arrange(Sepal.Length) %>% head(,3) 输出结果: 图片 图片 #模拟一个表达矩阵数据 set.seed(1) exp = matrix(rnorm(18),ncol = 6) exp = round(exp,2) rownames(exp) = paste0("gene",1:3) colnames(exp) = paste0("test",1:6) exp[,1:3] =
安装和加载R包1.镜像设置options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #对应清华源options(BioC_mirror )函数则需要两个数据框有相同的行数test1 <- data.frame(x = c(1,2,3,4), y = c(10,20,30,40))test2 <- data.frame(x = c(5,6)
#sort:对向量进行排序;返回排好序的内容 #order:返回排好序的内容的下标/多个排序标准 > x <- data.frame(v1=1:5,v2=c(10,7,9,6,8),v3=11:15, v4=c(1,1,2,2,1)) > sort(x$v2) [1] 6 7 8 9 10 > sort(x$v2,decreasing = TRUE) [1] 10 9 8 7 6 > order(x$v2) [1] 4 2 5 3 1 > x[order(x$v2),] v1 v2 v3 v4 4 4 6 14 2 2 2 7 12 1 5 5 8 15 9 13 2 1 1 10 11 1 > x[order(x$v4,x$v2,decreasing = TRUE),] v1 v2 v3 v4 3 3 9 13 2 4 4 6
- iris[c(1:2,51:52,101:102),] #dplyr五个基础函数library(dplyr)创建一个示例数据框data <- data.frame( x = 1:5, y = 6: merge()函数是基础R中的函数,其语法为merge(x, y, by = NULL, ...),也是用来合并两个数据框,by参数也是指定用于合并的列名。 merge()函数是基础R的一部分,无需额外加载包即可使用。默认行为:在某些情况下,inner_join()和merge()的默认行为可能略有不同。 性能差异:在大型数据集上,dplyr包的函数通常比基础R函数的执行速度更快,因此inner_join()可能在某些情况下比merge()更高效。 总体而言,inner_join()函数提供了更为简洁和易读的语法,适用于在数据处理中的大多数情况,但是如果你更熟悉基础R的函数或者需要与基础R的其他函数进行交互,那么merge()函数也是一个很好的选择
将每次抽样结果固定set.seed(12)#随便一个数sample(1:24,3,replace=T)3、拼图包4、代码可以运行但是不出图的原因5、找现成的代码:画图合辑(小洁老师/其他);学习资料工作目录中6、
R语言的综合应用tidyverse:集成化R包转换-可视化-模型1 字符串"stringr"str_length()str_split()str_sub()1.1 检测字符串长度str.length()
> is.na(x) [1] FALSE TRUE FALSE TRUE FALSE
Day6. R语言作图【小洁老师语录】画图的目的是展示自己的数据【小洁老师语录】ggplot2的特殊语法:列名不带引号,行末写加号1. ggplot21.1 几何对象几何对象可以叠加library(ggplot2) 1.9 拼图R包patchwork:堪比R语言领域的“美图羞羞”语法简单,兼容ggplot2拼图比例设置简单,具体见下图和下图二维码。1.10 练习? R语言的综合应用【小洁老师语录】发现问题的眼睛,面对困难的信心,解决问题的能力tidyverse,大神的包,小的生态系统,《R数据科学》2.1 玩转字符串(3)rm(list = ls())if(! test$new <- test$Sepal.Length*Sepal.Width【小洁老师语录】R语言里修改,没有赋值就没有发生过!修改赋值修改赋值修改赋值!!!
