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Seurat, SeuratObject and Matrix version issue
如果你在安装和使用Seurat (v5) and SeuratObject (v5) 过程中，出现了一些关于Matrix package的问题，可以看看本文。 ).library(Seurat)library(SeuratObject)Error: package or namespace load failed for ‘SeuratObject’ in dyn.load 3) 我试了一下Matrix 1.6-2版本是不是可以兼容。所以我又下载了1.6-2 version (Matrix_1.6-2.tar.gz). 我发现1.6-2版本可以正常安装。 所以事情又回到了起点，还是需要安装Matrix 1.6-1. 4). 而Matrix package就需要Fortran compiler，我电脑没有安装，所以我需要安装fortran编译器。5).
4.7K61编辑于 2023-11-21 - 来自专栏生信技能树
假如你不喜欢最新版的Seurat包的单细胞理念
也是V5了，这样的话如果新人开始学单细胞转录组技术分析流程，使用默认的安装代码，就默认安装了V5版本的SeuratObject 和Seurat，非常可怕！！！ _4.1.3.tar.gz 2022-11-07 19:50 185K [ ] SeuratObject_4.1.4.tar.gz 2023-09-27 00:30 186K 首先卸载你默认安装的 然后就可以简单的使用代码去卸载你默认安装的V5版本的SeuratObject 和Seurat： remove.packages(“SeuratObject”) remove.packages(“Seurat 然后安装旧版本的SeuratObject 和Seurat 安装旧版本的SeuratObject 和Seurat需要首先拿到网页链接地址，然后从网页安装 # 4 download from URL packageurl ，就需要自己主动先安装那些缺失的包哈！
3.9K21编辑于 2023-11-14 将SeuratV5降为V4：目前试过最简便的方法，复制黏贴可用
先正常下载SeuratBiocManager::install("Seurat")BiocManager::install("SeuratObject")#此时的版本> packageVersion(" Seurat")[1] ‘5.1.0’> packageVersion("SeuratObject")[1] ‘5.0.2’> packageVersion("Matrix")[1] ‘1.6.1.1’ 然后单独卸载Seurat和SeuratObjectremove.packages("SeuratObject")remove.packages("Seurat")#detach(package:Seurat 'spatstat.core' are not available for package 'Seurat'此处的E:/develop/handmake_install_packages请更改为你本人安装这几个软件包的路径 ，但因为安装SeuratObject需要的Matrix软件包的版本为1.5-4，而下载Matrix过程中又要依赖spatstat.core软件包，因此在本地或者github下载这几个包。
4.3K00编辑于 2024-07-19- 来自专栏生信菜鸟团
玩转服务器-配置SeuratV4环境
Directory —>New Project —>Create Project 创建Project 都写这么清楚了，求求各位用户老爷，不要直接在家目录下就开始我行我素了，新建一个project再开始项目好不好 2. pc-linux-gnu-library/seuratV4', '/usr/local/lib/R/library')) ##检查修改后的路径设置 .libPaths() 创建新目录 临时 修改R包库设置 2、 ("SeuratObject") install.packages("Seurat") ##安装后检查 library(Seurat) installed.packages()["Seurat", c "SeuratObject")) #安装Seurat V4 install.packages('SeuratObject',repos=c('https://satijalab.r-universe.dev ()["SeuratObject", c("Package", "Version", "LibPath")] 成功安装SeuratObject 安装 Seurat V4 可能会遇到报错。
82810编辑于 2025-04-02 - 来自专栏生信技能树
从零开始配置R编程语言软件环境
一直提示我要更新 而且很多人遇到了seurat版本问题 ： seurat版本问题 因为新手第一次安装，默认安装最新版，r语言软件，rstudio这个ide软件，里面的各个包！ > .libPaths() [1] "C:/Users/jimmy/AppData/Local/R/win-library/4.3" [2] "C:/Program Files/R/R-4.3.1/library " 我的seurat是v4，但是初学者现在开始默认安装的都是v5，会冲突。 The sp package is now running under evolution status 2 (status 2 uses the sf package in place of rgdal) Attaching SeuratObject > detach("package:Seurat", unload = TRUE) > detach("package:SeuratObject
68410编辑于 2023-12-28 - 来自专栏分析工具
Seurat4/Seurat5共存技巧学习
(c("/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.4-arm64/Resources/seurat4"))packageVersion("SeuratObject 第一次安装先安装SeuratV5，再安装SeuratV4# 确定路径，安装V5.libPaths()rm(list = ls()) install.packages('Seurat')library(Seurat )packageVersion("Seurat")packageVersion("SeuratObject")# 流程同上# 安装V4.libPaths()# 创建文件夹，放V4dir.create(" ("SeuratObject", "4.1.4") remotes::install_version("Seurat", "4.4.0")# 重启确认packageVersion("SeuratObject ")packageVersion("Seurat")参考资料：1、生信菜鸟团：https://mp.weixin.qq.com/s/OMVZAMIyrJIEJfF63iKySw2、生信乐园： https
