内容概要Elabscience 推出的 Mouse CD3/CD28 T 细胞激活磁珠(货号:MIM001A),通过表面偶联的 CD3 和 CD28 单抗精准提供 T 细胞活化所需的双重信号,可高效实现小鼠 Mouse CD3/CD28 T Cell Activation Beads用于小鼠T细胞的体外激活和扩增。 Mouse CD3/CD28 T 细胞激活磁珠的出现,正是为了高效解决这一实验痛点。 应用场景Mouse CD3/CD28 T Cell Activation Beads表面同时偶联了小鼠的CD3和CD28单抗,可提供T细胞活化与扩增所需的主要和协同刺激信号,从而诱导T细胞的活化与增殖。 检测原理Mouse CD3/CD28 T 细胞激活磁珠的作用原理基于对体内 T 细胞活化机制的精准模拟:信号 1(特异性抗原信号):磁珠表面偶联的 CD3 单克隆抗体可与 T 细胞表面的 TCR/CD3
内容概要Elabscience 人初始T细胞阴性分选试剂盒凭借阴性分选技术,可从新鲜或冻存的人 PBMC 样本中快速分离高纯度人初始 T 细胞。 产品介绍Elabscience 人初始T细胞阴性分选试剂盒是一款操作快速简便的细胞分离产品,核心用于分离人初始 T 细胞。 检测原理Elabscience 人初始T细胞阴性分选试剂盒采用阴性分选技术,通过特异性去除样本中 CD3⁻非 T 细胞、CD45RO⁺记忆 T 细胞等非目标细胞,实现人初始 T 细胞(CD3⁺CD45RA 应用领域免疫机制研究:探究初始 T 细胞的活化、分化及功能调控机制。肿瘤免疫治疗:用于 CAR-T 细胞疗法等研发中,提供高活性初始 T 细胞原料。 自身免疫病研究:分析初始 T 细胞在自身免疫病发生发展中的作用。疫苗研发:评估疫苗对初始 T 细胞的激活效果及免疫应答强度。再生医学:探索初始 T 细胞在组织修复与免疫重建中的应用。
背景介绍CD3,也称为 T3,属于免疫球蛋白超家族,主要表达于 T 细胞、NK-T 细胞以及在 T 细胞分化过程中不同阶段的胸腺细胞上。CD3 由 CD3ε、δ、γ 和 ζ 链组成。 CD3 在 TCR 信号转导、T 细胞活化以及通过结合肽/MHC 抗原复合物识别抗原方面发挥着关键作用。 应用领域该抗体专为荧光流式细胞术(FCM)优化,广泛应用于以下研究场景:T 细胞活化与增殖机制研究:通过检测 CD3 分子表达变化,解析 T 细胞活化信号通路。 胸腺细胞分化阶段分析:追踪不同分化时期胸腺细胞表面 CD3 的表达差异。免疫相关疾病研究:如肿瘤免疫中 T 细胞浸润、自身免疫病的免疫失衡等课题,可量化 CD3 阳性 T 细胞比例与活性。 疫苗与免疫治疗效果评估:监测免疫干预后机体 T 细胞群体的动态变化。产品优势特异性强:单克隆抗体(克隆号 17A2)靶向性明确,仅与小鼠 CD3 分子结合,无交叉反应,实验结果准确性高。
T细胞提取:基于CD3和CD4的表达,提取出T细胞,并使用Seurat进行下游再分析。 + T细胞(簇0)、tfh样T细胞(簇1)、cycling(簇2和4)和细胞毒性CD4+ T细胞(簇3)。 基因特征分析显示,cycling2表现出更强的T细胞受体(TCR)信号特征,表明cycling1和cycling2的激活状态不同 CD4+ T细胞亚群之间潜在的谱系关系 使用Monocle3进行了伪时间分析 从70.7%的CD4+ T细胞中恢复了TRA和TRB的互补区域3 (CDR3)序列,TRA仅来自10.2%,TRB仅来自13.8%。 将克隆定义为两个或更多的T细胞共享相同的α或β TCR链CDR3序列,TRA和TRB均有超过40%的克隆扩增,扩增的克隆型存在于所有5个T细胞簇中 扩增的克隆型在不同的CD4+ T细胞亚群之间是共享的
pTα:β二肽链与低水平表达的CD3γ、δ、ε链组成复合物,行使信号转导功能,终止TCRβ基因的重排,分化为CD4+CD8+pTα:βCD3low的双阳性T细胞。 下面就按照T细胞的部分表面分子对其进行分群以及功能总结。 1. TCR-CD3复合物(所有T细胞) 该复合物是T细胞特有的分子标志,在所有T细胞表面均有表达。 由T细胞的抗原识别受体TCR和一组CD3分子以非共价键结合而成。TCR识别特异性抗原,CD3向细胞内传递信号,共同完成信号传导功能。 每个T细胞表面约有3000~30000个TCR分子。 CD4分子以单体形式存在,与MHC-II类分子的β2结构域结合;CD8分子是由α链和β链组成的异二聚体,与MHC-I类分子的α3功能区结合。 3. 初始T细胞:CD45、TCR-CD3、CD28、CD4/CD8 活化T细胞:CD152(CTLA4)、CD279(PD-1) 全活化T细胞:CD134(OX40) ? ?