常用可视化R包和函数plots.R> plot(iris[,1],iris[,3],col = iris[,5]) # 横坐标是iris的第一列,纵坐标是第三列,以第五列的颜色分类 > text(6.5,4 alpha = 0.5, # 透明度 50% shape = 6,
R语言运行几个长列比运行一些短列快,所以一般认为宽数据(不整洁),长数据(整洁)。 使用变量名非标准化求值更高效,见R语言 dplyr传递参数_自由 平等~忠诚 奉献-CSDN博客[2]。只是函数名多了个下划线那么简单吗? 与基本R中类似函数不同,变量无需使用 $ 操作符就可直接使用,设计与magrittr包的%>%管道操作符一起使用,以允许每个数据阶段写成新的一行。其是一个大型包,本身可以看成一门语言。 - map_data("world") names(world) # [1] "long" "lat" "group" "order" "region" [6] 参考资料 [1] bit.ly: http://bit.ly/broomvignette [2] R语言 dplyr传递参数_自由 平等~忠诚 奉献-CSDN博客: https://blog.csdn.net
最近经过前面几次推文的学习,我们的R语言教程已经讲解了快1/3的内容,相信大家对R语言已经有了初步的了解,特别是感受了R语言在数据处理领域的强大功能。 图4:实用函数举例 当然,这样的函数很多,不可能在这里全部列出来,大家在运用R的时候遇到了很好用的函数也可以拿出来讨论一下。 6. 值得一提的是,R提供了apply()函数,可以将任意函数“应用”到任何维度的数据上去。下面是一个示例: ? 上面的例子中先生成一个6*5的正态随机数矩阵,然后分别对行、列求均值。 2.控制流 在下一次教程中,我们就要开始讨论R中的图形绘制了,在这之前,有必要给大家多讲讲R语言的函数部分,这里主要给大家介绍一下R语言中的条件语句和循环语句。 1. 再给大家鼓鼓气,继续坚持学习,精通R语言指日可待哦! 本期干货 · !R语言数据操作进阶及控制结构 ! !示例代码 ! 原文详情:“科研猫”公众号
(rnorm(18),ncol = 6) ;exp # 通过18个随机数,生成3行6列的矩阵## [,1] [,2] [,3] [,4] 1.82 -1.62## gene2 -1.74 0.37 2.08 2.11 -0.22 1.42## gene3 1.57 1.25 1.32 2.49 0.58 -0.81运行几个R包 library(tidyr)library(tibble)library(dplyr)现在开始处理数据,将其转化为一个R语言看得懂的数据框顺便复习下之前讲过的管道符号dat = t(exp) %>% # treat gene1 -1.62## 17 test6 treat gene2 1.42## 18 test6 treat gene3 -0.81处理完数据就可以开始画图了R语言作图 ggplot2的应用中详细介绍过这个R包,这边就不过多描述了library(ggplot2)p = ggplot(data = pdat,mapping = aes(x = gene,y = count
讨论 向量计算是R软件的一大特色。所有的基本数学运算符都能应用于向量对中。 若使一个向量与一个常数进行运算,则会将该向量的每个元素与常数进行运算: > w [1] 1 2 3 4 5 > w + 2 [1] 3 4 5 6 7 > w - 2 [1] -1 0 1 2 3 > w * 2 [1] 2 4 6 8 10 > w / 2 [1] 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 > w ^ 2 [1] 1 4 9 16 25 > 2 ^ w [1] 第一个最明显的优点是操作的简便性,其他编程软件中需要通过循环才能完成的操作,在R软件中一行命令便可以实现。第二个优点是计算速度快。 大多数向量化的运算直接由C语言代码来实现,它比你自己用R写的代码本质上快很多。
赵向智 本文长度为1600字,建议阅读5分钟 本文主要介绍如何使用R语言中的gganimate创造有趣的可视化动图。 首要事宜 请先安装以下包: ggmap gganimate dplyr animation 此外,除了以上R库,你也需要自己的系统中有Image Magick软件。 Longitude) 类型(Type,即地震活动的类型) 宽度(Depth,即从地面闭合处到震源中心的距离) ID(ID,即地震活动的事件标识) 震级(Magnitude,即里氏震级的读数) 我们都准备开始用R语言译码 ,使用过R工作室的环境。 R语言代码 把日期分割到年、月和天 我们要做这件事情是因为我们要得到对绘图非常重要的。换言之,这个方法的核心就是将框架(frame)当成另一维度,就像x,y轴,尺寸,颜色,等等。
