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这个保守的 RNA motif是病毒侵染的关键
这是一个复杂的过程，涉及到病毒粒子 (virions)的生成——病毒新形成的感染性拷贝。每个病毒粒子都是一个包含完整病毒遗传密码的蛋白质外壳，其可以感染其他细胞并引起疾病。 利兹大学和约克大学的研究汇集了病毒分子结构、电子显微镜和数学生物学方面的专家。 这项研究的重点是一种对人类没有传染性的无害的牛病毒——e型肠病毒，它是脊髓灰质炎病毒的普遍替代研究病毒。 脊髓灰质炎病毒感染人类后会引起脊髓灰质炎，是世界卫生组织根除病毒行动的目标。另外，肠病毒还包括导致普通感冒的鼻病毒。 该研究详细说明了RNA包装信号的作用，RNA分子的一段短区域与病毒外壳的蛋白质一起确保了精确和高效的感染性病毒粒子的形成。 利用分子生物学和数学生物学的结合，研究人员能够识别RNA分子上可能充当包装信号的位点。
53920发布于 2021-01-25 - 来自专栏DrugOne
抗病毒药物小分子库推荐：RNA-Targeted Library
除了抗病毒，核苷（酸）类似物还可以用于治疗癌症。 ? 2 核苷类抗病毒药物原理 核苷(酸)类似物针对的是病毒的聚合酶(Polymerase)。 RNA病毒复制所需的RNA复制过程和逆转录病毒复制所需的逆转录过程在人体细胞中不会发生。因此病毒如果要复制，必须用自己的聚合酶，如RNA病毒的RNA复制酶(RdRp)和逆转录病毒的逆转录酶(RT)。 而核苷(酸)类似物通过选择性的抑制病毒的聚合酶来阻止病毒的复制。 核苷酸(Nucleotide)是核酸，也就是DNA和RNA的基本组成单位，它由磷酸，五碳糖，碱基构成。 无论是人体的DNA聚合酶，RNA聚合酶，还是病毒的RdRp和RT，它们核酸合成的原理都是一样的，都是沿着核酸的5’端到3‘端进行合成。 3 RNA靶向分子库 药物筛选已知的靶向RNA的小分子化合物库是个不错的起点，这里推荐chem-space网站的RNA-Targeted Library，包含4500个靶向RNA的小分子。 ?
68750发布于 2021-02-01 - 来自专栏极安御信安全研究院
病毒专题丨 plugx病毒
一、病毒简述之前分析了一下，分析的较为简单，这次又详细分析了一下。 四、静态分析1、病毒本体病毒本体拖入Ida，打开start，F5可以看到这里很纯洁，加载了wsc.dll，并调用run函数，我们继续调试wsc.dll中run函数。 我们动态附加病毒，跟进run函数，记录LocalAlloc函数申请空间地址，等for循环结束之后，二进制复制拷出这段内存，在010Editor中进行保存为文件，拖到Ida中，可以发现是一个dll。 之后在这里设置了程序自启动，结合病毒行为分析，这里的createProcess函数是启动了拷贝之后的exe，case1第二个函数是ExitProcess函数，这里很简单很简单，就到这里。
69720编辑于 2023-07-07 - 来自专栏Chris生命科学小站五年归档
人体细胞修改新冠病毒RNA的证据被找到
文章发现了新冠状病毒RNA进入人体细胞以后被编辑的证据，虽然没有生化试验验证，但可以推测参与RNA编辑的APOBECs与ADARs参与到编辑新冠病毒RNA的过程。另外，作者公开了分析流程的代码。 现在的理论体系认为，细胞按照DNA序列转录成RNA，按照RNA序列翻译成蛋白质，蛋白质发挥生物学作用。 但人们对RNA和DNA进行测序后发现，一些RNA上的序列或者某个位点，按照碱基配对原则不能够与原来DNA匹配上，由于原来的DNA没有相应位点的变化。 那么这个导致这个变化的过程很有可能是发生在RNA环节，一些蛋白比如ADARs能够改变RNA的序列，进而影响蛋白质的功能，以至于最后导致某些疾病的发生。 这篇文章发现了新冠状病毒进入人体后存在这一的编辑事件，但这样的事件是助纣为虐，还是共同抗敌，就不清楚了。总之，文章从另一纬度解释了新冠病毒可能的作用机制。
