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这个保守的 RNA motif是病毒侵染的关键
这是一个复杂的过程，涉及到病毒粒子 (virions)的生成——病毒新形成的感染性拷贝。每个病毒粒子都是一个包含完整病毒遗传密码的蛋白质外壳，其可以感染其他细胞并引起疾病。 利兹大学和约克大学的研究汇集了病毒分子结构、电子显微镜和数学生物学方面的专家。 这项研究的重点是一种对人类没有传染性的无害的牛病毒——e型肠病毒，它是脊髓灰质炎病毒的普遍替代研究病毒。 脊髓灰质炎病毒感染人类后会引起脊髓灰质炎，是世界卫生组织根除病毒行动的目标。另外，肠病毒还包括导致普通感冒的鼻病毒。 该研究详细说明了RNA包装信号的作用，RNA分子的一段短区域与病毒外壳的蛋白质一起确保了精确和高效的感染性病毒粒子的形成。 利用分子生物学和数学生物学的结合，研究人员能够识别RNA分子上可能充当包装信号的位点。
53920发布于 2021-01-25 - 来自专栏DrugOne
抗病毒药物小分子库推荐：RNA-Targeted Library
除了抗病毒，核苷（酸）类似物还可以用于治疗癌症。 ? 2 核苷类抗病毒药物原理 核苷(酸)类似物针对的是病毒的聚合酶(Polymerase)。 RNA病毒复制所需的RNA复制过程和逆转录病毒复制所需的逆转录过程在人体细胞中不会发生。因此病毒如果要复制，必须用自己的聚合酶，如RNA病毒的RNA复制酶(RdRp)和逆转录病毒的逆转录酶(RT)。 而核苷(酸)类似物通过选择性的抑制病毒的聚合酶来阻止病毒的复制。 核苷酸(Nucleotide)是核酸，也就是DNA和RNA的基本组成单位，它由磷酸，五碳糖，碱基构成。 无论是人体的DNA聚合酶，RNA聚合酶，还是病毒的RdRp和RT，它们核酸合成的原理都是一样的，都是沿着核酸的5’端到3‘端进行合成。 3 RNA靶向分子库 药物筛选已知的靶向RNA的小分子化合物库是个不错的起点，这里推荐chem-space网站的RNA-Targeted Library，包含4500个靶向RNA的小分子。 ?
69150发布于 2021-02-01 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
R中单细胞RNA-seq分析教程 (7)
引言 本系列开启R中单细胞RNA-seq数据分析教程[1]，持续更新，欢迎关注，转发！ 2.3. 使用 MNN 进行数据整合 MNN，由 EMBL-EBI 的 John Marioni 实验室开发，是最早为单细胞 RNA 测序数据整合或批次校正开发的算法之一。 利用 RSS 整合到 BrainSpan 数据 Seurat、Harmony、LIGER 和 MNN 可能是目前最广泛使用的通用单细胞 RNA 测序数据整合方法，但也存在其他方法和概念可以应用于数据整合 对于脑类器官样本而言，艾伦脑图谱（Allen Brain Atlas）提供的 BrainSpan 人类大脑批量 RNA-seq 数据集，涵盖了从早期胎儿发育到成人的阶段，是一个非常好的选择。 与使用外部参考数据集通过相似性来表示数据中的细胞不同，CSS 首先对每个待整合的单细胞 RNA 测序样本进行细胞聚类，然后使用这些聚类得到的平均表达谱作为参考，来计算相似性。
46000编辑于 2025-01-02 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
RNA-seq 详细教程： `DESeq2` 差异表达分析（7）
差异表达分析工作流程的最后一步是将原始计数拟合到 NB 模型并对差异表达基因进行统计检验。在这一步中，我们本质上是想确定不同样本组的平均表达水平是否存在显著差异。
1.5K50编辑于 2023-01-29 - 来自专栏用户7627119的专栏
纳米孔RNA直接测序技术揭示了新冠病毒的转录组和表观转录组信息
