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R语言从入门到精通：Day11
方差分析在各种实验和准实验设计的分析中都有广泛应用，接下来将要介绍用于常见研究设计分析的 R函数。 此外，以表达式y~A+B+A:B为例，R会默认这样理解它（序贯型）：（1）A对y的影响；（2）控制A时，B对y的影响;（3）控制A和B的主效应时，A与B的交互效应。 其中R默认调用序贯型，而有些统计软件（如SPSS）默认调用边界型。也不用担心必须应用其它两种理解方式的情形，R中提供了很多函数包来应对（如包car中的函数Anova()）。） ?
2.2K21发布于 2019-09-24 - 来自专栏生信小驿站
R语言之生信（11）五分钟学会用R语言构建ceRNA网络
我们想要的结果大致如下： （1）寻找miRNA-mRNA调节关系对 （2）寻找miRNA-lncRNA调节关系对 （3）合并miRNA-mRNA、miRNA-lncRNA调节关系对，构建ceRNA网络 R语言运行的调控关系对如下所示
5.3K32发布于 2019-05-07 - 来自专栏Java爬坑系列
【R语言入门】R语言环境搭建
安装完成之后，你将会看到一个朴实无华的图标，没错，这就是 R 语言本尊了。 ? R 语言简单实例 主要工作已经完成，让我们动动小手，优雅的单击（或双击）R Studio 图标，来感受一下R 语言的魅力。 小结 到此为止，R 语言就已经顺利的收入囊中了，恭喜你，又掌握了一门语言（的 Hello world）了。 【此处应有掌声】 接下来，会继续介绍 R 语言的基本用法和其中比较重要的函数使用方法，目标是能使用 R 语言对数据进行初步分析，以便能在生活和工作之中有所应用。 加之在大学时就对数据分析感兴趣，也曾经学过 R 语言，现在算是重温和复习吧。
3.3K22发布于 2020-12-01 - 来自专栏全栈程序员必看
r语言绘图参数(R语言plot画图)
过去一个月实验比较忙，很久没有写点东西了，今天要给amina画图，因此学习了一下R语言的基础画图。
4.5K10编辑于 2022-07-25 - 来自专栏小汪Waud
R||R语言基础（三）_R包
今天继续学习R语言基础的R包使用，以R包：dplyr为例 数据准备 01 R包的安装 install.packages(“dplyr”) 或BiocManager::install(“dplyr”) #务必要打引号 02 R包的调用/加载 library(dplyr) 或require(dplyr) #这里不用引号 部分人可能会因为镜像的问题失败，解决方法https://mp.weixin.qq.com /s/XvKb5FjAGM6gYsxTw3tcWw 03 R包及数据准备 install.packages("dplyr") library(dplyr) test <- iris[c(1:2,51:52,101 经过这几期的R语言基础，你应该能够入门R了，渐渐的也要自己去学会看帮助文档，去搜报错，还记得怎么搜命令和R包的帮助文档吗？ ? +命令 #搜命令帮助文档 help(package='R包') #搜R包帮助文档 如果你能独立处理这些问题，那么恭喜你，你的R应该没问题啦！ 应该没问题了！！！！吧？
4.8K50编辑于 2023-02-16 - 来自专栏BioIT爱好者
R 语言中 X11 相关的一些问题
参考 Anaconda 官方文档《Using R language with Anaconda》安装 R-4.0.2： conda create -n r-4.0.2 r-essentials r-base ==4.0.2 1. unable to open connection to X11 display > plot(1:10) Error in .External2(C_X11, d$display 命令行下 R 画图无法弹出图形界面结果 正常情况下，capabilities()如果现实 X11 为 TRUE，执行plot(1:10)时会在 windows 下弹出一个绘图的结果图形界面。 首先，使用 root 安装下面一些 X11 依赖： yum install xorg-x11-* libX11-* libXt-* 其次，在你的 XShell 中配置 X11 转发功能。 最后，用你的 XShell 重新登录服务器，打开 R 执行plot(1:10)即可出现你想要的绘图结果界面。 猜您喜欢
1.6K10发布于 2021-10-15 - 来自专栏小汪Waud
R||R语言基础（一）
学习生信时，最常用的可视化软件就是R，可大家在使用的时候又好像用的是Rstudio，究竟什么是R和Rstudio？ R是一种编程语言，也是统计计算和绘图的环境，它汇集了许多函数，能够提供强大的功能。 RStudio提供了一个具有很多功能的环境，使R更容易使用，是在终端中使用R的绝佳选择。 01 安装R 进入R的官网https://www.r-project.org/ 第一步 点击红框中的download R 第二步 在镜像这里中选择第一个 第三步 接下来按照红框点点点就能完成R的安装 第四步 第五步 R语言软件界面简陋，通常不直接使用，而是用图形界面的Rstudio。 1.显示文件列表 dir() #查看工作路径下文件，类似于Linux系统下的ls list.files() #同上 示例 2.加减乘除 和其他编程语言相同，直接输入即可 示例 3.赋值 赋值符号
2.8K20编辑于 2023-02-16 - 来自专栏全栈程序员必看
R语言安装~R，Rstudio