40620编辑于 2023-02-28 - 来自专栏用户7627119的专栏
纳米孔RNA直接测序技术揭示了新冠病毒的转录组和表观转录组信息
病毒基因组3’端的覆盖度明显高于5’端，这也反映了RNA直接测序从RNA3’端开始测序的特点。病毒RNA中前导序列（72nt）的普遍存在导致在5’末端出现一个显著的峰。 为了明确研究RNA修饰，作者通过体外转录病毒序列生成了阴性对照RNA，并对阴性对照进行了直接RNA测序。注意到阴性对照和病毒转录本之间的离子电流之间的差异非常有趣（图6A）。 由于poly（A）尾巴在RNA周转中起重要作用，因此很容易推测所观察到的内部修饰与病毒RNA稳定性控制有关。 ? 与RNA病毒一样，冠状病毒也经常重组，这可能会使它们迅速进化，从而改变其宿主/组织特异性和药物敏感性，在这项研究中检测到的频繁融合可能为变异提供基础。 新的ORF可以作为辅助蛋白，调节病毒复制和宿主免疫反应。RNA修饰也可能有助于感染组织中的病毒存活和免疫逃逸。ORF和RNA修饰是SARS-CoV-2特有的还是在其他冠状病毒中保守的，有待检查。
1.1K20发布于 2020-08-07 - 来自专栏数据结构与算法
病毒
【问题描述】 有一天，小y突然发现自己的计算机感染了一种病毒！还好，小y发现这种病毒很弱，只是会把文档中的所有字母替换成其它字母，但并不改变顺序，也不会增加和删除字母。 小y很聪明，他在其他没有感染病毒的机器上，生成了一个由若干单词构成的字典，字典中的单词是按照字母顺序排列的，他把这个文件拷贝到自己的机器里，故意让它感染上病毒，他想利用这个字典文件原来的有序性，找到病毒替换字母的规律 现在你的任务是：告诉你被病毒感染了的字典，要你恢复一个字母串。 【输入格式】virus.in 第一行为整数K（≤50000），表示字典中的单词个数。 以下K行，是被病毒感染了的字典，每行一个单词。 最后一行是需要你恢复的一串字母。 所有字母均为小写。 【输出格式】virus.out 输出仅一行，为恢复后的一串字母。
1.7K70发布于 2018-04-12 - 来自专栏单细胞天地
ncount_RNA 和nFeature_RNA辅助过滤
不过对于处理后的数据集我们可以可视化一下nFeature_RNA和nCount_RNA来辅助进行质控 那首先我们基于Seurat官网的教程来了解回顾一下nFeature_RNA和nCount_RNA，并且可视化判断一下阈值 ：每个细胞的UMI数目 nFeature_RNA：每个细胞所检测到的基因数目 可以看到nCount_RNA和nFeature_RNA还是有差异的，这就与它们的计算方法有关 #nCount_RNA：总的UMI 可以使用小提琴图来简单可视化一下nFeature_RNA和nCount_RNA VlnPlot(pbmc, features = c("nFeature_RNA", "nCount_RNA")) 过滤前 我们还是先重点看看nFeature_RNA和nCount_RNA #qc.R脚本中nFeature_RNA和nCount_RNA部分内容 feats <- c("nFeature_RNA", "nCount_RNA 除了在基本质控环节我们会可视化一下细胞中nFeature_RNA和nCount_RNA的情况，在进行降维聚类分群的时候，我们也会对nFeature_RNA和nCount_RNA进行可视化。
9.8K22编辑于 2024-04-28 - 来自专栏Chris生命科学小站五年归档
【连载】癌症中的嵌合RNA (Chimeric RNA) （一）
