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全长转录组 | Oxford Nanopore (ONT) 三代全长转录组分析流程 -- 数据质控和预处理
原始下机数据质量统计 -- NanoComp关于ONT下机数据的质量统计和可视化，可参考前面的详细教程：三代测序 - Oxford Nanopore (ONT) 数据分析 - 数据质控和过滤。 这里直接使用NanoComp一步到位：使用软件NanoComp：https://github.com/wdecoster/nanocomp软件安装$ pip install NanoComp软件使用#官方使用示例 $ NanoComp --bam alignment1.bam alignment2.bam alignment3.bam --outdir compare-runs$ NanoComp --fastq reads1.fastq.gz reads2.fastq.gz reads3.fastq.gz reads4.fastq.gz --names run1 run2 run3 run4#实际样本$ nohup NanoComp -fastq 0_raw_fq/ERR3218373.fastq.gz 0_raw_fq/ERR3218377.fastq.gz \--names ERR3218373 ERR3218377 \-o NanoComp
8.6K23编辑于 2024-02-05 - 来自专栏三代测序-说
三代测序 - Oxford Nanopore (ONT) 数据分析 - 数据质控和过滤
NanoComp 包含了 NanoStat，NanoPlot 和 NanoQC 的内容，而且多样本之间的比较和整合性比较好，所以 多样本 可以直接使用 NanoComp ，单个样本可以运行 Nanoplot NanoComp: comparing multiple runs 比较多组长度长测序和比对数据。 以上所有软件都存放在Nanopack的github里面，可以通过一行安装命令进行安装: #一键安装ONT系列质控软件 $ pip install nanopack # NanoComp 软件安装 #pip安装 $ pip install NanoComp #This script is written for Python3. 软件使用 #官方示例 $ NanoComp --bam alignment1.bam alignment2.bam alignment3.bam --outdir compare-runs $ NanoComp
11.7K43编辑于 2024-03-05 - 来自专栏天意生信俱乐部
三代测序100问（6）：ONT数据分析如何挑选最佳质控工具？
NanoComp： 如果你有多个纳米孔样本需要比较，NanoComp则能同时对它们进行质量评估，方便你进行横向对比，快速发现批次效应或异常样本。
47600编辑于 2025-06-13 - 来自专栏天意生信俱乐部
CycloneSEQ-WT02测评系列（三）：从原始数据到高质量细菌基因组组装
我们采用了标准的单菌基因组组装分析流程： Nanocomp质控：对原始.fastq数据进行质量评估，统计reads数量、读长和碱基质量。
48210编辑于 2025-05-22 - 来自专栏三代测序-说
三代测序 - 数据质控 | fastplong
对于 ONT 及其类似原理的平台（如华大序风CycloneSEQ-WT02），其下机数据质量相对较低，大家可以使用 nanopack 套件 （如NanoPlot，nanocomp，chopper等）对数据质量进行查看以及进行过滤修剪
1.3K23编辑于 2025-02-24 - 来自专栏三代测序-说
三代测序 - 数据质控 | Bamboo
对于三代纳米孔测序平台，查看数据统计信息和质量最常用的就针对牛津纳米孔（ONT）数据开发的Nanopack分析套装，如NanoPlot，NanoComp和NanoQC，以及老牌质控软件fastp针对三代长度长数据优化的
82312编辑于 2025-05-21
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