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miRNA -- 触发 RNA 干扰，让基因 “沉默”| MedChemExpress
这一小 RNA 就是第一个被报道的 miRNA (见往期推文：小分子和小 RNA 的大大 “梦想”)。 具有在翻译水平调控基因表达的功能[2]。 成熟的 miRNA 会被装载到 Argonaute (AGO) 蛋白上，结合形成有活性的 RNA-诱导沉默复合物 (RNA-inducing silencing complex, RISC) 复合体，发挥其多样的调控功能 研究人员们发现靶向 miRNA 大致有 2 种策略：1. 通过外源性补充 miRNA 以恢复其在疾病环境中的表达; 2. 通过抑制或阻断 miRNA 来降低 miRNA 的作用 。 ■ 小结MiRNA 是一种短的单链 RNA (约 22 个核苷酸，pre-miRNA 是发夹状单链 RNA)，其可以与 AGO 蛋白结合形成 RISC 复合体，触发 RNA 干扰，调节靶基因的表达。
1.4K20编辑于 2023-03-24 - 来自专栏Y大宽
RNA-seq(2)-2:下载数据
文章：AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors. 共下载7个文件，我仿写了个代码，如下： 运行起来速度还是很好，平均5M/S. cd /mnt/f/rna_seq/data for ((i=56;i<=62;i++));do ascp -QT -v term=SRP007560 （这个过程我是反着来的，现在SRA找到合适的数据，然后再下载文章） 具体信息见这里和这里 需要下载的四个数据为SRR316212 -215 同样，代码为 for ((i=2;
1.1K40发布于 2018-09-10 - 来自专栏单细胞天地
RNA Velocity and Beyond 系列2—Model
"On the Mathematics of RNA Velocity I: Theoretical Analysis." 没看过前文的可以考虑先看前文 RNA Velocity and Beyond 系列1—Introduction Model ? 回忆上文， RNA velocity 的关键在于利用 splicing 这一蕴含时间的动力学过程来刻画，从而在原来的 snapshot 中引入 velocity。 Case 2:β＝γ 和之前的区别大概就只是数值求解上的区别。所以对于 on stage 的解就是 ? 其中t≤ts，如果此时(u0,s0)≡(0,0)可以得到这段时间的解为 ? Inference of RNA velocity 有了上面的模型，那么下一步就是通过数据来拟合这些参数。ts，α，β，γ。
60031发布于 2021-04-16 - 来自专栏生信课程note＋实验知识
RNA-seq下游分析-2
#RSEM定量后直接生成FPKM，无需标准化#RNA-seq下游-1有些混乱，重新整理#与原文存在差异的原因是原文mRNA-seq要对注释gtf文件对进行过滤甲基化区域和polyA尾以及原文用的hg19 ---title: "RNAseq-下游分析-2"output: html_documentdate: "2023-10-26"---R Markdown#RSEM定量后直接生成FPKM，无需标准化#RNA-seq database1[,c(1,2,3,4)]colnames(database2) <- c("BHLHE40-rep1","BHLHE40-rep2","Control-rep1","Control-rep2 "dbplyr")database <- round(as.matrix(database2))condition <- factor(c(rep("treat",2),rep("control",2) png")ggsave("venn2.png")library(ggplot2)#聚类图vsd <- vst(dds2, blind = FALSE)sampleDists <- dist(t(assay
75420编辑于 2023-10-26 - 来自专栏生信修炼手册
使用CIRCexplorer2识别环状RNA
CIRCexplorer是一款环状RNA预测软件，专门用于预测exonic circRNA，网址如下 https://github.com/YangLab/CIRCexplorer2 环状RNA的识别包含了序列比对和环状 RNA预测两步，该软件目前更新到了v2版本，相比v1版本，用法有较大变化。 ;Assemble用于组装环状RNA的转录本序列；Denovo根据序列组装结果，识别新的环状RNA和分析环状RNA上的可变剪切事件。 针对单端序列的比对，代码如下 CIRCexplorer2 align \ -G hg19.gtf \ -i bowtie1_index \ -j bowtie2_index \ -f RNA_seq.fastq hg19_ref.txt 预测环状RNA的代码如下 CIRCexplorer2 annotate \ -r hg19_ref.txt \ -g hg19.fa \ -b back_spliced_junction.bed