就像选择性剪接RNA或长非编码RNA一样，尽管这些非规范嵌合RNA作为一种现象在正常生理学中很常见，但它们可能在癌症中翻译出错。 首先，我们将总结嵌合RNA的类别和术语，以便更好的从机制的角度研究嵌合RNA 。然后，我们将仔细研究当前新型嵌合RNA作为肿瘤标志物的临床用途和潜在意义。 最后，我们将概述嵌合RNA促进肿瘤发生的机制以及当前融合基因作为治疗靶点的用途。 2. 嵌合RNA的分类 嵌合RNA的定义是来自两个最初分离的基因的RNA序列杂交后的转录产物。 因此嵌合RNA可以通过不同的机制产生，如融合基因转录或基因间剪接。在这一章节中，我们将从嵌合RNA的生物发生途径上分类描述它们。 嵌合RNA的形成机制。 最近一项在GTEx数据库中对正常组织中反复发生的嵌合RNA进行的研究中，发现cis-SAGe嵌合RNA占了这些RNA的很大一部分[14]。
83030编辑于 2023-02-28 - 来自专栏Chris生命科学小站五年归档
【连载】癌症中的嵌合RNA (Chimeric RNA) （三）
为了验证候选嵌合RNA的存在，将与RNA序列分析相同来源的理想的RNA样本进行RT-PCR和其他RNA检测，对PCR产物再进一步行Sanger测序以验证连接处序列。 此外，出现的假阳性嵌合RNA 可能会使嵌合RNA的验证复杂化。例如，从进化的角度来看，嵌合RNA可能是基因的功能前体。换句话说，在低等物种中发现的嵌合RNA可以在高等物种中进化成基因。 尽管前期已经通过生物信息学方法获得了特定嵌合RNA在正常组织中的表达，但是由于RNA测序的深度不同，嵌合RNA的检出率可能也有不同。 Northern印迹是传统验证嵌合RNA的方法之一，但灵敏度较低。RNA酶保护实验因为具有更高的灵敏度而被用来验证嵌合RNA。 第三代测序中的直接RNA测序，通过一种高通量的方法对嵌合RNA序列和RNA全场序列的进行鉴定可望克服这些障碍。
31910编辑于 2023-02-28 - 来自专栏Chris生命科学小站五年归档
【连载】癌症中的嵌合RNA (Chimeric RNA) （二）
因此，筛选出在正常组织/细胞中也表达的嵌合RNA对于发现癌症特异的嵌合RNA是十分重要的，对于新发现的嵌合RNA，应该在不同的癌症和正常样本中进行仔细验证和量化。 RNA测序灵敏度的增加可以提高低表达嵌合RNA的检出。 从RNA测序数据库中鉴定的嵌合RNA也包括由反式剪接和顺式剪接产生的非典型嵌合RNA。一些嵌合RNA已经被检测出具有癌症特异性，但是还没有将它们用作临床的诊断标记物。 RNA是宫颈癌特异性的，对该嵌合RNA进行实验验证，发现在巴氏涂片中也呈阳性。 尽管已经应用了严格的标准和多种过滤标准来筛选嵌合RNA，还是会有大量候选嵌合RNA需要实验验证，这是难以做到的。因此，需要借助计算机验证，将嵌合RNA 连接处的核苷酸序列与RNA序列数据库中进行匹配。
47810编辑于 2023-02-28 - 来自专栏极安御信安全研究院
病毒丨熊猫烧香病毒分析
作者丨黑蛋一、病毒简介病毒名称：熊猫烧香文件名称：40fee2a4be91d9d46cc133328ed41a3bdf9099be5084efbc95c8d0535ecee496文件格式：EXEx86文件类型 section_name_exception,lang_chinese,timestamp_exception二、环境准备虚拟机调试器安全软件Win7x86x32dbg、OD火绒剑三、程序脱壳首先修改病毒后缀为 5.3.6、第六个计时器首先跟进箭头函数，可以看到是一些网络操作，读取创建等操作：返回上一步向下看，同样是一些下载东西，创建文件，然后启动等操作：六、总结此病毒是加了一个壳，然后需要脱壳修复IAT表，
5.7K30编辑于 2023-03-31 - 来自专栏极安御信安全研究院
病毒丨文件夹病毒
