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ncount_RNA 和nFeature_RNA辅助过滤
不过对于处理后的数据集我们可以可视化一下nFeature_RNA和nCount_RNA来辅助进行质控 那首先我们基于Seurat官网的教程来了解回顾一下nFeature_RNA和nCount_RNA，并且可视化判断一下阈值 ：每个细胞的UMI数目 nFeature_RNA：每个细胞所检测到的基因数目 可以看到nCount_RNA和nFeature_RNA还是有差异的，这就与它们的计算方法有关 #nCount_RNA：总的UMI 可以使用小提琴图来简单可视化一下nFeature_RNA和nCount_RNA VlnPlot(pbmc, features = c("nFeature_RNA", "nCount_RNA")) 过滤前 我们还是先重点看看nFeature_RNA和nCount_RNA #qc.R脚本中nFeature_RNA和nCount_RNA部分内容 feats <- c("nFeature_RNA", "nCount_RNA 除了在基本质控环节我们会可视化一下细胞中nFeature_RNA和nCount_RNA的情况，在进行降维聚类分群的时候，我们也会对nFeature_RNA和nCount_RNA进行可视化。
9.6K22编辑于 2024-04-28 - 来自专栏Chris生命科学小站五年归档
【连载】癌症中的嵌合RNA (Chimeric RNA) （一）
就像选择性剪接RNA或长非编码RNA一样，尽管这些非规范嵌合RNA作为一种现象在正常生理学中很常见，但它们可能在癌症中翻译出错。 首先，我们将总结嵌合RNA的类别和术语，以便更好的从机制的角度研究嵌合RNA 。然后，我们将仔细研究当前新型嵌合RNA作为肿瘤标志物的临床用途和潜在意义。 最后，我们将概述嵌合RNA促进肿瘤发生的机制以及当前融合基因作为治疗靶点的用途。 2. 嵌合RNA的分类 嵌合RNA的定义是来自两个最初分离的基因的RNA序列杂交后的转录产物。 因此嵌合RNA可以通过不同的机制产生，如融合基因转录或基因间剪接。在这一章节中，我们将从嵌合RNA的生物发生途径上分类描述它们。 嵌合RNA的形成机制。 最近一项在GTEx数据库中对正常组织中反复发生的嵌合RNA进行的研究中，发现cis-SAGe嵌合RNA占了这些RNA的很大一部分[14]。
81030编辑于 2023-02-28 - 来自专栏Chris生命科学小站五年归档
【连载】癌症中的嵌合RNA (Chimeric RNA) （二）
因此，筛选出在正常组织/细胞中也表达的嵌合RNA对于发现癌症特异的嵌合RNA是十分重要的，对于新发现的嵌合RNA，应该在不同的癌症和正常样本中进行仔细验证和量化。 RNA测序灵敏度的增加可以提高低表达嵌合RNA的检出。 从RNA测序数据库中鉴定的嵌合RNA也包括由反式剪接和顺式剪接产生的非典型嵌合RNA。一些嵌合RNA已经被检测出具有癌症特异性，但是还没有将它们用作临床的诊断标记物。 RNA是宫颈癌特异性的，对该嵌合RNA进行实验验证，发现在巴氏涂片中也呈阳性。 尽管已经应用了严格的标准和多种过滤标准来筛选嵌合RNA，还是会有大量候选嵌合RNA需要实验验证，这是难以做到的。因此，需要借助计算机验证，将嵌合RNA 连接处的核苷酸序列与RNA序列数据库中进行匹配。
47610编辑于 2023-02-28 - 来自专栏Chris生命科学小站五年归档
【连载】癌症中的嵌合RNA (Chimeric RNA) （三）
