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Day4-R包学习
R包是多个函数的集合 安装和加载R包 镜像设置 将 CRAN 镜像地址设置为了清华大学的镜像站点。 这样，在使用 R 语言安装或更新包时，系统会优先从清华大学的镜像站点下载，从而加快下载速度 options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn /CRAN/")) options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/") 安装 R包安装命令是install.packages 使用一个包，是需要先安装再加载，才能使用包里的函数 dplyr包中函数使用 mutate() mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width) select( "B","C",'D')) test2 <- data.frame(x = c('a','b','c','d','e','f'), y = c(1,2,3,4,5,6
44310编辑于 2024-05-10 - 来自专栏学习小组（7.17）
Day4—小L R包
一、R包安装加载镜像设置→安装→加载options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) options(BioC_mirror
29050编辑于 2023-07-21 - 来自专栏数据驱动实践
R语言 交互式绘图echarts4r包初探
“ echarts4r 包是R 语言访问/调用百度ECharts的接口，语法结构简单，可读性强，是很好的交互式绘图包。” 01 — 打样 ? 上图1 # install.packages("echarts4r")library(echarts4r) df <- data.frame( x = seq(50), y = rnorm(50, 14.681910 8.655808 8.986928# 2 2 8.738652 10.663773 13.174984# 3 3 6.350329 12.576939 8.227128# 4 4 10.699079 10.900659 10.503904# 5 5 12.909827 10.253127 12.261691# 6 6 7.376608 15.973790 8.305172 maps overlap ) 参考：echarts4r说明书 https://echarts4r.john-coene.com/articles/chart_types.html
1.2K30发布于 2020-07-10 - 来自专栏生信入门
生信星球Day4 学习R包
今日学习内容：如何安装R包？ 认识dplyr，函数、功能等---安装和加载R包镜像设置方法一：手动设置，Tools→Packages→Primary CRAN repository方法二：自动运行教程来自：https://www.jianshu.com 查看使用bioconductor的默认镜像R最重要的两个配置文件: 一是.Renviron，能够设置R的环境变量； 二是.Rprofile，如果启动时找到这个文件，那么就替我们先运行一遍（这个过程就是在启动 iris[c(1:2,51:52,101:102),]t1 <- mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)t2 <- select(test,c(2,4) )t3 <- filter(test, Species == "setosa"&Sepal.Length > 5 )t4 <- arrange(test, desc(Sepal.Length))t5 <
63440编辑于 2023-07-21 - 来自专栏R语言的基本操作
R语言day4：再也不用担心R包的安装
title: "day4note" output: html_document date: "2024-03-09" 1.R包安装 R包理解为多个函数打包存放，包含函数、数据、帮助文件、描述文件 找所有 R包使用的规律 生物信息学R包的三个来源 install.packages("tidyr") #CRAN网站 install.packages('BiocManager') #Bioconductor 64/Resources/library" 找到与包同名的文件夹，编译好的R包，打包zip 发给自己 3.搬到自己电脑上 .libPaths() ## [1] "/Library/Frameworks/ (volcano)#已经安装的包，可以用::快速调用里面的函数 #当一个代码要复制三次，写成循环 4.安装包时存在提示信息 R语言版本只追求第二位最新 4.1问是否更新的、“不存在”的是依赖包 使用包里的函数 sd#1.快速查看函数帮助文档 #2.找R包介绍页面（直接搜） library(limma) browseVignettes("limma") #3.browseVignettes("") #不是每个包都有的
66511编辑于 2024-03-11 - 来自专栏生信学习笔记
R学习 R包
