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Seurat, SeuratObject and Matrix version issue
如果你在安装和使用Seurat (v5) and SeuratObject (v5) 过程中，出现了一些关于Matrix package的问题，可以看看本文。 ).library(Seurat)library(SeuratObject)Error: package or namespace load failed for ‘SeuratObject’ in dyn.load 我发现1.6-2版本可以正常安装。 所以事情又回到了起点，还是需要安装Matrix 1.6-1. 4). 而Matrix package就需要Fortran compiler，我电脑没有安装，所以我需要安装fortran编译器。5).
4.7K61编辑于 2023-11-21 - 来自专栏生信技能树
假如你不喜欢最新版的Seurat包的单细胞理念
也是V5了，这样的话如果新人开始学单细胞转录组技术分析流程，使用默认的安装代码，就默认安装了V5版本的SeuratObject 和Seurat，非常可怕！！！ _4.1.3.tar.gz 2022-11-07 19:50 185K [ ] SeuratObject_4.1.4.tar.gz 2023-09-27 00:30 186K 首先卸载你默认安装的 V5版本的SeuratObject 和Seurat 记住：卸载之前一定要重启你的r语言或者rstudio，或者保证你的当前环境下没有加载SeuratObject 和Seurat。 然后就可以简单的使用代码去卸载你默认安装的V5版本的SeuratObject 和Seurat： remove.packages(“SeuratObject”) remove.packages(“Seurat 然后安装旧版本的SeuratObject 和Seurat 安装旧版本的SeuratObject 和Seurat需要首先拿到网页链接地址，然后从网页安装 # 4 download from URL packageurl
3.9K21编辑于 2023-11-14 - 来自专栏生信菜鸟团
玩转服务器-配置SeuratV4环境
Seurat V4 先正常安装Seurat，会默认安装V5版本及Seurat相关依赖包 #配置Seurat V4 #检查路径设置 .libPaths() #正常安装 install.packages ")] 然后卸载Seurat 、SeuratObject 的v5版本，卸载之后最好在Rsession选项重启一下Rstudio ##卸载V5版本 remove.packages(c("Seurat", "SeuratObject")) #安装Seurat V4 install.packages('SeuratObject',repos=c('https://satijalab.r-universe.dev ()["SeuratObject", c("Package", "Version", "LibPath")] 成功安装SeuratObject 安装 Seurat V4 可能会遇到报错。 /refdir/Rlib', '/usr/local/lib/R/library') .libPaths(SeuratV5_lib) library(SeuratObject
82810编辑于 2025-04-02 - 来自专栏分析工具
Seurat4Seurat5共存技巧学习
已存在Seurat5版本.libPaths()# /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.4-arm64/Resources/library# 创建目录安装 但笔者一般会把后面的.libPath()去掉，只用一个路径(V4和V5完全独立，当然R包也要装双份，看每个人的习惯)。 第一次安装先安装SeuratV5，再安装SeuratV4# 确定路径，安装V5.libPaths()rm(list = ls()) install.packages('Seurat')library(Seurat )packageVersion("Seurat")packageVersion("SeuratObject")# 流程同上# 安装V4.libPaths()# 创建文件夹，放V4dir.create(" ("SeuratObject", "4.1.4") remotes::install_version("Seurat", "4.4.0")# 重启确认packageVersion("SeuratObject
69700编辑于 2024-08-24 - 来自专栏生信技能树
从零开始配置R编程语言软件环境
一直提示我要更新 而且很多人遇到了seurat版本问题 ： seurat版本问题 因为新手第一次安装，默认安装最新版，r语言软件，rstudio这个ide软件，里面的各个包！ v5，会冲突。 now running under evolution status 2 (status 2 uses the sf package in place of rgdal) Attaching SeuratObject > detach("package:Seurat", unload = TRUE) > detach("package:SeuratObject", unload = TRUE) 一个简单的快捷方式 AppData/Local/R/win-library/4.3 $ ls -d *eurat* Seurat/ mousecortexref.SeuratData/ SeuratObject
68410编辑于 2023-12-28 - 来自专栏全栈程序员必看
Ubuntu安装qt5_qt5安装教程
前言 最近打算学一下QT应用程序开发，所以打算装一个QT桌面环境QtCreator，捣鼓了一阵，把电脑弄坏重装系统之后，终于安装好了，这里分享一下安装的过程 1. QT5安装 环境 Ubuntu14.04 QT5.12.3 首先去QT安装包下载安装包，我这里选择的是目前最新的QT5.12.3 下载好之后赋予可执行权限 chmod +x qt-opensource-linux-x64 /qt-opensource-linux-x64-5.12.3.run 然后一直点下一步或者跳过就好了，安装路径我也是默认的 等待安装完成 2. /lib/libQt5XcbQpa.so.5: undefined symbol: FT_Get_Font_Format 需要下载安装freetype-2.10.0，解压之后执行 cd freetype /lib/libQt5DBus.so.5: symbol dbus_message_get_allow_interactive_authorization, version LIBDBUS_1_3 not
