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R语言笔记-3
形式参数由函数作者指定，使用者输入实际参数时可省略实际参数 函数的自定义 #自定义函数 cal = function(a,b,c = 2){(a+b)*c} #c=2为函数默认值 cal(1,2) cal(1,2,3) #函数默认值可更改 输出结果： R包的安装 R包库：CRAN、Bioconductor CRAN：R包默认的安装库 Bioconductor：生信相关的R包库 #设置CRAN和Bioconductor mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") #CRAN安装R包 相当于library(BiocManager)和install() R包安装常见问题 package not available R包名输入错误 安装命令使用错误 R语言版本与R包要求不符（极少情况） R包过时，被作者删除 加载某一R包，报错提醒另一R包不存在 安装所需的依赖包 更新所有安装包 not writable / permission denied 权限问题，管理员方式打开Rstudio
65240编辑于 2023-05-20 - 来自专栏R语言数据分析
R语言基础3
}##a,b,m为形式参数；jimmy为函数名称；m的默认值为2;##大括号内为编写函数使用的代码；> jimmy(a = 1,b = 2)[1] 9> jimmy(1,2)[1] 9> jimmy(3,6 ,-2)[1] 0.01234568plot(iris[,1],col = iris[,5])plot(iris[,2],col = iris[,5])plot(iris[,3],col = iris[ #当一个代码需要复制粘贴三次，就应该写成函数或使用循环jimmy <- function(i){ plot(iris[,i],col=iris[,5])}jimmy(1)jimmy(2)jimmy(3) jimmy(4)安装R包多个函数打包存放包含函数，数据，帮助文档，描述文件等。 找到R包的使用规律R包的位置：CRANinstall.packages("tidyr")R包的位置：bioconducterBiocManager::install("ggplot2")R包的位置：githubdevtools
33620编辑于 2023-09-13 R语言学习-3
（文中图片引用于生信技能树小洁老师PPT，仅用于自己学习，不用于商业目的，如有侵权，立即删除）Part3 数据框、矩阵和列表 vector向量 一维 matrix 新建数据框 从文件中读取3. 数据框的属性4. 数据框取子集 a. ＂$＂取列b. R包的介绍3. R包的镜像4. R包的来源和安装方式 （1）CRAN网站 （2）Bioconductor （3）github5. XX包怎么安6. 常见的疑问学R语言要高冷，能no就no，no不行再yes；学1inx要听话，让你yes你就yes记忆卡片问是否更新，“不存在”的是依赖包 R包如何使用获取帮助
31100编辑于 2024-05-13- 来自专栏生信技能树学习打卡
Day 3 R语言代码
#行名，列名，两者合一，加列/行名dim()colnames()rownames()#加列名即为对向量进行赋值；修改单个列名，取子集即可m <- matrix(1:12,nrow = 3);mcolnames (m) <- c("a","b","c","d") colnames(m)[1] <- "hello";m#融合函数merge(test1,test3,by.x = "name",by.y = "NAME gene",1:4), change = rep(c("up","down"),each = 2), score = c(5,3,
22500编辑于 2024-03-07 - 来自专栏云深之无迹
R语言实战.3
由于两个原因，列表成为了R中的重要数据结构。首先，列表允许以一种简单的方式组织和重新调用不相干的信息。其次，许多R函数的运行结果都是以列表的形式返回的。需要取出其中哪些成分由分析人员决定。 R中一些头麻的地方 对象名称中的句点（.）没有特殊意义，但美元符号（$）却有着和其他语言中的句点类似的含义，即指定一个数据框或列表中的某些部分。例如，A$x是指数据框A中的变量x。 x ＜- x[1:3]会重新将其缩减回三个元素。 ❏ R中没有标量。标量以单元素向量的形式出现。 ❏ R中的下标不从0开始，而从1开始。在上述向量中，x[1]的值为8。 ❏ 变量无法被声明。 这些是面向开发者的R语言,很多反常规的设计 也许输入数据最简单的方式就是使用键盘了。有两种常见的方式：用R内置的文本编辑器和直接在代码中嵌入数据。我们首先考虑文本编辑器。 R中的函数edit()会自动调用一个允许手动输入数据的文本编辑器。