R包 多个函数的打包存放 相应的R包可实现特定的分析功能 R包包含函数、数据、帮助文件、描述文件 安装 R包来源有CRAN、Bioconductor、GitHub install.packages(tidyr jmzeng1314/idmap1") library("tidyr")#加载 devtools::install_local(“xxxx.zip”)#本地安装 安装后每次使用都要先加载，也可用来检验是否成功安装 载入包时回答提示信息尽量 no* 已经安装的包，可直接调用其中的函数 pheatmap::pheatmap(volcano)#包名::函数名 library(pheatmap) pheatmap(volcano) 学习R包的使用 browseVignettes("limma") #作者一手教程，不是每个包都有 ls("package:limma")#列出包中的函数等 引用自生信技能树 小洁老师
47110编辑于 2024-03-10 - 来自专栏Chris生命科学小站五年归档
R高级|cowplot包拼图（4）：ggdraw和draw_*
请先阅读前3期 R高级|利用cowplot包拼接图片（1）基本操作 R高级|利用cowplot包拼接图片（2）巧用NULL调节距离、排版 R高级|cowplot包拼图（3）：overlap 0、创建图片 图片仍然使用第3期《R高级|cowplot包拼图（3）：overlap》中的图A和图B。 draw_plot_label(label = c('A','B'), x=c(0.01,0.75), y=c(1,0.95)) 4、 draw_image(logo, scale = 0.2, x=0.38, y=0.38) 还也可以先使用magick包中的 read_image读取图片，然后使用ggplotify包中as.ggplot命令将图片转成ggplot2图片，最后连续使用draw_plot画出 #读取本地图片 library(magick) logo
2.2K20编辑于 2023-02-28 - 来自专栏企鹅号快讯
R包系列——stringr包
stringr包是Hadley Wickham大神贡献的R包之一，主要用于字符串的处理。对于经常需要对数据进行预处理的分析人员来说，简直是一把“利器”，可谓是上能屠龙，下能剔牙。 其用法相比于R自带的函数，更加简单明了。stringr包在我工作中，是属于频繁使用的R包之一。简单的用法也是深入我心，强烈推荐使用该包进行字符串的预处理。 #提取filepath 字母大小写转换 场景：在Excel中，查找匹配不区分大小写，但是在R中区分大小写，常出现在Excel中能查到到但是R中匹配不到的情况，故先预处理统一大小写再做匹配。 #大小写转换r.letter 检测 场景：常跟ifelse函数配合使用，对某一列字符串进行判断是否匹配。 多用于新建列 #检测df df$b df a b1 1 数字2 2 数字3 3 数字4 a 非数字5 b 非数字6 c 非数字 以上是本人较常用的stringr包函数，可以发现该包的语法简洁
2.8K60发布于 2018-02-11 - 来自专栏小汪Waud
R||R语言基础（三）_R包
今天继续学习R语言基础的R包使用，以R包：dplyr为例 数据准备 01 R包的安装 install.packages(“dplyr”) 或BiocManager::install(“dplyr”) #务必要打引号 02 R包的调用/加载 library(dplyr) 或require(dplyr) #这里不用引号 部分人可能会因为镜像的问题失败，解决方法https://mp.weixin.qq.com /s/XvKb5FjAGM6gYsxTw3tcWw 03 R包及数据准备 install.packages("dplyr") library(dplyr) test <- iris[c(1:2,51:52,101 经过这几期的R语言基础，你应该能够入门R了，渐渐的也要自己去学会看帮助文档，去搜报错，还记得怎么搜命令和R包的帮助文档吗？ ? +命令 #搜命令帮助文档 help(package='R包') #搜R包帮助文档 如果你能独立处理这些问题，那么恭喜你，你的R应该没问题啦！ 应该没问题了！！！！吧？
4.4K50编辑于 2023-02-16 - 来自专栏学习记录
学习R包
R包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例。 本次以dplyr为例安装和加载R包镜像设置运行这两行代码options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))options (BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")安装R包安装命令：install.packages()或者BiocManager ，而bind_cols()函数则需要两个数据框有相同的行数函数和R包的学习方式快速查看函数帮助文档? dplylr可以用问号连接任何想知道使用方式的函数名称找R包介绍页面（善用搜索引擎，或者找帮助）##Vignettes这个单词硬翻译会翻译成“小插图”，其实就是作者写的网页版教程，不是每个R包都有的，可以运行代码试试看
98310编辑于 2024-06-12 - 来自专栏优雅R