SDH/E1/T1/E3/T3/STM/TDM相关名词介绍 同步数字系列 Synchronous Digital Hierarchy SDH是为了使正确适配的净负荷在物理传输网(主要是光缆)上传送而形成的一系列标准化的数字传送结构 推荐的 E1 系统,一种是由 ANSI 的 T1 系统。 E1 和 T1 TDM 最初应用于电话公司的数字化语音传输,与后来出现的其它类型数据没有什么不同。 E1 和 T1 TDM 目前也应用于广域网链路。 E1/T1都是 ITU-T统一规定的电接口速率。 E1是欧洲标准的基群速率 2.048Mbps, T1是北美和日本标准的基群速率 1.544Mbps。 E3/T3都是三次群的电接口速率, E3的传输速率是 34Mbps, T3是 44Mbps。这个就是移动通信方面的知识,都是在移动传输上用到的东西。
前面我们简单的介绍过免疫组库以及单细胞免疫组库的应用。今天给大家介绍一个做免疫组库数据分析很实用的数据库IMGT,以及如何使用R从IMGT批量下载B细胞和T细胞受体VDJ序列文件。 一、IMGT简介 IMGT (http://www.imgt.org/)是免疫遗传学(ImMunoGeneTics)的缩写,专注于所有脊椎动物物种的免疫球蛋白、T细胞受体(T-cell Receptors B细胞受体VDJ序列文件的下载链接如下,留给大家自己练习吧!
看到了一个超详细的对T细胞亚群进行分析的文献,分享给大家! ### # 创建一个空的list对象 cell_markers <- list() # CD4+ T细胞亚群 cell_markers$`Naive T cells` <- c("CCR7", "SELL , "IL2RA", "CTLA4", "TIGIT", "TNFRSF18", "MAGEH1", "SAT1", "CCR8", "KZF2", "IL10", "BATF") # CD8+ T细胞亚群 cell_markers$`TSEN` <- c("低表达CD27") cell_markers$`p-TEX` <- c("TCF7", "CD27", "CD28", "EOMES") # 非常规T细胞亚群 ") # 细胞毒性 (Cytotoxicity) t_cell_states$`Cytotoxicity` <- c("GZMK", "GZMA", "GZMB", "NKG7", "PRF1", "
基本介绍 immgen T 开源项目”联合41个实验室,绘制了包含62万余个细胞的小鼠T细胞综合图谱,整合多组学数据揭示了8大类及114个亚群,旨在全面解析T细胞在不同组织和免疫亚群的多样性。 小鼠T细胞综合图谱包括在单细胞水平上进行分析,整合mRNA测序、表面蛋白表达(CITE-seq/TotalSeq)和TCR-V测序(配对α/β链)。 样本信息:包含多个Cluster(如Cluster 1, 2, 3, 4, 5, 7, 9, 10, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 20, 21, 22, 23, 25, 28 单细胞Treg细胞亚群交互模块 Rosetta2浏览器浏览单细胞数 1.在这个界面,选择不同细胞亚群或者不同数据集中单细胞数据,可以在2处进行搜索,3处进行单个数据集的进一步分析。 2. 总结:ImmgenT 模块,是研究T细胞相关基因在不同组织与不同细胞亚群重要资料,是研究基因在发育过程中组织与细胞特异性的百科全书。
二、T细胞活化的双信号机制T细胞的完全活化依赖于两个独立但协同的信号传导通路。第一信号由TCR/CD3复合物识别APC表面的抗原肽-MHC分子复合物所触发,决定了T细胞应答的特异性。 试剂盒通常包含以下关键组分:抗CD3抗体:作为第一信号的模拟物,抗CD3抗体可与T细胞表面的CD3分子结合,交联TCR复合物,触发初始激活信号。 OKT3是最早应用于临床的抗CD3单克隆抗体,至今仍是T细胞激活的金标准试剂。 目前最常用的方法是将抗CD3和抗CD28抗体包被于磁珠表面,与分离的T细胞共孵育,提供持续的激活信号。该方法的优势在于激活效率高、可标准化操作。 过度激活可能导致T细胞耗竭,表现为抑制性受体(如PD-1、TIM-3)上调、效应功能丧失;激活不足则导致细胞失能或增殖失败。
