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Sentieon | 应用教程：Sentieon分布模式
介绍 本文档描述了如何利用Sentieon®基因组学工具的分片能力将DNAseq®流程分布到多台服务器上；将其他流程（如TNseq®）进行分布遵循相同原则，因为所有Sentieon®基因组学工具都具有相同的内置分布式处理能力 一般推荐使用Sentieon®的GVCFtyper的分片功能，将不同的基因组片段分别处理在不同的机器上。 您可以使用以下命令执行此操作： 1sentieon driver ... .score.gz \ 83 2> collect000.log 84#Locus Collector for shard 001 85$SENTIEON_FOLDER/bin/sentieon .score.gz \ 91 2> collect002.log 92#Locus Collector for shard 003 93$SENTIEON_FOLDER/bin/sentieon
28810编辑于 2024-07-15 - 来自专栏Sentieon：文献解读
Sentieon 项目文章 | 使用 Sentieon ctDNA 分析管道高精度、高效地处理 UMI 数据集
the Sentieon ctDNA Analysis Pipeline标题（中文）：使用 Sentieon ctDNA 分析管道高精度、高效地处理 UMI 数据集发表期刊：bioRxiv作者单位：Sentieon 为此，Sentieon开发了一套完整的ctDNA分析流程，通过整合优化的比对算法（Sentieon BWA）、高效的共识序列生成工具（Sentieon Consensus）、基于单倍型的灵敏变异检测模块 Sentieon在模拟数据集测试结果中错误率均显著低于Fgbio研究团队通过模拟数据来评估Sentieon Consensus和Fgbio的性能。 在健康个体DNA体外混合实验中验证Sentieon ctDNA的性能研究设计了体外混合实验来评估Sentieon ctDNA分析流程的性能。 Sentieon的运算速度优势：UMI数据处理效率提升20倍为评估Sentieon工具性能，研究团队开展了两组对照实验。
25310编辑于 2025-05-21 - 来自专栏Sentieon
Sentieon 软件快速入门指南
为Sentieon®二进制文件的安装目录： export SENTIEON_INSTALL_DIR=PATH_TO_SENTIEON_BINARY_DIRECTORY 使用NFS存储时，为提高性能，请将 # 更新Sentieon软件包的位置 SENTIEON_INSTALL_DIR=/home/release/sentieon-genomics-202308.03 # 更新临时快速存储的位置并取消注释 sh sentieon_quickstart.sh & 三、Sentieon模块描述 下表展示了不同的Sentieon软件模块及其用途。同时也标注了哪些工具实现了与现有GATK流程工具相同的功能。 3.1 Sentieon模块列表 Sentieon®产品 Sentieon®工具 典型用途 等效GATK流程工具 Sentieon® BWA Sentieon® BWA 读段比对和映射 BWA DNAscope Sentieon建议使用jemalloc来改善Sentieon应用程序中的内存管理和整体性能，尤其是Sentieon bwa-mem。 解决方案： 1.
56910编辑于 2024-11-04 - 来自专栏Sentieon
Sentieon 软件快速入门指南
为Sentieon®二进制文件的安装目录:export SENTIEON_INSTALL_DIR=PATH_TO_SENTIEON_BINARY_DIRECTORY•使用NFS存储时,为提高性能,请将SENTIEON_TMPDIR # 更新Sentieon软件包的位置SENTIEON_INSTALL_DIR=/home/release/sentieon-genomics-202308.03# 更新临时快速存储的位置并取消注释#SENTIEON_TMPDIR 服务的文件夹/home/sentieon/licsrvr/licsrvr.lic 是Sentieon®许可证文件licsrvr="/home/sentieon/release/latest/bin/sentieon /sentieon/release/latest 是最新Sentieon®软件包安装目录的符号链接•/home/sentieon/licsrvr 是运行licsrvr服务的文件夹•/home/sentieon Sentieon建议使用jemalloc来改善Sentieon应用程序中的内存管理和整体性能，尤其是Sentieon bwa-mem。
62300编辑于 2024-07-10 Sentieon | 猪全基组（WGS）分析流程
引言今天给大家介绍的是基于 Sentieon 软件开发的用于猪全基因组测序数据的自动化流程脚本。 root：sentieon工具（基因组分析软件）的安装路径。 8.5 执行联合变异检测root=/APP/u22/x86_com/sentieon/202503/sentieon-genomics-202503cat $GVCF_LIST|$root/bin/sentieon sentieon driver: 调用 Sentieon 驱动程序。-r $FASTA: 指定参考基因组。--algo GVCFtyper: 使用 GVCFtyper 算法进行联合变异检测。 Sentieon在不断地优化算法的运行效率，为科研工作者提供更快速、更经济的基因检测方案。若您刚好有需要检测的数据，不妨来申请试用Sentieon吧！
