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Luogu P4088 Slingshot P 题解
Luogu P4088 [USACO18FEB]Slingshot P 题解 Preface 题目链接 rua!调了半天发现原来是 id 的问题。。。 Code // Problem: P4088 [USACO18FEB]Slingshot P // Contest: Luogu // URL: https://www.luogu.com.cn/problem
43710编辑于 2022-09-19 - 来自专栏文献分享及代码学习
单细胞转录组学轨迹分析解析1-Slingshot
基于上述方法，作者提出了Slingshot方法，一种专为多个分支谱系设计的新型谱系推理工具。Slingshot 分析主要有两步：1）全局谱系结构的推断2）沿每个谱系的细胞的拟时序变量进行推断。 Slingshot 方法在开源 R 包 slingshot 中实现（https://github.com/kstreet13/slingshot 获取），并通过 Bioconductor 项目 (http 因此Slingshot可以灵活的捕获到复杂的系谱结构，并处理高噪音的单细胞数据。 Slingshot允许进行多谱系检测，而无需预先指定或限制谱系数量。反之，Slingshot提供了一个框架，用于选择性地合并本地化的已知的生物学知识，该分析方法不会限制谱系分析部分及全部内容。 Slingshot的准确率分数分布同样是双峰的，但两个峰值都略高。Conclusions我们引入了一种新的方法，Slingshot，用于单细胞基因组学数据中的谱系和拟时序推断。
2.5K10编辑于 2023-11-06 - 来自专栏生信菜鸟团
比monocle更快的slingshot-CNS高分文章常用
单细胞一文全打通 ---- slingshot包可以对单细胞RNA-seq数据进行细胞分化谱系构建和伪时间推断，它利用细胞聚类簇和空间降维信息，以无监督或半监督的方式学习细胞聚类群之间的关系，揭示细胞聚类簇之间的全局结构 运行slingshot的至少需要两个输入文件：即细胞在降维空间中的坐标矩阵和细胞聚类群的标签向量。 /slingshot/rna",recursive = T) setwd("~/silicosis/fibroblast_myofibroblast/slingshot/rna") getwd() library(slingshot) #https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/slingshot/inst/doc/vignette.html /slingshot.Rdata")
5K11编辑于 2023-09-09 - 来自专栏R语言及实用科研软件
🧐 Slingshot | 细胞分化轨迹这样做比较简单哦！~（一）
2用到的包 rm(list = ls()) library(slingshot) library(tidyverse) library(uwot) library(mclust) library(RColorBrewer _1) ---- colData(sce)$slingshot ---- single-trajectory colors <- colorRampPalette(brewer.pal(11, sce5 <- slingshot(sce, clusterLabels = 'GMM', reducedDim = 'PCA', approx_points = 这个时候我们可以用predict函数， pto <- sce$slingshot newPCA <- reducedDim(sce, 'PCA') + rnorm(2*ncol(sce), sd = 2) newPTO <- slingshot::predict(pto, newPCA) ---- 原细胞轨迹为灰色哦。
99320编辑于 2023-09-04 - 来自专栏文献分享及代码学习
单细胞转录组学轨迹分析解析3-Slingshot代码解析
3 Using Slingshot基于此，我们已拥有在模拟数据集上运行Slingshot所需的准备文件。 Slingshot包装函数在单个调用中执行轨迹推理的两个步骤。必要的输入是坐标的降维矩阵和一组聚类标签。 为了使用 PCA 产生的降维和高斯混合建模识别的聚类标签来运行Slingshot，我们将进行以下操作：sce <- slingshot(sce, clusterLabels = 'GMM', reducedDim 如果未提供降维，则 slingshot 将使用 reducedDims 返回的列表中的第一个元素。输出是一个 SingleCellExperiment 对象，其中包含Slingshot结果。 Functional 在这里，我们提供了更多详细信息，并重点介绍了Slingshot包的一些附加功能。
4.6K10编辑于 2023-12-05 - 来自专栏R语言及实用科研软件
🧐 Slingshot | 细胞分化轨迹的这样做比较简单哦！~（二）
~ 好吧，今天的教程接上次的继续，依然是slingshot。 ---- 上次有小伙伴问做这个分析有什么用？？？ 2用到的包 rm(list = ls()) library(slingshot) library(tidyverse) library(uwot) library(mclust) library(RColorBrewer rd2 <- rbind(rd, cbind(rd[,2]-12, rd[,1]-6)) cl2 <- c(cl, cl + 10) pto2 <- slingshot(rd2, cl2, omega
92320编辑于 2023-09-04 - 来自专栏文献分享及代码学习
单细胞转录组学轨迹分析解析2-Slingshot代码解析
通过上节对Slingshot文献的基本讲解，对这个拟时序的分析方法有了基本的了解，作者也公布了流程的代码，并分享在https://bioconductor.org/packages/release/bioc /vignettes/slingshot/inst/doc/vignette.html上。 我们将利用Street等中提出的Slingshot(Street, Risso et al. 2018)，并对他们的应用内容进行展示。 Slingshot的目标是使用细胞亚群的结果对全部发育结果进行可视化，并将这种结构转换为由一维变量表示的平滑谱系，称为“拟时序”。 2 Upstream Analysis 2.1 Gene Filtering 上一节提到的Slingshot也可以用于前面的数据过滤等流程分析，作者也是提供了相应的代码。
