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Day6-R包
今天的内容在我刚看到的时候，觉得很难，看不懂每一步代码的意思，不知道是如何得到花花老师的结果的，但是在自己一步一步按照教程来进行操作，仔细比对前后的变化的时候，我对dplry包的使用有了更清晰的认识，这一部分内容需要自己多多练习 B","C","D"))test1test2 <- data.frame(x=c('a','b','c','d','e','f'), y=c(1,2,3,4,5,6) test1, y = test2, by = 'x')# 5.anti_join反连接：返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_join(x = test2, y = test1, by = 'x')# 6. 函数则需要两个数据框有相同的行数test1 <- data.frame(x = c(1,2,3,4), y = c(10,20,30,40))test1test2 <- data.frame(x = c(5,6)
41510编辑于 2024-03-10- 来自专栏漫漫生信路
Day6——R包
思维导图安装和加载R包以dplyr函数为例options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) options( ("Petal.Length", "Petal.Width")select(test, one_of(vars))#选择字符向量中的列，select中不能直接使用字符向量筛选，需要使用one_of函数R语言中使用 vars参数指定数据框中需要分析的字段索引范围在R语言中，我们经常需要对数据框进行分析和处理。 vars参数是dply包中select函数的一个参数，它允许我们通过指定字段的索引范围来选择需要的字段。索引范围可以是一个连续的整数向量，也可以是一个布尔向量。 Species),mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))#计算每组Sepal.Length的平均值和标准差dplyr两个实用技能管道操作 %>%加载任意一个tidyverse包即可用管道符号
79210编辑于 2023-12-03 - 来自专栏生信迟
Day 6 学习R包
安装和加载R包1.镜像设置2.安装R包安装命令是install.packages(“包”)或者BiocManager::install(“包”)3.加载library和require，两个函数均可。 使用一个包，是需要先安装再加载，才能使用包里的函数。 arrange(),按某1列或某几列对整个表格进行排序5.summarise()：汇总dplyr两个实用技能1：管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M)（加载任意一个tidyverse包即可用管道符号 inner_join,取交集2.左连left_join3.全连full_join4.半连接：返回能够与y表匹配的x表所有记录semi_join5.反连接：返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_join6.
29330编辑于 2023-09-08 Day6-学习R包
安装和加载R包1.镜像设置 options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) options(BioC_mirror ="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") 2.安装和加载以dplyr包为例 install.packages("dplyr")library(dplyr)dplyr五个基础函数
32910编辑于 2024-04-19Day-6：学习R包
安装和加载R包1.设置镜像2.安装R包：install.packages("包")（R包来自CRAN网站）BiocManager::install(“包”)（R包来自Bioconductor）3.加载R 包：library(包)或require(包)dplyr基础函数以内置数据集iris为例test <- iris[c(1:2,51:52,101:102),]1.新增列：mutate()如mutate( 3.3 6.0 2.5 virginica5 6.4 3.2 4.5 1.5 versicolor6 Sepal.Length), sd(Sepal.Length)) 先按照Species分组，计算每组Sepal.Length的平均值和标准差> group_by(test, Species)# A tibble: 6 2.5 virginica 6 5.8 2.7 5.1 1.9 virginica > summarise(group_by(test
29400编辑于 2024-03-27- 来自专栏literary
Day6-学习R包
什么是R包？ R包是多个函数的集合，编码和样本数据的集合，或者通俗讲，R包相当于R的插件（有可能不准确）存放位置：名为”library“的目录下必要性：丰富的图表和Biocductor上面的各种生信分析需要R包以dplyr 为例安装和加载R包镜像设置，（直接高级设置安排）图片引用自生信星球安装options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN
37730编辑于 2023-10-26 - 来自专栏金金生信幼儿园
Day6-学习R包
Day6-学习R包参考文献：生信星球今天第六天，我爱学习，坚持学习感觉真好（暗示)1.新的知识/概念：R包（R package）R包是什么？R程序包是多个函数的集合，具有详细的说明和例子。 包含R函数，数据，帮助文档，描述文件等。按照一定的规则，存放到网站。为什么要安装R包？特定的分析功能，需要用相应的程序包实现。 例如：作图包ggplot2使用到哪个包就去安装和加载，知道要用的函数以及简单使用规律，查看帮助文档入门，统计学学到一定的程度，不要默认值，去指定值，这个过程可以调试。 目的不是学会某个具体的R包，而是找所有R包使用的规律。 R包都在哪里通常来源三个网站来源：知乎 ahsu安装加载三部曲options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")