安装完成之后,你将会看到一个朴实无华的图标,没错,这就是 R 语言本尊了。 ? R 语言简单实例 主要工作已经完成,让我们动动小手,优雅的单击(或双击)R Studio 图标,来感受一下R 语言的魅力。 小结 到此为止,R 语言就已经顺利的收入囊中了,恭喜你,又掌握了一门语言(的 Hello world)了。 【此处应有掌声】 接下来,会继续介绍 R 语言的基本用法和其中比较重要的函数使用方法,目标是能使用 R 语言对数据进行初步分析,以便能在生活和工作之中有所应用。 加之在大学时就对数据分析感兴趣,也曾经学过 R 语言,现在算是重温和复习吧。
R 语言作图1. color = Species))+ scale_color_manual(values = c("blue","grey","red"))# 好用的配色R包 fill = Species)) + geom_boxplot()+ geom_jitter()+ coord_flip() ## 翻转坐标系6. geom_violin(aes(fill = Species))+ geom_boxplot()+ geom_jitter(aes(shape = Species)) # 图层顺序与代码顺序有关ggpubr.R# topptx(p,"iris_box_ggpubr.pptx")拼图画图部分的扩展学习画图代码+你的数据+你解决问题的能力=你的图画图的正确思维 重要的是调整数据与示例数据一致找现成的画图代码:STHDAR语言的综合应用后面分专题讲解引用自生信技能树
过去一个月实验比较忙,很久没有写点东西了,今天要给amina画图,因此学习了一下R语言的基础画图。 当想要在一个图中画多条线时,能够用此函数 lines(LPPLPP~LPPx,col = “blue”,type = “o”,lwd = 2,pch=5) 3.grid 对图添加栅格 grid(nx=NA,ny=6, lwd=2) nx,ny:分别表示x和y方向的虚线,当值为NA时,不对相应的方向分割,ny=6 表示将y轴等距分割为6段 4.abline 添加一条直线 abline(h=0.85,col=”black
今天继续学习R语言基础的R包使用,以R包:dplyr为例 数据准备 01 R包的安装 install.packages(“dplyr”) 或BiocManager::install(“dplyr”) /s/XvKb5FjAGM6gYsxTw3tcWw 03 R包及数据准备 install.packages("dplyr") library(dplyr) test <- iris[c(1:2,51:52,101 tidyverse是一个汇总包,一包更比6包强,用于数据清洗、转换、可视化等。 经过这几期的R语言基础,你应该能够入门R了,渐渐的也要自己去学会看帮助文档,去搜报错,还记得怎么搜命令和R包的帮助文档吗? ? +命令 #搜命令帮助文档 help(package='R包') #搜R包帮助文档 如果你能独立处理这些问题,那么恭喜你,你的R应该没问题啦! 应该没问题了!!!!吧?
学习生信时,最常用的可视化软件就是R,可大家在使用的时候又好像用的是Rstudio,究竟什么是R和Rstudio? R是一种编程语言,也是统计计算和绘图的环境,它汇集了许多函数,能够提供强大的功能。 第四步 第五步 R语言软件界面简陋,通常不直接使用,而是用图形界面的Rstudio。 1.显示文件列表 dir() #查看工作路径下文件,类似于Linux系统下的ls list.files() #同上 示例 2.加减乘除 和其他编程语言相同,直接输入即可 示例 3.赋值 赋值符号 <- 或 ALT - x <- 2+3 #将2+3的结果赋值给x y <- 5/6 #将5/6的结果赋值给y 赋值结束后即可在右上角environment栏中看到现在赋值过的变量 4.删除变量 x <- 2+3 #将2+3的结果赋值给x y <- 5/6 #将5/6的结果赋值给y rm(x,y) #删除x和y变量 rm(list = ls()) #清空所有变量 5.列出历史命令 history
一、R语言安装 首先进入官网:https://cran.r-project.org 下载相应版本的安装包 点击base 点击Download R4.1.2 for Windows,即可开始下载