1.7K30编辑于 2023-11-07 全球Top500超算公布：El Capitan蝉联第一，中国超算跌至20名之外！
第四代 EPYC处理器（24 核，1.8 GHz）和 AMD Instinct MI300A 加速器，拥有 11,039,616 个计算核心，运行于HPE Cray EX255a 架构下，并使用HPE Slingshot 其采用了HPE Cray EX235a架构，2GHz AMD EPYC 64C CPU和AMD Instinct 250X GPU，共有8699904个CPU和GPU核心，并借助于HPE Slingshot Aurora 基于HPE Cray EX网络和Slingshot 互连技术，整合了21248个Intel Xeon Max系列CPU、63744个Intel Max系列GPU、20.42PB内存。 该超算位于瑞士国家超级计算中心 (CSCS) ，采用 HPE Cray EX254n 系统，配备英伟达Grace 72C和英伟达GH200超级芯片以及 Slingshot 互连技术。 该超算安装在芬兰 CSC 的 EuroHPC 中心，基于HPE Cray EX235a系统，AMD第三代EPYC 64C 2GHz处理器，AMD Instinct MI250X加速器，Slingshot
7110编辑于 2026-03-19- 来自专栏存储公众号：王知鱼
FAM与CXL：HPC存储架构的未来机遇
关于 Slingshot 网卡 Slingshot网卡是由Mellanox（现为NVIDIA的一部分）开发的高带宽、低延迟网络技术，专为高性能计算（HPC）、人工智能（AI）、数据中心以及其他需要大规模并行计算的应用场景设计 Slingshot网卡的特点: 高带宽和低延迟: Slingshot网卡的最大特点是其极高的带宽和极低的延迟，能够满足大规模并行计算的需求。 Slingshot的带宽可以达到400Gbps，远高于传统以太网和InfiniBand技术。 适用于大规模并行计算: Slingshot非常适合用于超级计算机、大规模分布式计算、机器学习和AI训练等对数据传输要求极高的场景。 节点连接包括： Slingshot网卡:每个节点有两个Slingshot网卡，支持每个端口25 GB/s的带宽。 Cassini:高带宽的互连系统，连接多个节点和设备。
66010编辑于 2025-02-21 - 来自专栏单细胞天地
单细胞测序最好的教程（十五）：最具代表性的拟时序计算模型合集
作者按 本章节主要讲解了不基于RNA速率的三种拟时序模型的代表算法，包括扩散时间，Slingshot，Palantir，VIA等，并简单介绍了细胞的状态转移。 这种方法的一个显著代表是 Slingshot [Street等人，2018年]。 3）基于状态转移概率：概率框架将转移概率分配给有序的细胞对。每个转移概率量化了参考细胞是其他细胞祖先的可能性。 基于流形学习的轨迹推断 Slingshot是一个独特的健壮和灵活的工具，它结合了高度稳定的技术必要的噪声单细胞数据和能力，以确定多个轨迹。 ","Endothelial" ], ) 我们可以发现，在小鼠齿状回神经元数据上，扩散模型在部分细胞中取得了较好的效果，但是其对于终点细胞的识别存在谬误，大部分细胞被定义为了终点细胞，而对比slingshot ，slingshot不仅捕获了齿状回神经元和星形胶质细胞两条不同的发育轨迹，对于其他细胞的拟时序值也有一个较好的识别，如OPC与OL。
2.1K10编辑于 2024-04-15 - 来自专栏机器之心
A卡的锅？世界第一超算Frontier，启动至今无法连续工作一天
Frontier 是业界首个使用 AMD 的 64 核 EPYC Trento 处理器、Instinct MI250X 计算 GPU 和 Hewlett Packard Enterprise（HPE）的 Slingshot InsideHPC 曾报道称有人说故障原因是系统遇到了 Slingshot 互连的问题。 Justin Whitt 没有证实该系统遇到了 Instinct 或 Slingshot 等任何特定问题，他只是强调该机器存在许多硬件问题。 橡树岭国家实验室的 Frontier 超级计算机并不是唯一一个使用 HPE Cray EX 架构、 Slingshot 互连、AMD EPYC CPU 和 AMD Instinct 计算 GPU 的系统
76320编辑于 2022-10-11 - 来自专栏单细胞天地
发育谱系推断及可视化
有了表达矩阵、高变化基因、分群信息和发育时期信息，就能进行谱系推断，有很多方法可以构建发育谱系，比如DiffusionMap、Slingshot ? colour=female_stagePalette ) 可以看到，这个函数主要就是选取了前3个DC成分，做了三维空间的映射，然后把点的颜色分别按照cluster和stage两种不同的属性上色 2 进行Slingshot condition=factor(female_clustering) data <- data.frame( dm@eigenvectors[,dim] ) female_lineage <- slingshot 小结 构建发育谱系，先走一下DiffusionMap的流程，得到几个重要的DC；接着走一下Slingshot函数，就会得到谱系结果 ---- 3 谱系发育相关基因可视化 最初我们知道细胞有6个时期（就是取样的
2K30发布于 2020-03-30 - 来自专栏人生代码
空投/白名单完整指南——DEX聚合器系列
https://app.slingshot.finance/ XY金融 XY Finance 是一个类似于 Anyswap 的跨链 DEX 聚合器。详细的代币经济学，但还没有发布代币的时间表。
95310发布于 2021-10-12 - 来自专栏VRPinea
Magic Leap首届开发者大会|Magic Leap One向全美发货，首日以游戏内容为主
Grordbort’s Invaders》、基于《Angry Birds（愤怒的小鸟）》IP的全新游戏《AngryBirds FPS: First Person Slingshot》、美国家居电商Wayfair 在今日的Magic Leap开发者大会上，Magic Leap正式宣布《Angry BirdsFPS: First Person Slingshot》支持用户通过Magic Leap官网免费下载。 据悉，《Angry Birds FPS: First Person Slingshot》一共有28关，支持MagicLeap One用户免费下载，而且没有任何应用内购买。 ?