1.4K20发布于 2019-12-19 - 来自专栏Y大宽
1️⃣ 序列获取（2）：RNA序列获取
1 ncRNAdb(noncoding RNA database) 虽不编码蛋白质，但是参与包括染色质结构重建，基因表达层面的转录和翻译调控，亚细胞位置等调控。 主要来自于 1 主要：ncRNAdb -- Noncoding regulatory RNAs database：通过以下方式获取 Search search by organism name, RNA 30,000 sequences; 66,4 MB) Browse Information pages Download Download the sequences in FASTA format 2 哺乳动物RNAdb: mammalian noncoding RNA database 3 fRNAdb: functional RNA database 4 Rfam: database of noncoding RNA families 5 miRBase: microRNA database 可检索公开发表的miRNA序列和注释信息 可获得和下载miRNA的发卡和成熟序列 可下载miRBase中所有序列和注释
1.7K20发布于 2019-01-28 - 来自专栏FreeBuf
设备指纹干扰与反干扰检测
而在浏览器端，做为对抗者，在浏览器端可以通过Canvas Fingerprint Defender等改变canvas内容这个设备指纹的关键维度，进而干扰设备指纹的正常获取。 本文，以实战演示干扰是如何发生的，以及如何检测应对。 ? 一、设备指纹 首先，来看一下正常状态中，设备指纹是什么样的，如下图： ? 二、干扰 本例中使用火狐，从附加组件中搜索并安装Canvas Fingerprint Defender： ? 当然，实际操作时，不只这一个插件可使用，也有许多同类插件。 ? 安装成功： ? 可以看到，指纹无法被获取，设备指纹的获取被干扰了，而且严重干扰。 三、干扰检测 对代码稍做修改，增加干扰检测： ? 这样就可以检测出是否获取设备指纹时受到了干扰。 ? 如果有干扰行为，说明一定是非正常访问。因为普通用户，是绝对不会使用指纹干扰插件的。 那么在实际的应用场景中，直接屏蔽这类用户访问即可。 *本文作者：w2sfoot，转载请注明来自FreeBuf.COM
1.4K20发布于 2020-06-03 - 来自专栏Y大宽
RIsearch2使用方法-预测RNA-RNA互作（sRNA的靶基因）
背景 非编码RNA经常和其它RNAs形成配对（双链）发挥其作用。这些RNA-RNA相互作用都是建立在碱基互补配对的基础上，两个RNA序列之间的高度互补是这种相互作用的强有力预测基础。 RIsearch2是RNA-RNA相互作用预测工具，可以在给定的query和target序列之间形成互补定位。 使用基于suffix arrays的seed-and-extend框架，RIsearch2可以发现RNA-RNA相互作用关系，这种发现可以基于基因组或转录组。 用户定义的seed and extension constraints 使得 RIsearch2 可应用于所有类型的RNA-RNA相互作用预测。 =========== Energy based RNA-RNA interaction predictions ================ Usage: risearch2.x [options
3.4K30发布于 2018-09-30 - 来自专栏工程师看海
地，也会有干扰？
缓解的方法如下：减小地线的电阻，缩短模拟电路和数字电路共用地线，把模拟电路和数字电路通过磁珠隔离进一步压制干扰，假如数字电路电流波动不变，依然是1A，共用的地的电阻降低到2 mΩ，此时数字电路在共地部分引起的电压波动只有
52620编辑于 2023-03-27 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
RNA-seq 详细教程：实验设计（2）
学习目标 了解设置重复对于 RNA-seq 分析的重要性 了解生物重复次数、测序深度和鉴定到的差异表达基因之间的关系 了解如何设计RNA-seq 实验，以避免批次效应 1. 注意事项 了解 RNA 提取和 RNA-seq 文库制备实验过程中的步骤，有助于设计 RNA-seq 实验，但有一些特殊的注意事项需要明确： 重复次数和类型 避免混淆 处理批次效应 2. 对 RNA 质量进行质控。 其他类型的 RNA 分析（内含子保留、small RNA-Seq 等）： 取绝于具体的分析 总之，尽量做生物学重复。 3. 是否同一个人对所有样品进行了 RNA 提取与文库制备？ 是否对所有样品使用了相同的试剂？ 是否在同一地点进行 RNA 提取与文库制备？ 如果任何一个答案是“否”，那么就存在批次效应。 5. 重复次数越多越好（超过 2 个）。 Hicks SC, et al., bioRxiv (2015) 请务必在实验数据中包含批次信息。