在TME内,效应T细胞多个抑制性受体表现出高表达,例如PD-1、TIM3、TIGIT和LAG3,它们被认为是功能失调状态(T细胞衰竭)的标志。 卵巢癌的一个末端Tex细胞子集表达了Treg细胞主导的TF FOXP3(图2E),这些CD8+FOXP3+T细胞倾向于与表达CXCL13的细胞共享TCR,这意味着CD8+FOXP3+T细胞和CXCL13 由于FOXP3对Treg细胞功能很重要,因此CD8+FOXP3+T细胞(CD8+Treg细胞)与耗竭之间的联系值得进一步研究。 全局扩散图和RNA速度分析表明,CD4+T细胞可以从幼稚T细胞分别发育为Temra细胞、TFH/TH1细胞或TNFRSF9+Treg细胞(图3A)。 图3 潜在肿瘤反应性CD4+T细胞的特性 TME塑造肿瘤浸润性T细胞图谱 作者检测了与肿瘤中不同T细胞组分相关的外在因素。
这里我们选择单核细胞作为发送者,记忆型CD4+ T细胞作为接收者。 cat("发送细胞(CD14+ Mono)数量:", length(sender_cells), "\n") cat("接收细胞(Memory CD4 T)数量:", length(receiver_cells 这里我们比较记忆CD4+ T细胞和初始CD4+ T细胞的差异基因。 应用于实践的时候你可以扩展分析,将多个细胞类型定义为发送者,例如同时考虑CD14+单核细胞和FCGR3A+单核细胞: # 定义多个发送细胞类型 sender_cells_CD14 <- WhichCells 通过本教程的分析流程,我们确定了PBMC中单核细胞可能向记忆CD4+ T细胞发送的关键信号分子,以及这些信号可能影响的下游靶基因。
本系列持续更新Seurat单细胞分析教程,欢迎关注! 我们在这里选择了 10 个,但鼓励用户考虑以下事项: 树突状细胞和 NK 与 PC 12 和 13 密切相关的基因定义了罕见的免疫子集(即 MZB1 是浆细胞样 DC 的标记)。 我们发现,将此参数设置在 0.4-1.2 之间通常会为大约 3K 细胞的单细胞数据集带来良好的结果。对于较大的数据集,最佳分辨率通常会增加。可以使用 Idents() 函数找到簇。 AAACATACAACCAC-1 AAACATTGAGCTAC-1 AAACATTGATCAGC-1 AAACCGTGCTTCCG-1 ## 2 3 2 1 ## AAACCGTGTATGCG-1 ## 6 ## Levels: 0 1 2 3 4 5 6 7 8 未完待续,持续更新
1.追踪系统的基因构建原理 通过基因编辑实现 T 细胞发育阶段的特异性标记: 基因插入策略:在 TCRδ 基因(T 细胞受体 δ 链)的恒定区下游插入Cre-ER基因片段。 因此,Cre-ER片段会仅在 DP 阶段的 T 细胞中存在,SP 及后续阶段的 T 细胞中则消失。 T 细胞中生效); 追踪过程:标记胸腺中的 DP T 细胞后,观察这些细胞在衰老过程中向胸腺 SP 阶段、外周脾脏 CD4+ T 细胞的迁移 / 留存情况。 实验结果(流式细胞术数据): 注射后第 3 天(D3):胸腺 DP 细胞中 61% 被标记,胸腺 CD4SP 细胞中 28% 被标记,脾脏 CD4 细胞中仅 1.2% 被标记; 注射后第 11 天(D11 意义:这个系统实现了对 αβ T 细胞发育特定阶段(DP 阶段)的 “时间特异性标记”,可以精准追踪这些细胞在体内的分化、迁移和衰老命运,为研究 T 细胞发育、免疫记忆维持等提供了工具
T细胞属于淋巴系,T细胞根据CD4或CD8共受体(TCR)的表达,分为CD4和CD8两种类型。然而,按照不同的命名方式,我们将T细胞分为不同的类别。 Memory T cell:“记忆细胞”指的是经历激活和分化的幼稚T细胞后代。Anergic T cell:先前被激活但持续处于低反应状态的T细胞。 cell):在有利于T_reg细胞分化的细胞因子存在下,在体外被分化成T_reg细胞的CD4+ T细胞。 四、记忆T细胞亚群TCM (T central memory) cell:能够穿越静息状态的高内皮微静脉,通常在抗原刺激下表达IL-2,并通常保持增殖和分化为效应T细胞、T_EM细胞和T_RM细胞的能力 T_PEX细胞能够响应持续存在的抗原进行自我更新,并分化为更效应细胞样的耗竭CD8+ T细胞和终末分化耗竭CD8+ T细胞。
