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干细胞样CD4+ T细胞判定及分析
，进行了CIBERSORT分析，两种组织来源都表达了静息CD4+记忆T细胞和单核细胞的基因，而激活的CD4+记忆T细胞和记忆B细胞仅见于主动脉炎。 + T细胞(簇0)、tfh样T细胞(簇1)、cycling(簇2和4)和细胞毒性CD4+ T细胞(簇3)。 细胞轨迹从TCF1hi CD4+ T细胞开始，随后分为三个分支，其中两个分支发展为两种不同的效应细胞群——tfh样细胞和细胞毒性CD4+ T细胞，第三个分支产生cycling CD4+ T细胞 scTCR-seq TCF1hi CD4+ T细胞与所有其他CD4+ T细胞簇共享TCR克隆型 这些结果支持CD4+ TCF1hi T细胞具有高可塑性和自我更新能力，并产生更多分化的效应T细胞的概念 文章小结 血管动脉免疫细胞群的单细胞和全组织转录组学研究发现 CD4+ T细胞群具有干细胞样特征。
55710编辑于 2024-05-20 - 来自专栏顶刊美图
跟着顶刊学习单细胞CD4T细胞功能基因集评分！
to immunotherapy resistance文献中的CD8T细胞功能基因集评分，今天卡卡继续带大家学习这篇推文中的CD4T细胞功能基因集评分。 往期推文如下：跟着顶刊学习单细胞CD8T细功能基因集评分！回复20250411获取本期数据的CD4T细胞功能基因集评分！ # 用于rescale函数##这里加载自己的CD8T细胞处理好的Seurat对象即可load("CD4_Obj.Rdata")CD4_Obj$seurat_clusters=as.factor(CD4_ Obj$seurat_clusters)加载CD4T细胞功能基因集library(scales)# 设置输出路径figurePath <- ". 后台回复20250411获取本期数据的CD4T细胞功能基因集评分！
34410编辑于 2025-04-11 - 来自专栏单细胞
单细胞实战之亚细胞分群之CD4+T细胞分群——从入门到进阶(中级篇2）
该推文首发于公众号：单细胞天地上一讲在完成了从T/NK至CD4+T细胞流程实践后，在这一讲内容中我们将对CD4+T细胞进行亚群的细分。 差异基因结果；首先需要对常规的CD4+T细胞亚群具有一定了解，这些细胞亚群包括了：幼稚性T细胞，辅助性T细胞(THs)，记忆性T细胞和调节性T细胞(Treg)等细胞。 Naive CD4+T细胞：是一类尚未遇到抗原的 T 辅助细胞（T helper cells, Th）。它们在胸腺中发育成熟后进入外周免疫系统，处于静息状态，尚未被抗原刺激或激活。 记忆性T细胞：是一类能够长期存活并在二次免疫应答中迅速反应的 T 细胞。这里仅考虑CD4+记忆性T细胞。调节性T细胞：对维持自身免疫耐受和免疫稳态方面至关重要，同时在某些情况下也可能促进疾病进展。 +细胞,第0,1,2,4,5,11,14簇可能是记忆性T细胞(Tcm)，第5簇可能是Th1细胞。
1.9K00编辑于 2025-03-23 - 来自专栏单细胞
单细胞实战之亚细胞分群从TNK至CD4+T细胞——从入门到进阶(中级篇1）
