- 综合排序
- 最热优先
- 最新优先
- 来自专栏生信小驿站
R语言之生信（9）R语言多个生存分析曲线比较
====================================== 这篇博客的目的主要是计算当需要计算多个不同组之间的成对比较，并计算P值。
6.2K30发布于 2019-03-22 - 来自专栏科研猫
R语言从入门到精通：Day9
(R基础安装中的mosaicplot()也可绘制马 赛克图，但还是推荐vcd包，因为它具有更多扩展功能。)下图为例。 ? 最后，为了方便大家学习，本次推文中所有图形的数据都来自R自带或者R中函数包自带，图形及相关代码免费奉送~~可以通过联系文末客服小姐姐获得。 线下课程热烈报名中，想学R语言看过来 从R语言入手学习生物信息与数据挖掘 讲师简介 上海交通大学硕士，MIT博士，长期从事医学与生物信息学研究，主要研究方向为高通量测序在肿瘤早期筛查和无创产前诊断中的临床应用 ，独立开发多个数据分析软件并发表相关文章（影响因子≥5分6篇，≥10分2篇），熟知R、Python、Perl及C语言等多种编程语言及程序设计，曾累计书写R代码超过5万余行。 下期推文预告 基本统计分析 本期干货 R语言Day9-高级统计绘图代码 原文详情：“科研猫”公众号， 科研猫原创系列，未经许可严禁转载 版权事宜由上海辰明律师事务所提供法务支持。
1.4K20发布于 2019-09-24 - 来自专栏生信小驿站
R语言meta分析（9）连续数据的meta分析
R语言meta分析(1)meta包 R语言meta分析(2)单个率的Meta分析 R语言meta分析(3)亚组分析 R语言meta分析(4)网状Meta 分析 R语言meta分析（5）累积Meta分析 R语言meta分析（6）一文解决诊断性meta分析（第一章） R语言meta分析（7）诊断性meta分析（meta4diag包） R语言meta分析（8）基于生存数据的meta分析 R语言meta分析（ 9）连续数据的meta分析 本文将介绍用R软件的meta数据包介绍连续数据资料的Meta分析。 .csv',header=T) colnames(data) library(ggplot2) library(meta) str(data) data.frame': 19 obs. of 9 variables: $ study : Factor w/ 19 levels "GSE102286","GSE114711",..: 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
6.1K22发布于 2020-06-12 - 来自专栏科技记者
《高效R语言编程》9、10--高效协作和学习
尽可能使用版本控制 信息化提交消息 不要害怕来自同事的反馈 编码风格 编码风格要前后一致，没有唯一，几个多数程序员都赞成的风格： 模块化代码 注释你的代码 不要重复自己的代码 代码简洁、清晰、一致 比如在R语言里用 # 原代码 for (a in 1:9) { print(a*2)} # Ctrl-I for (a in 1:9) { print(a*2)} # Ctrl-Shfit-A for (a in 1 :9) { print(a * 2) } 文件名 代码后缀R，文件名小写，避免空格，使用破折号或者下划线分割单词。 Warning message: 程辑包‘swirl’是用R版本4.0.5 来建造的 高效学习的5个高级技巧 1、使用R内部帮助 针对主题探索R help.search("optim")# 或者?? 和DataCamp提供的免费在线课程，《R数据科学》、《R programming for Data Science》、《Advanced R Programming》 -巩固学习（写出并传授），也就是传播知识
1.3K20发布于 2021-07-27 - 来自专栏生信小驿站
R语言第二章数据处理(9)数据合并
========================================= 日常工作中常见的需求之一便是数据框合并，在R语言中最常用的是基于Rbasa的merge函数方法，除此之外还可以借助plyr
2.9K20发布于 2019-03-21 - 来自专栏生物信息云
R语言基础教程——第9章：字符串操作
实际上R关于字符串处理的功能是非常强大的，因为它甚至可以直接使用Perl的正则表达式，这也是R的一个理念，作为语言就把向量计算做到极致，作为环境，就在各领域都集成最好的。 尤其是Perl语言中将正则表达式发挥到了极致。 其次，介绍几种R语言中的正则通配符： （1）“^”匹配一个字符串的开始，比如sub("^a","",c("abcd","dcba"))，表示将开头为a的字符串。 （9）“^”还可以表示逻辑的补集，需要写在“[]”中，比如sub("[^ab]","",c("abcd","dcba"))，由于sub只替换搜寻到的第一个，因此这个例子中用gsub效果更好。 匹配从1到9的数字。
3K10发布于 2019-08-06 - 来自专栏Java爬坑系列
【R语言入门】R语言环境搭建