为了验证候选嵌合RNA的存在，将与RNA序列分析相同来源的理想的RNA样本进行RT-PCR和其他RNA检测，对PCR产物再进一步行Sanger测序以验证连接处序列。 此外，出现的假阳性嵌合RNA 可能会使嵌合RNA的验证复杂化。例如，从进化的角度来看，嵌合RNA可能是基因的功能前体。换句话说，在低等物种中发现的嵌合RNA可以在高等物种中进化成基因。 尽管前期已经通过生物信息学方法获得了特定嵌合RNA在正常组织中的表达，但是由于RNA测序的深度不同，嵌合RNA的检出率可能也有不同。 Northern印迹是传统验证嵌合RNA的方法之一，但灵敏度较低。RNA酶保护实验因为具有更高的灵敏度而被用来验证嵌合RNA。 第三代测序中的直接RNA测序，通过一种高通量的方法对嵌合RNA序列和RNA全场序列的进行鉴定可望克服这些障碍。
31110编辑于 2023-02-28 - 来自专栏生信技能树
RNA-SEQ
跑完一个RNA-SEQ项目，下意识的看了看bam文件大小，还有最后的文库统计情况，发现非常的 诡异，首先是bam文件大小就很奇特： 29M Apr 29 12:15 S12.bam 30M Apr 因为RNA-SEQ项目我早就搭建好了，很少出这样的幺蛾子，这个坑有点类似于我三年前分享的：做过1000遍RNA-seq的老司机告诉你如何翻车 然后是文库统计情况： ? sort排序问题 这个问题来源于我自己的操作习惯，我制作配置文件一直使用 ls /home/jianmingzeng/rna/raw_data/*1.fq.gz > 1 ls /home/jianmingzeng /rna/raw_data/*2.fq.gz > 2 wc 1 2 cut -d"/" -f 8 1 |cut -d"_" -f 1 cut -d"/" -f 8 1 |cut -d"_" -f 1
79210发布于 2019-05-13 - 来自专栏花落的技术专栏
RNA-seq
每个亚基由RNA链和蛋白质组成，剪切体分为主要剪切体（major spliceosome）和次要剪切体 （minor spliceosome），主要剪切体负责对接GU-AG的形式，次要剪切体对接AT-AC 可变剪切种类主要可以分为以下五类： 可变剪切分析软件 RNA-seq可变剪切一般分析过程： 比对软件：hisat2、 star、 tophat AS识别软件:依赖已有的gtf文件，Asprofile、rmats
81300编辑于 2021-12-05 - 来自专栏生信修炼手册
RNA编辑简介
RNA editing, 即RNA编辑，指的是转录后的RNA发生的碱基插入，缺失，替换等现象，属于转录后修饰的一种，相比其他转录后修饰，比如可变剪切等，RNA编辑比较罕见，但是其作用和功能不容忽视。 ，研究这些阶段的RNA编辑现象，是探究生命活动中复杂调控机制的一种新的切入角度。 RNA编辑通常可以划分成以下两类 1. 碱基的缺失和插入 碱基的缺失和插入需要通过一种名为guide RNA的小分子，示意如如下 ? 上图中，通过guide RNA的介导完成RNA水平上的插入。 在上图中，发生了一个C-U的RNA编辑，导致密码子从CAA变成了终止子UAA, 从而产生了一种新的蛋白。 RNA编辑现象不仅可以发生了mRNA上，在miRNA, lncRNA等其他类型的ncRNA上也会发生。
1.4K10发布于 2020-05-08 - 来自专栏Chris生命科学小站五年归档
【RNA】万字综述：生命的起源于RNA？
基于这些观察，我们巩固了这样的共识：RNA在编码蛋白质和DNA基因组之前演化，因此生物圈从一个RNA核心开始，在RNA转录和DNA复制之前产生了大部分的翻译装置和相关RNA结构。 这些发现表明，古代RNA世界中的功能RNA可能具有磷酸化、核苷酸合成、连接、烷基化、辅酶附着、RNA依赖性RNA聚合等能力。 信息流的形式DNA ⇔ RNA ⇒ 蛋白质因此尚未连续，而是涉及DNA和RNA之间的单独信息流（DNA ⇔ RNA）以及RNA到蛋白质的单向信息流（RNA ⇒ 蛋白质）。 与杂交主义原则一致，均质RNA基因组是从包含RNA和非RNA单体的异质信息聚合物池中产生的。 生命的RNA核心 虽然假设生命始于RNA而不是蛋白质或DNA表明原始世界的基本RNA特性，但它也主张对当代生物圈的更多RNA聚焦的观点。