分析步骤原文内容提取了CD4+T细胞进行了后续的细胞分群，那么笔者这次也挑战一下提取CD4+T细胞并进行分群。 我们的分析流程主要为三步：1. 提取T/NK细胞并进行细胞“清洗”；2. 粗分T/NK细胞并进行细胞"清洗"；3.提取CD4+T细胞并最终分群。该推文实际上只完成了前两步，而这部分内容的核心就是如何合理地进行细胞“清洗”。 CCL3/CCL4/CCL20：趋化因子，常见于活化的T细胞（如Th1、Th17）或 调节性T细胞（Treg），参与招募免疫细胞。 PMID: 34302920 接下来，我们重点关注CD4⁺T细胞。首先来看尚未确定的第3、4、7、9簇细胞。 因此，我们可以初步判断：第3簇和第4簇倾向于CD4⁺T细胞，第9簇倾向于CD8⁺T细胞，而第7簇的分类暂时还不能确定。
89710编辑于 2025-02-22 - 来自专栏生信技能树
为什么CD4阳性T细胞并不是表达CD4最多的
T", "CD14+ Mono", "Memory CD4 T", "B", "CD8 T", "FCGR3A+ Mono", "NK", "DC", "Platelet ，发现了很有意思的现象： 各个细胞亚群，都是有CD4基因表达的 可以看到各个细胞亚群，都是有CD4基因表达的，我们虽然命名了 Naive CD4 T和Memory CD4 T"，但是它们并没有特异性的高表达 CD4基因哦！ = "umap", label = TRUE, repel = T,pt.size = 0.5) + NoLegend() p3=VlnPlot(sce,'CD4',group.by 去除细胞效应和基因效应 06.单细胞转录组数据的降维聚类分群 07.单细胞转录组数据处理之细胞亚群注释 08.把拿到的亚群进行更细致的分群 09.单细胞转录组数据处理之细胞亚群比例比较 其次需要对ggplot
1.2K10发布于 2021-10-12 - 来自专栏流式抗体推文
告别杂细胞干扰！Elabscience 人初始T细胞阴性分选试剂盒，精准富集人初始 T 细胞
内容概要Elabscience 人初始T细胞阴性分选试剂盒凭借阴性分选技术，可从新鲜或冻存的人 PBMC 样本中快速分离高纯度人初始 T 细胞。 产品介绍Elabscience 人初始T细胞阴性分选试剂盒是一款操作快速简便的细胞分离产品，核心用于分离人初始 T 细胞。 检测原理Elabscience 人初始T细胞阴性分选试剂盒采用阴性分选技术，通过特异性去除样本中 CD3⁻非 T 细胞、CD45RO⁺记忆 T 细胞等非目标细胞，实现人初始 T 细胞（CD3⁺CD45RA 应用领域免疫机制研究：探究初始 T 细胞的活化、分化及功能调控机制。肿瘤免疫治疗：用于 CAR-T 细胞疗法等研发中，提供高活性初始 T 细胞原料。 自身免疫病研究：分析初始 T 细胞在自身免疫病发生发展中的作用。疫苗研发：评估疫苗对初始 T 细胞的激活效果及免疫应答强度。再生医学：探索初始 T 细胞在组织修复与免疫重建中的应用。
15710编辑于 2025-11-13 - 来自专栏生信学习111
单细胞4
红细胞基因：在某些情况下，红细胞基因可能在特定类型的细胞（如红细胞）中高度表达，这可能会影响对其他细胞类型基因表达的分析。但是有些测量红细胞基因表达离群值太大或者太小那肯定不对，需要删除这样的。 sample5 sample6 687 622 683 686 677 674 画了核糖体，但是没有用这个，轻微的用了一下红细胞基因4 整合降维聚类分群整合 T-cells" "Fibroblasts" "B-cells" "CD8+ T-cells" [5] "Neutrophils" "Monocytes " "Adipocytes" "CD4+ T-cells" [9] "B-cells" "NK cells" "Fibroblasts T； | (shift+回车上方的)是或者，用|连接的两个或多个条件只要有一个T就返回T。
