品梳理 NuGet引用Microsoft.Bcl、Microsoft.Bcl.Build以及Microsoft.Bcl.Async 引入上述3个依赖库组件是因为我们为了将CefSharp代码使用.NET
1.2K10编辑于 2023-10-18 - 来自专栏生信喵实验柴
单细胞分析环境搭建
可以直接输入 Illumina 原始数据 BCL 或 FASTQ 格式，Cell Ranger 集成了 10 x genomics 单细胞数据分析的一整套流程模块，可以直接进行碱基识别，文库拆分、细胞拆分 1.3 bcl2fastq 下载地址：https://support.illumina.com.cn/sequencing/sequencing_software/bcl2fastq-conversion-software unzip bcl2fastq2-v2-20-0-linux-x86-64.zip # 上面下载到的 yum install -y bcl2fastq2-v2.20.0.422-Linux-x86_64 .rpm $ bcl2fastq -v BCL to FASTQ file converter bcl2fastq v2.20.0.422 Copyright (c) 2007-2017 Illumina
80810编辑于 2022-10-25 - 来自专栏SpringBoot图文教程
「2020最新」Spring最易学习教程—第一个Spring程序
配置一个properties文件 userService=com.bcl.service.impl.UserServiceImpl 创建BeanFactory工厂类 public class BeanFactory 6.1.1 基本类型（包装类）+String <bean id="s" class="com.<em>bcl</em>.entity.Student"> <! 6.2.1 基本使用 当一个类中的多个有参构造方法的参数个数不同时，constructor-arg标签会根据数量匹配构造方法进行调用 <bean id="b1" class="com.<em>bcl</em>.entity.Book <bean id="b1" class="com.<em>bcl</em>.entity.Book"> <constructor-arg value="1" type="java.lang.Integer"/> --<bean id="bookService2" class="com.<em>bcl</em>.service.impl.BookServiceImpl"/>--> <!
48710发布于 2020-07-31 - 来自专栏SpringBoot图文教程
「2020最新」Spring最易学习教程 4—整合Mybatis 事务控制
--<value>classpath:com/bcl/mapper/UserMapper.xml</value> <value>classpath:com/bcl/mapper /StudentMapper.xml</value> <value>classpath:com/bcl/mapper/BookMapper.xml</value>--> <value>classpath:com/bcl/mapper/*Mapper.xml</value> </list> </property> </bean "/> </bean>--> <bean id="userService" class="com.<em>bcl</em>.service.impl.UserServiceImpl"> <property -- 配置mapper.xml的路径--> <list> <value>classpath:com/bcl/mapper/*Mapper.xml</
46320发布于 2020-08-11 - 来自专栏SpringBoot图文教程
「2020最新」Spring最易学习教程 4—整合Mybatis 事务控制
异常增强 ThrowsAdvice 环绕增强 MethodInterceptor 切入点表达式 execution(返回值类型 包名.类名.方法名(参数表)) execution(* com.bcl.service --<value>classpath:com/bcl/mapper/UserMapper.xml</value> <value>classpath:com/bcl/mapper /StudentMapper.xml</value> <value>classpath:com/bcl/mapper/BookMapper.xml</value>--> <value>classpath:com/bcl/mapper/*Mapper.xml</value> </list> </property> </bean -- 配置mapper.xml的路径--> <list> <value>classpath:com/bcl/mapper/*Mapper.xml</
53201发布于 2020-08-06 - 来自专栏SpringBoot图文教程
「2020最新」Spring最易学习教程—IOC 以及 整合Struts2
<bean id="u" class="com.<em>bcl</em>.entity.User"> <constructor-arg value="1" index="0"/> <constructor-arg -- 配置factoryBean的全类名， 根据id：conn获取到是Connection对象--> <bean id="conn" class="com.<em>bcl</em>.factory.ConnectionFactoryBean "/> <bean id="userAction" class="com.<em>bcl</em>.action.UserAction" scope="prototype"> <property name="userService -- <context:component-scan base-package="com.bcl.action,com.bcl.service.impl"/>--> <context:component-scan base-package="com.<em>bcl</em>"/> 8.3 核心注解 @Component Component注解替换bean标签，创建对象。
65120发布于 2020-07-31
腾讯云开发者
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