跨越junctions reads的定量比较显示，N RNA是表达最丰富的转录本，其次是S，7a，3a，8，M，E，6和7b（图2C）。 ? 图6 RNA修饰位点图 在41个潜在的修饰位点中，最常见的motif是AAGAA（图7A和7B）。 病毒长的转录本（gRNA，S，3a，E和M）比短RNA（6、7a，7b，8和N）的修饰频率更高（图7D），表明该修饰是特定于某些RNA种类。 有趣的是，修饰的RNA分子的poly（A）尾比未修饰的短（图7E）。这些结果表明内部修饰和3’尾之间存在联系。 图7 检测到的RNA修饰差异调节图 讨论 在这项研究中，作者描述了SARS-CoV-2的转录组和表观转录组。
1.1K20发布于 2020-08-07 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
RNA-seq 详细教程：DESeq2差异表达分析（7）
差异表达分析工作流程的最后一步是将原始计数拟合到 NB 模型并对差异表达基因进行统计检验。在这一步中，我们本质上是想确定不同样本组的平均表达水平是否存在显著差异。
2.1K10编辑于 2023-02-27 - 来自专栏极安御信安全研究院
病毒专题丨 plugx病毒
一、病毒简述之前分析了一下，分析的较为简单，这次又详细分析了一下。 aTI4XehaTLSHT1A8F323A63B4FFB50C74C35A6EC2B4D09068B929D14CBB6093F14C7722F5A0667D1BB92Tagsrar,contains_pe二、环境准备系统版本Win7x86 四、静态分析1、病毒本体病毒本体拖入Ida，打开start，F5可以看到这里很纯洁，加载了wsc.dll，并调用run函数，我们继续调试wsc.dll中run函数。 我们动态附加病毒，跟进run函数，记录LocalAlloc函数申请空间地址，等for循环结束之后，二进制复制拷出这段内存，在010Editor中进行保存为文件，拖到Ida中，可以发现是一个dll。 之后在这里设置了程序自启动，结合病毒行为分析，这里的createProcess函数是启动了拷贝之后的exe，case1第二个函数是ExitProcess函数，这里很简单很简单，就到这里。
71120编辑于 2023-07-07 - 来自专栏DrugOne
靶向新冠状病毒(COVID-19)的药物靶点
nsp7)，非结构蛋白8(nsp8)，非结构蛋白9(nsp9)，生长因子样肽(nsp10)，RNA定向RNA聚合酶(nsp12)，解旋酶(nsp13)，鸟嘌呤-N7甲基转移酶(nsp14)，Uridylate 4 NSP12(RDRP) RNA-dependent RNA polymerase(RDRP)是RNA依赖性RNA聚合酶。 ? 5 Helicase, Nsp13(RNA解旋酶) RNA解旋酶(RNA helicases)是一个包含了与RNA代谢（从翻译起始、核糖体形成、前mRNA拼接和mRNA降解）的许多方面有关的蛋白质家族。 其N端结构域具有核酸内切酶的活性，主要对RNA的复制和转录进行校读，防止可能的致死性突变发生。C端结构域具有鸟嘌呤-N7甲基转移酶活性，负责对mRNA加帽。 ? ，专门剪切鸟苷酸的3’位置，是病毒编码的RNA编辑酶之一。
1K40发布于 2021-02-01 - 来自专栏Chris生命科学小站五年归档
人体细胞修改新冠病毒RNA的证据被找到
文章发现了新冠状病毒RNA进入人体细胞以后被编辑的证据，虽然没有生化试验验证，但可以推测参与RNA编辑的APOBECs与ADARs参与到编辑新冠病毒RNA的过程。另外，作者公开了分析流程的代码。 现在的理论体系认为，细胞按照DNA序列转录成RNA，按照RNA序列翻译成蛋白质，蛋白质发挥生物学作用。 但人们对RNA和DNA进行测序后发现，一些RNA上的序列或者某个位点，按照碱基配对原则不能够与原来DNA匹配上，由于原来的DNA没有相应位点的变化。 那么这个导致这个变化的过程很有可能是发生在RNA环节，一些蛋白比如ADARs能够改变RNA的序列，进而影响蛋白质的功能，以至于最后导致某些疾病的发生。 这篇文章发现了新冠状病毒进入人体后存在这一的编辑事件，但这样的事件是助纣为虐，还是共同抗敌，就不清楚了。总之，文章从另一纬度解释了新冠病毒可能的作用机制。
40620编辑于 2023-02-28 - 来自专栏PaddlePaddle