1K10编辑于 2024-06-23 文献分享----头颈癌中成熟的三级淋巴结构通过祖细胞衰竭的CD4+ T细胞引起肿瘤内T和B细胞反应
肿瘤微环境（TME）中的TLS通常包括由T细胞区包围的B细胞区，T细胞区由CD4+和CD8+ T细胞和树突状细胞（DC）以及自然杀伤（NK）细胞的混合物组成。 结果2、干细胞样CD8+和CD4+ T细胞在mTLS中的积聚作为TLS结构的核心组成部分，T细胞的细胞状态和功能在TLS诱导和TLS介导的抗肿瘤免疫的建立中起关键作用。 结果4、Predominance of CD4+ Texprog/Tfh cells over Tregs within mTLSTLS状态与TME中的CD 4 + T细胞之间的关联。 使用TCR克隆型分析来表征所有CD4+ T细胞簇和TLS状态的表型和TCR克隆性。 在imTLS中，Tregs显示与CD8+和CD4+ T细胞两者具有密切相关的空间关系，表明Tregs可能阻碍TME中的局部抗肿瘤免疫。
40220编辑于 2025-06-06- 来自专栏生信技能树
纯粹靠单细胞转录组数据是很难区分CD4和CD8阳性T细胞
然后发现CD4和CD8的T细胞在单细胞转录组水平本来就很难确定亚群和名字 虽然说CD8 T和CD4 T细胞亚群 是一种分类方法，但是各自内部又是可以按照功能进行划分，naive, memory ，effector 和CD4 T细胞亚群是截然不同的，就会出现认知的冲突啦！ 那么是否有可能让CD8 T和CD4 T细胞亚群在umap上面就是截然不同的呢 其实是因为单纯的转录组水平的差异不足以区分CD8 T和CD4 T细胞亚群，不妨加入蛋白质表达量水平信息。 CD8 T和CD4 T细胞亚群确实是在mRNA水平很难靠CD4区分，但是在蛋白质水平CD8 T和CD4 T还是具有比较没想到排他性！ cell） 如果你询问chatGPT单细胞水平CD4的T细胞可以细分哪些： 在单细胞水平上，CD4+ T细胞可以被进一步细分为多种亚型，这些亚型主要根据它们的功能特性、细胞因子产生情况和表面标志物进行分类
3K12编辑于 2023-11-23 - 来自专栏c#Winform自定义控件系列
T4随记
关于T4模板的信息我就不赘述了，百度一大堆 MSDN的介绍 https://msdn.microsoft.com/zh-cn/library/bb126478.aspx 下面是简单的一个示例，从类中获取字符串数组 https://raw.github.com/damieng/DamienGKit // http://damieng.com/blog/2009/11/06/multiple-outputs-from-t4
48720发布于 2019-09-11 - 来自专栏芒果先生聊生信
再谈T细胞：起源、分化和分群
MHC-II类分子中等亲和力结合，则DP细胞表面CD4分子表达上调，CD8分子表达下调直至丢失，转变成CD4+单阳性T细胞； 若DP细胞的TCRαβ与胸腺上皮细胞表面的MHC分子以高亲和力结合或不结合， CD4或CD8（成熟T细胞） 成熟的T细胞一般只表达CD4或CD8。CD4和CD8分子是跨膜糖蛋白分子，都不具有多样性。 CD152（CTLA-4） CD152（CTLA-4）组成性表达于调节性T细胞或诱导性表达于CD4+、CD8+T细胞表面，是B7家族分子的第二个受体。 配体B7与CTLA4相互作用传导T细胞活化的抑制信号（第二信号），终止T细胞应答。 6. 初始T细胞：CD45、TCR-CD3、CD28、CD4/CD8 活化T细胞：CD152（CTLA4）、CD279（PD-1） 全活化T细胞：CD134（OX40） ? ?