99020编辑于 2023-08-29 - 来自专栏Chris生命科学小站五年归档
【连载】癌症中的嵌合RNA (Chimeric RNA)：背景及分类
就像选择性剪接RNA或长非编码RNA一样，尽管这些非规范嵌合RNA作为一种现象在正常生理学中很常见，但它们可能在癌症中翻译出错。 首先，我们将总结嵌合RNA的类别和术语，以便更好的从机制的角度研究嵌合RNA 。然后，我们将仔细研究当前新型嵌合RNA作为肿瘤标志物的临床用途和潜在意义。 最后，我们将概述嵌合RNA促进肿瘤发生的机制以及当前融合基因作为治疗靶点的用途。 2. 嵌合RNA的分类 嵌合RNA的定义是来自两个最初分离的基因的RNA序列杂交后的转录产物。 因此嵌合RNA可以通过不同的机制产生，如融合基因转录或基因间剪接。在这一章节中，我们将从嵌合RNA的生物发生途径上分类描述它们。 嵌合RNA的形成机制。 最近一项在GTEx数据库中对正常组织中反复发生的嵌合RNA进行的研究中，发现cis-SAGe嵌合RNA占了这些RNA的很大一部分[14]。
1.1K20编辑于 2023-02-28 - 来自专栏用户7627119的专栏
RNA甲基化
DNA甲基化大家肯定都不陌生，而这几年却发现了RNA甲基化的呼声甚至比DNA甲基化更高。那RNA甲基化到底是什么呢？ 概念篇 其实无论DNA甲基化还是RNA甲基化，都是在甲基转移酶的催化下在DNA或RNA分子上的某一个原子上添加一个甲基基团（CH3）。 细胞RNA中已经识别到超过100种化学修饰。 RNA甲基化修饰类型很多如：m6A RNA甲基化﹑m5C RNA甲基化﹑m1A RNA甲基化、m7G RNA甲基化等。 目前最热门的、最富集的要属m6A RNA甲基化，即RNA分子腺嘌呤第 6 位氮原子上的甲基化修饰（N6-methyladenosine，m6A），是真核生物mRNA最常见的一种转录后修饰，占到RNA甲基化修饰的 RNA甲基化相关蛋白[2] 甲基化转移酶：催化RNA上发生甲基化修饰，即将甲基基团（CH3）“写入”RNA，包括METTL3/14、WTAP和KIAA1429等。
2.3K20发布于 2020-08-06 - 来自专栏生信修炼手册
环状RNA芯片简介
在物种的适用范围上，高通量测序适用范围广，由于采用的是从头预测的策略，只需要这个物种有基因组序列就可以进行环状RNA分析; 环状RNA芯片依赖已知的环状RNA数据，由于需要根据已知的环状RNA来设计探针 在环状RNA的种类上，高通量测序采用软件预测的方式，不仅能够识别已知环状RNA,还能够发现新的环状RNA；芯片只能够检测到已知的环状RNA。 在环状RNA的数量上，理论上来说测序的数据量越大，其能够识别的环状RNA数量会越多，而芯片在设计之初就规定了能够检测到的环状RNA数量上限。 在环状RNA的可靠性上，高通量测序采用的是软件预测的手段，结果中必然存在一定的假阳性率；环状RNA芯片从各个数据库中收集整理，筛选出高可信度的环状RNA来设计探针，所以芯片检测到的环状RNA可信度高。 ，消化线性RNA, 只保留环状RNA,所以只能针对环状RNA进行分析。
75910发布于 2019-12-19 - 来自专栏生信课程note＋实验知识
RNA-seq 231023
