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R语言笔记-6
arrange(Sepal.Length) %>% head(,3) 输出结果： 图片 图片 #模拟一个表达矩阵数据 set.seed(1) exp = matrix(rnorm(18),ncol = 6) exp = round(exp,2) rownames(exp) = paste0("gene",1:3) colnames(exp) = paste0("test",1:6) exp[,1:3] =
77320编辑于 2023-06-26 - 来自专栏天意生信俱乐部
R语言基础| 下载、安装
编程语言R拥有丰富的统计学函数和数据可视化包，适用于高维生物学数据。基于此，本系列文章开展R语言基础教程，帮助更多学习生信的小伙伴打好编程基础。 R下载与安装 下载链接：https://mirrors.dftianyi.com/CRAN/ 根据电脑系统选择相应的R版本 mac系统的根据macOS版本号选择合适的安装包，下载并安装即可。 windows系统的按以下步骤下载并安装即可 Linux系统安装R 使用Linux安装R，建议配置好conda环境之后，用conda命令安装R，之后有需要安装的R包，conda会解决大部分的包依赖问题。 下载链接：https://posit.co/download/rstudio-desktop/ Linux安装Rstudio-sever： 安装Rstudio-sever： VlnPlot(pbmc, features = c("nFeature_RNA", "nCount_RNA", "percent.mt"), ncol = 3) 结果图： 下期内容 下一节我们将详细介绍"R语言管理数据集
93610编辑于 2025-01-22 - 来自专栏单细胞生信分析
R语言的下载与安装
本文主要结构： 一、下载最新版本的R 二、最新版本R的下载与安装步骤 三、下载指定版本的R 一、通过清华镜像网址下载：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN 二、R语言下载与安装的步骤： 1.进入官方网址：https://www.r-project.org,点击download R ? 2.点击任一中国镜像网址均可 ? 5.点击Download R-4.3.1 for Windows 下载R安装文件 ? 下载完R安装文件后，运行安装文件并按照提示进行安装，安装完成后，可以点击R图标启动R软件。 安装时建议安装在有一定闲置空间的硬盘中，后续安装R包后，R的安装文件夹会占据数G硬盘空间。 安装方法： Windows系统：下载后运行下载的安装包，按照安装向导进行安装。 三、下载指定版本的R 选择旧版本的R进行下载并安装 ? 四、R下载及安装动画教程 ?
2.8K40编辑于 2023-07-27 R语言安装R包DAY6-Gaozsi
安装和加载R包1.镜像设置options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #对应清华源options(BioC_mirror )函数则需要两个数据框有相同的行数test1 <- data.frame(x = c(1,2,3,4), y = c(10,20,30,40))test2 <- data.frame(x = c(5,6)
51810编辑于 2024-02-25- 来自专栏天意生信俱乐部
R语言TCGA数据下载与整理
这篇推文将帮助你了解如何从GDC（Genomic Data Commons）下载TCGA（The Cancer Genome Atlas）数据，并在R中进行数据整理和处理。 在R中读取下载的TCGA数据 下载完成后，可以使用R加载这些数据，并进行整理。 full_expression_matrix) <- rownames(expression_list[[1]]) # 查看结果 head(full_expression_matrix) 6. TCGA数据到R的全程数据处理。 具体操作包括： 下载数据：使用gdc-client工具从GDC下载TCGA数据。 读取数据：在R中读取下载的.tsv文件。 整理表达矩阵：将数据提取并合并成一个统一的表达矩阵。
1.5K10编辑于 2025-01-22 - 来自专栏全栈程序员必看
r软件的下载与安装_R语言怎么安装
一、R软件下载 下载地址：https://cran.r-project.org/ 图 1 R软件下载页面 下载之后是.exe执行文件，不是zip压缩格式文件，可以直接点击安装。 最后一步是设置系统环境变量： 三、Rstudio下载及安装过程 下载地址：https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download 下载的文件一个exe文件，一个是zip文件。 最后一步是设置系统环境变量： 四、R使用教程 图 2 R主界面 图 3 R中执行一个简单程序 五、RStudio使用教程 图 6 RStudio主界面 Source 老版本的R安装包下载链接，Windows：https://cran.r-project.org/bin/windows/base/old/，Mac： https://cran.r-project.org
8.4K21编辑于 2022-08-03 - 来自专栏电脑专业软件
R语言软件下载和安装教程
R语言软件简介：R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。 QR语言软件下载：[软件全称]：R语言 3.6.2[软件大小]：82MB[软件语言]：中文[安装环境]：Win7/Win8/Win10/Win11[下载地址①]：百度网盘：https://pan.baidu.com pwd=mph7R语言安装教程：1.打开安装包，运行R-3.5.2安装包2.选择中文，点击确定3.点击下一步4.点击浏览，更改安装位置5.我这里选择D盘，点击下一步6.下拉箭头，根据自己的电脑选择32位或者 选择创建桌面快捷方式，点击下一步11.耐心等待安装完成12.点击结束RStudio安装1.运行RStudio.exe安装2.点击下一步3.点击浏览可更改安装位置4.我这里也选择安装在D盘下，点击下一步5.点击安装6.
