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- 来自专栏优雅R
「R」使用reshape2包
很多R用户都搞不太清楚用于修整数据的内置函数（比如stack、unstack与reshape），庆幸的是我们还有其他选择，Hadley Wickham（ggplot2的作者）开发了一个reshape2库 注：现在大部分时间我们都在使用 tidyr 提供的长宽格式转换工具，比 reshape2 包提供的操作更容易理解。 熔解与铸造 reshape库用一个直观的模型来描述如何操作数据表。 使用例子 我们用一个例子来看一下熔解与铸造究竟是怎么回事，以体会reshape2包的有用之处。 # 导入包 library(reshape2) md <- melt(airquality, id=c("Month", "Day")) head(md, 20) ## Month Day variable 1 ## 1 NA NA NA 23 45 115 37 190 ## Solar.R_2 Solar.R
81920发布于 2020-07-03 - 来自专栏YoungGy
R语言包_dplyr_2
3, dep_delay) %>% arrange(desc(dep_delay)) # unique rows can be identified using unique() from base R It returns a local data frame (a tbl_df). # data_frame() example x = data_frame(a = 1:6, b = a*2, c = columns and fewer rows options(dplyr.width = Inf, dplyr.print_min = 6) # reset options (or just close R)
93040发布于 2019-05-26 - 来自专栏YoungGy
R语言包_reshape2
reshape2，主要用于宽数据和长数据之间的转换。 主要就是melt和*cast函数的应用。 具体可参考如下图片 ? 参考的r代码如下 names(airquality) = tolower(names(airquality)) head(airquality) # melt md = melt(airquality (climate_variable == "solar.r"))
94020发布于 2019-05-26 - 来自专栏生信菜鸟团
R包：gtable包用于处理ggplot2图像
很多工具包都可以进行拼图或嵌图， 比如cowplot、patchwork、ggpubr、gridExtra等等，但是gtable是相对底层的进行操纵ggplot2对象的包。 r=2) fig_embed <- gtable_add_grob(fig_embed, g2_new, t=1,l=2) # 将合并好的fig_embed = g1_panel_layout$r) plot(fig_embed) ? r=2) fig_embed <- gtable_add_grob(fig_embed, g2_scale, t=1,l=2) # 将合并好的 = g1_panel_layout$r) plot(fig_embed) ?
2.9K30发布于 2020-10-12 - 来自专栏Chris生命科学小站五年归档
R基础|do包（2）：替换replace
基于此，我重新封装了gsub命令，写了Replace和Replace0两个命令，来更加灵活地替换，并将这两个命令放入do包（data operator）。 该命令有2大优势： 优势1：适用于多种数据类型，包括：数字、字符串、向量、数据框、矩阵，不适合于列表和数组。 优势2：3种替换模式。 模式1、多个替换为1个，比如讲a、b、c都替换为d 模式2、单个替换为单个，比如同时实现a替换b，c替换为d，3替换为4 模式3、以上2种模式同时使用：注意，优先处理模式1，然后再处理模式2. 首先安装do包： install.packages("do") 调用do包 library(do) 1、数字替换 ①多个替换为1个：如将3个数字145,124,154种的1替换都为6 Replace ③两种模式同时：优先处理模式1，后处理模式2.
