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告别杂细胞干扰！Elabscience 人初始T细胞阴性分选试剂盒，精准富集人初始 T 细胞
内容概要Elabscience 人初始T细胞阴性分选试剂盒凭借阴性分选技术，可从新鲜或冻存的人 PBMC 样本中快速分离高纯度人初始 T 细胞。 产品介绍Elabscience 人初始T细胞阴性分选试剂盒是一款操作快速简便的细胞分离产品，核心用于分离人初始 T 细胞。 检测原理Elabscience 人初始T细胞阴性分选试剂盒采用阴性分选技术，通过特异性去除样本中 CD3⁻非 T 细胞、CD45RO⁺记忆 T 细胞等非目标细胞，实现人初始 T 细胞（CD3⁺CD45RA 应用领域免疫机制研究：探究初始 T 细胞的活化、分化及功能调控机制。肿瘤免疫治疗：用于 CAR-T 细胞疗法等研发中，提供高活性初始 T 细胞原料。 自身免疫病研究：分析初始 T 细胞在自身免疫病发生发展中的作用。疫苗研发：评估疫苗对初始 T 细胞的激活效果及免疫应答强度。再生医学：探索初始 T 细胞在组织修复与免疫重建中的应用。
15710编辑于 2025-11-13 - 来自专栏单细胞天地
干细胞样CD4+ T细胞判定及分析
B细胞依赖性免疫反应: T细胞(CD3E、CD4、CD8A、GZMB和LTB) B细胞(CD19、CD38、SDC1、FCRL3、FCRL5、CR2、LTB、JCHAIN、IGLL5和CD79B) 抗原呈递 scRNA-seq转录本聚类产生5个簇，对5个簇的差异基因表达分析显示，它们的转录组谱存在显著差异 基于每个簇中的高表达基因以及转录因子对簇进行判断： 簇0的特征是转录因子(TFs) TCF7(编码TCF1 PRF1、NKG7、GZMB和GZMK，表达趋化因子CCL4和CCL5 簇2和簇4的基因图谱包含细胞周期基因ME2F8、MKI67、PCNA和MCM2 基于这些发现，将这些细胞簇注释为TCF1hi CD4 + T细胞(簇0)、tfh样T细胞(簇1)、cycling(簇2和4)和细胞毒性CD4+ T细胞(簇3)。 将克隆定义为两个或更多的T细胞共享相同的α或β TCR链CDR3序列，TRA和TRB均有超过40%的克隆扩增，扩增的克隆型存在于所有5个T细胞簇中 扩增的克隆型在不同的CD4+ T细胞亚群之间是共享的
55710编辑于 2024-05-20 - 来自专栏芒果先生聊生信
再谈T细胞：起源、分化和分群
还有部分B细胞上调表达CXCR5，迁移至滤泡生发中心，与表达CXCL13的滤泡样树突状细胞（ follicular DCs, FDCs）相互作用。 T细胞发育 T细胞来源于骨髓中的淋巴样祖细胞，在胸腺中分化、发育、成熟。在胚胎发育早期，T细胞的前体干细胞经血流输送到胸腺，从胸腺的浅皮质向深皮质、髓质移行，并发育为成熟的T细胞。 在与抗原接触后，初始T细胞分化发育为不同功能的T细胞亚群，并表达新的归巢受体，从而“归巢”到新的部位。 T细胞分群 细胞表面的分子是T细胞分群的依据，是方便研究和交流而进行的人为标志。 TCR分子是由α链和β链（TCRαβ，95%）或γ链和δ链（TCRγδ，5%）通过二硫键组成的异二聚体。 5. CD152（CTLA-4） CD152（CTLA-4）组成性表达于调节性T细胞或诱导性表达于CD4+、CD8+T细胞表面，是B7家族分子的第二个受体。
7.6K31发布于 2020-08-05 - 来自专栏用户7627119的专栏
R批量下载B细胞和T细胞受体VDJ序列文件
前面我们简单的介绍过免疫组库以及单细胞免疫组库的应用。今天给大家介绍一个做免疫组库数据分析很实用的数据库IMGT，以及如何使用R从IMGT批量下载B细胞和T细胞受体VDJ序列文件。 一、IMGT简介 IMGT （http://www.imgt.org/）是免疫遗传学（ImMunoGeneTics）的缩写，专注于所有脊椎动物物种的免疫球蛋白、T细胞受体（T-cell Receptors V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/TR/",TCR,sep="") download.file(link,out) #休息5秒钟 Sys.sleep(5) } 一分钟之后你会发现这10个fasta文件就躺在TCR_seq文件夹中了。 B细胞受体VDJ序列文件的下载链接如下，留给大家自己练习吧！