63220发布于 2018-10-19 - 来自专栏大数据文摘
2014年科技界的十五大败笔
Facebook阅后即焚应用Slingshot Facebook今年共发布了三款应用：Paper，Slingshot和Rooms，可三款应用对于用户而言都缺乏吸引力。 三款失败的应用里面必须得着重提到Slingshot，因为这是Facebook至今以来推出的最混乱的一款产品。
55790发布于 2018-05-21 - 来自专栏生信菜鸟团
2025年中盘点：数据挖掘在降温？这些模型依然是科研主力
marker展示） 特定marker在各细胞群中的表达 Feature Plot 单个基因在UMAP图上的空间分布 Pseudotime Trajectory 发育轨迹或分化路径展示（Monocle / Slingshot 免疫分析 CIBERSORT、TIMER、xCell（免疫浸润） ESTIMATE（肿瘤纯度和免疫评分） MCP-counter、EPIC 单细胞分析模型 Seurat、Scanpy、Monocle、Slingshot 比较不同组别的功能通路活跃程度（炎症、代谢、细胞周期等） ssGSEA、GSVA、PathwayScore 气泡图、条形图、GSEA曲线 「时间/发育轨迹模型」 模拟细胞分化过程或治疗前后的动态变化 Monocle、Slingshot
39111编辑于 2025-07-03 - 来自专栏云深知网络 可编程P4君
挑战 InfiniBand，超以太网联盟不是第一个！
，ChatGPT训练网络的“非著名”架构 哪里有大店 哪里就有星星之火 2019 年惠普花费 13 亿收购 Cray Cray就是改造以太用于 HPC 的先驱之一 惠普公司建造的 HPC 中 Slingshot
78530编辑于 2023-09-05 - 来自专栏好奇心Log
视界：新NCAR-WYOMING超级计算机将加速科学探索
它将采用 HPE Slingshot，这是专为高性能系统开发的专用网络解决方案，可满足对数据密集型工作负载的更高速度和拥塞控制的需求。 Tensor Core GPU，包括 40GiB HBM2 内存和 600 GB/s NVIDIA NVLink GPU 互连 总内存为 692 TB Dragonfly topology 中的 HPE Slingshot (v11) 高速互连 同构计算节点配备一个 Slingshot 注入端口，GPU 节点每个节点配备 4 个 Slingshot 注入端口 HPE Slingshot 带宽为每个方向每个端口 200 Gb /s HPE Slingshot MPI 延迟为 1.7-2.6 微秒 8 个登录节点，每个登录节点均有 512 GB DDR4-3200 内存 六个节点，配备 2 个 AMD EPYC 7742 CPU
76410发布于 2021-03-25 - 来自专栏单细胞天地
dyno使用教程--1个R包实现59种单细胞轨迹推断分析
运行TI方法 model_slingshot <- infer_trajectory(dataset, methods_selected[1]) model_paga_tree <- infer_trajectory 简单可视化 model <- model_slingshot plot_dimred( model, expression_source = dataset$expression, grouping = dataset$grouping ) slingshot ? 应该使用一些外部信息来“确定”轨迹，例如使用一组marker基因 添加rooting gene列表，这里需要根据具体的生物学问题来定，为了更快速的演示，我不再深究，这里仅给一个示例作为演示用 # 初步来看我认为slingshot 方法得到的结果和我的预期比较相近，后续将以此方法得到的model进行后续演示 model <- model_slingshot model <- model %>% add_root_using_expression
7.4K43发布于 2020-03-30 - 来自专栏飞总聊IT
天下武功唯快不破之努力，不要脸，努力不要脸的Faccebook
一计不成之后，Facebook又搞了一个叫做Slingshot的东西。这也是Snapchat的另外一个克隆版。唯一的区别是如果你不回别人的消息，就看不到别人给你发了什么鬼。 所以Slingshot火了一阵子。 但是有点类似子弹短信，好奇心过去以后，大家又没兴趣了。
91230发布于 2018-12-13
腾讯云开发者
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