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R语言基础| 下载、安装
编程语言R拥有丰富的统计学函数和数据可视化包，适用于高维生物学数据。基于此，本系列文章开展R语言基础教程，帮助更多学习生信的小伙伴打好编程基础。 R下载与安装 下载链接：https://mirrors.dftianyi.com/CRAN/ 根据电脑系统选择相应的R版本 mac系统的根据macOS版本号选择合适的安装包，下载并安装即可。 windows系统的按以下步骤下载并安装即可 Linux系统安装R 使用Linux安装R，建议配置好conda环境之后，用conda命令安装R，之后有需要安装的R包，conda会解决大部分的包依赖问题。 下载链接：https://posit.co/download/rstudio-desktop/ Linux安装Rstudio-sever： 安装Rstudio-sever： VlnPlot(pbmc, features = c("nFeature_RNA", "nCount_RNA", "percent.mt"), ncol = 3) 结果图： 下期内容 下一节我们将详细介绍"R语言管理数据集
93610编辑于 2025-01-22 - 来自专栏生信矿工
R语言笔记-5
拼图软件 patchwork 图片导出 经典三段函数 ggsave eoffice topptx base 作图 head(iris) plot(iris[,2],iris[,3],col = iris[,5] points() 添加点 axis() 坐标轴 title() 添加标题 text() 添加文字 ggplot2 作图 ggplot2是与base r语言不同的作图语法
1.1K00编辑于 2023-11-21 - 来自专栏单细胞生信分析
R语言的下载与安装
本文主要结构： 一、下载最新版本的R 二、最新版本R的下载与安装步骤 三、下载指定版本的R 一、通过清华镜像网址下载：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN 二、R语言下载与安装的步骤： 1.进入官方网址：https://www.r-project.org,点击download R ? 2.点击任一中国镜像网址均可 ? 5.点击Download R-4.3.1 for Windows 下载R安装文件 ? 下载完R安装文件后，运行安装文件并按照提示进行安装，安装完成后，可以点击R图标启动R软件。 安装时建议安装在有一定闲置空间的硬盘中，后续安装R包后，R的安装文件夹会占据数G硬盘空间。 安装方法： Windows系统：下载后运行下载的安装包，按照安装向导进行安装。 三、下载指定版本的R 选择旧版本的R进行下载并安装 ? 四、R下载及安装动画教程 ?
2.8K40编辑于 2023-07-27 R语言学习-5
（文中图片引用于生信技能树小洁老师PPT，仅用于自己学习，不用于商业目的，如有侵权，立即删除）Part5 文件读写1. 用project管理工作目录不然就会报错！！！！ 2.1 读取ex1.txt 发现了问题，要从帮助文档里找参数解决 03 read_edit_write.R 数据框导出4. other.R 用于读取和导出文件的R包 data.table读取 记忆卡片Part6 R语言作图 常用的可视化 R包和函数 1. plot.R 基础包，绘图函数 ggplot2与ggpubr2. ggplot2.R ggplot2.R语法ggplot2-1.入门级绘画模板ggpolr2特殊语法
20610编辑于 2024-05-13r 语言 day5
read.table 数据框读取 read.csv("doudou.txt") 意外的对x变量进行table 发现看不懂得到的东西 用gpt进行询问： 如果你只使用 table(x)，而没有指定具体的列，R语言将会默认对数据框中的每一列进行频数统计
20310编辑于 2024-02-25- 来自专栏天意生信俱乐部
R语言TCGA数据下载与整理
这篇推文将帮助你了解如何从GDC（Genomic Data Commons）下载TCGA（The Cancer Genome Atlas）数据，并在R中进行数据整理和处理。 在R中读取下载的TCGA数据 下载完成后，可以使用R加载这些数据，并进行整理。 full_expression_matrix <- do.call(cbind, expression_list) # 查看合并后的矩阵 head(full_expression_matrix) 5. TCGA数据到R的全程数据处理。 具体操作包括： 下载数据：使用gdc-client工具从GDC下载TCGA数据。 读取数据：在R中读取下载的.tsv文件。 整理表达矩阵：将数据提取并合并成一个统一的表达矩阵。
1.5K10编辑于 2025-01-22 - 来自专栏全栈程序员必看
r软件的下载与安装_R语言怎么安装
一、R软件下载 下载地址：https://cran.r-project.org/ 图 1 R软件下载页面 下载之后是.exe执行文件，不是zip压缩格式文件，可以直接点击安装。 最后一步是设置系统环境变量： 三、Rstudio下载及安装过程 下载地址：https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download 下载的文件一个exe文件，一个是zip文件。 RStudio一些其它小技巧： 切换不同R版本 R允许多个版本共存，比如我在电脑上同时安装了3个版本（如下图）。通过RStudio可以很方便在各个R版本间进行切换。 老版本的R安装包下载链接，Windows：https://cran.r-project.org/bin/windows/base/old/，Mac： https://cran.r-project.org
8.4K21编辑于 2022-08-03 - 来自专栏电脑专业软件
R语言软件下载和安装教程
R语言软件简介：R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。 QR语言软件下载：[软件全称]：R语言 3.6.2[软件大小]：82MB[软件语言]：中文[安装环境]：Win7/Win8/Win10/Win11[下载地址①]：百度网盘：https://pan.baidu.com /s/1Y85fUMxt-3_K_rDefm5T0g? pwd=mph7R语言安装教程：1.打开安装包，运行R-3.5.2安装包2.选择中文，点击确定3.点击下一步4.点击浏览，更改安装位置5.我这里选择D盘，点击下一步6.下拉箭头，根据自己的电脑选择32位或者 选择创建桌面快捷方式，点击下一步11.耐心等待安装完成12.点击结束RStudio安装1.运行RStudio.exe安装2.点击下一步3.点击浏览可更改安装位置4.我这里也选择安装在D盘下，点击下一步5.