/SraRunTable.txt')b## Run Assay.Type AvgSpotLen Bases BioProject## 1 SRR12207279 RNA-Seq RNA-Seq 300 4108168500 PRJNA645812## 4 SRR12207284 RNA-Seq 300 4536921000 PRJNA645812 SRP271532 NA## 2 RNA_mESCs SRP271532 NA## 3 RNA_EpiSCs SRP271532 NA## 4 RNA_EpiSCs SRP271532 NAname_list <- b$source_name[match(colnames(counts),b$Run)]; name_list #选择所需要的样品信息列## [1] "RNA_mESCs" "RNA_mESCs" "RNA_EpiSCs" "RNA_EpiSCs"class(name_list)## [
79721编辑于 2023-10-31 - 来自专栏生信修炼手册
circRNA:环状RNA简介
circRNA即环状RNA，顾名思义这种RNA是一个闭合的环状结构，经过反向剪切backsplicing形成的 ，示意图如下 ? 目前针对环状RNA的研究，有两种建库方式，一种就是去rRNA的文库，这种文库中同时包含了mRNA,lncRNA,circRNA等多种RNA分子，一次可以获得多种RNA分子的信息，缺点就是circRNA占比较低 ，如果想要挖掘更多的circRNA,需要更大的测序量；另外一种是用RNA酶消化线性RNA,从而实现环状RNA的富集，这种方式适用于只研究cicrRNA的情况。 拿到测序数据之后，首先要做的就是去预测其中的环状RNA分子，目前主流的软件有以下几种 find_circ CIRI CIRCexplorer MapSplice circRNA_finder 环状RNA 近几年有科学家发现了部分circRNA具有编码潜能,通过IRES元件实现翻译过程，打开了环状RNA研究的新视角。
1.4K20发布于 2019-12-19 - 来自专栏Chris生命科学小站五年归档
【连载】癌症中的嵌合RNA (Chimeric RNA) ：鉴定和验证（二）
为了验证候选嵌合RNA的存在，将与RNA序列分析相同来源的理想的RNA样本进行RT-PCR和其他RNA检测，对PCR产物再进一步行Sanger测序以验证连接处序列。 此外，出现的假阳性嵌合RNA 可能会使嵌合RNA的验证复杂化。例如，从进化的角度来看，嵌合RNA可能是基因的功能前体。换句话说，在低等物种中发现的嵌合RNA可以在高等物种中进化成基因。 尽管前期已经通过生物信息学方法获得了特定嵌合RNA在正常组织中的表达，但是由于RNA测序的深度不同，嵌合RNA的检出率可能也有不同。 Northern印迹是传统验证嵌合RNA的方法之一，但灵敏度较低。RNA酶保护实验因为具有更高的灵敏度而被用来验证嵌合RNA。 第三代测序中的直接RNA测序，通过一种高通量的方法对嵌合RNA序列和RNA全场序列的进行鉴定可望克服这些障碍。
47020编辑于 2023-02-28 - 来自专栏生信菜鸟团
RNA-seq数据分析完全指北-03：去除奇怪的RNA
编码RNA 非编码RNA 非编码大RNA：lncRNA和rRNA 非编码小RNA： tRNA 核酶 细胞器的RNA组分 小分子RNA： miRNA piRNA、snRNA、snoRNA等等 但是在实际上 ，我们关心哪些RNA呢？ 其余RNA对于普通研究者来说都不会去接触，但实际上这些我们不想去关注的RNA才是占总RNA比例最大的部分，也是引入重复序列和GC偏好最严重的序列。所以，在进行数据分析时，要对这些RNA进行去除。 5、其他序列 其实还有一些结构性RNA需要去除，包括scRNA、SRP RNA还有Ribonuclease P RNA Component H1等，获得这些序列的方法类似，但是过程要更加繁琐一些，这里就不具体介绍了
4.3K11发布于 2021-03-23 - 来自专栏单细胞天地
Analysis of RNA-Seq Data
