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arXiv｜LM-PROTAC：语言模型驱动的PROTAC生成流程
LM-PROTAC能够为Fast Follow的商业模式提供片段发现，分子生成和属性预测等多个服务，从而为药物研发提供了全新研发范式。以下从技术流程以及主要的三个模块对LM-PROTAC做介绍。 在解决不可成药性方面，PROTAC技术能在片段接触的情况下，实现对目标蛋白的降解，通过FOTF-CPI筛选出的关键的片段，不仅提升了分子与靶点结合的可能性，同时片段作为后续PROTAC生成分子的重要构成部分 LM-PROTAC中PROTAC分子设计与验证的时间线和工作流程 第0-2天：数据预处理与片段化处理，生成S-mol和S-pro片段，为后续分子与蛋白片段发现与设计提供基础数据。 LM-PROTAC时间轴展示从片段到分子时间划分与重要节点，为药物研发提供了标准化范式。 LM-PROTAC是为肿瘤肝脏靶点Wnt3a降解剂提供了有效解决方案，还有其他难以成药的靶点等待技术开发与方案定制。
38510编辑于 2024-12-24 - 来自专栏生命科学
PROTAC 技术靶向降解 BTK | MedChemExpress
PROTAC（Proteolysis-targeting chimera）是新兴的利用化合物降解靶向蛋白的方法 [2]。 PROTAC 技术利用细胞内天然存在的蛋白降解途径-泛素化蛋白酶体途径（Ubiquitin proteasome pathway）来清除需要被降解的特异蛋白。 一个 PROTAC 分子包括两个关键的结构域：与需要降解的靶蛋白特异结合的结构域、与 E3 泛素化连接酶结合的结构域，二者通过特定的连接子相连（如图1）。 PROTAC 分子通过上述两个关键结构域将需要降解的蛋白与 E3 泛素化连接酶连接起来，从而实现靶蛋白的多泛素化和蛋白酶体降解。 他们设计的靶向降解 BTK 的 PROTAC 分子结构如图 2 所示，该 PROTAC 由结合 BTK 的配体、连接子（linker）和结合 CRBN（cereblon，E3 连接酶的重要组分，介导 E3
41920编辑于 2023-02-10 - 来自专栏生命科学
靶向 EGFR 的 PROTAC 盘点 - MedChemExperss
PROTAC EGFR degrader 5PROTAC EGFR degrader 5 是一种 PROTAC EGFR 降解剂，可有效降解 HCC827 细胞中的 EGFRDel19，DC50 为 34.8 PROTAC EGFR degrader 6PROTAC EGFR degrader 6 是一种 PROTAC EGFR 降解剂。 PROTAC EGFR degrader 4PROTAC EGFR degrader 4 是一种有效的 PROTAC 靶向突变 EGFR。 PROTAC EGFR degrader 3PROTAC EGFR degrader 3 是一种有效的 PROTAC EGFR 降解剂。 PROTAC EGFR degrader 7PROTAC EGFR degrader 7 是一种有效的、选择性 CRBN 招募的 PROTAC EGFRL858R/T790M 降解剂，其 DC50 为
61820编辑于 2023-01-03 - 来自专栏生命科学
PROTAC——小分子化合物 | MedChemExpress
PROTAC 连在抗体上的 PAC 药物等，也为 PROTAC 技术的发展提供了新的开发方向。 MCE 可以为科学家提供 PROTAC 相关模块化产品，目前我们已有 3200+ PROTAC 相关产品在线，并且在持续增加中。 同时，MCE 不断突破创新，还可以提供 PROTAC 相关产品定制化服务，可以根据客户要求合成不同类型的 PROTAC 产品 (可从客户需要的靶蛋白进行从初期配体筛选直到最终 PROTAC 分子设计合成 PROTAC dBET6 不可逆的选择性 BTK 抑制剂，用于合成一系列 PROTAC 分子，如 P13I。 PROTAC-linker Conjugate for PAC PROTAC BRD4 Degrader-5-CO-PEG3-N3 是一种用于 PAC 的 PROTAC-linker 偶联物，包含 BRD4
75130编辑于 2023-03-03 - 来自专栏生命科学
PROTAC——靶点选择与设计 | MedChemExpress