40730编辑于 2023-11-18 - 来自专栏生信学习小组2023
Day6-Bran R包
安装和加载R包镜像设置options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #对应清华源options(BioC_mirror ,'x'), z = c("A","B","C",'D'))test2 <- data.frame(x = c('a','b','c','d','e','f'), y = c(1,2,3,4,5,6)
33110编辑于 2023-12-02 - 来自专栏许糊糊讨厌衰包包
DAY6-学习R包
安装和加载R包镜像设置使用R配置文件使用file.edit()编辑文件——输入file.edit('~/.Rprofile') options("repos" =c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") #对应中科大源 保存文件，重启运行options()$repos和options()$BioC_mirror 即配置好安装R包安装命令是 install.packages(“包”)或BiocManager::install(“包”)install.packages("dplyr") 加载 library和require 使用一个R包需先安装再加载
1.2K30编辑于 2023-10-25 Day6-学习R包
ambiguous.i Use `all_of(vars)` instead of `vars` to silence this message.i See <https://tidyselect.r-lib.org f C4 x D> test2 <- data.frame(x = c('a','b','c','d','e','f'), + y = c(1,2,3,4,5,6) , test2, by = "x")#內连inner_join,取交集 x z y1 b A 22 e B 53 f C 6> left_join(test1, test2, by = 'x')#左连 D NA> left_join(test2, test1, by = 'x') x y z1 a 1 <NA>2 b 2 A3 c 3 <NA>4 d 4 <NA>5 e 5 B6 f 6 C> full_join( test1, test2, by = 'x')#全连full_join x z y1 b A 22 e B 53 f C 64
26910编辑于 2024-03-28DAY6-学习R包
安装和加载R包1.镜像设置options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #对应清华源options(BioC_mirror ="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") # 对应中科大源2.安装install.packages("包") 或 BiocManager::install（“包”）3. B","C",'D'))test2 <- data.frame(x = c('a','b','c','d','e','f'), y = c(1,2,3,4,5,6) test1, y = test2, by = 'x')5.反连接：返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_joinanti_join(x = test2, y = test1, by = 'x')6. (x = c(1,2,3,4), y = c(10,20,30,40))test2 <- data.frame(x = c(5,6), y = c(50,60))test3 <- data.frame(
33300编辑于 2024-03-27- 来自专栏Dr. Marcus-生信星球学习小组
Day6：学习R包
R语言学习内容安装和加载R包1. 安装install.packages(“包”)BiocManager::install(“包”)3. 加载 library (包) / require (包)options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) 反连接anti_joinanti_join(x = test2, y = test1, by = 'x')6. 简单合并test1 <- data.frame(x = c(1,2,3,4), y = c(10,20,30,40))test1test2 <- data.frame(x = c(5,6), y = c
45310编辑于 2023-12-03 - 来自专栏sxxq
DAY6-学习R包
安装和加载R包 1、镜像设置 options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) options(BioC_mirror ="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") 2、安装命令 install.packages(“ ”) # 为CRAN网站下载；双引号内为包名字 BiocManager: :install(“ ”) #为Biocductor上下载 3、加载 library() #括号内为包名字 require() 利用dplyr包----学习五个基本函数 首先把前面所需代码写完 > options 5.05 0.235 2 versicolor 5.75 0.212 利用dplyr包- 4 x D NA > right_join(test1, test2, by = 'x') x z y 1 b A 2 2 e B 5 3 f C 6 4 a <NA> 1
50030编辑于 2023-07-20 - 来自专栏学习小组啊
Day6-学习R包
R包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例。基本步骤如下：1.安装和加载R包2.安装3.几个基本函数认识Dplyr是一个强大的R数据处理基础软件包,用于处理,清理和汇总非结构化数据。 Dplyr函数处理速度比基本R函数快。 这是因为Dplyr函数是以计算有效的方式编写的。 dplyr包的五个基本函数 select() , filter() , arrange() , mutate() , summarize()