90550编辑于 2022-09-21 - 来自专栏生信技能树
超详细T细胞亚群标记基因列表
看到了一个超详细的对T细胞亚群进行分析的文献，分享给大家！ ### # 创建一个空的list对象 cell_markers <- list() # CD4+ T细胞亚群 cell_markers$`Naive T cells` <- c("CCR7", "SELL ", "IL2RA", "CTLA4", "TIGIT", "TNFRSF18", "MAGEH1", "SAT1", "CCR8", "KZF2", "IL10", "BATF") # CD8+ T细胞亚群 ", "MYC", "SLC7A5", "SLC7A1", "XCL1", "GZMB", "CCL3", "CCL4", "IL2", "PRF1", "NKG7", "GNLY") # 耐受状态 $`Proliferation` <- c("MKI67", "TK1", "STMN1") # 细胞毒性 (Cytotoxicity) t_cell_states$`Cytotoxicity` <-
2.1K10编辑于 2025-05-25 探索ImmGen:2-T细胞综合图谱
基本介绍 immgen T 开源项目”联合41个实验室，绘制了包含62万余个细胞的小鼠T细胞综合图谱，整合多组学数据揭示了8大类及114个亚群，旨在全面解析T细胞在不同组织和免疫亚群的多样性。 小鼠T细胞综合图谱包括在单细胞水平上进行分析，整合mRNA测序、表面蛋白表达（CITE-seq/TotalSeq）和TCR-V测序（配对α/β链）。 样本信息：包含多个Cluster（如Cluster 1, 2, 3, 4, 5, 7, 9, 10, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 20, 21, 22, 23, 25, 28 分析特定数据集的单细胞基因表达分布： 如下图所示，通过交互式 UMAP 图表探索特定基因（如 Satb1）在调节性 T 细胞数据集中的表达分布。页面提供了细胞类型筛选、亚群选择及绘图模式切换工具。 总结：ImmgenT 模块，是研究T细胞相关基因在不同组织与不同细胞亚群重要资料，是研究基因在发育过程中组织与细胞特异性的百科全书。
18010编辑于 2026-01-27人T细胞激活试剂盒在细胞疗法中的应用
体内T细胞的活化需要双信号刺激：第一信号由T细胞受体（TCR）识别抗原呈递细胞（APC）表面的MHC-肽复合物提供；第二信号则由CD28等共刺激分子与相应配体相互作用提供。 二、T细胞活化的双信号机制T细胞的完全活化依赖于两个独立但协同的信号传导通路。第一信号由TCR/CD3复合物识别APC表面的抗原肽-MHC分子复合物所触发，决定了T细胞应答的特异性。 这一机制是机体维持外周免疫耐受的重要方式，也为体外T细胞激活策略的设计提供了理论基础。三、人T细胞激活试剂盒的核心组分人T细胞激活试剂盒的核心功能是模拟体内APC提供的双信号刺激。 四、激活试剂在不同细胞疗法中的应用（一）CAR-T细胞制备在CAR-T细胞生产流程中，T细胞的离体激活是基因修饰前的关键步骤。 五、激活条件对T细胞质量的影响激活策略不仅影响T细胞的扩增效率，还深刻影响其功能表型和临床应用效果。
8710编辑于 2026-03-16- 来自专栏DrugOne
Science | 肿瘤浸润性T细胞的泛癌单细胞图谱
此外，重建调节子(TF及其靶基因)的SCENIC分析确定了靶向TOX的TF，包括NR5A2、ETV1和ARID5B，其在末端Tex细胞中表现出高调节子特异性(图2I)，并在>50%的癌症类型中显示出统计学显着性 图4 TME塑造肿瘤浸润性T细胞图谱 由T细胞组分定义泛癌免疫类型 接下来，使用这些相关元簇的频率，作者发现肿瘤样本可以分为八组(C1到C8)(图5A)。 细胞(C4)以及低频TNFRSF9+Treg细胞(C5)为主的不同组。 对已发表的黑色素瘤PD-1抗体治疗数据的重新分析表明，响应性肿瘤具有较低频率的终末Tex细胞和较高频率的初始T细胞(图5C)。 图5 由T细胞组分定义的泛癌免疫类型 3 总结与讨论 作者系统地表征了来自各种人类癌症的T细胞，研究了从基因表达特征和异质性到状态转换和调节的不同方面。
