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- 来自专栏叶潭生信笔记
R语言2
2.2对单个向量进行操作（1）赋值（ <- alt+—，在R里操作）赋值，=随意的写法，是OK的=可以代替赋值号 <- ，反过来不行赋值+输出一起实现图片可用名，不建议使用已经占用的格式，如c，limma duplicated（x）此为常用使用形式table（X）#重复值统计，看重复几次，没有重复，返回为1，可以统计出现的次数sort（x）排序，默认从小到大，sort（x，decreasing=T)，排序则可改成从大到小R语言的默认思想英文 +函数名帮助文档paste0(rep("student",times=length(a)),seq(2,15,by=2))R语言函数思想：能用函数代替，就不要手动去数，除非代码只用一次2.3对两个向量的操作 [4]--11,x的第四个元素x[2:4]，x[c（1,5）]x[-4]去掉第四个x[-(2:4)]去掉2-4位，反选，是x的下标叹号是给逻辑值用的，-是给向量用的x[1,5]---代码错误，因为不能单独运行 g[seq(2,100,2)]，按位置，取出下标为偶数的基因# 6.向量g中有多少个元素在向量s中存在(要求用函数计算出具体个数)？
1.6K60编辑于 2023-02-01 - 来自专栏天意生信俱乐部
R语言基础| 下载、安装
编程语言R拥有丰富的统计学函数和数据可视化包，适用于高维生物学数据。基于此，本系列文章开展R语言基础教程，帮助更多学习生信的小伙伴打好编程基础。 R下载与安装 下载链接：https://mirrors.dftianyi.com/CRAN/ 根据电脑系统选择相应的R版本 mac系统的根据macOS版本号选择合适的安装包，下载并安装即可。 windows系统的按以下步骤下载并安装即可 Linux系统安装R 使用Linux安装R，建议配置好conda环境之后，用conda命令安装R，之后有需要安装的R包，conda会解决大部分的包依赖问题。 #安装编译器： sudo apt-get install gdebi-core # 如果没有管理员权限无法操作 # 下载安装包： wget https://download2.rstudio.org VlnPlot(pbmc, features = c("nFeature_RNA", "nCount_RNA", "percent.mt"), ncol = 3) 结果图： 下期内容 下一节我们将详细介绍"R语言管理数据集
93410编辑于 2025-01-22 - 来自专栏R语言数据分析
R语言基础2
（3）读取表格文件 （4）R语言内置数据> class(iris)[1] "data.frame"> class(volcano)[1] "matrix" "array"2.新建和读取数据框df1 < - c(0.01,0.02,0.07,0.05) df1#改行名和列名rownames(df1) <- c("r1","r2","r3","r4")#只修改某一行/列的名colnames(df1)[2] 矩阵m <- matrix(1:9, nrow = 3)colnames(m) <- c("a","b","c") #加列名mm[2,]m[,1]m[2,3]m[2:3,1:2]mt(m)###矩阵转置 = matrix(2:9, nrow = 2))x> x$m1 [,1] [,2] [,3][1,] 1 4 7[2,] 2 5 8[3,] 3 6 9$m2 [,1] [,2] [,3] [,4][1,] 2 4 6 8[2,] 3 5 7 9###取子集方法x[[1]]x$m1补充
49250编辑于 2023-09-11 - 来自专栏生物信息云
R语言基础教程——第2章：R下载安装和环境搭建
R语言安装包下载 官网下载R安装包 下载地址为：https://cran.r-project.org 进入链接，如下图所示，在页面顶部提供了三个下载链接，分别对应三种操作系统：Windows、Mac 2 安装R 下载完R安装包（我下的按转包名称为：“R-3.6-win.exe”），之后双击开始安装，跟一般的软件安装一样，根据需要进行相关安装设置并不断点击下一步即可。 Rstudio安装 R语言是用于统计分析，图形表示和报告的编程语言和软件环境；Rstudio是编辑、运行R语言的最为理想的工具之一。 选择自己对应的系统下载 ? 下载后安装和安装其他软件一样，这里就不多说了。如果在安装Rstudio之前已经安装R，那么Rstudio会自动配置好R环境。 R包及其使用 R包介绍 R语言的使用，很大程度上是借助各种各样的R包的辅助，从某种程度上讲，R包就是针对于R的插件，不同的插件满足不同的需求，截至2013年3月6日，CRAN已经收录了各类包4338个
6.3K50发布于 2019-08-07 - 来自专栏生信矿工
R语言笔记-2