23220编辑于 2023-11-04 - 来自专栏我的生物信息菜鸟学习笔记
day6-学习R包
0、写在最前面R包：多个函数的集合，具有详细的说明和实例。R语言可以提供丰富的图表和Biocductor各种分析R包，主要用于下游分析。 1、安装和加载R包1、镜像设置镜像网站＝主网站的副本options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))options R包安装成功的唯一标准是library这个包时不报错（只有error才是报错，warning不是报错）来自生信星球2、安装加载三部曲options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn (z = c(100,200,300,400))test3bind_rows(test1, test2)bind_cols(test1, test3)5、函数和R包该怎么学习1、快速查看函数帮助文档很多参数可以通过帮助文档现查现用 sd2、找R包介绍页面（搜索）3、Vignettes（作者写的网页版教程）不是每个R包都有的，可以运行代码试试看，没有就是没有了。browseVignettes("limma")
47310编辑于 2024-10-27 R语言安装R包DAY6-Gaozsi
安装和加载R包1.镜像设置options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #对应清华源options(BioC_mirror )函数则需要两个数据框有相同的行数test1 <- data.frame(x = c(1,2,3,4), y = c(10,20,30,40))test2 <- data.frame(x = c(5,6)
50110编辑于 2024-02-25- 来自专栏一周生信入门
Day 6_学习R包- CG
R包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例，help(R包) 1. R包安装和加载 1.1 镜像设置 运行代码: options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #对应清华源 options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") #对应中科大源 1.2 R包安装命令 安装的包安装在CRAN:使用代码install.packages ("包") 安装的包在bioconductor：使用代码BiocManager::install("包") 1.3 dplyr包安装和加载 install.packages("dplyr")#镜像设置后使用代码 搞清base包的cbind()、rbind()和bind_rows()、bind_cols()的区别。
51810编辑于 2024-03-29 DAY6- R包的使用
R包的加载镜像设置后下载options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #对应清华源options(BioC_mirror ="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") #对应中科大源install.packages(“包”)或者BiocManager::install(“包”)。 #取决于你要安装的包存在于CRAN网站还是Biocductor，可以在歌搜到install.packages("dplyr")library(dplyr) #在使用前需要调取‘dplyr’包dplyr 包的使用> test <- iris[c(1:2,51:52,101:102),]> mutate(test,new= Sepal.Length * Sepal.Width) #新增加列 Sepal.Length 2.5 virginica 6 5.8 2.7 5.1 1.9 virginica > summarise(group_by(test
39710编辑于 2024-03-28day6-乙醇-学习R包
学生信为啥要学R语言：R语言拥有丰富的图表和Biocductor上面的各种生信分析R包。 如何安装和加载R包 1. 配置镜像：我猜这样下载R包会更快 options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) # CRAN的清华镜像源 安装R包 R包安装命令是install.packages(“R包名”) 或BiocManager::install(“R包名”) 取决于要安装的包存在于CRAN网站还是Biocductor 加载R包 用 library(“R包名”)加载R包，记得先有安装了，才可以加载使用。 dplyr包的学习 五个基本函数 首先构建一个储存数据的变量 test 图片 mutate() 用于新增一列数据 select(),按列筛选 按列号筛选 按列名筛选 图片 filter()筛选行 图片
41500编辑于 2024-01-20- 来自专栏R学习之路
Day6——R包的学习
R包：R包R包，R语言函数打的包图片* *************镜像设置不优解：菜单栏-Tools-Packages-Primary CRAN repository-选择国内镜像PLUS：options 对应中科大源缺陷：每次都需要重新设置最优解：file.edit('~/.Rprofile')图片然后，保存该文件并重启完成后检查一下options()$reposoptions()$BioC_mirror安装R包根据包的来源选择 ：install.packages(“包”)BiocManager::install(“包”)加载R包library()和require()# 加不加引号无所谓综合步骤options("repos" = 表匹配的x表的所记录anti_joinanti_join(x = test2, y = test1, by = 'x')## x y## 1 a 1## 2 c 3## 3 d 4简单合并相当于base包里的 6 60bind_cols(test1, test3)## x y z## 1 1 10 100## 2 2 20 200## 3 3 30 300## 4 4 40 400
38400编辑于 2023-10-25
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