一、R语言安装 首先进入官网：https://cran.r-project.org 下载相应版本的安装包 点击base 点击Download R4.1.2 for Windows，即可开始下载
3.7K20编辑于 2022-09-14 - 来自专栏优雅R
R 语言中 X11 相关的一些问题
参考 Anaconda 官方文档《Using R language with Anaconda》安装 R-4.0.2： conda create -n r-4.0.2 r-essentials r-base ==4.0.2 1. unable to open connection to X11 display > plot(1:10) Error in .External2(C_X11, d$display 命令行下 R 画图无法弹出图形界面结果 正常情况下，capabilities()如果现实 X11 为 TRUE，执行plot(1:10)时会在 windows 下弹出一个绘图的结果图形界面。 ? 首先，使用 root 安装下面一些 X11 依赖： yum install xorg-x11-* libX11-* libXt-* 其次，在你的 XShell 中配置 X11 转发功能。 最后，用你的 XShell 重新登录服务器，打开 R 执行plot(1:10)即可出现你想要的绘图结果界面。
4.4K40发布于 2020-11-13 - 来自专栏全栈程序员必看
r语言 固定效应模型_r语言coef函数
___________________________________________________________________________________ 二、R语言中的线性混合模型 来自博客 R中的线性混合模型介绍（翻译博客）（来自科学网邓飞博客）原来来自：http://www.r-bloggers.com/linear-mixed-models-in-r/ 1、nlme lme4 Asreml 几个包的介绍： 包 优点 缺点 nlme 这是一个比较成熟的R包，是R语言安装时默认的包，它除了可以分析分层的线性混合模型，也可以处理非线性模型。 2、R语言案例 数据来源：一个传统的裂区数据来说明不同软件包的用法，这个数据oats是在MASS包中，是研究大麦品种和N肥处理的裂区试验，其中品种为主区，肥料为裂区。 在R语言中我们使用mgcv包中的lmer函数来完成这项工作。首先载入faraway包以便读取psid数据集，然后加载mgcv包，再将年份数据中心化以方便解释模型，最后用lmer函数进行建模。
6.6K30编辑于 2022-11-17 - 来自专栏友弟技术工作室
R语言入门
R语言简介 四十多年前， R 语言的始祖诞生了 ， John Chambers 在贝尔实验室中开发出S语言 ，用于快速地进行数据探索， 统计分析和可视化 。 R语言及其生态作为连接现实世界中的数据和数学模型的桥梁，正在社群的努力下一步一步地把这些想法具体化。 让我们进入 R 语言的世界！ R语言基本数据结构 下面用 R 的解释器来熟悉一下 R 语言的基本数据结构。 首先让我们先进入 R 环境下 我是在mac操作环境下的，ubuntu的是一样的。 统计之都 : 国内质量最高的统计网站，有一些关于统计和R语言的优秀博客以及与R有关的会议通知。 肖凯博客(需访问外国网站): 很有质感的博客，有大量 R 语言应用的案例。 R 语言实战 ： 一本从统计角度介绍 R 语言的书籍 ，较为简单 ， 适合快速翻阅。
2.9K110发布于 2018-04-25 - 来自专栏素质云笔记
R语言︱画图
,draw.segments = T,key.loc =c(5,0.5) , mar =c(2,0,0,0) ) #full=F，代表半圆 #segments代表一段一段画 #注释图标位置 #图边距 11
1.8K31发布于 2019-05-26 - 来自专栏R语言交流中心
R语言升级
因为一个R包让我不得不对电脑的R进行升级，正好整理下整个升级的过程。我们是在Rstudio中进行的升级操作。用到了包installr。 install.MikTeX, install.git,install.git, install.GraphicsMagick,install.ImageMagick, check.for.updates.R, 我们不在此一一介绍，今天主要介绍updateR这个函数： updateR()主要要来升级R软件，升级过程中会遇到下面的一些选项： 会提示当前版本已经后面最新的升级版本： ? 我们设置好后关闭Rstudio，再次打开Rstudio新版本的R就可以用了。 ? 当然，我们如果需要安装github的包的时候，Rtools软件老版本也不再适用，需要下载新版本的Rtools。 下载链接：https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/。 ? 当然这个包有一个缺陷，暂时还不能完成Linux系统下的R升级。
3.2K40发布于 2020-06-16 - 来自专栏学习记录
R语言基础
3.在“管理本地用户和组”中找到当前用户的用户名，就可以看到用户名是英文还是中文了下载R和Rstudiob站有教程，暂时不需要装R包什么是RR是一种编程语言，也可以统计计算、绘图，它汇集了很多函数RStudio 是免费提供的开源集成开发环境（IDE），RStudio提供了一个具有很多功能的环境，使R更容易使用，方便用户在终端中使用R页面如下各窗口的功能如下：1.控制台（左下窗口）脚本运行和结果展示2.脚本编辑器 （左上窗口）在处理数据时，通常会编写一份脚本文件，即一组命令的集合来表示整个操作过程的逻辑流，该脚本文件可以直接读取并由R引擎执行。 boxplot(iris$Sepal.Length~iris$Species,col = c("lightblue","lightyellow","lightpink"))iris是一个R语言自带的数据框 面板显示调节设置字体大小tools->global options->apperanceR语言基本操作用Rproject管理工作目录设置工作目录：setwd()查看工作目录：getwd()这样的话，只设置了一个工作目录