这里流程不是很清楚，可以结合流程图看，但主体功能就是拷贝新的病毒，设置注册表隐藏文件不可见，加入自启动。 五、总结这个病毒是delphi写的，总体功能就是释放各种病毒子体，加入自启动，设置文件隐藏，设置隐藏文件不可见，判断日期之后对文件进行一个删除操作。 释放资源病毒，由于在我虚拟机没体现出这些行为，也就没有分析。同时在我物理机不小心运行了一下，结果F盘文件被隐藏了，然后替换成同名exe：
1.3K10编辑于 2023-05-19 - 来自专栏全栈程序员必看
病毒分析四：steam盗号病毒
到这一步为止，病毒一直在移动自己的位置，并不断启动新进程。目的是隐藏自己。在新的进程里，病毒开始执行盗号逻辑。 结合原先病毒的传播方式，大概率会找到此进程。 然后通过地址为0x430C40的函数，搜索注册表，找到steam路径。
3.7K30编辑于 2022-09-19 - 来自专栏Chris生命科学小站五年归档
人体细胞修改新冠病毒RNA的证据被找到
文章发现了新冠状病毒RNA进入人体细胞以后被编辑的证据，虽然没有生化试验验证，但可以推测参与RNA编辑的APOBECs与ADARs参与到编辑新冠病毒RNA的过程。另外，作者公开了分析流程的代码。 现在的理论体系认为，细胞按照DNA序列转录成RNA，按照RNA序列翻译成蛋白质，蛋白质发挥生物学作用。 但人们对RNA和DNA进行测序后发现，一些RNA上的序列或者某个位点，按照碱基配对原则不能够与原来DNA匹配上，由于原来的DNA没有相应位点的变化。 那么这个导致这个变化的过程很有可能是发生在RNA环节，一些蛋白比如ADARs能够改变RNA的序列，进而影响蛋白质的功能，以至于最后导致某些疾病的发生。 这篇文章发现了新冠状病毒进入人体后存在这一的编辑事件，但这样的事件是助纣为虐，还是共同抗敌，就不清楚了。总之，文章从另一纬度解释了新冠病毒可能的作用机制。
39120编辑于 2023-02-28 - 来自专栏生信技能树
RNA-SEQ
跑完一个RNA-SEQ项目，下意识的看了看bam文件大小，还有最后的文库统计情况，发现非常的 诡异，首先是bam文件大小就很奇特： 29M Apr 29 12:15 S12.bam 30M Apr 因为RNA-SEQ项目我早就搭建好了，很少出这样的幺蛾子，这个坑有点类似于我三年前分享的：做过1000遍RNA-seq的老司机告诉你如何翻车 然后是文库统计情况： ? sort排序问题 这个问题来源于我自己的操作习惯，我制作配置文件一直使用 ls /home/jianmingzeng/rna/raw_data/*1.fq.gz > 1 ls /home/jianmingzeng /rna/raw_data/*2.fq.gz > 2 wc 1 2 cut -d"/" -f 8 1 |cut -d"_" -f 1 cut -d"/" -f 8 1 |cut -d"_" -f 1
79910发布于 2019-05-13 - 来自专栏花落的技术专栏
RNA-seq
每个亚基由RNA链和蛋白质组成，剪切体分为主要剪切体（major spliceosome）和次要剪切体 （minor spliceosome），主要剪切体负责对接GU-AG的形式，次要剪切体对接AT-AC 可变剪切种类主要可以分为以下五类： 可变剪切分析软件 RNA-seq可变剪切一般分析过程： 比对软件：hisat2、 star、 tophat AS识别软件:依赖已有的gtf文件，Asprofile、rmats
82500编辑于 2021-12-05 - 来自专栏生信修炼手册
RNA编辑简介