1.7K20编辑于 2023-02-28 - 来自专栏优雅R
「R」ggplot2在R包开发中的使用
在撰写本文时，ggplot2涉及在CRAN上的超过2,000个包和其他地方的更多包！在包中使用ggplot2编程增加了几个约束，特别是如果你想将包提交给CRAN。 尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。 同样地，导入ggplot2全部450个导出对象到你的命名空间会让分离你的包和ggplot2包的责任变得困难，特别是读者会搞不清这些函数到底来自哪里。 我个人碰到过很多这种情况。 有时候在开发R包时为了保证正常运行，不得不将依赖包列入Depdens。 [2]rlang: https://rlang.r-lib.org/ [3]ggdendro: https://cran.r-project.org/package=ggdendro [4]ggthemes
11.4K30编辑于 2022-03-30 - 来自专栏生信学习笔记
R学习 R包
R包 多个函数的打包存放 相应的R包可实现特定的分析功能 R包包含函数、数据、帮助文件、描述文件 安装 R包来源有CRAN、Bioconductor、GitHub install.packages(tidyr jmzeng1314/idmap1") library("tidyr")#加载 devtools::install_local(“xxxx.zip”)#本地安装 安装后每次使用都要先加载，也可用来检验是否成功安装 载入包时回答提示信息尽量 no* 已经安装的包，可直接调用其中的函数 pheatmap::pheatmap(volcano)#包名::函数名 library(pheatmap) pheatmap(volcano) 学习R包的使用 browseVignettes("limma") #作者一手教程，不是每个包都有 ls("package:limma")#列出包中的函数等 引用自生信技能树 小洁老师
47110编辑于 2024-03-10 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
R语言ggplot2作图配色相关R包备选
R语言ggplot2作图的时候配色如果不知道如何选择，可以参考如下链接https://r-charts.com/color-palettes/ image.png image.png image.png 这里提到的R包有 help(package="ggthemes") help(package="grDevices") help(package="viridis") help(package="colorBlindness colorBlindness，提供了一些色盲患者也能够分辨的安全配色 通过函数help(package="colorBlindness")查看帮助文档，发现还有好多提供色盲患者也能识别的配色的R包 image.png 推文开头提到的链接中的颜色如果在ggplot2作图的时候想要使用的话需要安装R包paletteer，需要用到的函数是scale_color_paletteer_d()或者scale_fill_paletteer_c () 以下用一个热图做示例 参考链接 https://www.r-graph-gallery.com/79-levelplot-with-ggplot2.html library(ggplot2)
1.3K10编辑于 2022-04-08 - 来自专栏企鹅号快讯
R包系列——stringr包
stringr包是Hadley Wickham大神贡献的R包之一，主要用于字符串的处理。对于经常需要对数据进行预处理的分析人员来说，简直是一把“利器”，可谓是上能屠龙，下能剔牙。 其用法相比于R自带的函数，更加简单明了。stringr包在我工作中，是属于频繁使用的R包之一。简单的用法也是深入我心，强烈推荐使用该包进行字符串的预处理。 当输入为单一向量时，使用collapse这个参数a.unite a.unite[1] "a_b_c_d" 替换 场景：批量导入csv文件时，由于部分文件是以逗号作为小数点的，虽然可以使用read.csv2函数正确读入 #提取filepath 字母大小写转换 场景：在Excel中，查找匹配不区分大小写，但是在R中区分大小写，常出现在Excel中能查到到但是R中匹配不到的情况，故先预处理统一大小写再做匹配。 多用于新建列 #检测df df$b df a b1 1 数字2 2 数字3 3 数字4 a 非数字5 b 非数字6 c 非数字 以上是本人较常用的stringr包函数，可以发现该包的语法简洁
2.8K60发布于 2018-02-11 - 来自专栏小汪Waud
R||R语言基础（三）_R包
今天继续学习R语言基础的R包使用，以R包：dplyr为例 数据准备 01 R包的安装 install.packages(“dplyr”) 或BiocManager::install(“dplyr”) #务必要打引号 02 R包的调用/加载 library(dplyr) 或require(dplyr) #这里不用引号 部分人可能会因为镜像的问题失败，解决方法https://mp.weixin.qq.com /s/XvKb5FjAGM6gYsxTw3tcWw 03 R包及数据准备 install.packages("dplyr") library(dplyr) test <- iris[c(1:2,51:52,101 经过这几期的R语言基础，你应该能够入门R了，渐渐的也要自己去学会看帮助文档，去搜报错，还记得怎么搜命令和R包的帮助文档吗？ ? +命令 #搜命令帮助文档 help(package='R包') #搜R包帮助文档 如果你能独立处理这些问题，那么恭喜你，你的R应该没问题啦！ 应该没问题了！！！！吧？