「R」Biostrings 包
在这篇文章中，我们将学习如何操控R中的字符串，主要用的是Biostrings包。 Getting started 如果你是第一次使用，请先用以下命令安装Biostrings包： source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite 我们将通过实际操作一些Biostrings包提供的函数去熟悉它做的是什么，又是如何实现的。 Generating DNA alphabets R 提供了函数生成大写和小写的字母表。 4 10 7 ## [5] 5 10 6 ## [6] 6 10 5 我们现在来创建一个函数，用基本的R绘制函数画一下IRanges对象。 如果你还没有下载好bioconductor包，可以使用下面的命令： source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
2.6K20发布于 2020-07-03 - 来自专栏深度学习之tensorflow实战篇
R包—iGraph
这几天收到师兄的任务，熟悉iGRaph包的使用，通过查资料，外加自己的实践，在此做个简单的学习笔记。 以下例子均是在R 3.0.1版本下测试的。 1.用igraph创建图表 g<- graph(c(1,2, 1,3, 1,4, 2,4, 3,4), directed=T) > g IGRAPH D--- 4 5 -- > plot(g , layout=layout.fruchterman.reingold) 2.创建多种图形的图表 > g1 <- graph.full(4) > g1 IGRAPH U--- 4 6 -- Full U--- 3 3 -- Ring graph + attr: name (g/c), mutual (g/x), circular (g/x) > g3 = graph.lattice(c(3,4,2 = graph.tree(50, children=2)#create a tree > g4 IGRAPH D--- 50 49 -- Tree + attr: name (g/c), children
1.7K50发布于 2018-03-16 - 来自专栏我的作业
学习R包
安装加载R包R包安装命令是install.packages(“包”)或者BiocManager::install(“包”)。取决于你要安装的包存在于CRAN网站还是Biocductor。 使用一个包，是需要先安装再加载options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) options(BioC_mirror # 3 virginica 6.05 0.354管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M)（加载任意一个tidyverse包即可用管道符号 y项中除非交集外的其他部分anti_join(x = test2, y = test1, by = 'x')## x y## 1 a 1## 2 c 3## 3 d 46.简单合并在相当于base包里的 , test3)## x y z## 1 1 10 100## 2 2 20 200## 3 3 30 300## 4 4 40 400
51610编辑于 2023-11-29 - 来自专栏小汪Waud
R包来源及安装指定版本R包方法
说实话，自从之前好好学习了一下入门的R以后，一直没有用过R，很多东西都忘了，还是需要靠做笔记方便日后查阅。 本期讲一下R包的几种来源以及安装指定版本R包的几种方法。 R包来源及安装方法 1. CRAN网站 可以理解为R包的官网，凡是需要通过CRAN下载的R包，都可以通过install.packages("pkg_name")来安装。 2. Bioconductor 里面多是跟生信相关的R包，通过BiocManager::install("pkg_name")来安装。 3. 安装指定版本R包 复现文章或R包的更新与当前的R版本或R代码不兼容时，就需要考虑安装某个特定版本的R包了，这里列一些常见的安装指定版本R包的方法供大家参考。 源码安装 在这里也许能找到你需要的R包历史版本。
15.6K50编辑于 2023-02-03 - 来自专栏优雅R
「R」安装和使用 R 包
问题 你想安装和使用一个 R 包。 这里主要介绍如何用命令行来安装 R 包，如下所示： install.packages("reshape2") # reshap2为包名 在一个新 R 线程中使用该包之前，你必须先导入它。 R包 remove.packages 移除一系列已安装的R包 installed.packages 将已经安装的R包更新到最新版本 setRepositories 设定当前的R包的资源库列表 通过命令行安装 R 包 R CMD INSTALL aplpack_1.1.1.tgz # 安装aplpack包 从其他资源库安装 R 包 devtools 包提供了从其他流行的 Git 资源库或其他 URL 上安装 R 包的工具。
2.4K30发布于 2020-07-03 - 来自专栏生信技能树-R
Learn R 函数和R包
