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R语言基础| 下载、安装
编程语言R拥有丰富的统计学函数和数据可视化包，适用于高维生物学数据。基于此，本系列文章开展R语言基础教程，帮助更多学习生信的小伙伴打好编程基础。 R下载与安装 下载链接：https://mirrors.dftianyi.com/CRAN/ 根据电脑系统选择相应的R版本 mac系统的根据macOS版本号选择合适的安装包，下载并安装即可。 windows系统的按以下步骤下载并安装即可 Linux系统安装R 使用Linux安装R，建议配置好conda环境之后，用conda命令安装R，之后有需要安装的R包，conda会解决大部分的包依赖问题。 wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh bash Miniconda3-latest-Linux-x86 结果图： 下期内容 下一节我们将详细介绍"R语言管理数据集"的内容
93410编辑于 2025-01-22 - 来自专栏生信矿工
R语言笔记-3
形式参数由函数作者指定，使用者输入实际参数时可省略实际参数 函数的自定义 #自定义函数 cal = function(a,b,c = 2){(a+b)*c} #c=2为函数默认值 cal(1,2) cal(1,2,3) #函数默认值可更改 输出结果： R包的安装 R包库：CRAN、Bioconductor CRAN：R包默认的安装库 Bioconductor：生信相关的R包库 #设置CRAN和Bioconductor mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") #CRAN安装R包 相当于library(BiocManager)和install() R包安装常见问题 package not available R包名输入错误 安装命令使用错误 R语言版本与R包要求不符（极少情况） R包过时，被作者删除 加载某一R包，报错提醒另一R包不存在 安装所需的依赖包 更新所有安装包 not writable / permission denied 权限问题，管理员方式打开Rstudio
65340编辑于 2023-05-20 - 来自专栏单细胞生信分析
R语言的下载与安装
本文主要结构： 一、下载最新版本的R 二、最新版本R的下载与安装步骤 三、下载指定版本的R 一、通过清华镜像网址下载：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN 二、R语言下载与安装的步骤： 1.进入官方网址：https://www.r-project.org,点击download R ? 2.点击任一中国镜像网址均可 ? 3.根据自己的电脑系统选择点击对应的链接 ? 4.点击base按钮 ? 5.点击Download R-4.3.1 for Windows 下载R安装文件 ? 下载完R安装文件后，运行安装文件并按照提示进行安装，安装完成后，可以点击R图标启动R软件。安装时建议安装在有一定闲置空间的硬盘中，后续安装R包后，R的安装文件夹会占据数G硬盘空间。 三、下载指定版本的R 选择旧版本的R进行下载并安装 ? 四、R下载及安装动画教程 ?
2.8K40编辑于 2023-07-27 - 来自专栏R语言数据分析
R语言基础3
}##a,b,m为形式参数；jimmy为函数名称；m的默认值为2;##大括号内为编写函数使用的代码；> jimmy(a = 1,b = 2)[1] 9> jimmy(1,2)[1] 9> jimmy(3,6 ,-2)[1] 0.01234568plot(iris[,1],col = iris[,5])plot(iris[,2],col = iris[,5])plot(iris[,3],col = iris[ #当一个代码需要复制粘贴三次，就应该写成函数或使用循环jimmy <- function(i){ plot(iris[,i],col=iris[,5])}jimmy(1)jimmy(2)jimmy(3) jimmy(4)安装R包多个函数打包存放包含函数，数据，帮助文档，描述文件等。 找到R包的使用规律R包的位置：CRANinstall.packages("tidyr")R包的位置：bioconducterBiocManager::install("ggplot2")R包的位置：githubdevtools
34320编辑于 2023-09-13 - 来自专栏天意生信俱乐部
R语言TCGA数据下载与整理
这篇推文将帮助你了解如何从GDC（Genomic Data Commons）下载TCGA（The Cancer Genome Atlas）数据，并在R中进行数据整理和处理。 在R中读取下载的TCGA数据 下载完成后，可以使用R加载这些数据，并进行整理。 20240915_113923.366242/7a1d80d7-d1ee-4fc0-8299-cbf119263b52.rna_seq.augmented_star_gene_counts.tsv" ... 3. TCGA数据到R的全程数据处理。 具体操作包括： 下载数据：使用gdc-client工具从GDC下载TCGA数据。 读取数据：在R中读取下载的.tsv文件。 整理表达矩阵：将数据提取并合并成一个统一的表达矩阵。
