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SARS-CoV-2复阳将为常态
Sinocelltech上个月宣布，注射一次加强剂可以预防82%的SARS-CoV-2感染，包括由XBB引起的感染，有效期长达四个月。疫苗临床试验的最终结果尚未公布。
32361编辑于 2023-08-30 - 来自专栏DrugOne
. | 用深度学习预测SARS-CoV-2的进化
编译 | 曾全晨 审稿 | 王建民 今天为大家介绍的是来自Shiwei Sun, Peter Pak-Hang Cheung和 Xin Gao团队的一篇与SARS-CoV-2相关的论文。 SARS-CoV-2的持续演变对公共卫生构成了重大威胁。由于庞大的序列空间，了解潜在的抗原变化具有重要意义，但也具有挑战性。 通过分析现有的SARS-CoV-2变异，MLAEP准确地推断了抗原进化轨迹上的变异顺序，与相应的采样时间相关联。 这些突变通常涉及对SARS-CoV-2特性的改变。 作者使用了来自GISAID数据库的现有SARS-COV-2 RBD序列。现有的GISAID变异序列首先通过多任务模型转换为嵌入向量。
53620编辑于 2023-09-19 - 来自专栏Sentieon：文献解读
文献解读-Profiling SARS-CoV-2 mutation fingerprints that range from the viral pangen
关键词：流行病学；基因测序；变异检测； 文献简介 标题（英文）：Profiling SARS-CoV-2 mutation fingerprints that range from the viral pangenome to individual infection quasispecies 标题（中文）：剖析从病毒泛基因组到单个感染类群的 SARS-CoV-2 变异指纹图谱 发表期刊：Genome 这些突变使SARS-CoV-2能够进化成新的毒株。病毒准物种来自个体患者发生的新发突变。结合这些病毒突变集，提供了独特的遗传指纹，揭示了传播模式，并在接触者追踪中具有实用性。 文献讨论 这项研究开发了一种基于k-mer分析的方法来识别SARS-CoV-2的关键序列区域和突变。研究人员利用这种方法开发了一种高灵敏度的靶向测序方法，可用于识别患者中独特的病毒遗传指纹。 该研究将泛基因组分析与有针对性的深度测序SARS-CoV-2临床样本联系起来，确定了个体患者体内发生的准物种突变，并与超过70,000种其他菌株相比确定了它们的一般患病率。
23510编辑于 2024-09-19 - 来自专栏DrugOne
bioRxiv | AI辅助设计针对SARS-CoV-2的表位疫苗
尽管SARS-CoV和SARS-CoV-2之间存在明显的相似性，但这两者之间仍存在相当大的遗传变异。因此，评估引发针对先前冠状病毒的免疫反应的表位是否可能有效抵抗SARS-CoV-2并非易事。 2.5.4 SARS-CoV-2基因组多样性的估计 利用从GISAID数据库和GenBank获得的8 639条完整的基因组序列，对SARS-CoV-2基因组序列的保护性进行分析。 3.2 SARS-CoV-2基因组多样性分析 为了排除源自遗传高度可变区域的肽，计算了SARS-CoV-2基因组内每个氨基酸的突变频率。 这项研究的目的是鉴定SARS-CoV-2表位，以开发专注于T细胞活化的疫苗组合物。 通过应用研究人员的方法，在SARS-CoV-2蛋白质组中发现了相当数量的高分T细胞表位，包括结构蛋白和NSP。选定的大多数表位在不同的SARS-CoV-2分离株中均保守。
80340发布于 2021-02-02 - 来自专栏Sentieon：文献解读
文献解读-SARS-CoV-2 variant Delta rapidly displaced variant Alpha in the United Stat
关键词：流行病；SARS-CoV-2；变异分析；文献介绍标题（英文）：SARS-CoV-2 variant Delta rapidly displaced variant Alpha in the United States and led to higher viral loads标题（中文）：SARS-CoV-2 变体 Delta 在美国迅速取代了变体 Alpha，并导致病毒载量增加发表期刊：Cell Reports 测序流程在数据分析过程中，研究团队使用Sentieon进行SARS-Cov-2 病毒的变异检测。 总结研究首次在美国大规模人群中系统阐明了Delta变体的传播优势机制，为理解SARS-CoV-2变异株的演化规律提供了重要科学依据。
26410编辑于 2025-04-16 - 来自专栏生命科学
天然产物在新冠中的应用潜力 | MedChemExpress
SARS-CoV-2 病毒及其变体SARS-CoV-2 是冠状病毒亚科的成员之一 2) 中和抗体类新冠中和抗体是中和 SARS-Cov-2 病毒的人源化单克隆抗体，主要靶标为 SARS-Cov-2 病毒 Spike 蛋白的受体结合区域 (RBD)。 结合，从而阻断 SARS-CoV-2 进入宿主细胞。 除上述作用外，虎杖苷 (Polydatin) 还能够结合 ACE2 并抑制 SARS-CoV-2 主要蛋白酶 (MPro) 而发挥抗 SARS-CoV-2 作用。 虽然这些天然产物大多只是被证实在体外具有抗 SARS-CoV-2 作用，还需要进一步的研究来证实其有效性，但其无疑为抗 SARS-CoV-2 的药物开发提供了大量的先导化合物，也为阐述中药治疗 SARS-CoV