23910编辑于 2025-10-11- 来自专栏Sentieon
Sentieon安装时 jemalloc error 解决办法
背景Sentieon建议使用jemalloc来改善Sentieon应用程序中的内存管理和整体性能，尤其是Sentieon bwa-mem。 有关 jemalloc的更多信息，请参考https://github.com/jemalloc/jemalloc安装步骤Sentieon建议安装一个预构建包，用户可能需要root 访问权限才能完成安装。 在Sentieon流程中加载jemalloc可以使用环境变量在运行时加载jemalloc库到Sentieon中。 例如，在CentOS 8.x 系统上，在运行Sentieon 工具之前，您可以使用以下代码设置环境变量：export LD_PRELOAD=/usr/lib64/libjemalloc.so.2
53700编辑于 2023-08-09 - 来自专栏Sentieon
Sentieon | 泛基因组分析流程详解
Sentieon泛基因组分析流程Sentieon泛基因组流程是一个利用泛基因组图进行短读长DNA序列数据比对和变异识别的分析流程。 CLI 系统环境配置CLI安装：curl -LO https://github.com/Sentieon/sentieon-cli/releases/download/v1.4.0/sentieon_cli https://github.com/sentieon/sentieon-cli.gitcd sentieon-clipoetry install3. 重复标记：Sentieon Dedup标记重复读段并计算相关指标。Indel重新比对：Sentieon Realigner执行indel重新比对。 Sentieon泛基因组分析流程精度评估Sentieon 泛基因组分析工具在Complete Genomics T1+测序平台上分析标准数据集的检测精度，结果如下图所示：通过对Sentieon泛基因组分析工具在不同数据集上的性能评估显示
42910编辑于 2025-10-24 - 来自专栏Sentieon
Sentieon | RNA-seq 变异检测全流程详解
为应对这一挑战，Sentieon开发了涵盖比对、去重、RNA连接点处理及变异检测的一体化加速模块，通过高度优化的算法与工程实现，大幅缩短全流程分析时间，为高通量RNA-seq数据分析提供了高效、可靠的解决方案 在本次的流程搭建中，我们利用Sentieon最新开发的STAR加速模块，与其他可用加速模块一起，完成了全流程的RNA变异检测流程的搭建工作。 Sentieon在不断的优化算法的运行效率，为科研工作者提供更快速、更经济的基因检测方案。若您刚好有需要检测的数据，不妨来申请试用Sentieon吧！ RNAseq官方文档https://support.sentieon.com/manual/RNA_call/rna/#Sentieon软件介绍Sentieon为完整的纯软件基因变异检测二级分析方案，其分析流程完全忠于 此外，Sentieon连续数年摘得了PrecisionFDA、DreamChallenges等多个权威评比的桂冠，在业内获得广泛认可。
11810编辑于 2026-02-06 - 来自专栏「毅硕|生信教程」
Sentieon | 小麦全基组（WGS）分析流程
引言 今天给大家介绍的是基于 Sentieon 软件开发的用于小麦全基因组测序数据的自动化流程脚本。 root：sentieon工具（基因组分析软件）的安装路径。 8.5 执行联合变异检测 root=/APP/u22/x86_com/sentieon/202503/sentieon-genomics-202503 cat $GVCF_LIST|$root/bin sentieon driver: 调用 Sentieon 驱动程序。 -r $FASTA: 指定参考基因组。 --algo GVCFtyper: 使用 GVCFtyper 算法进行联合变异检测。 Sentieon在不断的优化算法的运行效率，为科研工作者提供更快速、更经济的基因检测方案。若您刚好有需要检测的数据，不妨来申请试用Sentieon吧！
30210编辑于 2025-09-25 - 来自专栏Sentieon
Sentieon实战：NGS肿瘤变异检测流程
作为NGS数据二级分析的产品专家，Sentieon推出了一系列肿瘤分析流程，适用于从组织样本到液态活检等不同场景。 最后我们将展示BMS（百时美施贵宝）使用Sentieon TNscope检测MNV纠正TCGA数据库的案例。 图片综合本文中准确度和速度两方面的指标，Sentieon的TNscope性能超越了其他所有参评的软件模块。 MNV肿瘤合并本篇文献来自于药企BMS（百时美施贵宝），BMS与Sentieon团队合作，利用Sentieon的肿瘤MNV合并模块对TCGA等公共数据库里的结果进行检查，发现了大量VCF结果中的MNV被错误标记为了 Sentieon的TNscope以及TNhaplotyper2模块都会输出haplotype信息。
84510编辑于 2023-07-27 - 来自专栏Sentieon：文献解读
文献解读-Processing UMI Datasets at High Accuracy and Efficiency with the Sentieon c