1.7K20编辑于 2022-11-28 - 来自专栏R语言数据分析
R语言基础5（绘图基础）
常用可视化R包和函数 1，作图 base ggplot2 ggpubr 2，拼图 par里的mfrow grid.arrange cowplot patchwork 3，导出 经典三段论 ggsave #https://mp.weixin.qq.com/s/p7LLLvzR5LPgHhuRGhYQBQ 拼图 图片 图片 可以在STHA网站找到现成的代码。 2、搜索画图代码 3、仿制示例数据 4、套代码，调整细节 玩转字符串 str_length() length()#向量里面元素的个数 str_split() str_sub(x,5,9)#提取5-9的元素 file_name x = x[colnames(y),] colnames(y) = x$ID # 2.一些搞文件的函数---- dir() # 列出工作目录下的文件 dir(pattern = ".R$ ") #列出工作目录下以.R结尾的文件 file.create("douhua.txt") #用代码创建文件 file.exists("douhua.txt") #某文件在工作目录下是否存在 file.remove
98271编辑于 2023-09-23 - 来自专栏生信学习~~~
5R语言综合运用
length(x) 是 R 语言中的基本函数，用于计算一个对象（如向量、列表等）中元素的数量。 R语言中，select函数用于选择数据框中的列，可以使用列名或者向量来指定要选择的列。 " "vemurafenib" str_to_lower(g[,4])#注释1在R语言中，str_to_lower()函数是由stringr包提供的函数，而tolower()函数是R的基础函数之一。 (1000) %>% names() #注释在R语言中，head()和tail()函数用于查看数据框或向量的前几行或后几行。 "3_条件和循环.R" ## [5] "4_表达矩阵画箱线图.R" "5_隐式循环.R" ## [7] "6_两个数据框的连接.R" "7_一些顶呱呱的函数.R" ##
2.9K00编辑于 2023-05-18 - 来自专栏PPV课数据科学社区
R语言 | 2018年RStudio大会资料下载
随着R语言用户逐年增加，RStudio也开始网罗世界上各位大牛，大家聚在一起，彼此交流分享使用R语言的一些成果和心得。 本次会议举办了60多场会议，分别为R的初级用户、高级用户以及寻求R行业应用解决方案的人士而设。
1.2K50发布于 2018-04-20 - 来自专栏生信学习笔记01
R语言基础-02（数据框、下载包）
paste0("gene",1:4), change = rep(c("up","down"),each = 2), score = c(5,3 ,-2,-4))df1## gene change score## 1 gene1 up 5## 2 gene2 up 3## 3 gene3 down require(string))install.packages("stringr")包是否下载成功的唯一标准是library()没有error，当提示package not available时，原因可能为 ：1.名字写错；2.安装命令错误；3.包与R语言版本不符合（极少数）；4.包过时。 row.names = 1,sep = ",")Tips：输出文件时不要覆盖原文件需要用非proj的文件夹内的文件时，写全路径多用tabfread函数读取快且遇空行不易出错引用自生信技能树马拉松课程小洁老师R语言基础
95430编辑于 2023-03-12 - 来自专栏菜鸟学数据分析之R语言
R语言下载安装-Mac版本
应后台有人询问Mac苹果版本的安装和更新，故写写mac版本R语言的安装。因用苹果版本的R语言已经有三个月，总体感觉非常NICE，相比于Windows版本，更喜欢MAC，运行速度较快。 有苹果版本R语言安装 R语言的安装： 登陆官网https://www.r-project.org，找到右侧Download R ? 点击链接进入后，点击Download R for (Mac) OS X ? 点击“R-3.3.4.pkg“安装包，支持最新版本的MacOS（Sierra），若点击右侧“XQuartz”，一般是使用机器学习、3D制图等需要的下载安装。 下载完成后按照软件安装提示一步一步操作即可在Mac成功安装运行。 ? 安装成功后： ? R语言更新：点击Check For R Updates ?