93620编辑于 2022-03-25 - 来自专栏天意生信俱乐部
单细胞互作新思路！NicheNet实战：单核细胞如何调控T细胞？附代码
这里我们选择单核细胞作为发送者，记忆型CD4+ T细胞作为接收者。 :", length(expressed_ligands), "\n") cat("前5个表达配体:", head(expressed_ligands, 5), "\n") # 可视化表达最高的10个配体 这里我们比较记忆CD4+ T细胞和初始CD4+ T细胞的差异基因。 # 选择前5个活性最高的配体进行分析 best_predicting_ligands <- best_ligands[1:5] # 检查配体和基因是否在矩阵中 valid_ligands <- intersect 通过本教程的分析流程，我们确定了PBMC中单核细胞可能向记忆CD4+ T细胞发送的关键信号分子，以及这些信号可能影响的下游靶基因。
1.1K00编辑于 2025-05-14 - 来自专栏流式抗体推文
Elabscience 小鼠CD3CD28 T细胞活化珠：小鼠 T 细胞体外扩增的 “黄金工具”
T 细胞的体外激活与扩增。 检测原理Mouse CD3/CD28 T 细胞激活磁珠的作用原理基于对体内 T 细胞活化机制的精准模拟：信号 1（特异性抗原信号）：磁珠表面偶联的 CD3 单克隆抗体可与 T 细胞表面的 TCR/CD3 肿瘤免疫研究：激活小鼠肿瘤模型来源的 T 细胞，研究肿瘤微环境对 T 细胞功能的抑制作用，或筛选增强 T 细胞抗肿瘤活性的药物。 细胞治疗研发：体外扩增小鼠抗原特异性 T 细胞，为过继性 T 细胞治疗等细胞疗法的临床前研究提供细胞来源。 产品优势信号模拟精准高效：同时提供 T 细胞活化所需的主要信号和协同刺激信号，激活效率远超单一信号刺激，可有效诱导 T 细胞增殖。
26710编辑于 2025-09-18 【免疫笔记】αβ T 细胞谱系的时间追踪系统
1.追踪系统的基因构建原理 通过基因编辑实现 T 细胞发育阶段的特异性标记： 基因插入策略：在 TCRδ 基因（T 细胞受体 δ 链）的恒定区下游插入Cre-ER基因片段。 因此，Cre-ER片段会仅在 DP 阶段的 T 细胞中存在，SP 及后续阶段的 T 细胞中则消失。 T 细胞中生效）； 追踪过程：标记胸腺中的 DP T 细胞后，观察这些细胞在衰老过程中向胸腺 SP 阶段、外周脾脏 CD4+ T 细胞的迁移 / 留存情况。 ）：胸腺 DP 细胞的标记率下降（8.2%），但胸腺 CD4SP、脾脏 CD4 细胞的标记率上升（24%、3.2%）——说明标记的 DP T 细胞向后续阶段 / 外周组织迁移。 意义：这个系统实现了对 αβ T 细胞发育特定阶段（DP 阶段）的 “时间特异性标记”，可以精准追踪这些细胞在体内的分化、迁移和衰老命运，为研究 T 细胞发育、免疫记忆维持等提供了工具
17710编辑于 2025-11-30一文讲清T细胞命名及marker
T细胞属于淋巴系，T细胞根据CD4或CD8共受体（TCR）的表达，分为CD4和CD8两种类型。然而，按照不同的命名方式，我们将T细胞分为不同的类别。 Memory T cell：“记忆细胞”指的是经历激活和分化的幼稚T细胞后代。Anergic T cell：先前被激活但持续处于低反应状态的T细胞。 cell)：在有利于T_reg细胞分化的细胞因子存在下，在体外被分化成T_reg细胞的CD4+ T细胞。 四、记忆T细胞亚群TCM (T central memory) cell：能够穿越静息状态的高内皮微静脉，通常在抗原刺激下表达IL-2，并通常保持增殖和分化为效应T细胞、T_EM细胞和T_RM细胞的能力 T_PEX细胞能够响应持续存在的抗原进行自我更新，并分化为更效应细胞样的耗竭CD8+ T细胞和终末分化耗竭CD8+ T细胞。
52710编辑于 2025-12-16- 来自专栏单细胞天地
人类胸腺发育的细胞图谱揭示了T细胞组库的形成