1.7K20编辑于 2022-11-28 - 来自专栏Hank’s Blog
4-6 R语言函数 排序
#sort:对向量进行排序;返回排好序的内容 #order:返回排好序的内容的下标/多个排序标准 > x <- data.frame(v1=1:5,v2=c(10,7,9,6,8),v3=11:15, v4=c(1,1,2,2,1)) > sort(x$v2) [1] 6 7 8 9 10 > sort(x$v2,decreasing = TRUE) [1] 10 9 8 7 6 > order(x$v2) [1] 4 2 5 3 1 > x[order(x$v2),] v1 v2 v3 v4 4 4 6 14 2 2 2 7 12 1 5 5 8 15 9 13 2 1 1 10 11 1 > x[order(x$v4,x$v2,decreasing = TRUE),] v1 v2 v3 v4 3 3 9 13 2 4 4 6
36440发布于 2020-09-16 r语言学习day6
- iris[c(1:2,51:52,101:102),] #dplyr五个基础函数library(dplyr)创建一个示例数据框data <- data.frame( x = 1:5, y = 6: merge()函数是基础R中的函数，其语法为merge(x, y, by = NULL, ...)，也是用来合并两个数据框，by参数也是指定用于合并的列名。 merge()函数是基础R的一部分，无需额外加载包即可使用。默认行为：在某些情况下，inner_join()和merge()的默认行为可能略有不同。 性能差异：在大型数据集上，dplyr包的函数通常比基础R函数的执行速度更快，因此inner_join()可能在某些情况下比merge()更高效。 总体而言，inner_join()函数提供了更为简洁和易读的语法，适用于在数据处理中的大多数情况，但是如果你更熟悉基础R的函数或者需要与基础R的其他函数进行交互，那么merge()函数也是一个很好的选择
60110编辑于 2024-02-25- 来自专栏PPV课数据科学社区
R语言 | 2018年RStudio大会资料下载
随着R语言用户逐年增加，RStudio也开始网罗世界上各位大牛，大家聚在一起，彼此交流分享使用R语言的一些成果和心得。 本次会议举办了60多场会议，分别为R的初级用户、高级用户以及寻求R行业应用解决方案的人士而设。
1.2K50发布于 2018-04-20 - 来自专栏生信学习笔记01
R语言基础-02（数据框、下载包）
","r2","r3","r4")#只修改某一行/列的名colnames(df1)[2] <- "CHANGE"数据框取子集取子集的本质还是按位置或者按逻辑值#筛选数值型df1[df1$score > Species=="c",]test[test$Species %in% c("a","c"),]矩阵不支持$删除#删除 rm(l)#删除一个rm(df1,df2)#删除多个rm(list = ls()) #清空下载包 require(string))install.packages("stringr")包是否下载成功的唯一标准是library()没有error，当提示package not available时，原因可能为 ：1.名字写错；2.安装命令错误；3.包与R语言版本不符合（极少数）；4.包过时。 row.names = 1,sep = ",")Tips：输出文件时不要覆盖原文件需要用非proj的文件夹内的文件时，写全路径多用tabfread函数读取快且遇空行不易出错引用自生信技能树马拉松课程小洁老师R语言基础
95430编辑于 2023-03-12 - 来自专栏软件激活安装
R语言4.0.4 软件下载及安装教程
R语言是一种为数学研究者设计的数学程序设计语言，主要用于统计分析、绘图、数据挖掘。 如果你是一个计算机编程的初学者，渴望学习一般的计算机编程，R语言不是一个理想的选择，你可以选择Python、C或Java。R语言和C语言都是贝尔实验室的研究成果，但它们的侧重点不同。 R语言是为数学理论研究者设计的解释型语言，而C语言是为计算机软件工程师设计的。。R语言是一种解释型语言（不同于C语言的编译和操作），其执行速度比C语言慢得多，不利于优化。 下载：资源库 (imeetyou.store)安装教程：1. 选择下载的安装包，右击即可解压缩。2.打开解压后的文件夹，点击右键，以管理员身份运行安装程序。3.单击“确定”。4.单击下一步。 图片6.根据自己系统中的位数进行选择。这里我们选择64位，然后点击下一步。7.单击下一步。8.单击下一步。9.检查桌面快捷方式，然后单击“下一步”。10.软件安装中……11.单击结束。
1.6K40编辑于 2023-04-14 - 来自专栏菜鸟学数据分析之R语言
R语言下载安装-Mac版本
应后台有人询问Mac苹果版本的安装和更新，故写写mac版本R语言的安装。因用苹果版本的R语言已经有三个月，总体感觉非常NICE，相比于Windows版本，更喜欢MAC，运行速度较快。 有苹果版本R语言安装 R语言的安装： 登陆官网https://www.r-project.org，找到右侧Download R ? 点击链接进入后，点击Download R for (Mac) OS X ? 点击“R-3.3.4.pkg“安装包，支持最新版本的MacOS（Sierra），若点击右侧“XQuartz”，一般是使用机器学习、3D制图等需要的下载安装。 下载完成后按照软件安装提示一步一步操作即可在Mac成功安装运行。 ? 安装成功后： ? R语言更新：点击Check For R Updates ?