6.6K40发布于 2020-08-06 - 来自专栏软件激活安装
R语言4.0.4 软件下载及安装教程
R语言是一种为数学研究者设计的数学程序设计语言，主要用于统计分析、绘图、数据挖掘。 如果你是一个计算机编程的初学者，渴望学习一般的计算机编程，R语言不是一个理想的选择，你可以选择Python、C或Java。R语言和C语言都是贝尔实验室的研究成果，但它们的侧重点不同。 R语言是为数学理论研究者设计的解释型语言，而C语言是为计算机软件工程师设计的。。R语言是一种解释型语言（不同于C语言的编译和操作），其执行速度比C语言慢得多，不利于优化。 下载：资源库 (imeetyou.store)安装教程：1. 选择下载的安装包，右击即可解压缩。2.打开解压后的文件夹，点击右键，以管理员身份运行安装程序。3.单击“确定”。4.单击下一步。 5.单击下一步。图片6.根据自己系统中的位数进行选择。这里我们选择64位，然后点击下一步。7.单击下一步。8.单击下一步。9.检查桌面快捷方式，然后单击“下一步”。10.软件安装中……11.单击结束。
1.6K40编辑于 2023-04-14 - 来自专栏Hank’s Blog
4-5 R语言函数 split
(5),rnorm(5,1)) > x [1] 0.61008707 0.81746169 -1.09859969 -1.78134612 -1.94262725 0.99760581 [7] mean) $`1` [1] -0.6790049 $`2` [1] 0.4547805 $`3` [1] 0.8085015 > head(airquality) Ozone Solar.R Wind Temp Month Day 1 41 190 7.4 67 5 1 2 36 118 8.0 72 5 2 3 12 149 12.6 74 5 3 4 18 313 11.5 62 5 4 5 NA NA 14.3 56 5 5 6 5 6 7 8 9 31 30 31 31 30 > lapply(s,function(x) colMeans(x[,c("Ozone","Wind","Temp")])) $`5
86340发布于 2020-09-16 - 来自专栏生信技能树学习打卡
Day4-5 R语言代码
，PS：R语言中行列名字中不能有特殊字符； 2）row.names = 1”这个参数意思时不能把第一列作为行名；PS：R语言中行名不能重复，如果将有重复的A列设为行名，需要先不将row.name参数添加进来 Normalized_RPKM_LOG2_matrix.txt.gz", check.names = F, row.names = 1) 二、零散知识 1、Rdata是R语言特有的数据储存格式 用三种方法都蒙一次，然后安装；R语言的工作路径设置在C盘也没关系，因为R包占用的空间不多。 limma") install.packages('devtools') devtools::install_github("jmzeng1314/idmap1") #括号里写作者用户名加包名 2、在R语言中 4、本地安装，将R包zip文件下载下来，然后放在工作路径中 devtools::install_local(“xxxx.zip”) 5、window电脑可能会存在的权限问题 6、R包不会用，有作者的第一手教程
68120编辑于 2024-03-10 day5记录 R语言绘图
#作图分三类 1.基础包base 略显陈旧 了解一下 plot(iris[,1],iris[,3],col = iris[,5]) text(6.5,4, labels = 'hello') dev.off data = iris) + geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length), size = 5, Petal.Length, color = Species))+ scale_color_manual(values = c("#2874C5" ,"#e6b707","#f87669")) #paletteer-集成多个配色R包，两千多种选择 if(! color = Species))+ scale_color_paletteer_d("awtools::mpalette") #用别人R包里的配色
31010编辑于 2025-02-12- 来自专栏Hank’s Blog
2-5 R语言基础 factor
#因子：分类数据 #有序和无序 #整数向量+标签label #Male/Female #常用于lm(),glm()
40610发布于 2020-09-16 - 来自专栏技术一点点成长
R语言之RCurl实现文件批量下载
使用者通过RCurl可以轻易访问网页，进行相关数据的抓取以及下载，为数据分析提供原始素材。近年RCurl在数据分析业界中使用也越来越流行。 Step1:安装RCurl install.packages('RCurl') Step2:代码实现 =========================== 1 #利用RCurl包批量下载（抓取）文件 2 3 library('RCurl') 4 5 html=getURL("http://rfunction.com/code/1202/") 6 7 #查看网页源码，之后确定抓取信息的 ，循环遍历 30 31 setwd('G:\\R_Project\\RCurl抓取的文件') #注意‘\\’转义 32 33 dir() 34 35 i=1 36 37 base="http 具体实现方式仅需要在上述代码最后的循环内部加入如下一行代码： Sys.sleep(2) 结语： 爬虫其实也就这么回事儿~本文利用R语言的RCurl工具包成功抓取到数据，在此也仅仅是给对数据相关分析感兴趣的朋友提供一丝参考而已
2.2K10编辑于 2022-08-09 - 来自专栏R语言的基本操作
GEO芯片数据下载和在R语言的准备
样本里看一下数据范围是否正常ID_REF与VALUE value在0-24范围内正常（取过log）芯片数据在Series Matrix Files里面转录组和单细胞数据在Supplementary file在R语言中的操作准备工作
48912编辑于 2024-03-15
腾讯云开发者
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