和RNA-Seq技术的世界 使用Unix/Linux命令行和使用远程计算集群Uppmax的入门读物 基本的R语言学习（RNA-Seq分析通常是用R编程语言进行的，学习一些基本的R是很有用的） 介绍RNA-SEQ 在此期间，我们每隔一天收集一次结肠组织样本，然后进行RNA测序(RNA-seq)。 接下来，我们对整个实验过程中的结肠样本进行了RNA-seq分析，并利用Edger计算差异表达基因(Degs)，将完整的表达动力学考虑在内，以估计p值。 Quality control 在对映射的RNA-seq读数进行任何其他分析之前，对映射的读数进行质量控制总是很重要的，确保您的RNA-seq数据中没有任何明显的错误。 small RNA analyses RNA-SEQ差异分析工作流程对来自果蝇的microRNA进行分析 Assembly & annotation 使用两种方法将原始测序短片段组装成转录本。
1.1K30发布于 2020-12-24 - 来自专栏微生态与微进化
非编码RNA预测：tRNA
tRNA是具有结合并转运氨基酸功能的RNA，由一条长70~90nt并折叠成三叶草形状的短链组成的。
1.4K30编辑于 2022-05-05 - 来自专栏生物信息学、python、R、linux
用Seurat做RNA Velocity
If you don't have velocyto's example mouse bone marrow dataset, download with the CURL command curl::curl_download(url = 'http://pklab.med.harvard.edu/velocyto/mouseBM/SCG71.loom', destfile = '~/Downloads/SCG71.loom')
4.1K40发布于 2020-04-09 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
非编码RNA并非 “垃圾”
引言 CRISPR技术针对RNA的研究显示，数百种非编码RNA对生物体至关重要，它们并非无用的“垃圾”。 纽约大学和纽约基因组中心的研究人员利用一种针对RNA而非DNA的CRISPR技术，对整个基因组进行了搜索，发现了近800种对不同组织中多种人类细胞功能至关重要的非编码RNA。 “这项对功能性非编码RNA的调查增进了我们对人类基因组的理解，并证明了专门针对RNA的CRISPR筛选的潜力——即便是那些不编码蛋白质的RNA，”纽约大学生物学副教授、纽约大学格罗斯曼医学院神经科学和生理学副教授 Sanjana的实验室之前展示了如何优化针对RNA而非DNA的CRISPR-Cas13平台，以筛选整个转录组，即遗传信息转录成RNA分子的过程。 许多研究已经利用测序技术来读取RNA的表达情况，但要弄清楚特定的RNA分子是否真的对细胞功能至关重要一直是个挑战。
16210编辑于 2024-12-30 - 来自专栏生信修炼手册
circAnno:环状RNA注释工具
在利用RNA_seq数据预测环状RNA时，大多数情况下只能够得到环状RNA的基因组位置，包括头尾的染色体位置，正负链等信息，而没有环状RNA对应的来源基因，序列等信息，这些信息都需要我们通过和已有的线性 RNA的数据比对得到，这一步在分析中称之为环状RNA的注释。 对于环状RNA注释，不同团队有不同的做法，核心就是利用环状RNA的基因组位置和已知的转录本去比较，确定是否和已知转录本有重叠，从而确定来源基因和对应的转录本。 其中circSeeker和circAnno就是用来进行环状RNA注释的工具 ? circAnno需要两个输入文件，一个为环状RNA对应的bed格式的文件，另外一个为线性RNA对应的bed12格式的文件，以circBase数据库中的环状RNA为例来看下这个软件的具体用法。 1.
1.8K10发布于 2019-12-19
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