7.6K31发布于 2020-08-05 - 来自专栏用户7627119的专栏
R批量下载B细胞和T细胞受体VDJ序列文件
前面我们简单的介绍过免疫组库以及单细胞免疫组库的应用。今天给大家介绍一个做免疫组库数据分析很实用的数据库IMGT，以及如何使用R从IMGT批量下载B细胞和T细胞受体VDJ序列文件。 一、IMGT简介 IMGT （http://www.imgt.org/）是免疫遗传学（ImMunoGeneTics）的缩写，专注于所有脊椎动物物种的免疫球蛋白、T细胞受体（T-cell Receptors B细胞受体VDJ序列文件的下载链接如下，留给大家自己练习吧！
90550编辑于 2022-09-21 - 来自专栏跟着阿笨一起玩NET
T4模板语法
T4，即4个T开头的英文字母组合：Text Template Transformation Toolkit。 T4文本模板，即一种自定义规则的代码生成器。
1K10发布于 2018-09-19 - 来自专栏生信技能树
超详细T细胞亚群标记基因列表
看到了一个超详细的对T细胞亚群进行分析的文献，分享给大家！ ### # 创建一个空的list对象 cell_markers <- list() # CD4+ T细胞亚群 cell_markers$`Naive T cells` <- c("CCR7", "SELL ", "TNFRSF18", "MAGEH1", "SAT1", "CCR8", "KZF2", "IL10", "BATF") # CD8+ T细胞亚群 cell_markers$`Naive T cell_markers$`TSEN` <- c("低表达CD27") cell_markers$`p-TEX` <- c("TCF7", "CD27", "CD28", "EOMES") # 非常规T细胞亚群 ") # 细胞毒性 (Cytotoxicity) t_cell_states$`Cytotoxicity` <- c("GZMK", "GZMA", "GZMB", "NKG7", "PRF1", "
2.1K10编辑于 2025-05-25 探索ImmGen:2-T细胞综合图谱
基本介绍 immgen T 开源项目”联合41个实验室，绘制了包含62万余个细胞的小鼠T细胞综合图谱，整合多组学数据揭示了8大类及114个亚群，旨在全面解析T细胞在不同组织和免疫亚群的多样性。 小鼠T细胞综合图谱包括在单细胞水平上进行分析，整合mRNA测序、表面蛋白表达（CITE-seq/TotalSeq）和TCR-V测序（配对α/β链）。 可视化形式：采用UMAP（Uniform Manifold Approximation and Projection）降维算法展示CD4+ T细胞的聚类分布。 AllResting（相对于所有静息状态细胞） 该网页通过交互式地图与统计图表，直观揭示了CD4+ T细胞亚群在不同生理病理状态下的转录组特征，特别是Cluster 1表现出的激活或效应记忆样表型（如Ly6c1 总结：ImmgenT 模块，是研究T细胞相关基因在不同组织与不同细胞亚群重要资料，是研究基因在发育过程中组织与细胞特异性的百科全书。
18010编辑于 2026-01-27人T细胞激活试剂盒在细胞疗法中的应用
体内T细胞的活化需要双信号刺激：第一信号由T细胞受体（TCR）识别抗原呈递细胞（APC）表面的MHC-肽复合物提供；第二信号则由CD28等共刺激分子与相应配体相互作用提供。 二、T细胞活化的双信号机制T细胞的完全活化依赖于两个独立但协同的信号传导通路。第一信号由TCR/CD3复合物识别APC表面的抗原肽-MHC分子复合物所触发，决定了T细胞应答的特异性。 这一机制是机体维持外周免疫耐受的重要方式，也为体外T细胞激活策略的设计提供了理论基础。三、人T细胞激活试剂盒的核心组分人T细胞激活试剂盒的核心功能是模拟体内APC提供的双信号刺激。 四、激活试剂在不同细胞疗法中的应用（一）CAR-T细胞制备在CAR-T细胞生产流程中，T细胞的离体激活是基因修饰前的关键步骤。 五、激活条件对T细胞质量的影响激活策略不仅影响T细胞的扩增效率，还深刻影响其功能表型和临床应用效果。
