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Seurat, SeuratObject and Matrix version issue
如果你在安装和使用Seurat (v5) and SeuratObject (v5) 过程中，出现了一些关于Matrix package的问题，可以看看本文。 ).library(Seurat)library(SeuratObject)Error: package or namespace load failed for ‘SeuratObject’ in dyn.load 我发现1.6-2版本可以正常安装。 所以事情又回到了起点，还是需要安装Matrix 1.6-1. 4). 2. know your R version, computer system;3. check package version:Biobase::package_version("ggplot2")4.
4.7K61编辑于 2023-11-21 - 来自专栏生信技能树
假如你不喜欢最新版的Seurat包的单细胞理念
也是V5了，这样的话如果新人开始学单细胞转录组技术分析流程，使用默认的安装代码，就默认安装了V5版本的SeuratObject 和Seurat，非常可怕！！！ /src/contrib/Archive/SeuratObject/ 而且可以看到都是V4版本，都是它的旧版本 [ ] SeuratObject_4.0.0.tar.gz 2021-01-15 09 _4.1.3.tar.gz 2022-11-07 19:50 185K [ ] SeuratObject_4.1.4.tar.gz 2023-09-27 00:30 186K 首先卸载你默认安装的 然后就可以简单的使用代码去卸载你默认安装的V5版本的SeuratObject 和Seurat： remove.packages(“SeuratObject”) remove.packages(“Seurat 然后安装旧版本的SeuratObject 和Seurat 安装旧版本的SeuratObject 和Seurat需要首先拿到网页链接地址，然后从网页安装 # 4 download from URL packageurl
3.9K21编辑于 2023-11-14 将SeuratV5降为V4：目前试过最简便的方法，复制黏贴可用
先正常下载SeuratBiocManager::install("Seurat")BiocManager::install("SeuratObject")#此时的版本> packageVersion(" E:/develop/handmake_install_packages/spatstat.core_2.4-4.tar.gz",repos = NULL,type = "source")install.packages tar.gz",repos = NULL,type = "source")install.packages("E:/develop/handmake_install_packages/Matrix_1.5-4. ' are not available for package 'Seurat'此处的E:/develop/handmake_install_packages请更改为你本人安装这几个软件包的路径，如果直接复制 ，但因为安装SeuratObject需要的Matrix软件包的版本为1.5-4，而下载Matrix过程中又要依赖spatstat.core软件包，因此在本地或者github下载这几个包。
4.3K00编辑于 2024-07-19- 来自专栏生信菜鸟团
玩转服务器-配置SeuratV4环境
, '/usr/local/lib/R/library')) ##检查修改后的路径设置 .libPaths() 创建新目录 临时 修改R包库设置 2、安装Seurat V4 先正常安装Seurat ，会默认安装V5版本及Seurat相关依赖包 #配置Seurat V4 #检查路径设置 .libPaths() #正常安装 install.packages("SeuratObject") install.packages 的v5版本，卸载之后最好在Rsession选项重启一下Rstudio ##卸载V5版本 remove.packages(c("Seurat","SeuratObject")) #安装Seurat V4 ", "LibPath")] 成功安装SeuratObject 安装 Seurat V4 可能会遇到报错。 '/usr/local/lib/R/library') .libPaths(SeuratV4_lib) .libPaths() library(SeuratObject) library(Seurat
82810编辑于 2025-04-02 - 来自专栏分析工具
Seurat4Seurat5共存技巧学习
V4dir.create("/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.4-arm64/Resources/seurat4").libPaths()# 安装V4remotes (c("/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.4-arm64/Resources/seurat4"))packageVersion("SeuratObject 第一次安装先安装SeuratV5，再安装SeuratV4# 确定路径，安装V5.libPaths()rm(list = ls()) install.packages('Seurat')library(Seurat )packageVersion("Seurat")packageVersion("SeuratObject")# 流程同上# 安装V4.libPaths()# 创建文件夹，放V4dir.create(" /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.4-arm64/Resources/seurat4").libPaths()# 安装V4remotes::install_version
69700编辑于 2024-08-24 - 来自专栏生信技能树
从零开始配置R编程语言软件环境
一直提示我要更新 而且很多人遇到了seurat版本问题 ： seurat版本问题 因为新手第一次安装，默认安装最新版，r语言软件，rstudio这个ide软件，里面的各个包！ Users/jimmy/AppData/Local/R/win-library/4.3" [2] "C:/Program Files/R/R-4.3.1/library" 我的seurat是v4， 但是初学者现在开始默认安装的都是v5，会冲突。 to R-spatial evolution reports for details, especially https://r-spatial.org/r/2023/05/15/evolution4. > detach("package:Seurat", unload = TRUE) > detach("package:SeuratObject", unload = TRUE) 一个简单的快捷方式
68410编辑于 2023-12-28 - 来自专栏ops技术分享
openstack安装（4）