0.01234568 图片 复习：绘图函数plot() par(mfrow = c(2,2)) #把画板分成四块，两行两列 x = c(2,5,6,2,9);plot(x) x = seq(2,80,4) - function(i){ + plot(iris[,i],col=iris[,5]) + } > jimmy(1) > jimmy(2) > jimmy(3) > jimmy(4) 练习4-1 # 写一个函数，参数是一个数值型向量，输出结果是该向量的平均值加2倍的标准差，并写出用户使用该函数的代码 。 > m2d=function(x){+mean(x)+2*sd(x)} #sd()是标准差 不会是一个值 > m2d(rnorm(10)) [1] 1.738949 R包 介绍 R包都在哪里 #### R语言读取 #表格文件读到R语言中，就得到了一个数据框，对数据框进行的修改不会同步到表格文件，需重新导出 分隔符 常见的分隔符：逗号、空格、制表符（\t) 将表格文件读取到R语言中 read.table
2.1K00编辑于 2023-03-28 - 来自专栏R语言
生信入门马拉松之R语言基础-函数和R包(day 4)
生信技能树函数和R包R包介绍（R packages）R包是什么？是多个函数打包存放，包含函数、数据、帮助文档、描述文件等。为什么装R包？相应包可以实现特定分析功能！学一个R包要多久？ 伪命题【小洁老师语录】目的不是学会某个具体的R包，而是找所有R包使用的规律R包在哪里？ 试安装命令搜索引擎查R包关键词查找存放位置，然后用特定命令安装。加载R包-library("R包")命令没有报错代表安装成功library()和require()命令都可以加载R包。 使用国内镜像-推荐清华或中科大镜像-设置镜像即可-网址在day4的R脚本tools - global option -packages -primary CRAN repository中设置镜像，选择中科大或清华代码设置 -day4的R脚本中清华镜像CRAN清华镜像bioconductor清华镜像中科大镜像CRAN中科大镜像bioconductor中科大镜像R包安装和使用逻辑安装-加载-使用包里的函数已经安装的包可以用:
61610编辑于 2024-04-14 R包：ggalign调整和组合多个图形的R包
介绍这个包扩展了ggplot2，提供了用于对齐和组织多个图的高级工具，特别是那些自动重新排序观察结果的工具，比如树形图。 create complex, publication-quality visualizations while still using the familiar grammar of ggplot2.案例安装R包 install.packages("ggalign")install.packages("ggalign", repos = c("https://yunuuuu.r-universe.dev" , "https://cloud.r-project.org"))# install.packages("remotes")remotes::install_github("Yunuuuu/ggalign active context of the heatmap to the top # and set the size of the top stack anno_top(size = unit(4,
1.3K10编辑于 2025-02-25- 来自专栏Linux基础入门
R语言 | R包安装及向量
PART1 开篇前言 本期R语言教程，暂定分为两大部分：第一部分为“R语言快速入门和数据处理”，第二部分为“R语言可视化及绘图”。 关于R和RStudio安装在这里就不再介绍了，网上有很多相关内容，如果安装过程有困难可以后台私信我。 PS.本次内容为R包安装及初识向量。 ? PART2 R包安装 问：什么是R包？ 答：包是R函数、数据、预编译代码以一种定义完善的格式组成的集合。它们提供了种类繁多的默认函数和数据集。 （对于刚接触R的同学来说可能看起来比较抽象，但是没关系，我们会在后续的学习中慢慢了解R包的概念） 1.R包安装：第一次安装一个包，使用命令install.packages()即可。 中 2.R包载入：安装完成后，想要调用这个包中的命令、数据等信息，就需要先载入这个包，需要用到的命令为library()。
1.5K30发布于 2021-07-14 - 来自专栏PPV课数据科学社区
R包之tm：文本挖掘包
vignettes/tm.pdf tm手册 : http://mirror.bjtu.edu.cn/cran/web/packages/tm/tm.pdf 简介 tm 即text mining，是用来做文本挖掘的一个R包 ，是一个进行自然语言处理的基础包。 安装 该包的安装方法是install.packages("tm") 数据输入—文集(corpus) 文集代表一个文档集，通常一个文件就是一个文档。多个文档构成一个文集。 0 0 0 0#> 248 0 1 0 0 文档-单词矩阵的操作 有了矩阵以后，可以有很多R函数可以作用于它 1 2 11 2#> 489 5 4 2 4 1 2 8 0#> 502 6 5 2 4 1 2 13
2.4K80发布于 2018-04-24
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