从病毒手里抢时间：百度研究院研发RNA测序算法检测速度提升120倍
本次可大大加快 RNA 结构预测速度的LinearFold算法，百度于2019年7月首次提出。 此次引起武汉肺炎的新型冠状病毒（2019-nCoV）与“非典”病毒、艾滋病毒、埃博拉病毒、流感病毒一样，都属于RNA病毒，其单链结构导致病毒更容易变异、不易开发疫苗。 传统上，RNA 二级结构预测需要三次方时间复杂度的算法，也就是说，如果序列长度翻一倍的话，就要付出 8 倍的计算时间，这对于 RNA 病毒基因组这样的超长序列（例如艾滋病毒有约1万个碱基，埃博拉病毒有约 而冠状病毒（包括非典病毒和这次的新冠病毒）的基因组又是所有 RNA 病毒里最长的，长达 3 万个碱基，最快的经典算法也需要 55 分钟。 万碱基，能满足对RNA病毒全基因组结构预测的要求。
55020发布于 2020-02-19 - 来自专栏单细胞天地
ncount_RNA 和nFeature_RNA辅助过滤
不过对于处理后的数据集我们可以可视化一下nFeature_RNA和nCount_RNA来辅助进行质控 那首先我们基于Seurat官网的教程来了解回顾一下nFeature_RNA和nCount_RNA，并且可视化判断一下阈值 ：每个细胞的UMI数目 nFeature_RNA：每个细胞所检测到的基因数目 可以看到nCount_RNA和nFeature_RNA还是有差异的，这就与它们的计算方法有关 #nCount_RNA：总的UMI 可以使用小提琴图来简单可视化一下nFeature_RNA和nCount_RNA VlnPlot(pbmc, features = c("nFeature_RNA", "nCount_RNA")) 过滤前 实际分析中应用 如果大家手里有技能树单细胞分析的标准分析代码，如果需要的话可以获取一下链接: https://pan.baidu.com/s/1bIBG9RciAzDhkTKKA7hEfQ? 我们还是先重点看看nFeature_RNA和nCount_RNA #qc.R脚本中nFeature_RNA和nCount_RNA部分内容 feats <- c("nFeature_RNA", "nCount_RNA
9.8K22编辑于 2024-04-28 - 来自专栏数据结构与算法
病毒
【问题描述】 有一天，小y突然发现自己的计算机感染了一种病毒！还好，小y发现这种病毒很弱，只是会把文档中的所有字母替换成其它字母，但并不改变顺序，也不会增加和删除字母。 小y很聪明，他在其他没有感染病毒的机器上，生成了一个由若干单词构成的字典，字典中的单词是按照字母顺序排列的，他把这个文件拷贝到自己的机器里，故意让它感染上病毒，他想利用这个字典文件原来的有序性，找到病毒替换字母的规律 现在你的任务是：告诉你被病毒感染了的字典，要你恢复一个字母串。 【输入格式】virus.in 第一行为整数K（≤50000），表示字典中的单词个数。 以下K行，是被病毒感染了的字典，每行一个单词。 最后一行是需要你恢复的一串字母。 所有字母均为小写。 【输出格式】virus.out 输出仅一行，为恢复后的一串字母。 #include <cstdio> 4 #include <cstdlib> 5 #include <cmath> 6 int qm[27],sd[27],dy[27];// qm记录入度 7
1.7K70发布于 2018-04-12 - 来自专栏社区动态
让Kimi像人类思考的“Kimi探索版“已开启灰度内测！GPT-o1贡献者之一宣布离职｜AI日报
Cell）杂志上发表论文报告了180个超群、超过16万种全球RNA病毒的发现。 这是迄今为止规模最大的RNA病毒研究，大幅扩展了全球RNA病毒的多样性。 利用LucaProt，研究团队对来自全球生物环境样本的10,487份RNA测序数据进行病毒挖掘，发现了超过51万条病毒基因组，代表超过16万个潜在病毒种及180个RNA病毒超群（相当于门或纲的分类级别） ，使RNA病毒超群数量扩容约9倍。 论文链接：https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(24)01085-7https://mp.weixin.qq.com/s/bB7r
