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Seurat, SeuratObject and Matrix version issue
如果你在安装和使用Seurat (v5) and SeuratObject (v5) 过程中，出现了一些关于Matrix package的问题，可以看看本文。 ).library(Seurat)library(SeuratObject)Error: package or namespace load failed for ‘SeuratObject’ in dyn.load 我发现1.6-2版本可以正常安装。 所以事情又回到了起点，还是需要安装Matrix 1.6-1. 4). 而Matrix package就需要Fortran compiler，我电脑没有安装，所以我需要安装fortran编译器。5).
4.7K61编辑于 2023-11-21 - 来自专栏生信技能树
假如你不喜欢最新版的Seurat包的单细胞理念
23:20 1.4M [ ] Seurat_4.0.4.tar.gz 2021-08-20 21:10 1.4M [ ] Seurat_4.0.5.tar.gz 2021-10-17 也是V5了，这样的话如果新人开始学单细胞转录组技术分析流程，使用默认的安装代码，就默认安装了V5版本的SeuratObject 和Seurat，非常可怕！！！ -06-09 11:20 145K [ ] SeuratObject_4.0.3.tar.gz 2021-11-10 23:20 148K [ ] SeuratObject_4.0.4. 然后就可以简单的使用代码去卸载你默认安装的V5版本的SeuratObject 和Seurat： remove.packages(“SeuratObject”) remove.packages(“Seurat 然后安装旧版本的SeuratObject 和Seurat 安装旧版本的SeuratObject 和Seurat需要首先拿到网页链接地址，然后从网页安装 # 4 download from URL packageurl
3.9K21编辑于 2023-11-14 - 来自专栏全栈程序员必看
window10 安装_自己安装windows10
id=15848 安装方式 AppFabric有多种安装方式，最简单的就是从官网上下载安装程序进行安装，安装程序下载地址如下： AppFabric 1.0 —— http://www.microsoft.com 安装过程 需要注意的是安装AppFabric之前最好已安装了Powershell，一般Windows Server 2008 R2 和 Windows 7 上已安装 Windows PowerShell 下载完WindowsServerAppFabricSetup_x64_6.0.exe后，下面需要做的工作就是进行安装了，安装的具体步骤如下： 1）打开安装程序，勾选接许可协议的条款，点击下一步： 即使未安装缓存服务，也可以安装此组件。 托管管理 可用来管理托管服务的组件。 选择此功能时，安装程序会安装 IIS Manager、AppFabric 配置向导和托管功能 Windows PowerShell 模块。
99680编辑于 2022-11-02 单细胞分析一 下载数据，加载Seurat 包
一、才GEO数据库下载10X Genomics数据，以单个样本为例 搜索GEO官网，输入GSE编号直接下载单个样本的10X Genomics数据 barcodes.tsv.gz：包含每个细胞的条形码信息 Matrix 包版本更高的版本 尝试先卸载再重新安装： remove.packages("Matrix") install.packages("Matrix") 安装完成后，再次尝试加载 Seurat " %in% installed.packages()) { stop("SeuratObject package was not successfully removed.") } if ("Seurat /src/contrib/Archive/SeuratObject/SeuratObject_4.1.4.tar.gz https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive /Seurat/Seurat_4.4.0.tar.gz 下载后放在Rpackages常用目录下 安装 Seurat 包 install.packages("D:/packages/SeuratObject
1.8K00编辑于 2024-06-24- 来自专栏网络
安装 Windows 10
1.镜像安装 镜像安装:安装Windows 10 2.安装过程(直接以图的形式呈现) 选择专业版的 等待安装即可
33310编辑于 2024-10-17 - 来自专栏ops技术分享
openstack安装（10）
当安装OpenStack身份服务，用户必须将之注册到其OpenStack安装环境的每个服务。身份服务才可以追踪那些OpenStack服务已经安装，以及在网络中定位它们。
35320发布于 2021-05-06 将SeuratV5降为V4：目前试过最简便的方法，复制黏贴可用
先正常下载SeuratBiocManager::install("Seurat")BiocManager::install("SeuratObject")#此时的版本> packageVersion(" Seurat")[1] ‘5.1.0’> packageVersion("SeuratObject")[1] ‘5.0.2’> packageVersion("Matrix")[1] ‘1.6.1.1’ 然后单独卸载Seurat和SeuratObjectremove.packages("SeuratObject")remove.packages("Seurat")#detach(package:Seurat 'spatstat.core' are not available for package 'Seurat'此处的E:/develop/handmake_install_packages请更改为你本人安装这几个软件包的路径 ，但因为安装SeuratObject需要的Matrix软件包的版本为1.5-4，而下载Matrix过程中又要依赖spatstat.core软件包，因此在本地或者github下载这几个包。