1.5K10编辑于 2025-01-22 R语言学习-3
（文中图片引用于生信技能树小洁老师PPT，仅用于自己学习，不用于商业目的，如有侵权，立即删除）Part3 数据框、矩阵和列表 vector向量 一维 matrix 新建数据框 从文件中读取3. 数据框的属性4. 数据框取子集 a. ＂$＂取列b. R包的介绍3. R包的镜像4. R包的来源和安装方式 （1）CRAN网站 （2）Bioconductor （3）github5. XX包怎么安6. 常见的疑问学R语言要高冷，能no就no，no不行再yes；学1inx要听话，让你yes你就yes记忆卡片问是否更新，“不存在”的是依赖包 R包如何使用获取帮助
31700编辑于 2024-05-13- 来自专栏生信技能树学习打卡
Day 3 R语言代码
#行名，列名，两者合一，加列/行名dim()colnames()rownames()#加列名即为对向量进行赋值；修改单个列名，取子集即可m <- matrix(1:12,nrow = 3);mcolnames (m) <- c("a","b","c","d") colnames(m)[1] <- "hello";m#融合函数merge(test1,test3,by.x = "name",by.y = "NAME gene",1:4), change = rep(c("up","down"),each = 2), score = c(5,3,
22700编辑于 2024-03-07 - 来自专栏全栈程序员必看
r软件的下载与安装_R语言怎么安装
一、R软件下载 下载地址：https://cran.r-project.org/ 图 1 R软件下载页面 下载之后是.exe执行文件，不是zip压缩格式文件，可以直接点击安装。 最后一步是设置系统环境变量： 四、R使用教程 图 2 R主界面 图 3 R中执行一个简单程序 五、RStudio使用教程 图 6 RStudio主界面 Source ：（左上角1区） Console：（左下角2区） Environment, History, Connections：（右上角3区） Files, Plots, Packages, Help RStudio一些其它小技巧： 切换不同R版本 R允许多个版本共存，比如我在电脑上同时安装了3个版本（如下图）。通过RStudio可以很方便在各个R版本间进行切换。 老版本的R安装包下载链接，Windows：https://cran.r-project.org/bin/windows/base/old/，Mac： https://cran.r-project.org
8.4K21编辑于 2022-08-03 - 来自专栏云深之无迹
R语言实战.3
由于两个原因，列表成为了R中的重要数据结构。首先，列表允许以一种简单的方式组织和重新调用不相干的信息。其次，许多R函数的运行结果都是以列表的形式返回的。需要取出其中哪些成分由分析人员决定。 R中一些头麻的地方 对象名称中的句点（.）没有特殊意义，但美元符号（$）却有着和其他语言中的句点类似的含义，即指定一个数据框或列表中的某些部分。例如，A$x是指数据框A中的变量x。 x ＜- x[1:3]会重新将其缩减回三个元素。 ❏ R中没有标量。标量以单元素向量的形式出现。 ❏ R中的下标不从0开始，而从1开始。在上述向量中，x[1]的值为8。 ❏ 变量无法被声明。 这些是面向开发者的R语言,很多反常规的设计 也许输入数据最简单的方式就是使用键盘了。有两种常见的方式：用R内置的文本编辑器和直接在代码中嵌入数据。我们首先考虑文本编辑器。 R中的函数edit()会自动调用一个允许手动输入数据的文本编辑器。
1.6K10发布于 2020-09-30 - 来自专栏电脑专业软件
R语言软件下载和安装教程
R语言软件简介：R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。 QR语言软件下载：[软件全称]：R语言 3.6.2[软件大小]：82MB[软件语言]：中文[安装环境]：Win7/Win8/Win10/Win11[下载地址①]：百度网盘：https://pan.baidu.com /s/1Y85fUMxt-3_K_rDefm5T0g? pwd=mph7R语言安装教程：1.打开安装包，运行R-3.5.2安装包2.选择中文，点击确定3.点击下一步4.点击浏览，更改安装位置5.我这里选择D盘，点击下一步6.下拉箭头，根据自己的电脑选择32位或者 7.选择后，点击下一步8.选择no，点击下一步9.点击下一步10.选择创建桌面快捷方式，点击下一步11.耐心等待安装完成12.点击结束RStudio安装1.运行RStudio.exe安装2.点击下一步3.