4.3K40编辑于 2022-11-03 将SeuratV5降为V4：目前试过最简便的方法，复制黏贴可用
先正常下载SeuratBiocManager::install("Seurat")BiocManager::install("SeuratObject")#此时的版本> packageVersion(" Seurat")[1] ‘5.1.0’> packageVersion("SeuratObject")[1] ‘5.0.2’> packageVersion("Matrix")[1] ‘1.6.1.1’ 然后单独卸载Seurat和SeuratObjectremove.packages("SeuratObject")remove.packages("Seurat")#detach(package:Seurat 'spatstat.core' are not available for package 'Seurat'此处的E:/develop/handmake_install_packages请更改为你本人安装这几个软件包的路径 ，但因为安装SeuratObject需要的Matrix软件包的版本为1.5-4，而下载Matrix过程中又要依赖spatstat.core软件包，因此在本地或者github下载这几个包。
4.3K00编辑于 2024-07-19- 来自专栏ops技术分享
openstack安装（5）
密码：安装过程中涉及很多服务的密码，为了方便记忆统一为"123456"，生产环境请勿设置 时间：参考文档 http://www.cnblogs.com/panwenbin-logs/p/8384340
49020发布于 2021-05-06 - 来自专栏物联网知识
安装KEIL 5
一、获取 KEIL5 安装包 要想获得 KEIL5 的安装包，在百度里面搜索“KEIL5 下载”即可找到很多网友提供的下载文件。 二、开始安装 KEIL5 双击 KEIL5 安装包，开始安装，next。 三安装 STM32 芯片包 KEIL5 不像 KEIL4 那样自带了很多厂商的 MCU型号，KEIL5 需要自己安装。 把下载好的包双击安装即可，安装路径选择跟 KEIL5 一样的安装路径，安装成功之后，在 KEIL5 的 Pack Installer 中就可以看到我们安装的包，以后我们新建工程的时候，就有单片机的型号可选 温馨提示 1、安装路径不能带中文，必须是英文路径 2、安装目录不能跟 51 的 KEIL或者 KEIL4 冲突，三者目录必须分开 3、KEIL5 的安装比起 KEIL4 多了一个步骤，必须添加 MCU库
2.8K20发布于 2021-02-02 单细胞分析一 下载数据，加载Seurat 包
Matrix 包版本更高的版本 尝试先卸载再重新安装： remove.packages("Matrix") install.packages("Matrix") 安装完成后，再次尝试加载 Seurat = 1.6.1 最后发现，Matrix没有删除干净，之前下载过其他版本R包，仍有Matrix 移除旧版本的包： remove.packages('Matrix') remove.packages('SeuratObject " %in% installed.packages()) { stop("SeuratObject package was not successfully removed.") } if ("Seurat /src/contrib/Archive/SeuratObject/SeuratObject_4.1.4.tar.gz https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive /Seurat/Seurat_4.4.0.tar.gz 下载后放在Rpackages常用目录下 安装 Seurat 包 install.packages("D:/packages/SeuratObject
1.8K00编辑于 2024-06-24- 来自专栏生信菜鸟团
renv—R项目的时光机和工具箱
安装包并记录： # 正常安装 install.packages("dplyr") ##或者,使用专为当前环境安装 renv::install("tinyarray") #自动生成/更新 renv.lock 激活前后对比 实例演示-切换Seurat V5/V4环境 回到之前的问题，共享服务器R包是Seurat V5，如果我的项目需要seurat V4 版本，那么使用renv 可以更好的实现调用吗？ 玩转服务器-配置SeuratV4环境 ##激活renv环境,前提是在项目目录已经执行过 `renv::init()` renv::activate() ##卸载V5版本 remove.packages (c("Seurat","SeuratObject")) #安装Seurat V4 install.packages('SeuratObject',repos=c('https://satijalab.r-universe.dev library(Seurat) installed.packages()["Seurat", c("Package", "Version", "LibPath")] installed.packages()["SeuratObject
65810编辑于 2025-04-09 - 来自专栏全栈程序员必看
pyqt5安装配置_离线安装pyqt5
请按顺序进行依次执行. 1、更新pip： python -m pip install --upgrade pip -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 如果上一步无法安装成功请执行则执行 : python -m pip install -U --force-reinstall pip 2、安装sip： pip install sip -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn /simple 3、安装pyqt5： pip install pyqt5 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 4、安装pyqt-tools： pip install pyqt5-tools -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 安装完毕.
