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Seurat, SeuratObject and Matrix version issue
如果你在安装和使用Seurat (v5) and SeuratObject (v5) 过程中，出现了一些关于Matrix package的问题，可以看看本文。 ).library(Seurat)library(SeuratObject)Error: package or namespace load failed for ‘SeuratObject’ in dyn.load 我发现1.6-2版本可以正常安装。 而Matrix package就需要Fortran compiler，我电脑没有安装，所以我需要安装fortran编译器。5). Also, downstream analysis is fine without any errors.6).
4.7K61编辑于 2023-11-21 - 来自专栏生信技能树
假如你不喜欢最新版的Seurat包的单细胞理念
Seurat流程做出来了大量的公共数据集的单细胞转录组降维聚类分群流程，100多个公共单细胞数据集全部的处理，链接：https://pan.baidu.com/s/1MzfqW07P9ZqEA_URQ6rLbA 也是V5了，这样的话如果新人开始学单细胞转录组技术分析流程，使用默认的安装代码，就默认安装了V5版本的SeuratObject 和Seurat，非常可怕！！！ _4.1.3.tar.gz 2022-11-07 19:50 185K [ ] SeuratObject_4.1.4.tar.gz 2023-09-27 00:30 186K 首先卸载你默认安装的 然后就可以简单的使用代码去卸载你默认安装的V5版本的SeuratObject 和Seurat： remove.packages(“SeuratObject”) remove.packages(“Seurat 然后安装旧版本的SeuratObject 和Seurat 安装旧版本的SeuratObject 和Seurat需要首先拿到网页链接地址，然后从网页安装 # 4 download from URL packageurl
3.9K21编辑于 2023-11-14 - 来自专栏ops技术分享
openstack安装（6）
4.升级安装包 yum upgrade reboot #重启 5.安装 OpenStack 客户端 yum install -y python-openstackclient yum install -y openstack-selinux #如果启用了 SELinux ，安装 openstack-selinux 包实现对OpenStack服务的安全策略进行自动管理
33030发布于 2021-05-06 - 来自专栏技术杂记
Zabbix Agent 安装6
，创建 Graphs ，拼接 Screens 就可以展示出非常炫目的dashboard效果 ---- 命令汇总 wget http://repo.zabbix.com/zabbix/2.4/rhel/6/ x86_64/zabbix-release-2.4-1.el6.noarch.rpm zabbix_get -s zbx-target -p 10050 -k "system.cpu.load[all,
88010编辑于 2022-03-21 - 来自专栏Java架构师必看
CentOS 6安装DHCP
#wgetftp://ftp.isc.org/isc/dhcp/dhcp-4.2.3/dhcp-4运维
69020发布于 2021-03-22 - 来自专栏雨过天晴
CentOS 6 安装 Docker
安装 EPEL 两种方式 直接安装： yum install epel-release 还可以替换清华源 通过链接安装： yum install https://dl.fedoraproject.org /pub/epel/epel-release-latest-6.noarch.rpm 可查看官方说明 更新下依赖软件 sudo yum update -y 安装 Docker 添加用户组 添加一个 docker Docker CentOS7 以上系统，可通过 curl -sSL https://get.docker.com/ | sh 直接指向安装脚本，这里是用 yum 安装。 镜像加速 目前国内已有几个成熟的镜像加速，这里以 DockerCn 为例: CentOS6 通过编辑 /etc/sysconfig/docker 文件的 other_args 参数实现镜像加速。 be overriden by setting the following environment variable. # # DOCKER_TMPDIR=/var/tmp 此示例仅适用于 CentOS6，
2.4K30发布于 2019-03-12 - 来自专栏iSharkFly
Confluence 6 安装指南
在你开始之前 在你开始安装 Confluence 之前，请确定你的安装环境满足 最小系统安装要求和支持的平台. 选择你的安装方式 有多种方式可以对 Confluence 进行安装。请针对你的安装环境选择最合适的安装方式。 安装方式 这个方式适合你吗？ 使用安装文件（installer）来安装 ConfluenceWindowsLinux 这个安装方式将会使用安装器对 Confluence 进行安装。 使用安装文件（installer）来安装 Confluence Windows Linux 这个安装方式将会使用安装器对 Confluence 进行安装。 https://www.cwiki.us/display/CONF6ZH/Confluence+Installation+Guide
1.1K40发布于 2019-03-14 - 来自专栏iSharkFly
Confluence 6 安装 PostgreSQL