69700编辑于 2024-08-24 单细胞分析一 下载数据，加载Seurat 包
Matrix 包版本更高的版本 尝试先卸载再重新安装： remove.packages("Matrix") install.packages("Matrix") 安装完成后，再次尝试加载 Seurat = 1.6.1 最后发现，Matrix没有删除干净，之前下载过其他版本R包，仍有Matrix 移除旧版本的包： remove.packages('Matrix') remove.packages('SeuratObject " %in% installed.packages()) { stop("SeuratObject package was not successfully removed.") } if ("Seurat /src/contrib/Archive/SeuratObject/SeuratObject_4.1.4.tar.gz https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive /Seurat/Seurat_4.4.0.tar.gz 下载后放在Rpackages常用目录下 安装 Seurat 包 install.packages("D:/packages/SeuratObject
1.8K00编辑于 2024-06-24- 来自专栏Java实战博客
2 安装 ElasticSearch
CentOS8 环境安装 解压文件 将下载好的文件 解压一下 命令如下 tar -zxvf 包名 位置(可省略，省略及解压到当前文件夹) 修改一下 elasticsearch.yml 配置 在你解压的位置
32320编辑于 2022-01-14 - 来自专栏ops技术分享
openstack安装（2）
二、部署环境 1.主机信息 各角色描述及需求： 控制器： 控制节点运行身份认证服务，镜像服务，管理部分计算和网络服务，不同的网络代理和仪表盘。同样包括像SQL数据库，消息队列及 NTP这样的支撑服务。 可选的：可以在控制节点允许块存储，对象存储，Orchestration和Telemetry服务。 控制节点需要最少两块网卡。 计算： 计算节点运行操作实例的 :hypervisor计算部分。默认情况下使用 KVM 作为hypervisor。计算节点同样运行网络服务代理，用来连接实例到虚拟网络，通过:secur
55830发布于 2021-05-06 - 来自专栏python3
#2 安装Python
2.下载对应的Python安装包： 64位下载地址：https://www.python.org/ftp/python/3.5.2/python-3.5.2-amd64.exe 32位下载地址：https 之后输入python，将出现以下信息，证明已经安装成功，之后退出即可。 ? -y 2.下载Python3.5.2安装包： wget https://www.python.org/ftp/python/3.5.2/Python-3.5.2.tgz 3.解压安装包： tar -zxvf /python3.5.2 2 . /configure --prefix=/usr/local/python3.5.2 6.编译： make 7.安装： make install 8.运行： 输入python3，将出现以下信息，证明安装成功
62730发布于 2020-01-17 - 来自专栏生信菜鸟团
renv—R项目的时光机和工具箱
2. 安装包并记录： # 正常安装 install.packages("dplyr") ##或者,使用专为当前环境安装 renv::install("tinyarray") #自动生成/更新 renv.lock SeuratV4环境 ##激活renv环境,前提是在项目目录已经执行过 `renv::init()` renv::activate() ##卸载V5版本 remove.packages(c("Seurat","SeuratObject ")) #安装Seurat V4 install.packages('SeuratObject',repos=c('https://satijalab.r-universe.dev')) install.packages library(Seurat) installed.packages()["Seurat", c("Package", "Version", "LibPath")] installed.packages()["SeuratObject
65710编辑于 2025-04-09 - 来自专栏生信技能树
它想强迫我升级一系列seurat相关的单细胞R包
options(timeout=10000) # InstallData("pbmc3k") data("pbmc3k") 但是最近发现自己的一个电脑里面是没有SeuratData ，就需要安装它 1: All 2: CRAN packages only 3: ) [CRAN] 10: SeuratObject (4.1.3 -> 5.0.1 ) [CRAN] 虽然说我这个时候选择了3，默认不要升级如何东西！ 3.4.3 SeuratObject_4.1.3 [13] Seurat_4.3.0.1 viper_1.34.0 Biobase_2.60.0 [16] 有了这些压缩包文件，使用 前面的 install.packages 函数指定各个包文件路径，然后加上 type = "source", 就可以本地安装了，无需重新在线下载啦 ： install.packages
1.9K10编辑于 2023-12-05 - 来自专栏Coxhuang
Ros2 安装
#1 安装 Ubuntu 16 & Ubuntu 18 Ros2 Dashing --- Ubuntu 20 Ros2 Foxy 下载密钥 sudo apt install curl gnupg2 - rosdistro/master/ros.asc | sudo apt-key add - 修改镜像源 sudo sh -c 'echo "deb https://mirrors.ustc.edu.cn/ros2/ ubuntu/ $(lsb_release -sc) main" > /etc/apt/sources.list.d/ros2-latest.list' sudo apt update 安装 // Ubuntu 18 sudo apt install ros-dashing-desktop -y // Ubuntu 20 sudo apt install ros-foxy-desktop -y Ros2相关工具 python3-vcstool -y 相关文档 https://docs.ros.org/en/dashing https://docs.ros.org/en/foxy https://design.ros2.