ctDNA Analysis Pipeline标题（中文）：利用 Sentieon ctDNA 分析管道高精度、高效率地处理 UMI 数据集发表期刊：bioRxiv作者单位：Sentieon公司等发表年份 该流程包含比对（ Sentieon BWA）、一致性生成（Sentieon Consensus）、变异检测（TNscope）和变异过滤（TNscope-filte）四个核心模块。 Sentieon研究组通过多种数据集对该流程进行了全面的基准测试。 在模拟数据上，生成带有模拟错误的读段来测试一致性模块，结果发现Sentieon的一致性生成工具错误率比常用工具Fgbio低2个数量级，且Sentieon一致性工具处理相同的输入读段的错误率低于5%。 在224个已知体细胞突变中，Sentieon检测到的阳性变异数量与其他工具相近，同时保持了超过99.5%的特异性。除了准确性，Sentieon流程还表现出显著的速度优势。
20910编辑于 2024-12-12 - 来自专栏CHSNP
Sentieon软件发布202112.06版本更新
Sentieon 软件忠于BWA、GATK、MuTect、MuTect2、STAR、Minimap2等金标准的数学模型，在保证完全匹配开源分析方案结果的前提下，计算效率提升15倍以上。 Sentieon为大群组项目提供一站式Joint Calling解决方案，可同时处理10万个WGS样本的Joint Calling，无需中间步骤。 Sentieon持续为业界提供高性能的NGS数据分析软件。我们根据用户的需求与反馈，持续迭代改进Sentieon软件包，三代长读长的变异检测工具是我们近期开发的重点。 2022年11月9日，Sentieon推出了最新的202112.06版本，具体更新信息如下：202112.06版本主要新增功能如下：新版添加了对 LocusCollector 和 Dedup 算法的支持 安装包、手册、机器学习模型下载链接Sentieon 中文介绍
51530编辑于 2022-11-09 - 来自专栏Sentieon
Sentieon应用教程：本地使用-Quick_start
1、准备工作：License的准备Sentieon的准备测试数据Quick_start的准备2、检查License是否可用：<SENTIEON_DIR>为sentieon-genomics-202308.03 根据以上工具解压后使用如下命令启动License server：<SENTIEON_DIR>/bin/sentieon licsrvr --start --log licsrvr.log <LICENSE_FILE 3、修改主脚本sentieon_quickstart.sh工具路径修改：SENTIEON_INSTALL_DIR=<SENTIEON_DIR>内存分配修改：export LD_RELOAD=<libjemalloc.so 否则建议在主脚本sentieon_quickstart.sh中，添加以下命令；例如，在CentOS 8.x系统上，在运行Sentieon工具之前，您可以使用以下命令设置环境变量：vi sentieon_quickstart.sh sentieon_quickstart.sh & #查看日志文件nohup.out和result/run.log，结果文件全在result目录下。
27500编辑于 2024-07-12 - 来自专栏Sentieon
Sentieon软件发布v202503版本
Sentieon最新版本V202503Sentieon团队持续优化升级产品，现已发布v202503版本。本文将详细介绍此次更新中的重要功能改进和问题修复，以帮助您更好地了解和使用最新版本。 下载链接新版本的 Linux 软件包（X86）：https://insvast-download.oss-cn-shanghai.aliyuncs.com/Sentieon/release/sentieon-genomics /Sentieon/release/mannual/Sentieon_Mannual_CN_V202503.pdfSentieon示例脚本：https://github.com/Sentieon/sentieon-scripts / 适用于不同测序平台的 DNAscope 模型：https://github.com/Sentieon/sentieon-models/更新要点本次更新主要在功能拓展、稳定性提升和性能优化三大维度实现了显著进步 关于Sentieon_V202503版本更新内容，详细列表整理如下：Sentieon软件介绍Sentieon为完整的纯软件基因变异检测二级分析方案，其分析流程完全忠于BWA、GATK、MuTect2、STAR
20010编辑于 2025-04-24 - 来自专栏Sentieon
Sentieon | 水稻全基因组（WGS）分析流程
环境设置与参数解析1.1 Sentieon环境配置1.1.1 下载地址软件地址链接https://insvast-download.oss-cn-shanghai.aliyuncs.com/Sentieon ://github.com/Sentieon/sentieon-models1.1.2 环境设置变量[点击跳转]1.2 变量定义与参数解析#! root：sentieon工具（基因组分析软件）的安装路径。 8.5 执行联合变异检测root=/APP/u22/x86_com/sentieon/202503/sentieon-genomics-202503cat $GVCF_LIST|$root/bin/sentieon Sentieon在不断地优化算法的运行效率，为科研工作者提供更快速、更经济的基因检测方案。若您刚好有需要检测的数据，不妨来申请试用Sentieon吧！