4.4K50编辑于 2023-02-16 - 来自专栏学习记录
学习R包
R包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例。 本次以dplyr为例安装和加载R包镜像设置运行这两行代码options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))options ，test <- irisc(1:2,51:52,101:102),dplyr包不仅可以对单个表格进行操作，也可以对双表格进行操作。 ，而bind_cols()函数则需要两个数据框有相同的行数函数和R包的学习方式快速查看函数帮助文档? dplylr可以用问号连接任何想知道使用方式的函数名称找R包介绍页面（善用搜索引擎，或者找帮助）##Vignettes这个单词硬翻译会翻译成“小插图”，其实就是作者写的网页版教程，不是每个R包都有的，可以运行代码试试看
98810编辑于 2024-06-12 - 来自专栏优雅R
「R」Biostrings 包
在这篇文章中，我们将学习如何操控R中的字符串，主要用的是Biostrings包。 Getting started 如果你是第一次使用，请先用以下命令安装Biostrings包： source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite 我们将通过实际操作一些Biostrings包提供的函数去熟悉它做的是什么，又是如何实现的。 Generating DNA alphabets R 提供了函数生成大写和小写的字母表。 5 我们现在来创建一个函数，用基本的R绘制函数画一下IRanges对象。 如果你还没有下载好bioconductor包，可以使用下面的命令： source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
2.6K20发布于 2020-07-03 - 来自专栏祥子的故事
TCGA数据下载：R包TCGA2STAT介绍
上期介绍了若干种获取TCGA数据的方法，今天这期会落点于TCGA2STAT这个R包的介绍上，一步步的来说明下载方法，哪些数据是可以下载到的。 R包的下载 install.packages("TCGA2STAT") 选择如何的镜像，咱们在中国，就选择china，这样的话下载速度会很快，也容易安装R包成功。 2、RNASeq2，是指来自the second pipeline的RNASeq基因数据。 谷歌查到说需要安装Cygwin软件，然后通过R语言命令来加载，而且每次使用都必须做加载，命令如下： Sys.setenv(TAR="D:/cygwin64/bin/tar",R_GZIPCMD="D:/ cygwin64/bin/gzip") 个人见解 TCGA2STAT这个包下载数据效果太差，不稳定，时常没法下载完就中断了，及其不稳定。
1.2K20发布于 2019-02-18 - 来自专栏素质云笔记
R语言︱文本挖掘——词云wordcloud2包
已经安装过wordcloud2包的童鞋，因为已经更新了，所以需要重新安装。 ("examples/batman.png",package = "wordcloud2") ###读取形状图片，注意图片默认放在wordclou2的sample包中，浩彬老撕的路径如下："d:/Program Files/R/R-3.3.0/library/wordcloud2/examples/batman.png" wordcloud2(demoFreq, figPath = batman, size 包中，可以直接调用。 ，本来是从来没有遇到过报错问题，但是公司电脑里面是低版本的R（3.1），随后就出现了这样的报错， 是格式问题，需要把中文格式转化为UTF8才能塞入wordcloud2当中。
2.9K21发布于 2019-05-28 - 来自专栏深度学习之tensorflow实战篇
R包—iGraph
这几天收到师兄的任务，熟悉iGRaph包的使用，通过查资料，外加自己的实践，在此做个简单的学习笔记。 以下例子均是在R 3.0.1版本下测试的。 1.用igraph创建图表 g<- graph(c(1,2, 1,3, 1,4, 2,4, 3,4), directed=T) > g IGRAPH D--- 4 5 -- > plot(g , layout=layout.fruchterman.reingold) 2.创建多种图形的图表 > g1 <- graph.full(4) > g1 IGRAPH U--- 4 6 -- Full graph + attr: name (g/c), loops (g/x) > g2 <- graph.ring(3) > g2 IGRAPH U--- 3 3 -- Ring graph + attr : name (g/c), mutual (g/x), circular (g/x) > g3 = graph.lattice(c(3,4,2))#create a lattice > g3 IGRAPH