#按坐标范围取多格，返回一个数据框 输出结果： 图片 图片 图片 #数据框的修改 df$score = c(2,3,4,5,3,2) #创建新的列即，给不存在的列赋值 df df[3,3] = 8 ,"3"),each = 3)) df2 = data.frame(GENES = paste0("gene",1:3),count = c(2,3,2)) df df1 df2 #数据框的连接 merge = matrix(1:8,ncol = 3) m1 m2 #矩阵不足行数或列数会自动补齐 colnames(m1) <- c("a","b","c") #添加列名 m1[2,] #矩阵取一行 m1[,1 ] #矩阵取一列 m1[2,3] #矩阵取一格 m1[2:3,1:2] #矩阵取多格 t(m1) as.data.frame(m1) #矩阵转为数据框 输出结果： 图片 列表 #列表的构建 l = list (v = c(1,2,3),df = data.frame(num = c(1,2,3),score = c(2,4,6)),m = matrix(1:9,ncol = 3)) l #列表取子集 l[[
78800编辑于 2023-05-20 - 来自专栏单细胞生信分析
R语言的下载与安装
本文主要结构： 一、下载最新版本的R 二、最新版本R的下载与安装步骤 三、下载指定版本的R 一、通过清华镜像网址下载：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN 二、R语言下载与安装的步骤： 1.进入官方网址：https://www.r-project.org,点击download R ? 2.点击任一中国镜像网址均可 ? 5.点击Download R-4.3.1 for Windows 下载R安装文件 ? 下载完R安装文件后，运行安装文件并按照提示进行安装，安装完成后，可以点击R图标启动R软件。 安装时建议安装在有一定闲置空间的硬盘中，后续安装R包后，R的安装文件夹会占据数G硬盘空间。 安装方法： Windows系统：下载后运行下载的安装包，按照安装向导进行安装。 三、下载指定版本的R 选择旧版本的R进行下载并安装 ? 四、R下载及安装动画教程 ?
2.8K40编辑于 2023-07-27 - 来自专栏云深之无迹
R语言实战.2
浏览器很卡顿，把我卡出去了，我没有拿到数据集 在R中，对象（object）是指可以赋值给变量的任何事物，包括常量、数据结构、函数，甚至图形。 它们在R中被特殊地存储和处理。 其他多数术语你应该比较熟悉了，它们基本都遵循统计和计算中术语的定义。 这些具体的举例可以看我上篇文章R语言实战.1最后的部分。 糖尿病类型Diabetes（Type1、Type2）是名义型变量的一例。即使在数据中Type1编码为1而Type2编码为2，这也并不意味着二者是有序的。有序型变量表示一种顺序关系，而非数量关系。 类别（名义型）变量和有序类别（有序型）变量在R中称为因子（factor）。因子在R中非常重要，因为它决定了数据的分析方式以及如何进行视觉呈现。 ? ? ? $是用来选取一个变量时用的符号 ? 语句diabetes ＜- factor(diabetes)将此向量存储为(1, 2, 1, 1)，并在内部将其关联为1=Type1和2=Type2（具体赋值根据字母顺序而定）。
2.2K30发布于 2020-09-30 - 来自专栏生信技能树学习打卡
Day 2 R语言代码
duplicated(x)paste(x,y)paste(x,y,sep = "")paste0(x,y)#向量的长度不一样时，发生循环补齐c <- c(1,2,3,45,43)d <- c(1,32) c==d#循环补齐可以简化代码paste0(rep("x",times=5),seq(from=2,to=32,by=3))paste0("x",seq(2,32,3))#交集、并集intersect( ###向量筛选等#取子集中的反选“-”x <- 1:21x[c(-4:-20)]#修改向量x[4] <- 333x#省略参数的前提——写的参数中间没有未写出来的参数#比如下面忽略了each参数，就把“2” 给了未写出来的length out参数了rep(c("x","y"),times=4,each=2)rep(c("x","y"),4,2)小洁老师
34010编辑于 2024-03-06 - 来自专栏天意生信俱乐部
R语言TCGA数据下载与整理
这篇推文将帮助你了解如何从GDC（Genomic Data Commons）下载TCGA（The Cancer Genome Atlas）数据，并在R中进行数据整理和处理。 / 2. 在R中读取下载的TCGA数据 下载完成后，可以使用R加载这些数据，并进行整理。 TCGA数据到R的全程数据处理。 具体操作包括： 下载数据：使用gdc-client工具从GDC下载TCGA数据。 读取数据：在R中读取下载的.tsv文件。 整理表达矩阵：将数据提取并合并成一个统一的表达矩阵。
1.5K10编辑于 2025-01-22 - 来自专栏全栈程序员必看
r软件的下载与安装_R语言怎么安装
一、R软件下载 下载地址：https://cran.r-project.org/ 图 1 R软件下载页面 下载之后是.exe执行文件，不是zip压缩格式文件，可以直接点击安装。 最后一步是设置系统环境变量： 四、R使用教程 图 2 R主界面 图 3 R中执行一个简单程序 五、RStudio使用教程 图 6 RStudio主界面 Source ：（左上角1区） Console：（左下角2区） Environment, History, Connections：（右上角3区） Files, Plots, Packages, Help 老版本的R安装包下载链接，Windows：https://cran.r-project.org/bin/windows/base/old/，Mac： https://cran.r-project.org 2. 包安装镜像切换 由于网速慢的原因，有时安装包会安装失败。