如果你的系统中还没有安装 PostgreSQL 数据库，你需要先下载后进行安装。 在安装 PostgreSQL 时候的一些小经验： 在安装的时候提供的 密码（password ）是针对 'postgres' 账户的，这个账户是 root-level 级别的账户。 不要在安装完成后运行 Stack Builder 。 https://www.cwiki.us/display/CONFLUENCEWIKI/Database+Setup+for+PostgreSQL
97620发布于 2019-01-31 - 来自专栏thinkphp+vue
ThinkPHP6 安装
6.0 版本开始，必须通过 Composer 方式安装和更新，所以你无法通过 Git 下载安装。 PHP >= 7.1.0 一、安装 Composer 在windows中，下载Composer软件 第一步：双击下载好的composer运行程序 第二步：选择要安装的盘符 第三步：选择php版本。 Composer 如下图： 在此处安装也是一样的，安装成功后在cmd命令行也是可以使用的，我使用的是 Composer官网下载的应用程序安装的。 三、Composer 下载、安装ThinkPHP6 先切换到php环境根目录 cd d:/phpstudy/www 在执行下载Thinkphp6命令。 最后的tp6，是新建个tp6目录，可更改 composer create-project topthink/think tp6 更新Thinkphp6核心 composer update topthink
1.5K31发布于 2021-04-16 将SeuratV5降为V4：目前试过最简便的方法，复制黏贴可用
先正常下载SeuratBiocManager::install("Seurat")BiocManager::install("SeuratObject")#此时的版本> packageVersion(" Seurat")[1] ‘5.1.0’> packageVersion("SeuratObject")[1] ‘5.0.2’> packageVersion("Matrix")[1] ‘1.6.1.1’ 然后单独卸载Seurat和SeuratObjectremove.packages("SeuratObject")remove.packages("Seurat")#detach(package:Seurat 'spatstat.core' are not available for package 'Seurat'此处的E:/develop/handmake_install_packages请更改为你本人安装这几个软件包的路径 ，但因为安装SeuratObject需要的Matrix软件包的版本为1.5-4，而下载Matrix过程中又要依赖spatstat.core软件包，因此在本地或者github下载这几个包。
4.3K00编辑于 2024-07-19- 来自专栏Java架构师必看
Eric6安装_坐便器安装视频
Eric6安装_坐便器安装视频装了一下午的Eric6，终于在这篇文章帮助下成功了。 今天说一说Eric6安装_坐便器安装视频,希望能够帮助大家进步!!! 装了一下午的Eric6，终于在这篇文章帮助下成功了。 继续安装QScintilla，直接在命令行运行下面命令： pip install QScintilla 好的，现在去网上下载Eric6的安装包，http://eric-ide.python-projects.org 通过cd命令，在命令行跳转到解压文件所在目录（如果跨盘符，比如现在在C盘，要去D盘，先输入d:，然后回车） 安装Eric6，运行下面命令： 此代码由Java架构师必看网-架构君整理 python 安装成功，现在很多人开始上愁了，安装完eric6，那么图标在哪，怎么启动？ 有两种方法供你选择，第一种官方的，打开命令行，直接输入 eric6 回车，系统就会启动。
39820编辑于 2022-05-03 - 来自专栏乐沙弥的世界
Linux 6下安装编译安装Nginx
本文演示了基于Linux 6下编译安装Nginx，供大家参考。 一、安装环境 # cat /etc/issue Red Hat Enterprise Linux Server release 6.3 (Santiago) Kernel \r on an \m # nginx -v nginx version: nginx/1.8.0 二、配置安装环境 ###为简化安装及配置，此处关闭了防火墙，生产环境建议开启 # service iptables stop # chkconfig config SELINUX=disabled ###创建用户及组 #groupadd -r nginx #useradd -s /sbin/nologin -g nginx -r nginx ###安装环境依赖包 \ --with-http_spdy_module \ --with-ipv6
2.2K10发布于 2018-08-13 - 来自专栏生信菜鸟团
玩转服务器-配置SeuratV4环境
Seurat V4 先正常安装Seurat，会默认安装V5版本及Seurat相关依赖包 #配置Seurat V4 #检查路径设置 .libPaths() #正常安装 install.packages ("SeuratObject") install.packages("Seurat") ##安装后检查 library(Seurat) installed.packages()["Seurat", c "SeuratObject")) #安装Seurat V4 install.packages('SeuratObject',repos=c('https://satijalab.r-universe.dev ()["SeuratObject", c("Package", "Version", "LibPath")] 成功安装SeuratObject 安装 Seurat V4 可能会遇到报错。 ，再次执行安装命令，即可成功安装。
82910编辑于 2025-04-02 - 来自专栏分析工具
Seurat4/Seurat5共存技巧学习