1.6K10发布于 2020-09-30 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
R语言circlize包实例3
在 https://www.promptcloud.com/blog/data-visualization-text-mining-taylor-swift-song-lyrics/ 这篇文章里找到了答案
83720发布于 2020-03-03 【基础】R语言3：文件读写
读入本地文件read()getwd() # 读取文件之前可以先查看下R的工作目录[1] "C:/Users/myxc/Documents"> setwd("D:/R") # 设置R的工作目录> getwd /demo.RDS") # 保存R中的变量到R专用的数据格式中> getwd()[1] "D:/R"> input_iris <- readRDS(". 3.5 1.4 0.2 setosa2 4.9 3.0 1.4 0.2 setosa3 /RData/.RData") # 加载R文件> save(iris, iris3, file = "c:/Users/myxc/Desktop/demo.Rdata") # 保存R工程文件> save.image () # 保存当前R工程文件
58510编辑于 2024-04-07- 来自专栏从头学R语言
从头学R语言——DAY 3
学习资源来自生信星球R包R包直接在Rstudio页面下载的3大来源：官网CRAN、Biocductor、github设置镜像CRAN的镜像网站可以直接在tools-global options（或快捷键 mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) options(BioC_mirror="https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor")命令安装具体R包来自哪里 ，谷歌必应搜索即可install.packages("stringr")BiocManager::install("limma")加载R包library()或require()都可以library(limma semi_join(x = test1, y = test2, by = 'x')#反连接，返回不能与y表匹配的x表所有记录anti_join(x = test1, y = test2, by = 'x')列名下3或 4个字母的缩写，是变量的类型：int：整数型变量dbl：双精度浮点数型变量，即实数chr：字符串dttm：日期+时间型变量lgl：逻辑型变量fct：因子，R中具有固定数目的值的分类变量date：日期型变量深刻感受不同连接的区别存疑问题
68110编辑于 2024-07-25 - 来自专栏Hank’s Blog
4-3 R语言函数 mapply
#mapply(函数/函数名,数据,函数相关的函数) > list(rep(1,4),rep(2,3),rep(3,2),rep(4,1)) [[1]] [1] 1 1 1 1 [[2]] [1] 2 2 2 [[3]] [1] 3 3 [[4]] [1] 4 > mapply(rep,1:4,4:1) [[1]] [1] 1 1 1 1 [[2]] [1] 2 2 2 [[3]] [1 ] 3 3 [[4]] [1] 4 > s <- function(n,mean,std){ + rnorm(n,mean,std) + } > s(4,0,1) [1] 0.23803199 -0.34249791 -0.12654519 -0.02443351 > list(s(1,5,2),s(2,4,2),s(3,3,2),s(4,2,2),s(5,1,2)) [[1]] [1] 1.097834 [[2]] [1] 3.348059 2.867686 [[3]] [1] 0.7296542 3.2896896 3.7186395 [[4]] [1] 1.08987561 1.41372263
86830发布于 2020-09-16 - 来自专栏python3
R语言数据挖掘实战系列（3）