1.9K20编辑于 2022-11-01 - 来自专栏全栈程序员必看
pyqt5安装配置_如何安装pyqt5安装包
上篇介绍了Python的安装：PyQt5教程(一)——Python的安装，本篇介绍PyQt 5的安装。 一、安装PyQt5： 1、方法一：使用pip命令在线安装。 pip install PyQt5 -i https://pypi.douban.com/simple 2、方法二：官网下载安装文件安装： 下载地址：PyQt下载 安装方法：打开命令行，通过命令行进入到下载的 安装方法一：命令安装： 安装命令： pip install PyQt5-tools -i https://pypi.douban.com/simple 安装方法二：安装包安装： 下载地址：点击下载PyQt5 pip install ×××.whl 三、配置环境变量： 安装好PyQt5和PyQt5-tools成功后，还需要配置相关的环境变量。 (PyQt5)命令查看PyQt5所依赖的模块： 下一篇：PyQt5教程(三)——Eric6的安装（详细） 本文原创作者：冯一川（ifeng12358@163.com），未经作者授权同意，请勿转载。
4.7K70编辑于 2022-11-16 - 来自专栏从零开始的linux
安装Elasticsearch5
等等 安装java tar xf jdk-8u151-linux-x64.tar.gz vim /etc/profile export JAVA_HOME=/opt/jdk1.8/ export JAVA_BIN bootstrap.memory_lock: false bootstrap.system_call_filter: false network.host: 128.0.0.101 http.port: 9200 查看安装
68240发布于 2018-04-25 - 来自专栏技术杂记
Zabbix Agent 安装5
这个脚本是用来进行端口发现的，作为基础服务提供给其它监控条目使用 Note: zabbix用户要有这个脚本的执行权限，因为实际信息收集过程中，是以zabbix这个用户的身份进行的 [root@zbx-
83810编辑于 2022-03-21 - 来自专栏生信技能树
它想强迫我升级一系列seurat相关的单细胞R包
options(timeout=10000) # InstallData("pbmc3k") data("pbmc3k") 但是最近发现自己的一个电脑里面是没有SeuratData ，就需要安装它 3: None 4: rlang (1.1.1 -> 1.1.2 ) [CRAN] 5: : spam (2.9-1 -> 2.10-0 ) [CRAN] 9: sp (2.0-0 -> 2.1-2 ) [CRAN] 10: SeuratObject thp1.eccite.SeuratData_3.1.5.tar.gz 因为文件比较大， 面给大家百度云网盘链接哈， 链接: https://pan.baidu.com/s/10Oy1q998Ou5V34lEn5bCcA 有了这些压缩包文件，使用 前面的 install.packages 函数指定各个包文件路径，然后加上 type = "source", 就可以本地安装了，无需重新在线下载啦 ： install.packages
1.9K10编辑于 2023-12-05 - 来自专栏程序猿的大杂烩
安装PHP5，安装PHP7
笔记内容： 11.10/11.11/11.12 安装PHP5 11.13 安装PHP7 笔记日期：2017.9.28 11.10/11.11/11.12 安装PHP5 ? PHP主流版本是5.x/7.x，不过大部分企业都是使用着PHP5.x版本，因为有些程序是基于5.x版本开发的，如果使用7.x版本可能就会出问题，7.x是这两年才出来的，这两个版本区别比较大，7.x的性能要比 5.x版本有所提升。 安装PHP7和安装PHP5的操作步骤基本上没什么差别，现在要介绍的如何安装7.1版本的PHP，在这里介绍的还是编译源码包的安装方式： 第一步，先下载源码包到/usr/local/src/目录下： 下载地址 因为之前安装PHP5的时候已经把需要的包都安装了，所以基本上不会出现少包的情况： ?
3.5K20发布于 2020-09-23 - 来自专栏linux系统运维
安装PHP5，安装PHP7
安装PHP5： 安装PHP之前需要把 Apache 安装好才可以。 （会出现告错1，2，3，4，5，6，7） make && make install = 继续安装 cp php.ini-production /usr/local/php/etc/php.ini 解决方案： yum install -y libjpeg-devel 告错5 configure: error: png.h not found. 解决方案： 如果系统里面没有 epel-release 扩展源需要先安装扩展源在安装包 yum install -y libmcrypt-devel 安装PHP7： cd /usr/local/src/ make && make install = 继续安装 ls /usr/local/apache2.4/modules/libphp7.so =查看apache调用的是php5还是php7
2.5K80发布于 2018-06-14 - 来自专栏电光石火
PyQt5安装教程
window 平台安装 PyQt5 有两种安装方式，一种是从官网下载源码安装，另外一种是使用 pip 安装。 这里我推荐大家使用pip 安装。 因为它会自动根据你的Python 版本来选择合适的 PyQt5 版本，如果是手动下载源码安装，难免会选择出错。建议使用比较稳妥的安装方式。 pip install PyQt5 -i https://pypi.douban.com/simple 安装 PyQt5-tools PyQt5 不再提供常用Qt工具，比如图形界面开发工具Qt Designer ，PyQt5 版本的不同，安装成功之后，PyQt5 相关文件夹以及目录也会存在一些差异。 PyQt 5.15.x 之前的版本：安装完成后在 %Python_path%\Lib\site-packages目录中可以看到PyQt5、pyqt5-tools、PyQt5-sip 目录。
2.9K20编辑于 2023-10-16 - 来自专栏summerking的专栏
redis5安装说明
# 离线安装redis5.0.8 安装包含脚本链接 （提取码：1314） # 用法说明 解压命令：unzip redis.zip -d /home/summer &>/dev/null cd /home
54320编辑于 2022-10-27
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