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R语言基础-Day10
富集结果解释：衡量每个通路里的基因在差异基因里是否足够多富集不到的补救秘籍1.调整10gFC、pvalue阈值，以改动差异基因数量2.不使用默认的padi(富集的)，而是用原始p值，在文章里说清楚即可。
31310编辑于 2024-05-09 - 来自专栏备份笔记
【R语言】计算10亿以内for循环加速
虽然是CPU占用100%，8颗核心好像是偷着懒跑的，但是丢给我那台4核心8线程黑苹果，是跑满的，说明ARM在多线程的时候，有点东西下图是计算一个10亿内训练模型时的top：图片2 几个循环2.1 100 可以使用两个嵌套的for循环实现：A <- matrix(1:9, 3, 3)B <- matrix(10:18, 3, 3)C <- matrix(0, 3, 3)for (i in 1:nrow(A 17 19 21[3,] 23 25 27但是理解这类的目的，合并循环的思路在这里刚好就是矩阵一一对应的数字相加：A <- matrix(1:9, 3, 3)B <- matrix(10
85620编辑于 2023-05-06 - 来自专栏生信学习笔记
R语言学习笔记-Day10
()sva::ComBat()2 WGCNA（加权共表达网络）————找到与表型最相关的一组基因软阈值β的选择无标度网络和随机网络无标度网络：存在某几个点与其它点关联更频繁随机网络：各点间关联程度相近R^ 2无标度网络的拟合度/判定系数，评估拟合模型对观测数据的解释能力R^2越大，越接近无标度网络，选择使R^2第一次到达0.8/0.85/0.9的β值β软阈值，相关性矩阵向邻接矩阵转换的参数连通性connectivity
37310编辑于 2024-07-17 - 来自专栏编程
R 语言绘制热图的 10 种方法
这一期分享 R 语言绘制热图的案例，希望大家通过案例感受 R 语言的强大，同时消除对热图等看似高大上的图形的恐惧感，在文献阅读时更加从容，今后也尝试去绘制这样炫酷的图，如果能够放到文章里面就完美了。 什么是 R 语言？R 语言，一种自由软件编程语言与操作环境，主要用于统计分析、绘图、数据挖掘。 我之所以学 R 语言，一方面是希望能够利用 R 语言将原始数据转化为可放入论文中的精美图形，另一方面，大数据时代已经到来，每个人都应该懂一些大数据的处理手段，R 语言可以胜任。 R 语言是开源的，世界各地的开发者们不断地添砖加瓦，分享自己的智慧，截至到目前，R 里面可用的包达到 11987 个，这几乎让 R 语言强大到不可思议。 用 ggplot 绘制的热图 总结：这篇文章带领我们快速浏览了 R 语言里面的 10 种热图的绘制方式，并且提供了代码。
25.8K402发布于 2018-03-02 - 来自专栏科研猫
R语言从入门到精通：Day10
是时候 关注 我们一波了 到目前为止，R语言的数据操作和基础绘图部分已经讲解完毕，换句话说，大家应该已经能将数据导入R中，并运用各种函数处理数据使其成为可用的格式，然后将数据用各种基础图形展示。 本次教程将主要关注R语言中生成基本的描述性统计量和推断统计量的R函数。 写在开篇的话，本篇教程内容较多，请务必静下心来学习。 温馨提示 1、本节内容重点内容较多， 务必紧跟红色标记。 图10，fisher.test()示例。 那么这里治疗效果和性别是否独立呢？ 小结 这次的课程内容可以说是目前整个《R语言从入门到精通》系列课程中内容最多的一篇，而且涉及统计，理解上难度也比较大。 还在坚持学习的各位，要加油哦～ 线下课程热烈报名中，点击查看详情 R语言及实用数据挖掘系列课程 本期干货 ！R语言统计入门代码大全 ！
2.6K10发布于 2019-09-24 - 来自专栏生信小驿站
R语言meta分析（10）功能强大的metafor
此外，Metafor 程序包是R 软件Meta 分析程序包中唯一可以进行混合效应模型（包括单 个、多个分类或连续性变量）拟合运算的程序包， 还可以检验模型系数并获得可信区间，以及对参数 进行精确检验如置换检验
4.3K50发布于 2020-08-28 - 来自专栏Java爬坑系列
【R语言入门】R语言环境搭建
安装完成之后，你将会看到一个朴实无华的图标，没错，这就是 R 语言本尊了。 ? R 语言简单实例 主要工作已经完成，让我们动动小手，优雅的单击（或双击）R Studio 图标，来感受一下R 语言的魅力。 R version 4.0.3 (2020-10-10) -- "Bunny-Wunnies Freak Out" Copyright (C) 2020 The R Foundation for Statistical 小结 到此为止，R 语言就已经顺利的收入囊中了，恭喜你，又掌握了一门语言（的 Hello world）了。 【此处应有掌声】 接下来，会继续介绍 R 语言的基本用法和其中比较重要的函数使用方法，目标是能使用 R 语言对数据进行初步分析，以便能在生活和工作之中有所应用。
3.1K22发布于 2020-12-01 - 来自专栏生信喵实验柴
全宇宙最全的R语言安装教程（windows10）