68710编辑于 2024-06-10 - 来自专栏R语言 / Linux
R语言作图
dev.off() #画完了，关闭画板方法3：eofficelibrary(eoffice)topptx(p,"iris_box_ggpubr.pptx") #把一张图保存为PPT拼图R包
2.4K20编辑于 2023-03-14 - 来自专栏YoungGy
R语言_基础
() #列出当前工作空间中的对象 rm(list=ls()) dir() #列出当前目录 dir.create(“c:/myproject”) options() #查看R软件默认选项的设置 "mylife") #保存工作空间到mylife文件中 load("mylife") #载入工作空间 #输入与输出 #重定向至文本文件和图像文件 source("inputFile.R" class mode names c(obj1,obj2) cbind(obj1,obj2) rbind(obj1,obj2) head tail ls() rm(obj1,obj2) #批处理 R CMD BATCH options infile outfile #linux "c:\program\r\r.exe" CMD BATCH --vanilla --slave "c:\myscript.R #R函数调用 sum.of.squares <- function(x,y) { x^2 + y^2 } sum.of.squares(3, 4)
1.2K70发布于 2019-05-27 - 来自专栏R语言学习——Magnolia
R语言基础
R基础概念及数据类型重要提示1.Tab键可以补全函数、变量名、指定数据框的行名列名等，能够有效避免错误输入与提高效率2.只有赋值才会使变量发生变化，没有赋值R只是单纯展示出数据3.在R中，Error是唯一代表错误的 ，大部分Warning可以忽略，但并不是出现了Error才是错误，一定要反复检查代码是否完成了目的，小心暗流4.R中“=”与“<-”均可表示赋值，但是在函数的形式参数=实际参数中，仅可用"="<em>R</em>中数据类型分为字符 个元素> x <- 8:12> #根据逻辑值取子集> x[x==10] #中括号内生成了c(F,F,T,F,F)的向量，取出了值为T的数据组成子集[1] 10> x[x<12][1] 8 9 10 <em>11</em> > x[x %in% c(9,13)][1] 9> #根据位置取子集，每个向量中的元素根据其在向量的排列顺序具有一个下标，第4个元素的下标是4> x[4] #取出第4个元素[1] <em>11</em>> x[2:4] #取出第2-4个元素[1] 9 10 <em>11</em>> x[c(1,5)] #取出第1、5个元素[1] 8 12> x[-4] #"-"代表去掉某一个元素，本例为去掉第4个元素[1] 8 9 10 12>
1.7K20编辑于 2023-01-06 - 来自专栏阿涛的生信入门笔记
R语言-基础
R的使用 在Rstudioy中新建项目（R project） File-New Project-New Directory-New Project-Directory name-Creat 文件中不要有中文和字符） 新建脚本 (Ctr+shift+N) 更改字号 (Tools-Global options-Apearance-Editor font size) 重启 session-restart R shift+F10) 工作目录（working directory）默认在 .Rproject文件夹下 打开文件时，双击打开 .Rproject 即可打开RStudio,打开后工作目录自动设置好了 R界面文字放大 “control” + “shift” + “+” R界面文字缩小 “control” + “-” 二.报错 报错: Error 。 逻辑值取子集 xx > 4 里是与x等长且一一对应的逻辑值向量 2.下标/位置取子集 x4 ， x-4 里是由x组成的向量 修改向量中的某个或某些元素 x<-c(8:15) [1] 8 9 10 11
2.5K00编辑于 2023-05-05 - 来自专栏R语言小记
R语言入门
student12" "student14"#paste0就是默认没有间隔的paste,paste0与paste(,sep = ""),paste(,sep="")可以自定义需要组合的字符间的间隔符号#在使用R语言处理了向量是
66430编辑于 2023-07-04 - 来自专栏生信小驿站
R语言for循环①
matrix(c(1:50),nrow=5) > a [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] [1,] 1 6 11 45 50 > for (i in c(1:nrow(a))) + for (j in c(1:ncol(a))) + {print(a[i,j])} [1] 1 [1] 6 [1] 11
1.8K40发布于 2018-08-27
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