49920编辑于 2023-02-27 - 来自专栏Y大宽
RNA-seq(5):序列比对：Hisat2
/rna_seq/data$ hisat2 -h HISAT2 version 2.1.0 by Daehwan Kim (infphilo@gmail.com, www.ccb.jhu.edu/people /f/rna_seq/data/SRR35899${i}.sra_1.fastq.gz -2 /mnt/f/rna_seq/data/SRR35899${i}.sra_2.fastq.gz -S SRR35899 /genome -1 /mnt/f/rna_seq/data/SRR35899${i}.sra_1.fastq.gz -2 /mnt/f/rna_seq/data/SRR35899${i}.sra_2. /mnt/f/rna_seq/data/SRR35899${i}.sra_1.fastq.gz -2 /mnt/f/rna_seq/data/SRR35899${i}.sra_2.fastq.gz -S mnt/f/rna_seq/data/SRR35899${i}.sra_1.fastq.gz -2 /mnt/f/rna_seq/data/SRR35899${i}.sra_2.fastq.gz -S
5.9K22发布于 2018-09-10 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
RNA-seq 详细教程：实验设计（2）
学习目标了解设置重复对于 RNA-seq 分析的重要性了解生物重复次数、测序深度和鉴定到的差异表达基因之间的关系了解如何设计RNA-seq 实验，以避免批次效应1. 注意事项了解 RNA 提取和 RNA-seq 文库制备实验过程中的步骤，有助于设计 RNA-seq 实验，但有一些特殊的注意事项需要明确：重复次数和类型避免混淆处理批次效应2. 对 RNA 质量进行质控。其他类型的 RNA 分析（内含子保留、small RNA-Seq 等）：取绝于具体的分析总之，尽量做生物学重复。3. 是否同一个人对所有样品进行了 RNA 提取与文库制备？是否对所有样品使用了相同的试剂？是否在同一地点进行 RNA 提取与文库制备？如果任何一个答案是“否”，那么就存在批次效应。5. 重复次数越多越好（超过 2 个）。图片请务必在实验数据中包含批次信息。在分析过程中，如果没有混淆，可以回归出由于批次引起的变异，所以有这些信息，它不会影响结果。图片
65440编辑于 2023-01-29 - 来自专栏AI电堂
共模干扰和差模干扰，看完终于明白了
共模干扰与差模干扰 任何两根电源线上所存在的干扰，均可用共模干扰和差模干扰来表示。 共模干扰在导线与地（机壳）之间传输，属于非对称性干扰，它定义为任何载流导体与参考地之间的不希望存在的电位差。 电气设备对外的干扰多以共模干扰为主，外来的干扰也多以共模干扰为主，共模干扰本身一般不会对设备产生危害，但是如果共模干扰转变为差模干扰，干扰就严重了，因为有用信号都是差模信号。 2、辐射干扰（如雷电，设备电弧，附近电台，大功率辐射源）在信号线上感应出共模干扰，原因是交变的磁场产生交变的电流，地线—零线回路面积与地线—火线回路面积不相同，两个回路阻抗不同等原因造成电流大小不同。 2、由于电路走线两端的器件所接的地电位不同，在这个地电位差的驱动下产生的电流。 3、器件上的电路走线与大地之间有电位差，这样电路走线上会产生共模干扰电流。 2、当电路不平衡时，共模干扰电流会转变为差模干扰电流，差模干扰电流对电路直接产生干扰影响。
5.2K33编辑于 2022-12-08 - 来自专栏联远智维
工频信号干扰
问题描述 如何有效地提高传感器的测试精度是行业的发展趋势；近来，对传感器进行实验测试过程中发现结果存在明显的工频干扰，信号中夹杂有明显噪音，具体频率为50hz，因此，近来以解决实际问题为出发点，对相关的内容进行归纳汇总 ；目前，消除噪音，提高传感器采集精度主要包含两种手段：1、硬件：通过电阻电容及电感构成滤波电路，对外界干扰源进行屏蔽；2、算法：通过数字信号处理，构建IIR、FIR滤波器对噪声信号进行滤除；具体内容如下所示 ~ 图a表述为信号采集系统实际测试结果，源信号中包含工频干扰，即使传感器未发生变形，输出信号具有明显的波动（幅度为0.6mv左右）；图b表述为局部放大示意图，从图中可以看出干扰源的频率为50hz。 ，信号幅值衰减10倍以上；图b表述为采用滤波器对包含工频干扰的信号进行分析处理的结果，从图中可以看出，采用滤波算法与直接屏蔽干扰源具有相同的采样效果，还是挺不错的~ clear all;clc % 读取传感器输出信号 本推文中，沁蓝同学帮忙绘制多张oringin图，效果非常不错~，国栋同学最早发现工频信号干扰现象，并且帮忙验证了信号滤波的效果~ 附3、穿越人海，只为与你相拥~
1.9K20编辑于 2022-01-20 - 来自专栏单细胞天地
RNAvelocity2：使用 Seurat 和 scVelo 估计 RNA 速率