::install_version("SeuratObject", "4.1.4") remotes::install_version("Seurat", "4.4.0")# 重启设定V4路径.libPaths (c("/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.4-arm64/Resources/seurat4"))packageVersion("SeuratObject 第一次安装先安装SeuratV5，再安装SeuratV4# 确定路径，安装V5.libPaths()rm(list = ls()) install.packages('Seurat')library(Seurat )packageVersion("Seurat")packageVersion("SeuratObject")# 流程同上# 安装V4.libPaths()# 创建文件夹，放V4dir.create(" ("SeuratObject", "4.1.4") remotes::install_version("Seurat", "4.4.0")# 重启确认packageVersion("SeuratObject
69700编辑于 2024-08-24 - 来自专栏生信技能树
从零开始配置R编程语言软件环境
一直提示我要更新 而且很多人遇到了seurat版本问题 ： seurat版本问题 因为新手第一次安装，默认安装最新版，r语言软件，rstudio这个ide软件，里面的各个包！ AppData/Local/R/win-library/4.3" [2] "C:/Program Files/R/R-4.3.1/library" 我的seurat是v4，但是初学者现在开始默认安装的都是 now running under evolution status 2 (status 2 uses the sf package in place of rgdal) Attaching SeuratObject > detach("package:Seurat", unload = TRUE) > detach("package:SeuratObject", unload = TRUE) 一个简单的快捷方式 AppData/Local/R/win-library/4.3 $ ls -d *eurat* Seurat/ mousecortexref.SeuratData/ SeuratObject
68510编辑于 2023-12-28 单细胞分析一 下载数据，加载Seurat 包
Matrix 包版本更高的版本 尝试先卸载再重新安装： remove.packages("Matrix") install.packages("Matrix") 安装完成后，再次尝试加载 Seurat = 1.6.1 最后发现，Matrix没有删除干净，之前下载过其他版本R包，仍有Matrix 移除旧版本的包： remove.packages('Matrix') remove.packages('SeuratObject " %in% installed.packages()) { stop("SeuratObject package was not successfully removed.") } if ("Seurat /src/contrib/Archive/SeuratObject/SeuratObject_4.1.4.tar.gz https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive /Seurat/Seurat_4.4.0.tar.gz 下载后放在Rpackages常用目录下 安装 Seurat 包 install.packages("D:/packages/SeuratObject
1.8K00编辑于 2024-06-24- 来自专栏iSharkFly
Confluence 6 安装 SQL Server
如果你还没有在安装可以连接的 Microsoft SQL Server 数据库，请先下载后进行安装。请参考 MSDN 上 Installation for SQL Server 的指南。
54550发布于 2019-01-31 - 来自专栏运维前线
CentOS 6 安装Rabbitmq（Cluster）
53893085 Rabbitmq 教程 Rabbitmq 官方文档：http://www.rabbitmq.com/documentation.html Rabbitmq 下载安装 使用教程：http://www.rabbitmq.com/getstarted.html Rabbitmq 博客：http://www.rabbitmq.com/blog/ Rabbitmq 安装 基于epel源，安装Rabbitmq rpm -Uvh http://download.fedoraproject.org/pub/epel/6/i386/epel-release-6-8.noarch.rpm # 安装依赖环境erlang yum install erlang -y # 安装rabbitmq yum install rabbitmq-server -y Rabbitmq 使用 启动Rabbitmq
45640发布于 2019-05-26 - 来自专栏iSharkFly
Confluence 6 安装 Oracle 原
如果你还没有在安装可以连接的 Oracle 数据库，请先下载后进行安装。请参考 Oracle 文档 来获取有关安装的指南。
38430发布于 2019-01-31 - 来自专栏python3
Python -- centos6 安装
回顾：扩展源只能存在一个，当打算安装第二个需要删除第一个，rpm -e epel-release --- 小 Q ----------------------------------------- ------------------------------------------------------------ python2.7安装 环境：centos 6.5 wget https://
72420发布于 2020-01-15
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