4.3K00编辑于 2024-07-19- 来自专栏生信菜鸟团
玩转服务器-配置SeuratV4环境
Seurat V4 先正常安装Seurat，会默认安装V5版本及Seurat相关依赖包 #配置Seurat V4 #检查路径设置 .libPaths() #正常安装 install.packages ("SeuratObject") install.packages("Seurat") ##安装后检查 library(Seurat) installed.packages()["Seurat", c "SeuratObject")) #安装Seurat V4 install.packages('SeuratObject',repos=c('https://satijalab.r-universe.dev ()["SeuratObject", c("Package", "Version", "LibPath")] 成功安装SeuratObject 安装 Seurat V4 可能会遇到报错。 ，再次执行安装命令，即可成功安装。
82810编辑于 2025-04-02 - 来自专栏分析工具
Seurat4/Seurat5共存技巧学习
::install_version("SeuratObject", "4.1.4") remotes::install_version("Seurat", "4.4.0")# 重启设定V4路径.libPaths (c("/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.4-arm64/Resources/seurat4"))packageVersion("SeuratObject 第一次安装先安装SeuratV5，再安装SeuratV4# 确定路径，安装V5.libPaths()rm(list = ls()) install.packages('Seurat')library(Seurat )packageVersion("Seurat")packageVersion("SeuratObject")# 流程同上# 安装V4.libPaths()# 创建文件夹，放V4dir.create(" ("SeuratObject", "4.1.4") remotes::install_version("Seurat", "4.4.0")# 重启确认packageVersion("SeuratObject
69700编辑于 2024-08-24 - 来自专栏生信技能树
从零开始配置R编程语言软件环境
一直提示我要更新 而且很多人遇到了seurat版本问题 ： seurat版本问题 因为新手第一次安装，默认安装最新版，r语言软件，rstudio这个ide软件，里面的各个包！ AppData/Local/R/win-library/4.3" [2] "C:/Program Files/R/R-4.3.1/library" 我的seurat是v4，但是初学者现在开始默认安装的都是 now running under evolution status 2 (status 2 uses the sf package in place of rgdal) Attaching SeuratObject > detach("package:Seurat", unload = TRUE) > detach("package:SeuratObject", unload = TRUE) 一个简单的快捷方式 AppData/Local/R/win-library/4.3 $ ls -d *eurat* Seurat/ mousecortexref.SeuratData/ SeuratObject
68510编辑于 2023-12-28 - 来自专栏生信技能树
它想强迫我升级一系列seurat相关的单细胞R包
options(timeout=10000) # InstallData("pbmc3k") data("pbmc3k") 但是最近发现自己的一个电脑里面是没有SeuratData ，就需要安装它 ] 8: spam (2.9-1 -> 2.10-0 ) [CRAN] 9: sp (2.0-0 -> 2.1-2 ) [CRAN] 10 : SeuratObject (4.1.3 -> 5.0.1 ) [CRAN] 虽然说我这个时候选择了3，默认不要升级如何东西！ 0.2.10.0 tibble_3.2.1 [7] dplyr_1.1.3 RColorBrewer_1.1-3 pheatmap_1.0.12 [10 有了这些压缩包文件，使用 前面的 install.packages 函数指定各个包文件路径，然后加上 type = "source", 就可以本地安装了，无需重新在线下载啦 ： install.packages
1.9K10编辑于 2023-12-05 - 来自专栏全栈程序员必看
win10怎么安装python3.8_win10怎么安装python
好了，开始正题，如何在win10 python3.6开启Pytorch支持：首先安装Anaconda3，然后下载Pytorch的conda 安装包，地址：pytorch conda安装包—pytorch 本教程在win10和Python 3.6.0 |Anaconda 4.3.1 (64-bit)环境下安装成功，如果安装失败，请在本文评论或私信本作者。 已知安装成功环境 ： 1. Windows （7/8/8.1/10）64位 + Anaconda-4.3.1 (64-bit) Python 3.6.0 2. Windows （7/8/8.1/10）64位 + Anaconda-4.4.0 (64-bit) Python 3.6.1 3. Windows （7/8/8.1/10）64位 + Anaconda-5.0.1 (64-bit) Python 3.6.3 Anaconda中国镜像下载地址 ：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn
1.1K10编辑于 2022-11-08 - 来自专栏springBoot3.0
Win10安装RabbitMQ