8.4K21编辑于 2022-08-03 - 来自专栏Hank’s Blog
2-2 R语言基础 向量
#Vector 向量的三种创建方法，两个参数：类型，长度 > x <- vector("character",length=10) > x1 <- 1:4 > x2 <- c(1,2,3,4) > x3 <- c(TRUE,10,"a") #如果给向量赋值时元素类型不一致，R就会强制转换，将他们变为同一类型 > x4 <- c("a","b","c","d") > #强制转换的函数如下： > as.numeric
73310发布于 2020-09-16 - 来自专栏电脑专业软件
R语言软件下载和安装教程
R语言软件简介：R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。 QR语言软件下载：[软件全称]：R语言 3.6.2[软件大小]：82MB[软件语言]：中文[安装环境]：Win7/Win8/Win10/Win11[下载地址①]：百度网盘：https://pan.baidu.com pwd=mph7R语言安装教程：1.打开安装包，运行R-3.5.2安装包2.选择中文，点击确定3.点击下一步4.点击浏览，更改安装位置5.我这里选择D盘，点击下一步6.下拉箭头，根据自己的电脑选择32位或者 64位7.选择后，点击下一步8.选择no，点击下一步9.点击下一步10.选择创建桌面快捷方式，点击下一步11.耐心等待安装完成12.点击结束RStudio安装1.运行RStudio.exe安装2.点击下一步
1.7K20编辑于 2022-11-28 - 来自专栏PPV课数据科学社区
R语言 | 2018年RStudio大会资料下载
2018年2月2-3号，为期2天的RStudio大会在美国圣地亚哥落幕。 随着R语言用户逐年增加，RStudio也开始网罗世界上各位大牛，大家聚在一起，彼此交流分享使用R语言的一些成果和心得。 本次会议举办了60多场会议，分别为R的初级用户、高级用户以及寻求R行业应用解决方案的人士而设。
1.2K50发布于 2018-04-20 - 来自专栏生信学习笔记01
R语言基础-02（数据框、下载包）
# [1] "gene" "change" "score"#修改数据框就是修改向量#改行名和列名rownames(df1) <- c("r1","r2","r3","r4")#只修改某一行/列的名colnames #删除多个rm(list = ls()) #清空下载包options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))#设置镜像#1 require(string))install.packages("stringr")包是否下载成功的唯一标准是library()没有error，当提示package not available时，原因可能为 ：1.名字写错；2.安装命令错误；3.包与R语言版本不符合（极少数）；4.包过时。 row.names = 1,sep = ",")Tips：输出文件时不要覆盖原文件需要用非proj的文件夹内的文件时，写全路径多用tabfread函数读取快且遇空行不易出错引用自生信技能树马拉松课程小洁老师R语言基础
95430编辑于 2023-03-12 - 来自专栏软件激活安装
R语言4.0.4 软件下载及安装教程
R语言是一种为数学研究者设计的数学程序设计语言，主要用于统计分析、绘图、数据挖掘。 如果你是一个计算机编程的初学者，渴望学习一般的计算机编程，R语言不是一个理想的选择，你可以选择Python、C或Java。R语言和C语言都是贝尔实验室的研究成果，但它们的侧重点不同。 R语言是为数学理论研究者设计的解释型语言，而C语言是为计算机软件工程师设计的。。R语言是一种解释型语言（不同于C语言的编译和操作），其执行速度比C语言慢得多，不利于优化。 下载：资源库 (imeetyou.store)安装教程：1. 选择下载的安装包，右击即可解压缩。2.打开解压后的文件夹，点击右键，以管理员身份运行安装程序。3.单击“确定”。4.单击下一步。 18.打开左下角的系统开始菜单，R和Rtools工具显示在这里，单击R x64 4.0.4运行该软件。19.软件安装完成，操作界面如下：20.到此安装结束。
1.6K40编辑于 2023-04-14 - 来自专栏菜鸟学数据分析之R语言
R语言下载安装-Mac版本
应后台有人询问Mac苹果版本的安装和更新，故写写mac版本R语言的安装。因用苹果版本的R语言已经有三个月，总体感觉非常NICE，相比于Windows版本，更喜欢MAC，运行速度较快。 有苹果版本R语言安装 R语言的安装： 登陆官网https://www.r-project.org，找到右侧Download R ? 点击链接进入后，点击Download R for (Mac) OS X ? 点击“R-3.3.4.pkg“安装包，支持最新版本的MacOS（Sierra），若点击右侧“XQuartz”，一般是使用机器学习、3D制图等需要的下载安装。 下载完成后按照软件安装提示一步一步操作即可在Mac成功安装运行。 ? 安装成功后： ? R语言更新：点击Check For R Updates ?