安装完成之后，你将会看到一个朴实无华的图标，没错，这就是 R 语言本尊了。 ? R 语言简单实例 主要工作已经完成，让我们动动小手，优雅的单击（或双击）R Studio 图标，来感受一下R 语言的魅力。 小结 到此为止，R 语言就已经顺利的收入囊中了，恭喜你，又掌握了一门语言（的 Hello world）了。 【此处应有掌声】 接下来，会继续介绍 R 语言的基本用法和其中比较重要的函数使用方法，目标是能使用 R 语言对数据进行初步分析，以便能在生活和工作之中有所应用。 加之在大学时就对数据分析感兴趣，也曾经学过 R 语言，现在算是重温和复习吧。
3.1K22发布于 2020-12-01 - 来自专栏生物信息云
R语言基础绘图教程——第9章:火山图和QQ图
火山图 diff0 = read.table("volcano_plot.txt",sep="\t",header=T) P.value = diff0$adj.P.Val FC = diff0$logFC df <- data.frame(P.value,FC) df$threshold = as.factor(abs(df$FC) > log(1.5,2) & df$P.value < 0.01) levels(df$threshold) = c('#f1f1f3','red') df$logp =
2K20发布于 2019-08-23 - 来自专栏全栈程序员必看
r语言绘图参数(R语言plot画图)
过去一个月实验比较忙，很久没有写点东西了，今天要给amina画图，因此学习了一下R语言的基础画图。
4.2K10编辑于 2022-07-25 - 来自专栏小汪Waud
R||R语言基础（三）_R包
今天继续学习R语言基础的R包使用，以R包：dplyr为例 数据准备 01 R包的安装 install.packages(“dplyr”) 或BiocManager::install(“dplyr”) #务必要打引号 02 R包的调用/加载 library(dplyr) 或require(dplyr) #这里不用引号 部分人可能会因为镜像的问题失败，解决方法https://mp.weixin.qq.com /s/XvKb5FjAGM6gYsxTw3tcWw 03 R包及数据准备 install.packages("dplyr") library(dplyr) test <- iris[c(1:2,51:52,101 经过这几期的R语言基础，你应该能够入门R了，渐渐的也要自己去学会看帮助文档，去搜报错，还记得怎么搜命令和R包的帮助文档吗？ ? +命令 #搜命令帮助文档 help(package='R包') #搜R包帮助文档 如果你能独立处理这些问题，那么恭喜你，你的R应该没问题啦！ 应该没问题了！！！！吧？
4.4K50编辑于 2023-02-16 - 来自专栏小汪Waud
R||R语言基础（一）
学习生信时，最常用的可视化软件就是R，可大家在使用的时候又好像用的是Rstudio，究竟什么是R和Rstudio？ R是一种编程语言，也是统计计算和绘图的环境，它汇集了许多函数，能够提供强大的功能。 RStudio提供了一个具有很多功能的环境，使R更容易使用，是在终端中使用R的绝佳选择。 01 安装R 进入R的官网https://www.r-project.org/ 第一步 点击红框中的download R 第二步 在镜像这里中选择第一个 第三步 接下来按照红框点点点就能完成R的安装 第四步 第五步 R语言软件界面简陋，通常不直接使用，而是用图形界面的Rstudio。 1.显示文件列表 dir() #查看工作路径下文件，类似于Linux系统下的ls list.files() #同上 示例 2.加减乘除 和其他编程语言相同，直接输入即可 示例 3.赋值 赋值符号
2.7K20编辑于 2023-02-16 - 来自专栏全栈程序员必看
R语言安装~R，Rstudio
一、R语言安装 首先进入官网：https://cran.r-project.org 下载相应版本的安装包 点击base 点击Download R4.1.2 for Windows，即可开始下载
3.6K20编辑于 2022-09-14 - 来自专栏全栈程序员必看
r语言 固定效应模型_r语言coef函数
___________________________________________________________________________________ 二、R语言中的线性混合模型 来自博客 R中的线性混合模型介绍（翻译博客）（来自科学网邓飞博客）原来来自：http://www.r-bloggers.com/linear-mixed-models-in-r/ 1、nlme lme4 Asreml 几个包的介绍： 包 优点 缺点 nlme 这是一个比较成熟的R包，是R语言安装时默认的包，它除了可以分析分层的线性混合模型，也可以处理非线性模型。 2、R语言案例 数据来源：一个传统的裂区数据来说明不同软件包的用法，这个数据oats是在MASS包中，是研究大麦品种和N肥处理的裂区试验，其中品种为主区，肥料为裂区。 在R语言中我们使用mgcv包中的lmer函数来完成这项工作。首先载入faraway包以便读取psid数据集，然后加载mgcv包，再将年份数据中心化以方便解释模型，最后用lmer函数进行建模。
6.4K30编辑于 2022-11-17 - 来自专栏学习记录
R语言基础