CD45 分别富集免疫细胞和非免疫细胞 CD3 分别富集 T 细胞和非 T 细胞 EPCAM 富集上皮细胞 建库方法: 10x Genomics Single Cell 3' v2 and 5’ Reagent 胸腺基质和 T 细胞的协调发育 早期胎儿胸腺(7 - 8 PCW)中,淋巴细胞主要包括 NK 细胞、γδ T 细胞和 ILC3;分化中的 αβ T 很少,主要处于 DN 阶段。 基因,例如early DN(ST18)、DP (AQP3)和 DP-to-SP 过渡态(TOX2),并且构建了 T 细胞谱系定向相关的转录因子调控网络 ? Treg 和非经典 T 细胞的发育 作者鉴定出了多种非经典 T 细胞,例如 Treg(FOXP3)、CD8αα+ T、NKT 样细胞(EOMES, NKG7, IFNG, TBX21)以及 TH17 样细胞 Treg(diff) 和 T(agonist) 可能代表了人类胸腺中的两种 Treg 祖细胞 作者进一步将 CD8αα+ T 细胞分为 3 群:CD8αα+ T(I)(GNG4, CREB3L3, CD72
b站免费视频课程 地址:https://www.bilibili.com/video/BV19Q4y1R7cu 很多小伙伴在实践我们的教程的时候,会注意到一个很有意思的现象,就是某个单细胞亚群既有T细胞也有 B细胞的标记基因,如下所示,其实很简单: 某个单细胞亚群既有T细胞也有B细胞的标记基因 可以看到, 这个cycling 亚群就是 既有T细胞也有B细胞的标记基因,实际上是因为它们这群细胞高表达 TOP2A 和MKI67基因,处于比较活跃的细胞增殖状态,这样无论它本身是 T细胞还是B细胞,它们的这个状态使得它们在普通的降维聚类分群的流程里面就会被混合在一起。 breast cancer》,也提到了这样的现象: 这个文章的研究者们的解决方案是单独拿出来这个 cycling 亚群 进行继续细分,所以就有了如下所示: . d, UMAP depicting the T-cell phenotypes detected in the proliferative T-cell subcluster.
数据介绍 对3名健康人与3名UC患者的结肠CD8+T细胞进行单细胞转录组测序,共获得8,581 个细胞。 测序平台:10x Genomics。 层次聚类发现了只在特定T细胞亚群中表达的网络(图3A)。 通过伪时间分析绘制线性进化轨迹: 从初始T细胞 到记忆T细胞、组织驻留的T细胞(TRM)、GZMK+效应T细胞,最后到IL26+细胞(图3B,C)。 初始T细胞、MAIT和双阳性(DP) T细胞群体表现较高的克隆多样性,大多数细胞表达独特的TCR CDR3序列(图3F)。 在健康结肠的CD8+细胞中,组织驻留的T细胞(TRM)富集了最高的T细胞克隆(图3G)。
B-ALL中有2个耗竭性T细胞群,其特征是 TIGIT、PDCD1、HLADRA、LAG3 和 CTLA4高表达。 在健康个体中,T 细胞大部分保持在 G0/G1 状态,B-ALL中有大约20.4%T细胞处于增殖状态(FigS3 C and D)。 Fig2 E and F 3.B-ALL 中耗竭 性T 细胞的转录组学异质性 接着他们重点放在耗竭性T细胞亚群上。首先 CD4/CD8耗竭性T细胞亚群可进一步细分为10个亚群(Fig 3A)。 Fig3 E and F 4.TCR分析表明 B-ALL 患者存在广泛的 T 细胞转变 接下来进入TCR部分。 (备注:3种颜色对应3个 TCR 克隆扩增组,其中“> = 3”表示至少有三个 T 细胞表达相同的 TCR 克隆型,“2”表示有两个 T 细胞表达相同的 TCR 克隆型,“1” ”表示只有一个 T 细胞表达的
to immunotherapy resistance文献中的CD8T细胞功能基因集评分,今天卡卡继续带大家学习这篇推文中的CD4T细胞功能基因集评分。 往期推文如下:跟着顶刊学习单细胞CD8T细功能基因集评分!回复20250411获取本期数据的CD4T细胞功能基因集评分! rescale函数##这里加载自己的CD8T细胞处理好的Seurat对象即可load("CD4_Obj.Rdata")CD4_Obj$seurat_clusters=as.factor(CD4_Obj$ seurat_clusters)加载CD4T细胞功能基因集library(scales)# 设置输出路径figurePath <- ". 后台回复20250411获取本期数据的CD4T细胞功能基因集评分!