8710编辑于 2026-03-16- 来自专栏DrugOne
Science | 肿瘤浸润性T细胞的泛癌单细胞图谱
)群；和三个滤泡辅助性T细胞(TFH细胞)和CD4+区室中的四个调节性T细胞(Treg细胞)群。 图2 CD8+耗竭T细胞的异质性和动力学 CD4+区室中潜在肿瘤反应性T细胞的特性 在CD4+区室中，主要的潜在肿瘤反应性元簇是IFNG+TFH/TH1和TNFRSF9+Treg细胞。 全局扩散图和RNA速度分析表明，CD4+T细胞可以从幼稚T细胞分别发育为Temra细胞、TFH/TH1细胞或TNFRSF9+Treg细胞(图3A)。 图3 潜在肿瘤反应性CD4+T细胞的特性 TME塑造肿瘤浸润性T细胞图谱 作者检测了与肿瘤中不同T细胞组分相关的外在因素。 癌症类型对T细胞群的频率产生广泛影响，因为作者观察到不同癌症类型的不同T细胞分布模式(图4A)。肿瘤突变负荷(TMB)与ICB的功效有关。
93620编辑于 2022-03-25 - 来自专栏天意生信俱乐部
单细胞互作新思路！NicheNet实战：单核细胞如何调控T细胞？附代码
这里我们选择单核细胞作为发送者，记忆型CD4+ T细胞作为接收者。 这里我们比较记忆CD4+ T细胞和初始CD4+ T细胞的差异基因。 CD4 T"] <- "Memory CD4 T" seuratObj$cd4_group[seuratObj$seurat_annotations == "Naive CD4 T"] <- "Naive T细胞上调的差异基因数量:", length(geneset_oi), "\n") # 定义背景基因(在任一CD4 T细胞亚群中有表达的基因) cd4_cells <- WhichCells(seuratObj 通过本教程的分析流程，我们确定了PBMC中单核细胞可能向记忆CD4+ T细胞发送的关键信号分子，以及这些信号可能影响的下游靶基因。
1.1K00编辑于 2025-05-14 - 来自专栏流式抗体推文
Elabscience 小鼠CD3CD28 T细胞活化珠：小鼠 T 细胞体外扩增的 “黄金工具”
T 细胞的体外激活与扩增。 检测原理Mouse CD3/CD28 T 细胞激活磁珠的作用原理基于对体内 T 细胞活化机制的精准模拟：信号 1（特异性抗原信号）：磁珠表面偶联的 CD3 单克隆抗体可与 T 细胞表面的 TCR/CD3 肿瘤免疫研究：激活小鼠肿瘤模型来源的 T 细胞，研究肿瘤微环境对 T 细胞功能的抑制作用，或筛选增强 T 细胞抗肿瘤活性的药物。 细胞治疗研发：体外扩增小鼠抗原特异性 T 细胞，为过继性 T 细胞治疗等细胞疗法的临床前研究提供细胞来源。 产品优势信号模拟精准高效：同时提供 T 细胞活化所需的主要信号和协同刺激信号，激活效率远超单一信号刺激，可有效诱导 T 细胞增殖。
26710编辑于 2025-09-18 【免疫笔记】αβ T 细胞谱系的时间追踪系统
1.追踪系统的基因构建原理 通过基因编辑实现 T 细胞发育阶段的特异性标记： 基因插入策略：在 TCRδ 基因（T 细胞受体 δ 链）的恒定区下游插入Cre-ER基因片段。 因此，Cre-ER片段会仅在 DP 阶段的 T 细胞中存在，SP 及后续阶段的 T 细胞中则消失。 T 细胞中生效）； 追踪过程：标记胸腺中的 DP T 细胞后，观察这些细胞在衰老过程中向胸腺 SP 阶段、外周脾脏 CD4+ T 细胞的迁移 / 留存情况。 实验结果（流式细胞术数据）： 注射后第 3 天（D3）：胸腺 DP 细胞中 61% 被标记，胸腺 CD4SP 细胞中 28% 被标记，脾脏 CD4 细胞中仅 1.2% 被标记； 注射后第 11 天（D11 ）：胸腺 DP 细胞的标记率下降（8.2%），但胸腺 CD4SP、脾脏 CD4 细胞的标记率上升（24%、3.2%）——说明标记的 DP T 细胞向后续阶段 / 外周组织迁移。
17710编辑于 2025-11-30
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