3.在“管理本地用户和组”中找到当前用户的用户名，就可以看到用户名是英文还是中文了下载R和Rstudiob站有教程，暂时不需要装R包什么是RR是一种编程语言，也可以统计计算、绘图，它汇集了很多函数RStudio 是免费提供的开源集成开发环境（IDE），RStudio提供了一个具有很多功能的环境，使R更容易使用，方便用户在终端中使用R页面如下各窗口的功能如下：1.控制台（左下窗口）脚本运行和结果展示2.脚本编辑器 boxplot(iris$Sepal.Length~iris$Species,col = c("lightblue","lightyellow","lightpink"))iris是一个R语言自带的数据框 面板显示调节设置字体大小tools->global options->apperanceR语言基本操作用Rproject管理工作目录设置工作目录：setwd()查看工作目录：getwd()这样的话，只设置了一个工作目录 "runifpfg.png" "程.Rproj" "文档.txt" 加减乘除实操运行8+71 158^71 20971528*71 568/71 1.1428578-71 1sqrt(9)
57310编辑于 2024-06-10 - 来自专栏R语言 / Linux
R语言作图
jitter")#可以做组间比较p + stat_compare_means(comparisons = my_comparisons)+ stat_compare_means(label.y = 9) dev.off() #画完了，关闭画板方法3：eofficelibrary(eoffice)topptx(p,"iris_box_ggpubr.pptx") #把一张图保存为PPT拼图R包
2.2K20编辑于 2023-03-14 - 来自专栏友弟技术工作室
R语言入门
R语言简介 四十多年前， R 语言的始祖诞生了 ， John Chambers 在贝尔实验室中开发出S语言 ，用于快速地进行数据探索， 统计分析和可视化 。 R语言及其生态作为连接现实世界中的数据和数学模型的桥梁，正在社群的努力下一步一步地把这些想法具体化。 让我们进入 R 语言的世界！ R语言基本数据结构 下面用 R 的解释器来熟悉一下 R 语言的基本数据结构。 首先让我们先进入 R 环境下 我是在mac操作环境下的，ubuntu的是一样的。 统计之都 : 国内质量最高的统计网站，有一些关于统计和R语言的优秀博客以及与R有关的会议通知。 肖凯博客(需访问外国网站): 很有质感的博客，有大量 R 语言应用的案例。 R 语言实战 ： 一本从统计角度介绍 R 语言的书籍 ，较为简单 ， 适合快速翻阅。
2.7K110发布于 2018-04-25 - 来自专栏素质云笔记
R语言︱画图
",jit=0.05) point(x,y,pch=16,cxe=1.5) arrows(x,y,x,y+se) arrows(x,y,x,y-se) 8、克利夫兰图 #克利夫兰图 dotchart 9、
1.7K31发布于 2019-05-26 - 来自专栏R语言交流中心
R语言升级
因为一个R包让我不得不对电脑的R进行升级，正好整理下整个升级的过程。我们是在Rstudio中进行的升级操作。用到了包installr。 install.MikTeX, install.git,install.git, install.GraphicsMagick,install.ImageMagick, check.for.updates.R, 我们不在此一一介绍，今天主要介绍updateR这个函数： updateR()主要要来升级R软件，升级过程中会遇到下面的一些选项： 会提示当前版本已经后面最新的升级版本： ? 我们设置好后关闭Rstudio，再次打开Rstudio新版本的R就可以用了。 ? 当然，我们如果需要安装github的包的时候，Rtools软件老版本也不再适用，需要下载新版本的Rtools。 下载链接：https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/。 ? 当然这个包有一个缺陷，暂时还不能完成Linux系统下的R升级。
3.1K40发布于 2020-06-16 - 来自专栏生信小驿站
R语言for循环①
] "c" [1] "d" 循环嵌套 > a <- matrix(c(1:50),nrow=5) > a [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] 22 27 32 37 42 47 [3,] 3 8 13 18 23 28 33 38 43 48 [4,] 4 9
1.7K40发布于 2018-08-27 - 来自专栏R语言&linux
R语言-专题
str_split(y," ")str_split(y," ",simplify = T) #返回矩阵注意：simplify=T 搜索3.str_sub()### 3.按位置提取字符串str_sub(x,5,9)
2.1K00编辑于 2023-02-07
腾讯云开发者
Copyright © 2013 - 2026 Tencent Cloud. All Rights Reserved. 腾讯云 版权所有
深圳市腾讯计算机系统有限公司 ICP备案/许可证号：粤B2-20090059 
粤公网安备44030502008569号
腾讯云计算（北京）有限责任公司 京ICP证150476号 | 京ICP备11018762号