46010编辑于 2024-10-12 - 来自专栏Chris生命科学小站五年归档
【连载】癌症中的嵌合RNA (Chimeric RNA) （一）
此外，还发现这些融合基因中的一部分是具有促进肿瘤发生的癌基因，因此可以被作为治疗靶点[7，8]。这些融合基因的转录物也被认为是理想的肿瘤标志物，用于检测某些癌细胞的存在[9]。 就像选择性剪接RNA或长非编码RNA一样，尽管这些非规范嵌合RNA作为一种现象在正常生理学中很常见，但它们可能在癌症中翻译出错。 首先，我们将总结嵌合RNA的类别和术语，以便更好的从机制的角度研究嵌合RNA 。然后，我们将仔细研究当前新型嵌合RNA作为肿瘤标志物的临床用途和潜在意义。 最后，我们将概述嵌合RNA促进肿瘤发生的机制以及当前融合基因作为治疗靶点的用途。 2. 嵌合RNA的分类 嵌合RNA的定义是来自两个最初分离的基因的RNA序列杂交后的转录产物。 最近一项在GTEx数据库中对正常组织中反复发生的嵌合RNA进行的研究中，发现cis-SAGe嵌合RNA占了这些RNA的很大一部分[14]。
83230编辑于 2023-02-28 - 来自专栏Chris生命科学小站五年归档
【连载】癌症中的嵌合RNA (Chimeric RNA) （三）
为了验证候选嵌合RNA的存在，将与RNA序列分析相同来源的理想的RNA样本进行RT-PCR和其他RNA检测，对PCR产物再进一步行Sanger测序以验证连接处序列。 此外，出现的假阳性嵌合RNA 可能会使嵌合RNA的验证复杂化。例如，从进化的角度来看，嵌合RNA可能是基因的功能前体。换句话说，在低等物种中发现的嵌合RNA可以在高等物种中进化成基因。 尽管前期已经通过生物信息学方法获得了特定嵌合RNA在正常组织中的表达，但是由于RNA测序的深度不同，嵌合RNA的检出率可能也有不同。 Northern印迹是传统验证嵌合RNA的方法之一，但灵敏度较低。RNA酶保护实验因为具有更高的灵敏度而被用来验证嵌合RNA。 第三代测序中的直接RNA测序，通过一种高通量的方法对嵌合RNA序列和RNA全场序列的进行鉴定可望克服这些障碍。
32010编辑于 2023-02-28 - 来自专栏Chris生命科学小站五年归档
【连载】癌症中的嵌合RNA (Chimeric RNA) （二）
因此，筛选出在正常组织/细胞中也表达的嵌合RNA对于发现癌症特异的嵌合RNA是十分重要的，对于新发现的嵌合RNA，应该在不同的癌症和正常样本中进行仔细验证和量化。 RNA测序灵敏度的增加可以提高低表达嵌合RNA的检出。 从RNA测序数据库中鉴定的嵌合RNA也包括由反式剪接和顺式剪接产生的非典型嵌合RNA。一些嵌合RNA已经被检测出具有癌症特异性，但是还没有将它们用作临床的诊断标记物。 RNA是宫颈癌特异性的，对该嵌合RNA进行实验验证，发现在巴氏涂片中也呈阳性。 尽管已经应用了严格的标准和多种过滤标准来筛选嵌合RNA，还是会有大量候选嵌合RNA需要实验验证，这是难以做到的。因此，需要借助计算机验证，将嵌合RNA 连接处的核苷酸序列与RNA序列数据库中进行匹配。
48010编辑于 2023-02-28 - 来自专栏极安御信安全研究院
病毒丨文件夹病毒
479.50KBSHA256880753802c3e6f4b5269062d4e76200c66e3a71e2118702e24d2b32c19dddfd2SHA10c9dec73697f74a8657e538eef8016a515e6cbc0MD594861ecbc2fd8043fa5bd69d004cfe59CRC3221277D6CSSDEEP12288:+xckcFwY9rXkEzmMH+rffHD7bUiR1bW4OhsHKawSwFoUiXPlEw2VfRtkO :hbTXkEzmMH+rffHDXUQbW4OhsHKawSwcImpHash4e0669a977cfb6f0ea058755d10088e7二、环境准备系统版本Win7x86Sp1三、行为分析首先在沙箱里走一下添加火绒剑信任区 这里流程不是很清楚，可以结合流程图看，但主体功能就是拷贝新的病毒，设置注册表隐藏文件不可见，加入自启动。 五、总结这个病毒是delphi写的，总体功能就是释放各种病毒子体，加入自启动，设置文件隐藏，设置隐藏文件不可见，判断日期之后对文件进行一个删除操作。 释放资源病毒，由于在我虚拟机没体现出这些行为，也就没有分析。同时在我物理机不小心运行了一下，结果F盘文件被隐藏了，然后替换成同名exe：