59540编辑于 2023-01-11 - 来自专栏DrugOne
Science | SARS-CoV-2和SARS-CoV受体结合域中高度神秘保守的抗原表位
；CR3022同时使用重链和轻链上所有六个互补决定区(CDRs)与SARS-CoV-2的RBD作用(图1)，在抗原表位上的28个残基（CR3022所覆盖的残基）中，有24个（86%）在SARS-CoV- CR3022与SARS-CoV-2的RBD复合的结构，其中橙色链为CR3022重链，黄色链为CR3022轻链，浅灰色为SARS-CoV-2的RBD。 ? 图 2. （B-E）为非保守表位残基和CR3022的相互作用，带有括号的就是SARS-CoV的氨基酸突变，蓝绿色为SARS-CoV-2的RBD，橙色为CR3022的重链，黄色为轻链，残基标号是根据在SARS-CoV 作者测试CR3022在体外微量中和试验中是否可以中和SARS-CoV-2和SARS-CoV，发现CR3022在最高浓度400 条件下无法中和SARS-CoV-2,该结果可以解释CR3022对SARS-CoV 总之，论文分析了SARS-CoV-2如何被体液免疫反应靶向，并发现了SARS-CoV-2和SARS-CoV之间的共同保留的抗原表位，虽然CR3022在体外试验中不能中和SARS-CoV-2，但在体外试管中无中和活性且在生物体内可以起到辅助作用的病毒抗体例子有很多
79070发布于 2021-02-01 - 来自专栏新智元
非实验室制造！英美澳科学家最新研究反驳新冠病毒“人工合成”阴谋论
基因组中的两个疑似人为干预的特征，认为SARS-CoV-2病毒是自然进化的产物，而非实验室制造。 SARS-CoV-2是已知感染人类的冠状病毒科的第七名成员。 其中，三种病毒（SARS CoV-1，MERS和SARS-CoV-2）可以引起严重的疾病。 该论文综述了从可用基因组序列数据的比较分析中可以推断出SARS-CoV-2的起源和早期进化的方法。 值得注意的是，该论文提出了SARS-CoV-2基因组的显著特征，并讨论了可能出现这些特征的场景。 通过对α和β冠状病毒（冠状病毒科家族）的基因组比较确定了SARS-CoV-2基因组的两个显着特征： 1）基于结构模型和早期生化实验，SARS-CoV-2似乎发生了进化，更易与人类的ACE2受体相结合; 这六个氨基酸中的五个在SARS-CoV-2中发生了突变。
61320发布于 2020-02-24 - 来自专栏生信宝典
Sience子刊 新研究揭示：COVID-19病毒影响人体线粒体功能，或成治疗新途径
早期研究表明,SARS-CoV-2蛋白可与宿主细胞的线粒体蛋白相结合,进而导致线粒体功能失调。 其他的动物模型显示,在SARS-CoV-2感染的中期,肺部的线粒体功能开始恢复。 在COVID-19患者的尸检组织中，SARS-CoV-2不复存在，肺部的线粒体基因转录已经恢复。 在仓鼠早期SARS-CoV-2感染时，肺部的病毒载量达到峰值，肺部的线粒体基因表达基本不受干扰，即使在大脑中未检测到SARS-CoV-2，但小脑的线粒体基因表达受到抑制，而纹状体的表达则上调。 在小鼠中期SARS-CoV-2感染期间，小鼠肺部的线粒体基因表达开始恢复。
58220编辑于 2023-08-30 - 来自专栏生命科学
高分研发吸入式 “隐形口罩”，有效抵御新冠病毒| MedChemExpress
SARS-CoV-2 感染使粘液纤毛清除功能受损，这会促进病毒在下呼吸道中传播，并增加感染的风险。此外，自 COVID-19 爆发以来，世界范围内逐渐出现了许多 SARS-CoV-2 突变株。 快速传播的 SARS-CoV-2 变异体的激增，突出了对快速、广谱抗病毒感染策略的需求。 SHIELD 颗粒在小鼠模型中能有效阻断 SARS-CoV-2 假性病毒。 ■ SHIELD 可保护非洲绿猴免受 SARS-CoV-2 感染为一步评估 SHIELD 防 SARS-CoV-2 的屏障保护作用，该研究团队使用SARS-CoV-2 原始毒株 (WA1) 和突变株 ( GS-704277是 Remdesivir 的丙氨酸代谢产物，在体外对 SARS-CoV-2 具有较好的抑制作用。
37700编辑于 2023-03-28 - 来自专栏纳米药物前沿
Angew：聚硫酸盐可通过静电相互作用以阻断对SARS-CoV-2的摄取
柏林自由大学Chuanxiong Nie、Rainer Haag、Anil Kumar Sahoo和马普所Gergo Peter Szekeres通过研究发现，带负电荷的聚硫酸盐可通过静电作用与SARS-CoV -2的spike蛋白进行结合以阻断宿主对SARS-CoV-2的摄取。 实验通过斑块减少研究比较了肝素、硫酸戊聚糖、线性聚甘油硫酸酯(LPGS)和超支化聚甘油硫酸酯(HPGS)对SARS-CoV-2的抑制作用。 这一研究表明，静电作用可以阻断SARS-CoV-2病毒进入宿主细胞的过程，而LPGS能够作为一种新型的SARS-CoV-2病毒抑制剂。 Chuanxiong Nie. et al. Polysulfates Block SARS-CoV-2 Uptake through Electrostatic Interactions.