RNA editing, 即RNA编辑，指的是转录后的RNA发生的碱基插入，缺失，替换等现象，属于转录后修饰的一种，相比其他转录后修饰，比如可变剪切等，RNA编辑比较罕见，但是其作用和功能不容忽视。 ，研究这些阶段的RNA编辑现象，是探究生命活动中复杂调控机制的一种新的切入角度。 RNA编辑通常可以划分成以下两类 1. 碱基的缺失和插入 碱基的缺失和插入需要通过一种名为guide RNA的小分子，示意如如下 ? 上图中，通过guide RNA的介导完成RNA水平上的插入。 在上图中，发生了一个C-U的RNA编辑，导致密码子从CAA变成了终止子UAA, 从而产生了一种新的蛋白。 RNA编辑现象不仅可以发生了mRNA上，在miRNA, lncRNA等其他类型的ncRNA上也会发生。
1.4K10发布于 2020-05-08 - 来自专栏紫禁玄科
勒索病毒
勒索病毒，是一种新型电脑病毒，主要以邮件、程序木马、网页挂马的形式进行传播。该病毒性质恶劣、危害极大，一旦感染将给用户带来无法估量的损失。 （图片来源于网络） 和之前一些病毒不同，黑客开发这种病毒并不是为了炫技地攻击电脑的软硬件）而是为了索财。当电脑受到病入侵之后・电脑当中的文件会被加密，导致无法打开。 20多个国家的语言，可见病毒设计者的野心是多么庞大， 如果电脑中了这种病毒，硬盘中的文件会被AES+RSA4096位算法加密。 如果中招的电脑处于一个局域网当中，那么只要一台电脑感染病毒，其他电脑只要开机上网，马上也会被感染。 病毒会通过像445端口这样的文件共享和网络打印机共享端口的漏洞展开攻击。 如何感染了哪个勒索病毒家族 在已经感染中毒的机器上找到相应的勒索病毒样本、勒索病毒勒索信息文本，勒索病毒加密后的文件，将这些信息上传到该网站，可以得出是哪个中的哪个勒索病毒家族，然后去找相对应的解密工具
1.9K10编辑于 2022-03-24 - 来自专栏数据结构与算法
04:病毒
04:病毒 查看 提交 统计 提问 总时间限制:1000ms内存限制:65535kB描述 有一天，小y突然发现自己的计算机感染了一种病毒！ 还好，小y发现这种病毒很弱，只是会把文档中的所有字母替换成其它字母，但并不改变顺序，也不会增加和删除字母。 现在怎么恢复原来的文档呢！ 小y很聪明，他在其他没有感染病毒的机器上，生成了一个由若干单词构成的字典，字典中的单词是按照字母顺序排列的，他把这个文件拷贝到自己的机器里，故意让它感染上病毒，他想利用这个字典文件原来的有序性，找到病毒替换字母的规律 现在你的任务是：告诉你被病毒感染了的字典，要你恢复一个字母串。 输入virus.in 第一行为整数K（≤50000），表示字典中的单词个数。 以下K行，是被病毒感染了的字典，每行一个单词。
1.2K60发布于 2018-04-12 - 来自专栏极安御信安全研究院
病毒丨3601lpk劫持病毒分析
一、病毒简介 文件名称： 1f3e836b4677a6df2c2d34d3c6413df2c5e448b5bc1d5702f2a96a7f6ca0d7fb 文件类型(Magic)： PE32 executable 这里同样是生成了一个子病毒，我们简单进行一下过滤，文件创建写入，注册表创建，网络行为等： 可以看到，在c:\Windows下生成一个子病毒，当然也注意这里生成了一个hra33.dll： 然后通过cmd 五、hra33.dll分析 看完病毒体，我们再看一下关键dll–>hra33.dll，直接在c:\windows\system32下找到hra33.dll，拖入IDA中分析，直接在主函数处F5： 5.1 六、病毒总体思路总结 首先开始运行，判断是否有病毒的注册表： 是：注册函数设置服务请求–设置启动服务–找到dll，释放–把病毒和服务加到hra33.dll，然后加载此dll– 线程1（家里IPC链接，局域网内传播 ，定时启动）—后面三个线程链接服务器下载东西，根据指令进行不同操作； 否：启动病毒服务–设置键值–删除原病毒
1.1K00编辑于 2023-04-11
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