35010编辑于 2025-10-29 Sentieon | 鸡全基因组（WGS）分析流程
环境设置与参数解析1.1 Sentieon环境配置1.1.1 下载地址软件地址链接https://insvast-download.oss-cn-shanghai.aliyuncs.com/Sentieon ://github.com/Sentieon/sentieon-models1.1.2 环境设置变量[点击跳转]1.2 变量定义与参数解析#! root：sentieon工具（基因组分析软件）的安装路径。 8.5 执行联合变异检测root=/APP/u22/x86_com/sentieon/202503/sentieon-genomics-202503cat $GVCF_LIST|$root/bin/sentieon Sentieon在不断地优化算法的运行效率，为科研工作者提供更快速、更经济的基因检测方案。若您刚好有需要检测的数据，不妨来申请试用Sentieon吧！
23810编辑于 2025-11-11- 来自专栏Sentieon
Sentieon 应用教程 | 使用CNVscope进行CNV检测分析
1.适用场景 CNVscope是Sentieon推出的一款基于机器学习的全基因组CNV分析检测模块。 /sentieon-genomics-202308.03.tar.gz 模型下载：https://insvast-download.oss-cn-shanghai.aliyuncs.com/Sentieon .bundle/cnv.model TMP_VARIANT_VCF sentieon driver -t NUMBER_THREADS -r REFERENCE --algo CNVModelApply Sentieon团队在此次开发中，主要采用了最新的HG002 T2T真集以及泛基因组项目中的15个样本。这些真集利用了第三代测序数据，大大提升了结构变异检测的准确性。 从结果来看，Sentieon CNVscope 在WGS中的表现相较于现有的CNV工具，展现出极高的准确性（F1值）。
44310编辑于 2024-09-02 - 来自专栏Sentieon
Sentieon | 应用教程: 关于读段组的建议
介绍本文档描述了使用Sentieon® Genomics软件时，推荐使用RGID字段以最小化潜在问题的用法。本文档能帮助您确定设置所使用的bam文件中RG标签的不同字段的最佳实践方法。 RG字段标签和Sentieon®以下是RG字段标签在Sentieon®工具中使用的一般原则：使用多个输入的bam文件时，需要使每个bam文件的ID标签唯一；两个不同的bam输入文件中不能有相同ID的RG Sentieon软件介绍Sentieon为完整的纯软件基因变异检测二级分析方案，其分析流程完全忠于BWA、GATK、MuTect2、STAR、Minimap2、Fgbio、picard等金标准的数学模型 截至2023年3月份，Sentieon已经在全球范围内为1300+用户提供服务，被世界一级影响因子刊物如NEJM、Cell、Nature等广泛引用，引用次数超过700篇。 此外，Sentieon连续数年摘得了Precision FDA、Dream Challenges等多个权威评比的桂冠，在业内获得广泛认可。
34500编辑于 2023-08-25 Sentieon软件发布V202503.02版本
一、Sentieon最新版本V202503.02Sentieon团队持续优化升级产品，现已发布V202503.02版本。 本文将详细介绍此次更新中的新功能和问题修复，以帮助您更好地了解和使用Sentieon最新版本。 二、下载链接三、更新要点Sentieon软件最新版本(V202503.02)的更新主要聚焦于功能扩展和稳定性优化两个方面：在功能扩展方面，正式推出了 Pangenome（泛基因组）分析流程的测试版，通过引入加速比对算法 DNAscope LongRead and Hybrid Pipelines五、引用Sentieon的精选文献1. 此外，Sentieon连续数年摘得了Precision FDA、Dream Challenges等多个权威评比的桂冠，在业内获得广泛认可。
13210编辑于 2026-01-07Sentieon | 泛基因组相比传统变异检测的优势
Sentieon软件介绍Sentieon为完整的纯软件基因变异检测二级分析方案，其分析流程完全忠于BWA、GATK、MuTect2、STAR、Minimap2、Fgbio、picard等金标准的数学模型 Sentieon软件团队拥有丰富的软件开发及算法优化工程经验，致力于解决生物数据分析中的速度与准确度瓶颈，为来自于分子诊断、药物研发、临床医疗、人群队列、动植物等多个领域的合作伙伴提供高效精准的软件解决方案 截至2025年7月份，Sentieon已经在全球范围内为1860+用户提供服务，用户处理超过4980+PB数据量，被世界一级影响因子刊物如NEJM、Cell、Nature等广泛引用，引用次数超过1500 此外，Sentieon连续数年摘得了Precision FDA、Dream Challenges等多个权威评比的桂冠，在业内获得广泛认可。
21210编辑于 2025-11-24
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