35920编辑于 2022-08-15 - 来自专栏DrugScience
SARS-CoV-2小蛋白抑制剂从头设计--P1.设计策略一
上一步完成超量化合物库的初步框架之后，下面可能有时间收集一下化学反应与反应性片段构建更为复杂和理性的筛选策略，等后续时间。
97730编辑于 2022-09-19 - 来自专栏DrugOne
Drug Target Review | 萘莫司他抑制SARS-CoV-2感染，阻止COVID-19传播
日本研究人员认为，甲磺酸萘莫司他是一种用于治疗急性胰腺炎的药物，可重新用于抑制SARS-CoV-2进入人体细胞。 ? )所需浓度的十分之一，最近被德国一个小组确定为SARS-CoV-2感染的抑制剂。 井上说：“考虑到SARS-CoV-2感染已经在世界范围内扩散，在具有安全记录的现有药物中寻找治疗方法的药物再利用看来非常有价值。” 冠状病毒（如SARS-CoV-2）的基因组RNA被由脂质双层和包膜蛋白组成的包膜包围。 Cell上发表的最新研究中，研究人员建立了SARS-CoV-2 S蛋白引发的融合测定，发现在10-1000nM的浓度范围内，Nafamostat抑制了SARS-CoV-2 S蛋白引发的融合。
74450发布于 2021-02-01 - 来自专栏用户7627119的专栏
赵金存教授团队首次解析SARS-CoV-2感染小鼠T细胞应答，为新型新冠疫苗研发奠定基础
病原微生物生物安全国家重点实验室合作，应用表达新冠病毒受体人ACE2的腺病毒转导小鼠，首次在小鼠体内解析新冠病毒感染后小鼠T细胞免疫应答特性与功能，此研究将极大推进新型冠状病毒感染细胞免疫应答研究，为SARS-CoV BALB/c小鼠中SARS-CoV-2特异性T细胞表位鉴定结果 为进一步了解SARS-CoV-2感染所诱导的特异性细胞免疫应答规律及功能，作者分析了不同品系小鼠感染后不同时间点不同组织器官中特异性T细胞应答 使用单独表达T细胞表位的疫苗载体免疫可使小鼠在SARS-CoV-2感染后更快的清除病毒，并减轻肺部病理损伤（如图3）。 图2. BALB/c小鼠中SARS-CoV-2特异性T细胞应答规律、分泌多种细胞因子、亲和力较高、具有体内杀伤能力 图3. N351特异性记忆CD4+ T细胞可以加速小鼠肺脏SARS-CoV-2的清除、并减轻肺部病理损伤。
67920编辑于 2022-09-21 - 来自专栏用户7627119的专栏
纳米孔RNA直接测序技术揭示了新冠病毒的转录组和表观转录组信息
The Architecture of SARS-CoV-2 Transcriptome SARS-CoV-2的转录组结构 发表期刊：Cell 发表时间：2020年5月 IF：38.637 研究背景 COVID -19是由一种被称为严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）的乙型冠状病毒引起的。 图3 SARS-CoV-2基因组结构示意图 SARS-CoV-2除了具有预期结构和长度的经典sgRNA（图4D），结果还显示出许多次要的junction sites（图4E–4G）。 SARS-CoV-2的RNA修饰 研究人员用DRS数据检测了SARS-CoV-2的表观转录组学。病毒RNA修饰最早在40多年前就已描述过（Gokhale and Horner，2017）。 ORF和RNA修饰是SARS-CoV-2特有的还是在其他冠状病毒中保守的，有待检查。对它们的分布和功能意义的比较研究将有助于我们更全面地了解SARS-CoV-2和冠状病毒。
1.1K20发布于 2020-08-07 - 来自专栏DrugOne
Nat. Biotechnol. | 一个综合的SARS-CoV-2-human蛋白-蛋白相互作用组