1.3K10编辑于 2023-05-19 - 来自专栏全栈程序员必看
病毒分析四：steam盗号病毒
三、样本信息 MD5值：a835a69b4ef12a255d3d5b8c5d3f721c SHA1值：201566a7f058d8147bb29486a59151fc7240d04f CRC32校验码 到这一步为止，病毒一直在移动自己的位置，并不断启动新进程。目的是隐藏自己。在新的进程里，病毒开始执行盗号逻辑。 结合原先病毒的传播方式，大概率会找到此进程。 然后通过地址为0x430C40的函数，搜索注册表，找到steam路径。 7）、程序接着通过地址为0x4311C6的函数进行QQkey盗号，接着通过qq邮箱改steam密码 向远处服务器请求，获取到pt_local_token参数 带着` pt_local_token`
3.7K30编辑于 2022-09-19 【辰辉创聚生物】手足口病主要病原体：肠道病毒EV71结构与重组蛋白研究全解析
因其显著的公共卫生重要性，EV71已成为病毒学、免疫学及疫苗研发领域的关键模型。EV71的病毒学特征与结构基础EV71属于小RNA病毒科肠道病毒属，是一种无包膜的正单链RNA病毒。 病毒颗粒呈二十面体对称结构，直径约30纳米。病毒基因组约7.4kb，编码产生4个结构蛋白和7个非结构蛋白。这种基因组结构决定了病毒的生命周期和致病特性。在病毒结构中，衣壳蛋白承担着关键功能。 脱壳与基因组释放：在内体酸性环境触发下，病毒衣壳构象改变，释放病毒RNA进入细胞质。 翻译与多聚蛋白加工：病毒RNA直接作为mRNA，利用宿主核糖体翻译产生多聚蛋白，随即被2A和3C蛋白酶切割成功能蛋白。RNA复制：病毒非结构蛋白诱导细胞内质网膜重组，形成复制细胞器。 3D聚合酶在此以病毒RNA为模板进行不对称复制，产生大量子代基因组。衣壳组装与病毒释放：新合成的子代RNA与结构蛋白在细胞质中包装，形成成熟的病毒颗粒。
15500编辑于 2025-12-26- 来自专栏极安御信安全研究院
病毒丨熊猫烧香病毒分析
作者丨黑蛋一、病毒简介病毒名称：熊猫烧香文件名称：40fee2a4be91d9d46cc133328ed41a3bdf9099be5084efbc95c8d0535ecee496文件格式：EXEx86文件类型 ：E334747CSSDEEP：768:Zf4LGjK09Rex9hq4gx9dtdiKosOOOf1G7mV/Wz3ETC7:Zf4LGjDeNA3diKCOOf4oG3NTLSH：T102D2D0E3770A58CDC1811CF0DCB347781994AC79AA0E83B9A911752D0E795FFAF42A35AuthentiHash ee0d0b18b39a36cf914131c260b08a27cd71a31b3be9a72d3ef7768cac57aec0impfuzzy：3:swBJAEPwS9KTXzW:dBJAEHGDWImpHash：87bed5a7cba00c7e1f4015f1bdae2183ICON 、OD火绒剑三、程序脱壳首先修改病毒后缀为exe，然后拖入PEID查看：FSG壳，拖入x32dbg中，F9运行到程序领空，然后分析代码，F8几步就会发现刚开始有一个大循环，F4跳出循环：然后继续F8就会发现又是一个循环 5.3.6、第六个计时器首先跟进箭头函数，可以看到是一些网络操作，读取创建等操作：返回上一步向下看，同样是一些下载东西，创建文件，然后启动等操作：六、总结此病毒是加了一个壳，然后需要脱壳修复IAT表，
5.7K30编辑于 2023-03-31
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