本次给大家带来的是全宇宙最全的R语言安装教程（windows10） “天才第一步，安装R语言”。 学习R语言最快的方式就是找代码、打代码。 如果你有安装学习的需求、或者有朋友有学习的需求，大方分享此篇文章出去吧，我相信这不仅仅是第一步，对于R语言，软件安装好，可能就成功了一半了呢 第一部分 1.去官网https://cran.r-project.org /下载R语言安装包，选择Download R for Windows>base，最后就图中的箭头（2021年11月更新） 2.安装前，建议像我这样建立工作路径 我的R目录是直接在D:/下，有3个子目录 RStudio是一个考虑了R编程的IDE。当然你也可以将其他IDE用于R，但我建议使用RStudio。 第三部分 我们后续在使用R安装一些R包时系统经常会提示，“没有安装Rtools”，严重的甚至直接不能安装使用我们想要的R包。我们可以理解为R包所需要的一些依赖，那么Rtools就包括了一系列的依赖。
9.3K51编辑于 2021-12-15 - 来自专栏全栈程序员必看
r语言绘图参数(R语言plot画图)
过去一个月实验比较忙，很久没有写点东西了，今天要给amina画图，因此学习了一下R语言的基础画图。
4.2K10编辑于 2022-07-25 - 来自专栏科技记者
《高效R语言编程》9、10--高效协作和学习
尽可能使用版本控制 信息化提交消息 不要害怕来自同事的反馈 编码风格 编码风格要前后一致，没有唯一，几个多数程序员都赞成的风格： 模块化代码 注释你的代码 不要重复自己的代码 代码简洁、清晰、一致 比如在R语言里用 Warning message: 程辑包‘swirl’是用R版本4.0.5 来建造的 高效学习的5个高级技巧 1、使用R内部帮助 针对主题探索R help.search("optim")# 或者?? ，是R的帮助大全 library(swirl) | Hi! 在线资源 R社区、官方手册、读现有出版物最新进展、邮件列表等等 遇到困难寻求帮助 Stack Overflow网站提出问题要有最小数据集、最小案例 实战演示R书籍和教程，深入学习最有效 Rstudio 和DataCamp提供的免费在线课程，《R数据科学》、《R programming for Data Science》、《Advanced R Programming》 -巩固学习（写出并传授），也就是传播知识
1.3K20发布于 2021-07-27 - 来自专栏小汪Waud
R||R语言基础（三）_R包
今天继续学习R语言基础的R包使用，以R包：dplyr为例 数据准备 01 R包的安装 install.packages(“dplyr”) 或BiocManager::install(“dplyr”) #务必要打引号 02 R包的调用/加载 library(dplyr) 或require(dplyr) #这里不用引号 部分人可能会因为镜像的问题失败，解决方法https://mp.weixin.qq.com /s/XvKb5FjAGM6gYsxTw3tcWw 03 R包及数据准备 install.packages("dplyr") library(dplyr) test <- iris[c(1:2,51:52,101 经过这几期的R语言基础，你应该能够入门R了，渐渐的也要自己去学会看帮助文档，去搜报错，还记得怎么搜命令和R包的帮助文档吗？ ? +命令 #搜命令帮助文档 help(package='R包') #搜R包帮助文档 如果你能独立处理这些问题，那么恭喜你，你的R应该没问题啦！ 应该没问题了！！！！吧？
4.4K50编辑于 2023-02-16 - 来自专栏全栈程序员必看
R语言安装~R，Rstudio
一、R语言安装 首先进入官网：https://cran.r-project.org 下载相应版本的安装包 点击base 点击Download R4.1.2 for Windows，即可开始下载
3.6K20编辑于 2022-09-14 - 来自专栏小汪Waud
R||R语言基础（一）
学习生信时，最常用的可视化软件就是R，可大家在使用的时候又好像用的是Rstudio，究竟什么是R和Rstudio？ R是一种编程语言，也是统计计算和绘图的环境，它汇集了许多函数，能够提供强大的功能。 RStudio提供了一个具有很多功能的环境，使R更容易使用，是在终端中使用R的绝佳选择。 01 安装R 进入R的官网https://www.r-project.org/ 第一步 点击红框中的download R 第二步 在镜像这里中选择第一个 第三步 接下来按照红框点点点就能完成R的安装 第四步 第五步 R语言软件界面简陋，通常不直接使用，而是用图形界面的Rstudio。 1.显示文件列表 dir() #查看工作路径下文件，类似于Linux系统下的ls list.files() #同上 示例 2.加减乘除 和其他编程语言相同，直接输入即可 示例 3.赋值 赋值符号
2.7K20编辑于 2023-02-16 - 来自专栏生信技能树
R语言练习题10道，有答案代码，还有视频
试试看吧，有答案代码，还有视频 作业 1 根据R包org.Hs.eg.db找到下面ensembl 基因ID 对应的基因名(symbol) ENSG00000000003.13 ENSG00000000005.5 ENSG00000000938.11 提示： library(org.Hs.eg.db) g2s=toTable(org.Hs.egSYMBOL) g2e=toTable(org.Hs.egENSEMBL) 作业 2 根据R包 1598_g_at 160020_at 1729_at 177_at 提示： library(hgu133a.db) ids=toTable(hgu133aSYMBOL) head(ids) 作业 3 找到R包 options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) BiocManager::install("请输入自己找到的R包 作业10 下载数据集GSE42872的表达矩阵，并且根据分组使用limma做差异分析，得到差异结果矩阵