作者通过计算预测了人 T 细胞从胎儿肝脏造血干祖细胞到多种成熟 T 细胞类型的发育轨迹，进而构建了导致 T 细胞命运决定的转录因子网络框架。 CD45 分别富集免疫细胞和非免疫细胞 CD3 分别富集 T 细胞和非 T 细胞 EPCAM 富集上皮细胞 建库方法： 10x Genomics Single Cell 3' v2 and 5’ Reagent Kit：人类样本 10x Genomics Single Cell 3' v3 Reagent Kit：小鼠出生后样本 10x Genomics Single Cell 5' VDJ：部分人类样本 Smart-seq2 Software Suite (version 2.0.2 for 3’ v2 chemistry, version 3.0.0 for 3’ v3 chemistry and version 2.1.0 for 5’ 退化胸腺中，细胞毒性 CD4+ T 细胞（CD4+ CTLs）、记忆 T 细胞和记忆 B 细胞比例均增加 T 细胞发育的趋势和胸腺基质细胞相对应。
4.4K51发布于 2021-04-16 - 来自专栏生信技能树
为什么一个单细胞亚群既有T细胞也有B细胞的标记基因呢
b站免费视频课程 地址：https://www.bilibili.com/video/BV19Q4y1R7cu 很多小伙伴在实践我们的教程的时候，会注意到一个很有意思的现象，就是某个单细胞亚群既有T细胞也有 B细胞的标记基因，如下所示，其实很简单： 某个单细胞亚群既有T细胞也有B细胞的标记基因 可以看到， 这个cycling 亚群就是 既有T细胞也有B细胞的标记基因，实际上是因为它们这群细胞高表达 TOP2A 和MKI67基因，处于比较活跃的细胞增殖状态，这样无论它本身是 T细胞还是B细胞，它们的这个状态使得它们在普通的降维聚类分群的流程里面就会被混合在一起。 breast cancer》，也提到了这样的现象： 这个文章的研究者们的解决方案是单独拿出来这个 cycling 亚群 进行继续细分，所以就有了如下所示： . d, UMAP depicting the T-cell phenotypes detected in the proliferative T-cell subcluster.
1.5K20发布于 2021-11-23 - 来自专栏作图丫
【单细胞文献解读】溃疡性结肠炎CD8+T细胞的单细胞图谱
获得如下细胞类型：初始T细胞、记忆T细胞、组织驻留的记忆T细胞(TRM)、效应T细胞、双阳性(DP)T细胞、MAITs 、上皮内淋巴细胞(IELs) 和IL26+CD8+T细胞(图1C,D)。 (图4A，B)，制备了另外7个UC和5个健康样本。 以CyTOF数据为参考，接下来进行了多模态单细胞数据整合，以推断两种表达模式之间最可能的对应细胞(图5A，B)。许多关键标记在蛋白质和mRNA水平上共表达(图5C，D)。 相反，来自UC患者的重新激活的细胞也富集了GZMK+效应标志物(图5E-G)。 在WT和hIL-26Tg小鼠之间确定了295个显著(<5%FDR)的差异表达基因(图6F)。 接下来，比较了WT和TG小鼠在DSS条件下的RNA-seq数据，确定了473个差异表达基因(图6G)。
1.2K20编辑于 2022-03-29 - 来自专栏单细胞天地
单细胞揭示B-ALL患者耗竭性T细胞亚群异质性
方法：从健康个体和急性B淋巴细胞白血病 (B-ALL) 患者的外周血中分选出 T 细胞，进行单细胞转录组测序。根据基因表达，无监督聚类将细胞分为13 个 T 细胞亚群。 发现健康个体和 B-ALL 患者之间 CD8_TE 簇中的 CDR3 长度存在差异（Fig S5A）。 B-ALL疾病的 T 细胞具有更多样化的克隆型，克隆性高的群体主要集中在 CD8_TE 和 CD4_TE 群体中（Fig S5B），表明疾病中抗原的暴露导致免疫系统异常激活。 FigS5 A FigS5 B 他们还发现TCR 克隆型组成在患者之间差异很大（Fig S5C）。每个患者都受到少量 T 细胞克隆的强烈支配，表明某些 T 细胞克隆扩增很高。 FigS5 C 克隆扩增的细胞主要处于 G0/G1 期，并高度表达细胞毒性效应分子颗粒酶 B 和 H（GZMB 和 GZMH）、FGFBP2、GNLY、NKG7、KLRD1 和趋化因子 (CCL5)（Fig
1.3K30编辑于 2022-03-14 - 来自专栏顶刊美图
跟着顶刊学习单细胞CD4T细胞功能基因集评分！