sed -i 's#SELINUX=enforcing#SELINUX=disabled#g' /etc/sysconfig/selinux
19320发布于 2021-05-06 单细胞分析一 下载数据，加载Seurat 包
Matrix 包版本更高的版本 尝试先卸载再重新安装： remove.packages("Matrix") install.packages("Matrix") 安装完成后，再次尝试加载 Seurat = 1.6.1 最后发现，Matrix没有删除干净，之前下载过其他版本R包，仍有Matrix 移除旧版本的包： remove.packages('Matrix') remove.packages('SeuratObject " %in% installed.packages()) { stop("SeuratObject package was not successfully removed.") } if ("Seurat /src/contrib/Archive/SeuratObject/SeuratObject_4.1.4.tar.gz https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive /Seurat/Seurat_4.4.0.tar.gz 下载后放在Rpackages常用目录下 安装 Seurat 包 install.packages("D:/packages/SeuratObject
1.8K00编辑于 2024-06-24- 来自专栏技术杂记
Zabbix Agent 安装4
cd script/ [root@zbx-target script]# vim port.discovery.bash [root@zbx-target script]# ll total 4 /bin/bash printf '{"data":[' for i in `netstat -tnl| grep LISTEN|awk '{print $4}'| awk -F ':' '{print
71930编辑于 2022-03-21 - 来自专栏电光石火
M4安装
m4 could be found in $PATH. GNU M4 1.4.6 or later is required; 1.4.16 or newer is recommended. 原因是需要安装M4 打开m4下载地址：http://ftp.gnu.org/gnu/m4/ 我这里下载的是最新版本http://ftp.gnu.org/gnu/m4/m4-1.4.18.tar.gz [ root@bogon liuzhen]# tar -zxvf m4-1.4.18.tar.gz [root@bogon liuzhen]# cd m4-1.4.18 [root@bogon m4-1.4.18 /configure [root@bogon m4-1.4.18]# make [root@bogon m4-1.4.18]# make install
3.3K20发布于 2019-12-07 - 来自专栏生信菜鸟团
renv—R项目的时光机和工具箱
安装包并记录： # 正常安装 install.packages("dplyr") ##或者,使用专为当前环境安装 renv::install("tinyarray") #自动生成/更新 renv.lock 激活前后对比 实例演示-切换Seurat V5/V4环境 回到之前的问题，共享服务器R包是Seurat V5，如果我的项目需要seurat V4 版本，那么使用renv 可以更好的实现调用吗？ 玩转服务器-配置SeuratV4环境 ##激活renv环境,前提是在项目目录已经执行过 `renv::init()` renv::activate() ##卸载V5版本 remove.packages (c("Seurat","SeuratObject")) #安装Seurat V4 install.packages('SeuratObject',repos=c('https://satijalab.r-universe.dev ", c("Package", "Version", "LibPath")] installed.packages()["SeuratObject", c("Package", "Version", "
65810编辑于 2025-04-09 - 来自专栏生信技能树
它想强迫我升级一系列seurat相关的单细胞R包
options(timeout=10000) # InstallData("pbmc3k") data("pbmc3k") 但是最近发现自己的一个电脑里面是没有SeuratData ，就需要安装它 : spam (2.9-1 -> 2.10-0 ) [CRAN] 9: sp (2.0-0 -> 2.1-2 ) [CRAN] 10: SeuratObject loadNamespace Execution halted ERROR: lazy loading failed for package ‘SeuratData’ 我机智地放弃了，我现在电脑里面的SeuratObject _4和Seurat_4搭配的非常，并不想被破坏！ 有了这些压缩包文件，使用 前面的 install.packages 函数指定各个包文件路径，然后加上 type = "source", 就可以本地安装了，无需重新在线下载啦 ： install.packages
1.9K10编辑于 2023-12-05 - 来自专栏java学习java
谷粒商城：安装 docker（4）
Docker 安装文档：https://docs.docker.com/install/linux/docker-ce/centos/ 1、卸载系统之前的 docker sudo yum remove docker-client-latest \ docker-common \ docker-latest \ docker-latest-logrotate \ docker-logrotate \ docker-engine 安装 Docker-CE 安装必须的依赖 sudo yum install -y yum-utils \ device-mapper-persistent-data \ lvm2 设置 docker sudo yum-config-manager \ --add-repo \ https://download.docker.com/linux/centos/docker-ce.repo 安装
52820编辑于 2022-11-15 - 来自专栏ocp4
安装openshift 4.X
一、前言 本文实现的是基于有主机和网络(无PXE、无dhcp、无dns)的情况下，安装OCP4.6.3。 对安装OCP4.X都有很大的参考价值。 1、所需的主机 用途 CPU 内存 系统盘 数据盘 备注 HA 2 4 60 0 负载均衡。我们这里使用haproxy。生产环境可考虑2台高可用安装 dns 2 4 60 0 域名服务，我们这里使用。 生产环境可考虑2台高可用安装 registry 4 8 60 300 镜像仓库，我们这里使用harbor。生产环境可考虑2台高可用安装。 执行：bash install.sh --with-clair --with-trivy --with-chartmuseum 4、从互联网导入ocp4镜像 说明：如果待安装环境内网没有有已导入的ocp4 4、安装完成验证 在init机 install-config.yaml 文件目录下执行：.