1.7K50发布于 2018-03-16 - 来自专栏我的作业
学习R包
安装加载R包R包安装命令是install.packages(“包”)或者BiocManager::install(“包”)。取决于你要安装的包存在于CRAN网站还是Biocductor。 使用一个包，是需要先安装再加载options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) options(BioC_mirror # 3 virginica 6.05 0.354管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M)（加载任意一个tidyverse包即可用管道符号 # Species n## ## 1 setosa 2## 2 versicolor 2## 3 virginica 2将2个表进行连接test1 y项中除非交集外的其他部分anti_join(x = test2, y = test1, by = 'x')## x y## 1 a 1## 2 c 3## 3 d 46.简单合并在相当于base包里的
51610编辑于 2023-11-29 - 来自专栏全栈程序员必看
R语言绘图之ggplot2包「建议收藏」
6月份一直在忙期末考试，今天来迅速的学习下ggplot2包的简单绘图。 R的基础包里面也有很多画图函数，例如plot();barplot();qqplot(); 但是还有大名鼎鼎的ggplot2包，用这个包的函数画出的图比较漂亮，而且使用灵活。 以下用的数据是一份毕业生数据，来自王斌会主编的《数据分析与R语言建模》的练习数据，一共48个样本点，9个属性 一、数据 在ggplot2中，接受的数据集必须是以data.frame格式的。 library("ggplot2")#调用包 UG=read.table("clipboard",header=T); head(UG) p=ggplot(UG,aes(score,income),color p2=ggplot(UG,aes(score,income)) p2+geom_point(color="blue")#设定散点的颜色为蓝色 p2+geom_point(aes(color="blue"
2.9K20编辑于 2022-07-23 - 来自专栏生物信息与临床医学专栏
网状Meta分析之R语言‘gemtc’包实战（2）
昨天和大家分享了使用‘gemtc’这个R包去读取和汇总网状meta分析数据的方法。 今天主要想和大家介绍一下如何在这个包里使用固定效应模型（fixed effect model, FEM）去计算网状meta分析的结果。在这之前，我们需要简单认识并区分固定效应模型和随机效应模型。 第一步，利用昨天生成的mtc.network结果并建立mtc.model，昨天的内容参见网状Meta分析之R语言‘gemtc’包实战（1） model_b_bin_fe <- mtc.model(network_b_bin
3.7K31发布于 2020-08-06 - 来自专栏生信补给站
绘图系列|R-wordcloud2包绘制词云
词云首先需要将下载好的“流浪地球”的文本文件读入R，然后使用jieba包对文本进行分词，然后绘制词云。 一 数据准备 载入所需的R包，准备好流浪地球的txt格式的文本文件。 library(jiebaRD) library(jiebaR) library(wordcloud2) 二 分词，统计词频 使用jieba包对文本进行分词。 5.2 汉字图形展示 letterCloud(data.freq[,2:3],word="地球",size = 2) ? 5.3 指定图形 指定的背景图需要在R包的example文件夹中，本例为微信的开机图，然而不像，，，鬼知道咋回事啊。 world = system.file("examples/download1.jpg",package = "wordcloud2") wordcloud2(data.freq[,2:3], figPath
81920发布于 2020-08-06 - 来自专栏生物信息学、python、R、linux
在python中使用R—rpy2包学习
有时候在python的代码中插入R的code会更快捷的实现我们想要的功能，rpy2这个包则可以让我们实现这一功能。 1.安装 pip install rpy2 如果安装不上的话，可以试试conda： conda install -c r rpy2 2.使用 比如如下使用iris数据集，求第一列Sepal.Length 的均值： import rpy2.robjects as robjects rscript = ''' data(iris) print(mean(iris$Sepal.Length)) ''' robjects.r 3.在notebook中直接使用 加载rpy2.ipython： %load_ext rpy2.ipython 在cell中调用R： ? 调用ggplot2画图： %%R -w 500 -h 300 library(ggplot2) # data(iris) p = ggplot(data,aes(x = Sepal.Length, y
4K10发布于 2020-04-01
腾讯云开发者
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