前文我们已经介绍过，PROTAC 分子由靶蛋白配体、E3 连接酶配体和两者中间的连接段组成，设计 PROTAC 之初，三者应该分别考量。■ 靶蛋白配体在实际设计工作中，往往先会选择好目标蛋白。 靶蛋白的挑选可以从以下几点考虑：1、该蛋白是否具有特异性, 非特异性蛋白会造成脱靶毒性；2、该蛋白是否属于 PROTAC 分子常规的降解蛋白 (PROTACable 靶点增加 PROTAC 设计的有效性 当然，在实际设计中，往往还会遇到靶蛋白本身的内源性配体：多肽、DNA、糖链等，基于此也有相关的 p-PROTAC 被开发 (多肽-PROTAC)，笔者认为基于肽段的 PROTAC 可能是该项技术发展的一个方向 PROTAC 降解机制。■ Linker 分子最后让我们看看看似简单的 Linker 分子。初步的 PROTAC 设计常常会选择 PEG 链作为连接分子。 PROTAC K-Ras Degrader-1是一种基于 PROTAC 技术的有效的 K-Ras 降解剂，在 SW1573 中对 K-Ras 降解率 ≥ 70%。
78130编辑于 2023-02-06 - 来自专栏生命科学
PROTAC与抗体偶联药物的结合 | MedChemExpress
但最终 PROTAC 选择性问题的解决还是需要从根本上去改造它的结构。 万丈高楼平地起，构建 PROTAC 分子，合适的模块是必需的。 MCE 是全球前沿的科研化学品和生物活性化合物供应商，可以为科学家提供 PROTAC 相关模块化产品，目前我们已有 PROTAC、SNIPER、PROTAC-Linker Conjugate for PAC PROTAC 分子设计要素: PROTAC dBET6 是一种高效的，选择性的，细胞透过的基于 PROTAC 技术的 BET 降解剂，IC50 值为 14 nM，具有抗肿瘤活性。 PROTAC K-Ras Degrader-1 是一种基于 PROTAC 技术的有效的 K-Ras 降解剂，在 SW1573 中对 K-Ras 降解率 ≥ 70%。 Protac-linker conjugate for PAC PROTAC BRD4 Degrader-5-CO-PEG3-N3 是一种用于 PAC 的 PROTAC-linker 偶联物，包含 BRD4
58320编辑于 2023-02-28 - 来自专栏DrugOne
JCIM | 使用片段链接预测网络设计PROTAC药物
Fragment Linker Prediction Using Deep Encoder-Decoder Network for PROTAC Drug Design.
50310编辑于 2023-09-19 - 来自专栏生命科学
PROTAC 降解剂化合物库 | MedChemExpress
A1874 A1874 是一种以 nutlin 为基础的、BRD4-降解的 PROTAC，DC50 值为 32 nM (诱导细胞内的 BRD4 降解)。有效抑制多种癌细胞增殖。 John Hines 等[1]人的一项研究发现并鉴定了一种新的基于 nultin 的降解 BRD4 的PROTAC, A1874。 该化合物是最开始具有抑制癌细胞增殖活性的 BRD4 靶向 MDM2 的PROTAC。 在体外，A1874 在诱导细胞内 BRD4 降解时的 DC50 值为 32 nM。 利用 PROTAC 技术靶向降解 BET 蛋白可导致细胞死亡并导致肿瘤生长抑制。BET 靶向 PROTCs 具有明显而持久的抗增殖作用。 PROTAC 通过 E3 连接酶的招募作用于不需要的蛋白质，并导致蛋白酶体降解蛋白质过程。
33740编辑于 2023-02-27 - 来自专栏生命科学
药物筛选在PROTAC中的应用_MedChemExpress(MCE 中国)
借势咱们就来聊聊计算机辅助药物设计 (CADD)，当计算机遇到 PROTAC……是否能在一定程度上缩短 PROTAC 药物开发的周期，提高成功率呢？ ，用 PEG Linker 替换吗啉环，进行后续 PROTAC 设计，并获得两种有效的EZH2 PROTAC 分子，YM281 和 YM181。 PROTAC 结合活性分析Gilberto P. 通过 MD 模拟，可以精确分析 PROTAC 分子在细胞渗透方面的潜力，从而在 PROTAC 分子的初步设计阶段就赋予其显著的优势。 目前研究人员已经开发了几种 MD 方法来模拟三元结构，深入理解 PROTAC 的机制，从而促进新型 PROTAC 的合理设计。
45110编辑于 2025-06-06 - 来自专栏生命科学
PROTAC—小分子化合物蛋白降解技术 | MedChemExpress
PROTAC 本质 PROTAC PROTAC 相关产品 ARV-771是一种通过 PROTAC 技术形成的有效 BET 降解剂。 (PEG)-based PROTAC linker. Alkyl/ether 类 PROTAC Linker 2 is a Alkyl/ether based PROTAC linker. PROTAC 技术可能令现在还无法成药的 80% 蛋白组被小分子药物调控。PROTAC 小分子研究进展目前主要集中在可靶向的靶点上。
94430编辑于 2023-03-01 AbMole详解：PROTAC跨越不可成药，精准靶向蛋白降解