6.6K40发布于 2020-08-06 - 来自专栏生信技能树学习打卡
Day6 R语言学习代码
将每次抽样结果固定set.seed(12)#随便一个数sample(1:24,3,replace=T)3、拼图包4、代码可以运行但是不出图的原因5、找现成的代码：画图合辑（小洁老师/其他）；学习资料工作目录中6、
30210编辑于 2024-03-12 - 来自专栏生信学习笔记
R语言学习笔记-Day6
R语言的综合应用tidyverse：集成化R包转换-可视化-模型1 字符串"stringr"str_length()str_split()str_sub()1.1 检测字符串长度str.length() 则继续执行后续语句；若为T，则不继续执行长脚本管理方式*1if(F){...} #{}内所有代码被跳过if(T){...} #{}内代码执行#针对限速步骤可以将限速步骤保存为.Rdata，之后加载该文件即可#下载数据的代码
77200编辑于 2024-07-08 - 来自专栏Hank’s Blog
2-6 R语言基础 缺失值
> is.na(x) [1] FALSE TRUE FALSE TRUE FALSE
36520发布于 2020-09-16 - 来自专栏R语言
生信入门马拉松之R语言基础- R语言作图(Day 6)
Day6. R语言作图【小洁老师语录】画图的目的是展示自己的数据【小洁老师语录】ggplot2的特殊语法：列名不带引号，行末写加号1. ggplot21.1 几何对象几何对象可以叠加library(ggplot2) 1.9 拼图R包patchwork：堪比R语言领域的“美图羞羞”语法简单，兼容ggplot2拼图比例设置简单，具体见下图和下图二维码。1.10 练习? R语言的综合应用【小洁老师语录】发现问题的眼睛，面对困难的信心，解决问题的能力tidyverse，大神的包，小的生态系统，《R数据科学》2.1 玩转字符串（3）rm(list = ls())if(! test$new <- test$Sepal.Length*Sepal.Width【小洁老师语录】R语言里修改，没有赋值就没有发生过！修改赋值修改赋值修改赋值！！！
68730编辑于 2024-04-16 - 来自专栏技术一点点成长
R语言之RCurl实现文件批量下载
使用者通过RCurl可以轻易访问网页，进行相关数据的抓取以及下载，为数据分析提供原始素材。近年RCurl在数据分析业界中使用也越来越流行。 Step1:安装RCurl install.packages('RCurl') Step2:代码实现 =========================== 1 #利用RCurl包批量下载（抓取）文件 2 3 library('RCurl') 4 5 html=getURL("http://rfunction.com/code/1202/") 6 7 #查看网页源码，之后确定抓取信息的 ，循环遍历 30 31 setwd('G:\\R_Project\\RCurl抓取的文件') #注意‘\\’转义 32 33 dir() 34 35 i=1 36 37 base="http 具体实现方式仅需要在上述代码最后的循环内部加入如下一行代码： Sys.sleep(2) 结语： 爬虫其实也就这么回事儿~本文利用R语言的RCurl工具包成功抓取到数据，在此也仅仅是给对数据相关分析感兴趣的朋友提供一丝参考而已
2.2K10编辑于 2022-08-09 - 来自专栏R语言的基本操作
GEO芯片数据下载和在R语言的准备
样本里看一下数据范围是否正常ID_REF与VALUE value在0-24范围内正常（取过log）芯片数据在Series Matrix Files里面转录组和单细胞数据在Supplementary file在R语言中的操作准备工作
48912编辑于 2024-03-15 - 来自专栏生物信息云
R语言TCGA-Assembler包下载TCGA数据
将其中的Module_A.R和Module_B.R拷贝到这个文件夹TCGA_Assembler中，这个Module_A主要是用来下载数据的，而Module_B主要用来分析数据； ? （6）加载需要用的包，下面的代码最好一句一句的执行，不要全部复制到R回车，那样很容易出错，我第一次安装的时候就是这样，安装好下面几个包以后，后续载入TCGA_assemble文件夹中的两个模块(Module_A.R 更多信息参考https://wiki.nci.nih.gov/display/TCGA/RNASeq+Version+2 案例： source("Module_A.R") # 获取6例直肠腺癌(READ 案例： source("Module_A.R") # 获取6例乳腺浸润性癌(BRCA)患者样本的体细胞突变数据。 案例： source("Module_A.R") # 获取6例乳腺浸润性癌(BRCA)患者的cptac蛋白表达数据。
5.3K30发布于 2019-08-07
腾讯云开发者
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