51010编辑于 2022-05-09 - 来自专栏kangvcar
第2节 安装
Installation安装 稳定的版本 要安装Face Recognition面部识别，请在终端中运行此命令： 1 $ pip3 install face_recognition 这是安装面部识别的首选方法 ，因为它将始终安装最新的稳定版本。 如果您没有安装pip，这个Python安装指南可以指导您完成该过程。 来源 面部识别的源码可以从Github仓库下载。 或下载tarball： 1 $ curl -OL https://github.com/ageitgey/face_recognition/tarball/master 一旦你有源码的副本，你就可以安装它
53430发布于 2018-07-06 - 来自专栏技术杂记
Zabbix Agent 安装2
S 16:11 0:00 \_ zabbix_agentd: listener #2 [waiting for connection] zabbix 26129 0.0 0.0 77336
87710编辑于 2022-03-21 - 来自专栏全栈程序员必看
Python2安装_python安装不了
py2exe相信大家都知道，一个能够打包Python程序变成可执行文件的Python库。用起来很简单，但是好像还是有限，像opencv这样的库还是没有办法打包等。 我安装的时候遇到了一小点问题，分享给大家： Python3 安装py2exe 安装直接使用 pip install py2exe Python2安装py2exe python2安装的时候无法直接使用pip install py2exe, 方法如下： pip install https://sourceforge.net/projects/py2exe/files/py2exe/0.6.9/py2exe- 0.6.9.zip/download 后面的网址是官网的网址 安装时会报错，需要下载安装Microsoft C++ 9.0,下载地址为http://aka.ms/vcpython27,下载VCForPython.msi 安装即可 版权声明：本文内容由互联网用户自发贡献，该文观点仅代表作者本人。
90740编辑于 2022-11-04 - 来自专栏信息技术智库
2.安装MySQL
2.安装MySQL Mac系统中安装MySQL 使⽤用Mac中的Homebrew进⾏行行mysql的安装 1.下载安装mysql brew install mysql@5.7 如果看到以下界⾯面则表示已经下载安装成功 2.启动mysql mysql.server start 3.关闭mysql mysql.server stop 4.登录mysql mysql -u root -p Windows安装MySQL5.7.17 2. 下载完成后解压，将其放到想要安装的目录下。 例如:D:\MySQL5.7\mysql-5.7.17-winx64 3. 在安装路径下新建一个空的data文件夹。 5. 以管理员身份运行cmd，进入bin目录，执行 mysqld --initialize-insecure --user=mysql 命令。 不进行这一 步，安装完成之后无法启动服务。 6. 依然在管理员cmd窗口的bin目录下，执行 mysqld install 命令安装。完成后会提示安装成功。 7.
33130编辑于 2022-07-29 - 来自专栏马洪彪
wso2安装
java-se-ri/11 Windows：https://download.java.net/openjdk/jdk11/ri/openjdk-11+28_windows-x64_bin.zip wso2am （API Manager） https://github.com/wso2/product-apim/releases/tag/v4.0.0 工具 https://wso2.com/api-management /tooling/ 下载eclipse版本 安装、配置 JDK环境变量 JAVA_HOME 运行API 使用cmd进入 <API-M_HOME>/bin目录，执行 api-manager.bat
1.1K20发布于 2021-09-26 - 来自专栏自动化、性能测试
MongoDB（2）- 安装 MongoDB
MacOS 安装 MongoDB 博主目前都用 mac 电脑练习，所以这里重点讲 MacOS 安装方式 系统要求 MongoDB 4.4 社区版支持 macOS 10.13 或更高版本 安装 Homebrew 它的作用就是将软件包安装到自己的目录中，然后将其文件符号链接到 /usr/local。 export PATH="/usr/local/opt/mongodb-community@4.4/bin:$PATH"' >> ~/.zshrc source ~/.zshrc 验证 MongoDB 安装成功 poloyy/p/14828075.html 执行 mongo、mongod 显示无命令 https://www.cnblogs.com/poloyy/p/14828089.html Window 下安装 MongoDB https://docs.mongodb.com/v4.4/tutorial/install-mongodb-on-windows/ Linux 下安装 MongoDB https:/
5K10发布于 2021-06-01 - 来自专栏技术杂记
Zabbix Agent 安装2
S 17:02 0:00 \_ zabbix_agentd: listener #2 [waiting for connection] zabbix 26933 0.0 0.0 77388
60420编辑于 2022-03-22
腾讯云开发者
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