to immunotherapy resistance文献中的CD8T细胞功能基因集评分，今天卡卡继续带大家学习这篇推文中的CD4T细胞功能基因集评分。 往期推文如下：跟着顶刊学习单细胞CD8T细功能基因集评分！回复20250411获取本期数据的CD4T细胞功能基因集评分！ rescale函数##这里加载自己的CD8T细胞处理好的Seurat对象即可load("CD4_Obj.Rdata")CD4_Obj$seurat_clusters=as.factor(CD4_Obj$ seurat_clusters)加载CD4T细胞功能基因集library(scales)# 设置输出路径figurePath <- ". 后台回复20250411获取本期数据的CD4T细胞功能基因集评分！
34410编辑于 2025-04-11 - 来自专栏生信技能树
T细胞状态打分R包应用于单细胞转录组数据
T细胞状态的新工具，TCellSI (T Cell State Identifier)。 系统地评估T细胞状态的新工具 目前准确评估T细胞的八种不同状态，这些状态包括： ● 静止（Quiescence） ● 调节（Regulating） ● 增殖（Proliferation） ● 辅助（Helper T细胞状态评分（TCSS, T Cell State Score）。 通过这些评分，研究人员可以深入了解T细胞在免疫反应中的具体功能和角色。 TCellSI借助Mann-Whitney U统计量，通过特定的标记基因集和参考谱为样本进行T细胞状态的评估。 TCellSI不仅能准确描述T细胞状态，而且在免疫环境中显现出高度的预测价值。
98411编辑于 2024-07-26 - 来自专栏生信技能树
你的单细胞亚群可能并不是真的既有T细胞也有B细胞的标记基因
我们在前面的教程：为什么一个单细胞亚群既有T细胞也有B细胞的标记基因呢，给大家演示了一种可能性，就是cycling 亚群就是 既有T细胞也有B细胞的标记基因，实际上是因为它们这群细胞高表达 TOP2A和 实际上有一个更简单的检查方案，我们以《2021-GSE122930-心衰小鼠模型》为例子，虽然第7这个单细胞亚群里面的确实是可以看到既有T细胞也有B细胞的标记基因表达，如下所示： 既有T细胞也有B细胞的标记基因表达 sce@assays$RNA@counts[gl[[2]],] table(colSums(T_mat) > 5 , colSums(B_mat) > 5 ) 肉眼可以看到3基本上就是一个混合体 ，如图所示： 非常多的细胞居然真的是既有T细胞也有B细胞的标记基因表达 而且确实非常多的细胞居然真的是既有T细胞也有B细胞的标记基因表达，而且是同时表达啊： > table(colSums(T_mat ) > 5 , + colSums(B_mat) > 5 ) FALSE TRUE FALSE 210 372 TRUE 64 122
2.9K20编辑于 2021-12-16 - 来自专栏生信技能树
张泽民团队的单细胞研究把T细胞分的如此清楚
确实是有点多啊，12个亚群 for 4,902 CD4+ T cells ;如下： Tn--初始T细胞，T细胞家族的起点 Tm--记忆型T细胞，记住抗原以备不时之需 Tcm--中央记忆型T细胞，中央军 ，Tem的前体细胞，归巢到淋巴结接收刺激信号分化Tem Tem--效应记忆型T细胞，组织常驻记忆T细胞，地方驻军 Tfh--滤泡辅助型T细胞 Tfr--滤泡调节型T细胞 Treg--调节型T细胞，免疫系统的刹车 ，肿瘤免疫逃逸的帮凶 Tex--耗竭型T细胞，被肿瘤细胞摧残的失活T细胞，有逆转可能 Th--辅助性T细胞（Helper T cells,Th），具有协助体液免疫和细胞免疫的功能 而8个亚群 for 3,628 小提琴图 还有doplot，featureplot都可以实现同样的效果， 我想应该是没有必要把这5种可视化方法集齐了，不然就有凑图的嫌疑了。 identified by multi-dimensional analysis (data compiled from 5 donors).
7.5K53发布于 2020-12-03
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