Erlang 1.由于RabbitMQ服务端代码是使用并发式语言Erlang编写的，安装Rabbit MQ的前提是安装Erlang。 4.安装Erlang 进入安装点击next，随后设置自己安装路径即可安装成功！ 5.设置Erlang的环境变量(跟配置java环境变量类似) 先配置ERLANG_HOME 系统变量。 6.测试Erlang是否安装成功，打开管理员cmd，输入erl，若出现下面信息则安装成功。 三、安装RabbitMQ 1.双击一开始下载好的内容进行安装，直接点击next，然后设置自己想要安装的路径即可，建议安装在D盘！ 2.通过cmd进入安装RabbitMQ的sbin中，在后面输入rabbitmq-plugins enable rabbitmq_management命令进行安装。
57020编辑于 2023-10-20 - 来自专栏电光石火
Windows10 安装docker
准备工作： 安装环境：Win10 64位 需要开启Hyper-V 下载Docker for Windows 从官网的下面地址可以下载点击下载 安装方法： 1、先开启win10的Hyper-V 控制面板 完成后自动重启Win10系统。 2、安装Docker 用刚才下载的安装包安装，安装完成后，启动Docker。 在cmd输入docker version 有输出则安装成功 ? 查看本机所安装的集装箱 docker images 查看当前运行的容器 docker ps 查看最新创建的容器，只列出最后创建的 docker ps -l -n=x选项，会列出最后创建的x个容器 /ID docker start Name/ID docker kill Name/ID 交互式进入容器中 docker run -i -t image_name /bin/bash 在容器中安装新的程序
3.1K10发布于 2019-12-06 - 来自专栏NLP小白的学习历程
windows10安装pyltp
系统：windows10 python版本：python3.6 安装pyltp比较复杂，有如下几点需要注意： 1.由于pyltp安装时报错，需要Visual C++14.0的编译环境，因此首先电脑中需要先安装 locationNum=2&fps=1进行安装。 2.常规认为使用pip install 命令可以进行python包的安装，师兄也是用pip安装成功，但那是之前pyltp-0.1.9版本，现在已更新到pyltp-0.2.1版本，我在使用pip安装时遇到了两个错误 3.选择使用 python setup.py install方法进行安装并成功。 至此pyltp安装成功，汗与泪的教训让我不禁想记录下这个艰辛的过程，希望能帮助别人不要踩坑，如果有问题请多指教咯~~ 安装成功： ? 且可以使用import pyltp语句，没有报错： ?
1.9K10发布于 2020-11-13 - 来自专栏全栈程序员必看
MariaDB安装Win10
输入命令cd C:\mariadb-10.5.3-winx64，进入MariaDB的对应的路径中 执行安装的命令 mysqld.exe --install MariaDB 注： 如果执行以上的安装命令出现错误
1.3K20编辑于 2022-06-28 - 来自专栏膨胀的面包
windows10 安装 ElasticSearch
联想官方出品小工具：关闭或开启 Win10 系统自动更新 简介 Elasticsearch 是一个分布式的 RESTful 风格的搜索和数据分析引擎。 head ElasticSearch-head 依赖于 node.js 下面先安装node.js node.js下载地址：http://nodejs.cn/download/ 下载后，地接就是一个安装包 ，直接打开后除了安装路径自己按需设置外，其他的一路next就好，直到最后它自动安装完 最后打开cmd 输入：node --version 看能否打印出版本信息来检验安装是否正确就好了 node.js安装好后 ，切换目录到node.js的安装目录中。 比如我的是D:chengxutoolsnode-js 运行命令安装 grunt npm install -g grunt-cli head 依赖的都安装完之后，就可以安装head 了。
1.5K20发布于 2021-06-16 - 来自专栏全栈开发那些事
window10安装MongoDB
文章目录 1、下载 2、安装 2.1、双击mongodb-windows-x86_64-4.4.4-signed.msi 2.2、选择安装路径 3、配置mongodb.config 3.1先在`D: \software\MongoDB\data`路径下新建db文件夹 3.2在安装目录下面新建文件mongodb.config 4、启动 5、配置环境变量 6、cmd测试: 1、下载 官网下载：https ://www.mongodb.com/try/download/community 如图所示：我的版本为4.4.4 下载完后: 2、安装 2.1、双击mongodb-windows-x86 _64-4.4.4-signed.msi 2.2、选择安装路径 complete,安装到默认路径，最好别选这个 custom，安装到自定义路径，我的路径：D:\software\MongoDB 点击next next next 3、配置mongodb.config 3.1先在D:\software\MongoDB\data路径下新建db文件夹 3.2在安装目录下面新建文件
58620编辑于 2023-02-25 - 来自专栏林德熙的博客
win10 安装Mpi
首先我们需要安装Bash $ sudo apt-get install libcr-dev mpich2 mpich2-doc 写hello.c # include <mpi.h> # include /h 可以安装mpi，从http://download.csdn.net/detail/lindexi_gd/9714817 下载，使用 tar zvf openmpi-1.6.5.tar.gz
1.3K20编辑于 2022-08-09 - 来自专栏LaravelCode
Ubuntu 安装JDK10+
Ubuntu 安装JDK10+ 下载 jdk sudo wget --no-cookies --no-check-certificate --header "Cookie: gpw_e24=http:%
57610发布于 2019-12-18
腾讯云开发者
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