R语言数据挖掘实战系列（3） 三、数据探索 通过检验数据集的数据质量、绘制图表、计算某些特征量等手段，对样本数据集的结构和规律进行分析的过程就是数据探索。 （2）3σ原则。如果数据服从正态分布，在3σ原则下，异常值被定义为一组测定值中与平均值的偏差超过三倍标准差的值。如果数据不服从正态分布，也可以用远离平均值的多少倍标准差来描述。 判定系数是相关系数的平方，用r2表示；用来衡量回归方程对y的解释程度。判定系数取值范围：0≤r2≤1。 r2越接近于1，表明x与y之间的相关性越强；r2越接近于0，表明两个变量之间几乎没有线性相关关系。 R语言主要数据探索函数 统计特征函数 统计特征函数用于计算数据的均值、方差、标准差、分位数、相关系数、协方差等，这些统计特征能反映出数据的整体分布。
1.5K30发布于 2020-01-08 - 来自专栏生信学习笔记
R语言学习笔记-Day3
tony <NA> 138#练习3-1#table(test$Strand)#练习2-3#m <- matrix(1:9,nrow = 3)m## [,1] [,2] [,3 (m);a1## a b c## 1 1 4 7## 2 2 5 8## 3 3 6 9t(a1)## [,1] [,2] [,3]## a 1 2 3## b 4 $score>0]## [1] "gene1" "gene2"R Markdown*数据框来源(1) 用代码新建(2) 用已有数据转换或处理得到(3) 读取表格文件（存在于R语言之外的文件，只操作数据框而不修改表格 ）(4) R语言内置数据（heatmap(volcano)；iris；letters；LETTERS），并非所有内置数据都是数据框**代码新建数据框df1 <- data.frame(gene = paste0 12,23,50,2)#新增一列（"$"后使用新列名）df1$p.value <- c(0.01,0.02,0.07,0.05)#行（列）名的修改等价于修改向量rownames(df1) <- c("r1
33900编辑于 2024-07-04 - 来自专栏生信学习之路
R语言专题3-条件和循环
专题3.条件和循环1.条件语句-if(){}1.1 只有if# if()里的内容一定得是逻辑值，可以是你写上的T和F，也可以是运算结果# 若运算结果为T或者你写上了T，他就会执行后续语句，反之则不执行# # 3个参数# ifelse(x,yes,no)# x:逻辑值或者逻辑向量；yes:逻辑值为T时的返回值；no:逻辑值为F时的返回值# 简单示范i = 1ifelse(i>0,'+','-')## [1 " "-" "+"# 与字符检测函数str_detect()进行连用,用之前别忘记加载R包library(stringr)# 1.随便生成一个向量，取名样本。 其中包含3个tumor和3个normalsamples = c("tumor1","tumor2","tumor3","normal1","normal2","normal3")# 2.利用str_detect ifelse写i = 0ifelse(i>0,"+",ifelse(i<0,"-","0")) # 简单的嵌套结构，大家可以先从看懂模仿开始## [1] "0"补充:case_when()# 用之前先加载R包
72430编辑于 2023-09-17 - 来自专栏机器学习养成记
关联分析(3):Apriori R语言实现
在关联分析(1):概念及应用中我们介绍了关联分析的基本概念及应用场景，关联分析(2):Apriori产生频繁项集我们介绍了Apriori算法的原理，本篇文章我们将进行关联分析的R语言演示。 R语言实现 我们对UCI机器学习库上下载的美国众议院议员投票记录数据，进行关联分析。在R中，可以直接调用arules包中的apriori()函数训练模型。 导入包与数据。
1.4K20发布于 2018-07-23 - 来自专栏锦小年的博客
3. R语言随机数生成
10.319216 -3.697041 24.565294 -9.691016 -7.324058 [6] -6.185308 -2.107426 -1.915519 13.306308 22.763153 3. 指数分布 函数：rexp(n,lamda = 1)，n 表示生成的随机数个数，lamda＝1/mean > x = rexp(10,3) > x [1] 0.13044259 0.52299630 0.35504953 其他 除了生成上面介绍的几种分布的随机数，还可以生成poisson分布、t 分布、F 分布等很多种分布的随机数，只要在相应的分布名前加“r”就可以。 ? 除了在分布名前面加r还可以加其他的参数，例如：p,q,d。功能见下图： ?