图1 PROTAC技术的基本原理：基于泛素化的蛋白降解途径二.PROTAC技术的发展历程PROTAC技术的概念最早可以追溯到2001年，由Sakamoto等人首次报道了首个全合成的PROTAC分子Protac 自那时起，PROTAC技术经历了从肽类PROTAC到全合成小分子PROTAC的演变，连接子长度的优化、配体亲和力的提升以及E3泛素连接酶种类的拓展，共同推动了PROTAC技术的快速发展。 近年来，随着多个PROTAC分子进入临床试验，并显示出良好的安全性和有效性，PROTAC技术的潜力得到了广泛认可。 图3 靶向不可成药的蛋白质的PROTAC2.提高药物选择性PROTAC分子通过同时结合目标蛋白和E3泛素连接酶，实现了对目标蛋白的高效、特异性降解。 四.PROTAC技术面临的挑战尽管PROTAC技术展现出广阔的应用前景，但其发展仍面临诸多挑战：1.药物设计复杂性PROTAC分子的设计需要同时考虑目标蛋白配体和E3泛素连接酶配体的选择、连接子的长度和柔韧性等因素
23010编辑于 2025-12-23- 来自专栏DrugOne
Nucleic Acids Research | PROTAC-DB：PROTACs在线数据库
其中，PROTAC-DB详细提供了弹头和E3配体的生物活性以及PROTAC的降解能力、结合亲和力和细胞活性。 研究表明Linker与PROTAC的熵、选择性、活性、水溶性、渗透性等有关。为合理设计PROTAC，有必要收集和注释PROTAC的实验数据和结构信息。 此外，PROTAC的三个区域：弹头、E3配体和Linker方便了用户的分析。且PROTAC可分为不同的详细信息页面，这也为PROTAC的合理设计提供了宝贵的资源。 给予收集到的PROTAC的信息，根据文献以及弹头和E3配体的初始结构(修改和收集到PROTAC之前的结构)，将PROTAC的结构进一步划分为弹头、E3配体和Linker。 对基于该弹头的PROTAC，当该弹头靶向多个蛋白质时，用户还可以选择特定目标的PROTAC数据来显示。此外，详细信息页面的表示法、计算属性、活性数据选项卡与PROTAC的类似。
3.5K41发布于 2021-02-01 - 来自专栏DrugOne
. | 利用计算科学推进PROTAC药物发展
PROTAC的结构和工作机制 PROTAC介导的三元复合物的结构模拟与评估 高质量的POI-PROTAC-E3 ligase三元复合物对于PROTAC的理性设计至关重要，但有限的晶体结构却严重制约了我们对 为满足日益增长的PROTAC设计需求，多个专注于PROTAC的数据库与平台应运而生（见表1）。 用于分析PROTAC化学结构、生物活性数据和鉴定潜在靶标或E3连接酶的数据库和平台 使用AI工具进行PROTAC设计 基于丰富的PROTAC相关实验数据，研究人员便能借助人工智能技术设计新颖的PROTAC 用于PROTAC设计的分子表征和模型架构。 对PROTAC生物效应的预测 基于PROTAC-DB中丰富的PROTAC生物活性数据，利用DL模型预测PROTAC活性已成为可行。 PROTAC分子的成药性预测 随着PROTAC技术的发展，部分分子已进入临床试验。
52310编辑于 2024-11-23 - 来自专栏智药邦
AI+PROTAC｜dxtx完成500万美元种子轮融资
2022年8月1日，专注于计算预测和优化靶向蛋白质降解剂的生物技术公司Differentiated Therapeutics (dx/tx) 宣布完成500万美元的种子融资。Curie.Bio（一家种子阶段风险投资公司）为这轮融资提供了资金。
33620编辑于 2022-11-16 - 来自专栏DrugOne
. | 强化学习驱动PROTAC linker的3D生成
本文提出了一种新的3D的Linker生成模型PROTAC-INVENT，该模型不仅可以生成PROTAC的2D结构，还可以生成PROTAC与靶蛋白和E3连接酶的三维推定结合构象PTS。 模型概览 图2：PROTAC-INVENT的工作流 PROTAC的3D构象生成 在参考配体附近生成PROTAC的初始构象 首先，由预训练生成模型去生成Linker的SMILES形式，与输入的warhead 图5展示了PROTAC-INVENT模型生成的PROTAC分子以及在PTS内构象，及其各种打分值。 图5. PROTAC-INVENT针对BTK体系所生成的PROTAC分子 附加功能-PROTAC对接协议 除了生成PROTAC的linker结构外，该套算法的工作流也可作为一种实用的专门针对PROTAC分子的对接算法 图6 BAF体系下，不同的对接方法对PROTAC的对接效果 结论 为了合理设计PROTAC分子，作者提出了一种新颖的3D的linker生成模型PROTAC-INVENT。
53830编辑于 2023-10-24 BCL-XLCRBN PROTAC试剂盒：推动肿瘤选择性蛋白降解疗法开发的标准化工具