1.5K21发布于 2018-12-27 - 来自专栏CDA数据分析师
10个令人相见恨晚的R语言包
新媒体管家 大约3年前我开始使用R，起初进展很慢，与我习惯的语言相比，语法更加直观也比较简单，而且需要一段时间才能习惯于细微的差别。我还不清楚语言的力量与社区和各种包的密切关系。 和其他语言（比如Python和Java）相比，R可以更模糊和麻烦。好消息是，有大量的包可以在R基础库上提供简单和熟悉的界面。这篇文章是我喜欢和每天使用的10个包，并且我希望自己能早些知道他们。 1. sqldf R语言学习曲线中最陡峭的一部分就是语法，我花了一段时间才习惯使用<-代替=。我听到很多人问如何实现VLOOKUP?!?R 对于一般的数据粗加工任务非常有用，但需要一段时间才能掌握。 by Winston Chang (Amazon) 8. qcc install.packages("qcc")library(qcc)# 均值为10的序列，加上白噪声x <- rep(10, 100 10. randomForest 如果这个列表不包括至少一个能你的朋友震惊的机器学习包就不会完整。随机森林 是一个很好的算法。
2K100发布于 2018-02-08 - 来自专栏医学和生信笔记
R语言机器学习caret-10：随机森林的小例子
加载R包和数据 rm(list = ls()) library(caret) ## Loading required package: ggplot2 ## Loading required package dim(hotelsTest) ## [1] 22548 10 # 选择重抽样方法，10折交叉验证 trControl <- trainControl(method = "cv", number 做数据预处理 预处理 首先处理结果变量类不平衡的问题，我们这里就用downsampling吧，这个方法也在之前的推文中铺垫过了：R语言机器学习caret-06：重采样解决类不平衡 hotels <- downSample ## 10 gini 5 1 1 1 ## 10 gini 7 1 1 1 ## 10 gini 9 1 1 1 ## 10 gini 11 1
86221编辑于 2023-08-30 - 来自专栏黄金榜
阿榜的生信笔记10—R语言综合运用2
如果需要加载变量，则需要将数据导入到R中，可以使用 read.table() 、 read.csv() 等函数加载数据。"
1K00编辑于 2023-05-02 - 来自专栏全栈程序员必看
r语言 固定效应模型_r语言coef函数
___________________________________________________________________________________ 二、R语言中的线性混合模型 来自博客 几个包的介绍： 包 优点 缺点 nlme 这是一个比较成熟的R包，是R语言安装时默认的包，它除了可以分析分层的线性混合模型，也可以处理非线性模型。 2、R语言案例 数据来源：一个传统的裂区数据来说明不同软件包的用法，这个数据oats是在MASS包中，是研究大麦品种和N肥处理的裂区试验，其中品种为主区，肥料为裂区。 numDF denDF F-value p-value (Intercept) 1 45 245.14333 <.0001 variety 2 10 在R语言中我们使用mgcv包中的lmer函数来完成这项工作。首先载入faraway包以便读取psid数据集，然后加载mgcv包，再将年份数据中心化以方便解释模型，最后用lmer函数进行建模。
6.4K30编辑于 2022-11-17 - 来自专栏庄闪闪的R语言手册
数据科学中 R 语言教学的10个简单准则
你可以先看看小编以前写的入门级教程：R沟通｜提升xaringan幻灯片的b格；R沟通｜设置xaringan主题；R沟通｜用xaringan包制作幻灯片。 作者给出了数据科学中 R 语言教学的 10 个简单准则，分别是： 通过数据分析教学 R 语言 使用参与式现场编码 提供大量练习 提供大量反馈 使用可操作的数据例子 使用真实的、丰富的、但可获得的数据集 个人感觉国内 R 语言教学上还有很大的改进空间。希望未来我也能在这方面做出自己的一份贡献。下一节的截图，或者搜索源文件观看。 Slides 截图 来源：https://ttimbers.github.io/10-simple-rules-for-teaching-R-for-Data-Science/10-simple-rules-for-teaching-r-for-data-science.html #1，需要阅读完整版的读者，文末原文自行跳转噢～ 参考资料 [1] GitHub 网站: https://github.com/ttimbers/10-simple-rules-for-teaching-R-for-Data-Science
1K20编辑于 2022-10-31 - 来自专栏R语言系列
R06-R语言作图
画图的目的是为了展示数据常用可视化R包和函数作图的三类1.基础包-绘图函数实例plot(iris ,1 ,iris,3,col = iris,5) text(6.5,4, labels = 'hello p + stat_compare_means(comparisons = my_comparisons,aes(label = after_stat(p.signif)))4.save_export.R图片保存
43910编辑于 2024-06-15
腾讯云开发者
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