2.5K100发布于 2018-01-02 - 来自专栏数据驱动实践
R 语言 逻辑运算：TRUEFALSE | 专题3
作为一门数据处理语言，逻辑运算在R中承担着非常非常重要的作用。本专题就专门为大家整理一下R语言中的逻辑运算：TRUE/FALSE. x 逻辑非补充 xor(x,y)异或：xor(T,F)返回TRUEall(x)all()是在全部为TURE时返回T，any(x) any()是存在任何一个TRUE时返回TRUE R语言逻辑运算中额外注意 （2）在R中，所有非零值在逻辑运算中都会被当作为TRUE。 > TRUE & FALSE #返回[1] FALSE > 0.2 & 0 #返回[1] FALSE （3）在R语言中标量常被看作含有一个元素的向量，但在逻辑运算中是存在差异。 = 0)) X1 X3 X4 X5 1 0 0 0 0 2 -1 1 2 3 注图片来自于tidyverse网站：https://www.tidyverse.org/ 示例3：自建函数
6.3K10发布于 2020-07-10 - 来自专栏生信小驿站
R语言meta分析(3)亚组分析
R语言meta分析⑴meta包 R语言meta分析(2)单个率的Meta分析 R语言meta分析(3)亚组分析 原始研究中常常采用亚组分析的形式探索入组患者潜在的差异。 第三，过度的亚组分析可能存在数据挖掘的嫌疑，亚组分析的结果有时也并不可靠，因为亚组分析从某种程度上说破坏了原始研究的随机性，所以亚组分析的数量必须是有限的、事先确定的，一般来说分组因素应尽可能控制在3个以内
5.1K20发布于 2019-05-14 - 来自专栏Java爬坑系列
【R语言入门】R语言环境搭建
安装完成之后，你将会看到一个朴实无华的图标，没错，这就是 R 语言本尊了。 ? R 语言简单实例 主要工作已经完成，让我们动动小手，优雅的单击（或双击）R Studio 图标，来感受一下R 语言的魅力。 Show the different plot types plot> x <- 0:12 plot> y <- sin(pi/5 * x) plot> op <- par(mfrow = c(3,3 小结 到此为止，R 语言就已经顺利的收入囊中了，恭喜你，又掌握了一门语言（的 Hello world）了。 【此处应有掌声】 接下来，会继续介绍 R 语言的基本用法和其中比较重要的函数使用方法，目标是能使用 R 语言对数据进行初步分析，以便能在生活和工作之中有所应用。
3.1K22发布于 2020-12-01 生信技能树DAY 3 R语言入门
作业讲解 R data 文件：存储有用变量，传递数据 save load # 使用save()函数保存为RData文件 # 创建一些要保存的变量 study1.df <- data.frame(id = 读取表格文件 （4）R语言内置数据 2.新建和读取数据框 # data.frame 函数 df1 <- data.frame(gene = paste0("gene",1:4), 50 0.07 ## 4 gene4 down 2 0.05 #改行名和列名 rownames(df1) <- c("r1","r2","r3","r4") #只修改某一行 [1] 1 2 3 m[2,3] ## c ## 8 m[2:3,1:2] ## a b ## [1,] 2 5 ## [2,] 3 6 m ## a b c ## [1,] 1 4 7 ## [2,] 2 5 8 ## [3,] 3 6 9 t(m) # 转置 ## [,1] [,2] [,3] ## a 1 2 3 ## b 4 5 6
61110编辑于 2024-04-12- 来自专栏Hank’s Blog
2-3 R语言基础 矩阵和数组
> #维度属性 > dim(x) [1] 3 2 > #查看矩阵的属性 > attributes(x) $`dim` [1] 3 2 > #由向量来创建矩阵的方法 > y <-1:6 > dim(y) <- c(2,3) > dim(y) [1] 2 3 > y2 <- matrix(1:6,nrow = 2,ncol = 3) > y2 [,1] [,2] [,3] [1,] 1 3 5 [2,] 2 4 6 > rbind(y,y2) #列相同,按行拼接 [,1] [,2] [,3] [1,] 1 3 5 [2,] 2 4 6 [3,] 1 3 5 [4,] 2 4 6 > cbind(y,y2) #行相同,按列拼接 [,1] [,2] [,3] [,4] ] 3 6
42420发布于 2020-09-16 - 来自专栏机器学习与统计学
【R语言经典实例3】计算基本统计量
问题 如何使用R软件计算下列统计量：均值、中位数、标准差、方差、协方差和相关系数。 R软件中，用简单的函数便能完成标准差和其他基本统计量的计算。 R软件对于缺失值的敏感程度有时会造成用户的不便，但这种处理方式也是合情合理的。 对于R软件返回的结果你应该慎重地考虑：数据中的缺失值是否会严重影响统计结果？ 如果是，那么R软件返回错误结果是正确的；如果不是，则可以通过设置参数na.rm=TRUE, 告知R软件忽略缺失值： > x <- c(0,1,1,2,3,NA) > mean(x, na.rm=TRUE
2.4K20发布于 2019-04-10
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