1.7K20编辑于 2022-11-28 - 来自专栏PPV课数据科学社区
R语言 | 2018年RStudio大会资料下载
2018年2月2-3号，为期2天的RStudio大会在美国圣地亚哥落幕。 随着R语言用户逐年增加，RStudio也开始网罗世界上各位大牛，大家聚在一起，彼此交流分享使用R语言的一些成果和心得。 本次会议举办了60多场会议，分别为R的初级用户、高级用户以及寻求R行业应用解决方案的人士而设。
1.2K50发布于 2018-04-20 - 来自专栏生信学习笔记01
R语言基础-02（数据框、下载包）
"#修改数据框就是修改向量#改行名和列名rownames(df1) <- c("r1","r2","r3","r4")#只修改某一行/列的名colnames(df1)[2] <- "CHANGE"数据框取子集取子集的本质还是按位置或者按逻辑值 Species=="c",]test[test$Species %in% c("a","c"),]矩阵不支持$删除#删除 rm(l)#删除一个rm(df1,df2)#删除多个rm(list = ls()) #清空下载包 require(string))install.packages("stringr")包是否下载成功的唯一标准是library()没有error，当提示package not available时，原因可能为 ：1.名字写错；2.安装命令错误；3.包与R语言版本不符合（极少数）；4.包过时。 row.names = 1,sep = ",")Tips：输出文件时不要覆盖原文件需要用非proj的文件夹内的文件时，写全路径多用tabfread函数读取快且遇空行不易出错引用自生信技能树马拉松课程小洁老师R语言基础
95430编辑于 2023-03-12 - 来自专栏软件激活安装
R语言4.0.4 软件下载及安装教程
R语言是一种为数学研究者设计的数学程序设计语言，主要用于统计分析、绘图、数据挖掘。 如果你是一个计算机编程的初学者，渴望学习一般的计算机编程，R语言不是一个理想的选择，你可以选择Python、C或Java。R语言和C语言都是贝尔实验室的研究成果，但它们的侧重点不同。 R语言是为数学理论研究者设计的解释型语言，而C语言是为计算机软件工程师设计的。。R语言是一种解释型语言（不同于C语言的编译和操作），其执行速度比C语言慢得多，不利于优化。 下载：资源库 (imeetyou.store)安装教程：1. 选择下载的安装包，右击即可解压缩。2.打开解压后的文件夹，点击右键，以管理员身份运行安装程序。3.单击“确定”。4.单击下一步。 18.打开左下角的系统开始菜单，R和Rtools工具显示在这里，单击R x64 4.0.4运行该软件。19.软件安装完成，操作界面如下：20.到此安装结束。
1.6K40编辑于 2023-04-14 - 来自专栏菜鸟学数据分析之R语言
R语言下载安装-Mac版本
应后台有人询问Mac苹果版本的安装和更新，故写写mac版本R语言的安装。因用苹果版本的R语言已经有三个月，总体感觉非常NICE，相比于Windows版本，更喜欢MAC，运行速度较快。 有苹果版本R语言安装 R语言的安装： 登陆官网https://www.r-project.org，找到右侧Download R ? 点击链接进入后，点击Download R for (Mac) OS X ? 点击“R-3.3.4.pkg“安装包，支持最新版本的MacOS（Sierra），若点击右侧“XQuartz”，一般是使用机器学习、3D制图等需要的下载安装。 下载完成后按照软件安装提示一步一步操作即可在Mac成功安装运行。 ? 安装成功后： ? R语言更新：点击Check For R Updates ?