一、PROTAC技术的发展现状与核心价值靶向蛋白降解嵌合体技术（PROTAC）是一种革命性的药物开发平台，能够利用细胞自身的泛素-蛋白酶体系统来选择性降解致病蛋白质。 凭借这些巨大潜力，PROTAC领域吸引了全球众多顶尖制药公司与生物科技企业的广泛布局。 目前已有约20种PROTAC候选药物进入临床研究阶段，其中进展最快的项目已进入III期临床试验，充分验证了其在癌症及其他疾病治疗中的广阔前景。 二、E3连接酶的核心作用与CRBN的重要性PROTAC分子通常由靶蛋白配体、E3连接酶配体及连接子三部分构成。 因此，开发靶向BCL-XL的PROTAC降解剂的核心目标，是构建能够选择性降解肿瘤细胞中的BCL-XL，同时最大限度保护血小板功能的分子。
12610编辑于 2026-01-19- 来自专栏智药邦
AI+PROTAC｜达歌生物完成2200万美元A轮融资
2022年6月9日，达歌生物 (Degron Therapeutics) 宣布已完成2200万美元的A轮融资，本轮融资由幂方健康基金领投，德屹资本、百度风投和芯航资本跟投，种子轮股东凯风创投和元生创投继续加持。
52120编辑于 2022-11-16 - 来自专栏智药邦
JCIM｜破解PROTAC系统的协同效应：终点结合自由能计算的新突破
图1: PROTAC系统的协同效应中自由能示意图 FEP技术在PROTAC设计中的作用 传统药物设计主要是针对目标蛋白质的功能位点进行干预，然而，许多重要的调控蛋白往往缺乏适合的结合位点，因此被视为“不可药物化 稳定性效应反映了PROTAC在诱导靶标蛋白和E3连接酶形成稳定三级复合物的能力，而钩效应则描述了当PROTAC浓度超过一定阈值时，二元复合物的形成倾向如何削弱三级复合物的稳定性。 为了设计更具针对性的PROTAC分子，了解这些效应并进行定量评估至关重要。 终点结合自由能计算的可行性 本文探讨了利用MM/PB(GB)SA方法表征PROTAC系统协同效应的可行性。 通过对145个PROTAC系统的数据分析，研究发现，三级复合物中的稳定性效应与靶标蛋白降解率之间具有显著相关性，这表明精确预测这种稳定性可以帮助设计更高效的PROTAC分子。 未来，深度学习与MD模拟的结合可能进一步提升PROTAC设计的效率。通过机器学习模型预测PROTAC结合模式并优化力场参数，能够提高计算的准确性和效率。
44710编辑于 2024-10-23 《Cell》破解 PROTAC 透膜难题∶ CD36 蛋白介导的内吞机制_MedChemExpress(MCE中国)
该团队揭示了 CD36 是介导 PROTAC 及 bRO5 化合物透膜的关键蛋白，通过结构优化增加PROTAC 分子与 CD36 的亲和力，可以明显提高 PROTAC 透膜性，显著增强 PROTAC 的抗肿瘤功效 通过结构修饰提高 PROTAC 分子与 CD36 的结合活性，可以明显提高 PROTAC 活性。 Section.03研究亮点:从机制到应用的系统性突破发现 CD36 可识别并内吞多种"大分子药物"通过生物素标记的 PROTAC 探针，结合细胞膜蛋白质组筛选，研究者发现 CD36 是多个 PROTAC (如 CRBN-based PROTAC, VHL-based PROTAC) 和其他非传统小分子药物 (如 rapamycin、doxorubicin 等) 的结合对象。 ) 氨基 (-N-Boc) 部分)，开发出一系列“前药型”PROTAC。
44001编辑于 2025-07-03- 来自专栏生命科学
MCE | BCL6 小分子也能发挥类 PROTAC 的功能
., Department of Medical Oncology, Dana-Farber Cancer Institute) 的 Twitter杂合双功能降解技术(PROTAC，靶蛋白配体-Linker-E3 但是，仍有蛋白对 PROTAC 显示出抗性，如 B 细胞淋巴瘤 6 蛋白 (BCL6)。 William McCoull 等人在 2018 年发表的研究中阐明，他们开发的 BCL6 的抑制剂以及 PROTAC 小分子尽管可以有效降解 BCL6，但降解不完全，且未能有理想的细胞表型结果。 先前的研究表明，抑制 BCL6 蛋白或通过 PROTAC 降解 BCL6 会导致对下游靶点的抑制不足，因此只有轻微的抗增殖作用。BI-3802 独特的作用机制克服了这些限制，并有助于改善功效。 Development of a novel B-cell lymphoma 6 (BCL6) PROTAC to provide insight into small molecule targeting
50520编辑于 2023-03-22
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