并基于网络筛选了2900种FDA批准的药物，确定了23种与SARS-CoV-2宿主因素具有显著网络接近度的药物。 SARS-CoV-2蛋白中的每一种，以使用TMT-AP–MS蛋白质组学鉴定病毒-宿主共复合物相互作用 (图一)。 通过Y2H和TMT-ap-ms蛋白质组学平台鉴定的SARS-CoV-2宿主因子具有高度的进化保守性，与以前的研究一致。 获得了189种与SARS-CoV-2宿主因素的网络接近度显著接近的药物的清单，其中44种进行了SARS-CoV-2的临床试验。评估了每种药物所需的抗病毒特性。 通过对卡维地洛和SARS-CoV-2宿主因子的靶标进行了药物-靶标网络分析，发现卡维地洛可能通过PPIs及其靶标潜在地影响SARS-CoV-2宿主因子 。
43620编辑于 2022-11-28 - 来自专栏DrugOne
. | 基于深度学习的蛋白质-蛋白质相互作用分析预测SARS-CoV-2的传染性与变异进化
全球分享所有流感数据（GISAID）倡议为提供超过1000万条SARS-CoV-2遗传序列信息提供了宝贵的共享平台。这些信息被用来预测SARS-CoV-2的演化，并改编为新变体的预警系统。 ），以野生型（WT）SARS-CoV-2为参考。 SARS-CoV-2与中和抗体之间的预测亲和力 识别S蛋白/RBD与中和抗体之间的结合亲和力对于预测SARS-CoV-2变体的免疫逃逸至关重要。本文生成逃逸评分来预测抗体对S蛋白变体的亲和力。 a, b：在内部（a）和外部（b）验证中，WT SARS-CoV-2 S蛋白与ACE2变异之间预测亲和力变化的回归。 可溶性ACE2可以作为一个诱饵来中和SARS-CoV-2感染。 图5b显示，SARS-CoV-2的演化开始于S蛋白–ACE2结合亲和力的增强。 图5b：已知SARS-CoV-2变异的进化路径。具有相似属性的变体簇被圈出。
87430编辑于 2023-08-31 - 来自专栏智药邦
AI发现口服抗病毒治疗药物｜MDL-001的pre-IND会议请求获批准
MDL-001每天一次口服给药显着降低SARS-CoV-2感染小鼠适应动物模型肺部SARS-CoV-2的病毒载量 (双向 ANOVA，P < 0.01)。 首先，在SARS-CoV-2适应性疾病小鼠模型中，MDL-001在感染后第3天以375mg/kg BID给药时显示SARS-CoV-2病毒负荷降低了log10 2.7 PFU/mL。 作为比较，Owen等人在2021年11月2日的Science杂志文章中报道，PF-07321332 (Nirmatrelvir) 在一个单独的SARS-CoV-2适应性疾病小鼠模型中，在第4天以1000 第三，西奈山的体外研究发现，MDL-001在基于细胞的疾病检测中以nmol水平的活性抑制SARS-CoV-2变种 (VoC)。第四，MDL-001在基于细胞的试验中也被发现能抑制H1N1流感病毒。
51020编辑于 2022-06-08 - 来自专栏Chris生命科学小站五年归档
【画图】SARS-CoV-2结合的宿主细胞受体ACE2在人组织中的表达情况
现在已经有明确的实验证明，跟SARS病毒一样，新冠状病毒2019-nCoV与宿主细胞的ACE2受体结合[1]。GTEx数据库有人各组织中基因表达谱数据，下载整理这个数据可以绘制出ACE2受体在人体组织中的表达量情况。
30210编辑于 2023-02-28 - 来自专栏生信宝典
Cell — 新“出芽”方法为疫苗开发带来优势
本期的《Cell》中，Hoffmann等人将两种方法相结合，通过调节被许多病毒劫持的相同细胞代谢通路来增强SARS-CoV-2疫苗接种的免疫反应。 SARS-CoV-2的出现和随之而来的COVID-19大流行使基于mRNA的疫苗平台以惊人的速度进入常规临床使用。 图1 ESCRT介导的eVLP产生可在SARS-CoV-2 mRNA免疫接种后引发增强的免疫反应 通过mRNA介导的膜结合型SARS-CoV-2 S蛋白传递可实现在细胞膜表面表达（图上半部分），而经EABR 鉴于SARS-CoV-2的持续流传和抗原进化，中和抗体广度方面的这些改进可能会转化为评价疫苗有效性的有意义的改善。 通过在SARS-CoV-2刺突蛋白的细胞质尾部添加EABR序列，以招募ESCRT蛋白，从而诱导包膜病毒样颗粒的组装。
41120编辑于 2023-08-30
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