6.6K40发布于 2020-08-06 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
R语言circlize包实例3
在 https://www.promptcloud.com/blog/data-visualization-text-mining-taylor-swift-song-lyrics/ 这篇文章里找到了答案
84020发布于 2020-03-03 【基础】R语言3：文件读写
读入本地文件read()getwd() # 读取文件之前可以先查看下R的工作目录[1] "C:/Users/myxc/Documents"> setwd("D:/R") # 设置R的工作目录> getwd /demo.RDS") # 保存R中的变量到R专用的数据格式中> getwd()[1] "D:/R"> input_iris <- readRDS(". 3.5 1.4 0.2 setosa2 4.9 3.0 1.4 0.2 setosa3 /RData/.RData") # 加载R文件> save(iris, iris3, file = "c:/Users/myxc/Desktop/demo.Rdata") # 保存R工程文件> save.image () # 保存当前R工程文件
59910编辑于 2024-04-07- 来自专栏从头学R语言
从头学R语言——DAY 3
学习资源来自生信星球R包R包直接在Rstudio页面下载的3大来源：官网CRAN、Biocductor、github设置镜像CRAN的镜像网站可以直接在tools-global options（或快捷键 mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) options(BioC_mirror="https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor")命令安装具体R包来自哪里 ，谷歌必应搜索即可install.packages("stringr")BiocManager::install("limma")加载R包library()或require()都可以library(limma semi_join(x = test1, y = test2, by = 'x')#反连接，返回不能与y表匹配的x表所有记录anti_join(x = test1, y = test2, by = 'x')列名下3或 4个字母的缩写，是变量的类型：int：整数型变量dbl：双精度浮点数型变量，即实数chr：字符串dttm：日期+时间型变量lgl：逻辑型变量fct：因子，R中具有固定数目的值的分类变量date：日期型变量深刻感受不同连接的区别存疑问题
68710编辑于 2024-07-25 - 来自专栏技术一点点成长
R语言之RCurl实现文件批量下载
使用者通过RCurl可以轻易访问网页，进行相关数据的抓取以及下载，为数据分析提供原始素材。近年RCurl在数据分析业界中使用也越来越流行。 2 3 library('RCurl') 4 5 html=getURL("http://rfunction.com/code/1202/") 6 7 #查看网页源码，之后确定抓取信息的 ="wb") #文件属性 46 47 writeBin(temp,note) #文件写入内容 48 49 close(note) #关闭文件 50 51 } Step3: 抓取结果 注意： 1）若出现RCurl无法正常安装，请升级R版本。 具体实现方式仅需要在上述代码最后的循环内部加入如下一行代码： Sys.sleep(2) 结语： 爬虫其实也就这么回事儿~本文利用R语言的RCurl工具包成功抓取到数据，在此也仅仅是给对数据相关分析感兴趣的朋友提供一丝参考而已
2.2K10编辑于 2022-08-09 - 来自专栏R语言的基本操作
GEO芯片数据下载和在R语言的准备
样本里看一下数据范围是否正常ID_REF与VALUE value在0-24范围内正常（取过log）芯片数据在Series Matrix Files里面转录组和单细胞数据在Supplementary file在R语言中的操作准备工作
48912编辑于 2024-03-15 - 来自专栏生物信息云
R语言TCGA-Assembler包下载TCGA数据
我们目前只关注Module_A.R和Module_B.R这2个R文件。 将其中的Module_A.R和Module_B.R拷贝到这个文件夹TCGA_Assembler中，这个Module_A主要是用来下载数据的，而Module_B主要用来分析数据； ? （3）我们还需要新建一个存放下载后数据的文件夹，一般是癌症类型的缩写，例如LUAD，也可以不建立，后面在代码中设置； 在完成上面三步后，我们看到的文件夹应该是这样的： ? 3.下载数据 3.1.下载生物样本临床数据 代码： DownloadBiospecimenClinicalData(cancerType, saveFolderName = ". 说明： 当assayPlatform为gene_Array时，下载的数据是log2无下限规格化(cy5/cy3)表达值被基因符号折叠。 第一行是样本的TCGA条形码，而其他每行对应于一个基因。
5.3K30发布于 2019-08-07
腾讯云开发者
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