6.6K40发布于 2020-08-06 - 来自专栏R语言 / Linux
R语言的综合应用-2
R语言的综合应用-2 题外话：长脚本管理方式 1.分成多个脚本，每个脚本最后保存Rdata，下一个脚本开头清空再加载 #第一个脚本 ... save(pd,exp,gpl,file)="ssss.Rdata " #第二个脚本 rm(list=ls()) load(file="ssss.Rdata") ... 2.用if语句：if(F){...} 其中X是数据框或者矩阵名； MARGIN为1表示行，为2表示列 FUN是函数 （对X的每一行/列进行FUN这个函数） apply(test, 2, mean) apply(test, 1, sum) （二）列表的隐式循环——lapply sapply 列表没有行，列的概念 六、两个数据框的连接 inner_join(test1,test2,by="name") right_join(test1,test2 ,by="name") full_join(test1,test2,by="name") semi_join(test1,test2,by="name") anti_join(test1,test2,by
42500编辑于 2023-03-15 - 来自专栏从头学R语言
从头学R语言——DAY 2
#1 2 3 …… 10x<- seq(1,10,by = 0.5) #数列，1 1.5 2 2.5 …… 9.5 10x<- rep(1:3,times=2) #重复 ，1 2 3 1 2 32、向量元素提取根据位置提取x[2] #提取第2个元素 x[-4] #排除法x[2:4] #提取第2到 4个元素x[-(2:4)] #除了第2-4个元素x[c(1,5)] #提取第1个和第5个元素根据元素值提取x[x==10] #提取等于10的元素; 2、查看行名列名、行数列数rownames(a) #行名，row；默认值的行名就是行号，1 2 3 4...colnames(a) #列名，columndim(a 变量的保存格式是RData；脚本的保存格式是R。
26720编辑于 2024-07-20 - 来自专栏生信迟
Day 2 R语言与Rstudio
一.认识R和Rstudioplot() 函数 它主要用于绘制散点图和折线图 runif( ) 从连续的均匀分布中抽取样本，产生均匀的连续分布.图片二.设置字体大小三.R语言基本操作用Rproject管理工作目录显示文件列表加减乘除赋值 x<- 1+2 意思是把1+2的运算结果赋值给x图片图片
27940编辑于 2023-09-05 - 来自专栏数据小魔方
R语言学习笔记——R语言面向对象编程系列2
最近在看任坤大神的新作——《R语言编程指南》，其中对于编程语言中非常流行的面向对象编程范式（OOP）在R语言中的实现进行了非常详尽的讲解，强烈推荐各位有志于进阶R语言编程的小伙伴儿进行阅读。 R语言内目前可以实现OOP范式的一共有四套标准：S3、S4、RC、R6，其中关于S3、S4两种范式在早期的各种扩展包中使用比较多，是基于泛型函数而实现的，之前在学习Python的面向对象编程系列时曾经做过粗浅的练习 ： 左手用R右手Python系列——面向对象编程基础 S3与S4之间的差异： 1.在定义S3类的时候，没有显式的定义过程，而定义S4类的时候需要调用函数setClass； 2.在初始化S3对象的时候，只是建立了一个 ，在封装上非常不方便，而RC以及在RC基础上进一步发展的R6标准已经逐步开始接近主流编程语言中面向对象的实现模式。 Gecko) Chrome/61.0.3163.79 Safari/537.36" ) ) 调用类中的方法执行爬虫程序： mydatainfo2
2.1K120发布于 2018-04-12
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