分享是一种态度 此教程展示了使用 scVelo 分析存储在 Seurat 对象中的 RNA 速率值。 如果您在工作中使用 scVelo，请引用下文： Generalizing RNA velocity to transient cell states through dynamical modeling 读取并转换为Seurat对象 ldat <- ReadVelocity(file = "~/Downloads/SCG71.loom") bm <- as.Seurat(x = ldat) bm[["RNA ', 'nFeature_RNA', 'nCount_SCT', 'nFeature_SCT', 'SCT_snn_res.0.8', 'seurat_clusters' ## var: 'features scv.pl.velocity_embedding(adata, basis="umap", color="seurat_clusters", arrow_length=3, arrow_size=2,
2.8K10发布于 2021-09-15 - 来自专栏stringwu的互联网杂谈
谈谈网络干扰那些事
本文主要总结下工作中由遇到的常见的客户端网络干扰手段，并提供一些常见问题的解决思路。 目前，遇到的网络干扰（封禁）主要有以下几种手段： DNS 劫持（污染）； 域名 封禁； IP 封禁； 基于深度包检测技术的封禁； 1 DNS劫持（污染） DNS劫持（污染）是指一些刻意制造或无意中制造出来的域名服务器数据包 IP的配置； 直接通过IP访问（这基本不现实); 在具体的实践过程中，可以根据应用的特点，将这几种策略进行组合，在不同的场景下选择不同的策略，如发现服务器访问不了时，先采用配置里的Ip进行访问等等； 2
1K20编辑于 2022-08-12 - 来自专栏datartisan
LTE干扰分析总结
如下为LTE干扰分析总结，包含特征分析，影响范围，整改措施，样例图片等。 公众号后台回复 干扰 获取源文件思维导图。
60830发布于 2019-12-26 - 来自专栏HHTjim'S 部落格
去论坛干扰码方法
去论坛干扰码方法 作者：matrix 被围观: 2,688 次 发布时间：2013-03-28 分类：兼容并蓄 | 3 条评论 » 这是一个创建于 3444 天前的主题，其中的信息可能已经有所发展或是发生改变 这个去论坛干扰码方法 来自 电脑爱好者第2012/23期 未经过实测。 值得一试 ➡ (文|郭烨) 2012年23期47页《论坛千扰码巧删除)》一文介绍的使用Word2010来删除干扰码的方法很实用，但是每次复制都要清除也有些麻烦。 再试试复制，是不是已经没有干扰码了?
60020编辑于 2022-09-26 - 来自专栏脑机接口
脑电信号干扰
[图片来源于网络] 常见的干扰为：眼动(EOG)干扰、肌电(EMG)干扰、心电(ECG)干扰、高频噪声干扰等，这些干扰通常是来自于脑外的电位活动，这些干扰又称为伪迹(Artifact). 引起伪迹的因素： 来自仪器的伪迹：扫描仪的故障、电极接触不良或故障、交流电干扰等； 来自人体的伪迹：眼睑及眼球运动、肌肉收缩、心电图、呼吸、皮肤出汗、血管搏动等； 物理伪迹：静电干扰、无线电信号、电极接触不良 、电磁波、电力线的干扰等。 2）肌肉活动 肌电(electromyography,EMG)是由头部、肢体、下巴或舌头等运动所产生的干扰信号。这种干扰信号会对脑电信号产生较大的影响。 2）电极接触不良 由于电极与头皮间接触面积发生改变，电阻抗也有所变化，会导致描记笔瞬间向上、或向下急剧偏转，其波形会与棘波放电或电极伪迹引起缓慢地上升或下降类似，也可能与脑部慢波类似 3）脑电图机的机能部件障碍
2.8K00发布于 2019-11-11 - 来自专栏网优小兵玩Python
《NB-IoT干扰优化》
（2）外部干扰 外部干扰常见的有私装放大器、私装屏蔽器导致的干扰、直放站导致的干扰、其它系统导致的阻塞干扰、杂散干扰等。 ? 2.NB-IoT上行干扰门限设定 ---- 15K子载波底噪计算： NI＝-174+10 log(BW) +噪声指数=-174+10*log(15*1000)+4=-128dBm 可见，15KHz子载波底噪在 （2）外部干扰源排查解决方法 针对外部干扰源，可以利用传统扫频仪排查并定位干扰：当多个小区的干扰同时出现并同时消失，说明多个小区被同一个干扰源干扰，我们可以依此判断干扰源的大致方位，并通过扫频仪采取逐步排查定位干扰源所在区域 （1）对于互调干扰而言，如前所述，GSM900可能存在五阶互调成分落入NB频带，因此可以用公式3F1-2F2核查同站GSM频率是否落入NB频率。 （2） 对于杂散干扰而言，需要扫频确认异系统小区是否发射频谱扩散太严重，以致落入NB-IOT接收带内，如是，解决方案有：在异系统问题小区侧基站安装带通滤波器，降低频谱扩散；增加空间隔离度；频率上预留足够的保护带
2.5K40发布于 2019-09-07
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