3.1K00发布于 2021-01-20 - 来自专栏nginx遇上redis
sublime4安装ctags
安装package control 安装 Sublime Text 4 成功后，点击菜单 【Tools】 -> 【Install Package Control】； 注意：安装包控件需要等待一会，点击可能出现没有反应的情况 返回：ctrl+shift+, 3.乱码解决 在install package 搜索converttoutf8安装，安装完成之后，重启软件。
50610编辑于 2024-01-22 - 来自专栏全栈程序员必看
mt4电脑版安装教程_mt4电脑版安装教程
首先是要下载个安装包，可以在qiejf.cn获取。 然后按照下方步骤操作即可。 步骤 1. 运行安装文件 要安装 MetaTrader 4 平台，您必须通过双击安装文件 teletradecy4setup.exe 来运行安装文件。 步骤 2. 安装程序 – 欢迎屏幕 安装程序将打开 MetaTrader 4 TeleTrade EU。要继续安装，请单击“下一步”。 步骤 3. 许可协议 阅读并接受许可协议，然后单击“下一步”。 步骤 4. 安装选项 选择安装文件夹，然后单击“下一步”继续。 步骤 5. 安装过程完成 要完成安装过程，请单击“完成”按钮。 步骤 6. 手动启动程序 如果未禁用“安装后运行此程序”选项，MetaTrader 4 将自动启动。如果该选项之前已被禁用，您应该通过“开始”菜单运行该程序。 步骤 7.
4K10编辑于 2022-09-21 - 来自专栏生信技能树
DoubletDecon 过滤到放弃！|| Github代码文献复现之卵巢和子宫内膜癌（四）
原理示意图如下： 代码学习 首先安装一下下这个包： if(! ： # bash终端操作 conda activate R4.4 tar -zcvf DoubletDecon-master.tar.gz DoubletDecon-master # 安装 R CMD nCount RNA if needed before running DoubletDecon library(DoubletDecon) packageVersion("DoubletDecon") seuratObject <- rna newFiles <- Improved_Seurat_Pre_Process(seuratObject, num_genes=50, write_files=F) # Patient ：newFiles <- Improved_Seurat_Pre_Process(seuratObject, num_genes=50, write_files=F)，接着往下运行的时候，我遇到了更多的报错
34310编辑于 2025-02-19 - 来自专栏全栈程序员必看
ue4安装插件_ue4 软引用
** 1> 一个插件至少有一个模块 2>一般插件都是做底层做通用设计的，而模块做的负责的我理解为逻辑
85210编辑于 2022-11-09 - 来自专栏游戏杂谈
Flash Builder 4安装SVN插件
插件安装地址：http://subclipse.tigris.org/update_1.6.x 安装步骤： ? ? 等待安装，重启就OK了
1.2K30发布于 2018-11-15 - 来自专栏软件
Neo4j认识安装
什么是Neo4j? Neo4j是一个高性能的,NOSQL图形数据库，它将结构化数据存储在网络上而不是表中。 neo4j官网：http://www.neo4j.org 废话说多了，直接上安装，越发觉得Windows的Docker超级好用，所以直接上Docker安装 Windows的Docker中安装Neo4j IMAGE ID CREATED SIZE neo4j latest a4db428a51ee 6 days ago 559MB 启动neo4j镜像 $ docker run -p 7474:7474 -p 7687:7687 -v /d/neo4j/data:/data -v /d/neo4j/logs:/log -v /d/neo4j/conf 现在启动的neo4j是不能访问的，默认禁止远程连接 访问neo4j http://localhost:7474/ 默认账号密码都是 neo4j/neo4j看到界面即启动成功 ?
73250发布于 2021-08-10
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