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NK细胞的单细胞层面细分亚群
细胞的单细胞层面细分亚群，同样的也可以看张泽民课题组的泛癌层面数据挖掘文章，2023年9月发表在CELL的《A pan-cancer single-cell panorama of human natural NK细胞的分类可以基于其表面标志物、功能、发育阶段以及组织分布等方面进行。 1. 表面标志物分类： 基于NK细胞在表面上表达的特定标志物，可以将NK细胞分为不同的亚群。 功能分类： 根据NK细胞的功能，可以将其分为几个亚群，如： 细胞毒性NK细胞：具有杀伤肿瘤细胞和感染细胞的能力。 调节性NK细胞：通过分泌细胞因子调节免疫应答，如干扰素（IFN-γ）。 3. 细胞数量较多所以就被作者细分了： CD56亚群里面NK细胞数量较多所以就被作者细分了 值得注意是里面的NK-HSP仅仅是因为NK细胞有HSP的状态，其实也可以是干扰素状态，炎症状态，或者细胞增殖状态 张泽民课题组的泛癌层面NK单细胞 可以看到上面的NK细胞细分，都是基于单个数据集，有很强烈的片面性，那么张泽民课题组的泛癌层面数据挖掘文章，2023年9月发表在CELL的《A pan-cancer single-cell
1.7K50编辑于 2023-08-31 - 来自专栏生信技能树
SingleR说是NK细胞你就相信了吗
最近单细胞数据挖掘文章如雨后春笋般冒出来了，总体来说就两个方向： 找到一个数据集，降维聚类分群后，拿到基因列表后，去TCGA建模 首先TCGA建模然后拿模型里面的基因去单细胞转录组数据集看是否有特殊的表现 ，三五分钟就可以出结果，但是我看到了它里面的NK细胞数量非常多，不太符合基础认知，如下所示： NK细胞数量非常多 我看了看文章里面的描述； Cells in clusters 0, 1, 2, 3, 7, 9, 10, 12, and 14 were annotated as NK cells based on SingleR 问题就出在这里，SingleR并不是不能使用，毕竟也有那么多人引用，但是它很大概率会被误用 ，而且我们也不推荐它作为唯一的或者说是最后的单细胞亚群命名标准。 细胞吗？
37110编辑于 2023-09-04 - 来自专栏生信技能树
单细胞数据挖掘文章全文图表复现：NK细胞耗竭和肿瘤细胞进化轨迹
免疫组化发现NK-NPC样本中，与NK细胞相关的B2M，CD56+，Granzyme B均下调 对NK-NPC单细胞转录组样本进行分析，T细胞，B细胞，NK细胞在所有类型的细胞中排名前三 对NK细胞取子集进行细分 ，得到1个mast cell和3个NK细胞cluster，从NK细胞毒性激活/抑制，细胞通讯，NK细胞功能相关的标志物，NK细胞介导的毒性通路等角度进行分析，并用NLH单细胞转录数据集进行验证 对上皮细胞取子集进行细分 NK细胞之间LGALS9-CD44和LGALS9-CD45之间的信号交流，并且之前没有过报道，于是对上皮细胞进行亚群细分 # Epithelial subtype Epi_sub <- subset(data ，肿瘤细胞的两个亚型好像混在一起 可视化marker基因 DotPlot(Epi_sub,features = c('LGALS9','HLA-A','HLA-B','HLA-C','HLA-E','HLA-F 这里cluster1里LGALS9相比cluster2表达更高，有点类似文中的subtype2，可能诱导NK细胞耗竭 再看看EBV感染相关蛋白在两类细胞中的表达 FeaturePlot(Epi_sub,
1.3K12编辑于 2023-12-04 - 来自专栏流式抗体推文
NK细胞分群不清？Elabscience全流程方案助你高效通关
若需要进行NK细胞的体外分选和培养（进行NK细胞的亚细胞水平的代谢等研究），可参考相关实验流程。2. 抗体选择NK细胞的鉴定主要依赖于其独特的表面标志物表达。 CD56是NK细胞的特征性标志物，但在不同NK细胞亚群中表达水平不同。CD16是另一个重要的NK细胞标志物，主要负责抗体依赖性细胞毒性（ADCC）。 （1）基于CD56和CD16的表达，NK细胞可分为两个主要亚群[4]CD56dimCD16+NK细胞：这是外周血中最主要的NK细胞亚群，约占总NK细胞的90%以上，具有强大的细胞毒性功能。 例如，前列腺癌患者外周血NK细胞显示CD9、CD49a、CXCR4、CXCL8、MMP-9表达增强[5,6]。趋化因子受体：例如CXCR4，与NK细胞的归巢和迁移有关[6]。 Prostate Cancer Peripheral Blood NK Cells Show Enhanced CD9, CD49a, CXCR4, CXCL8, MMP-9 Production and
10000编辑于 2026-02-28 - 来自专栏生信技能树
这个肝癌单细胞数据集居然真的有这么多NK细胞亚群啊！！！
根据生信技能树发布的学徒作业：SingleR说是NK细胞你就相信了吗, 验证一下看真的是有这么多NK细胞 首先读取数据，然后降维分群 library(Seurat) library(dplyr) library # 免疫细胞 0,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,15(7和14不是) DotPlot(sce,features = c('PTPRC','CD45')) # T细胞 ','SDC1','CD79A')) # NK细胞 0,4 DotPlot(sce,features = c('FGFBP2','FCG3RA','CX3CR1')) # NK细胞 0,1,3,4,9,10,13 细胞 看看NK细胞的marker 再上cellmarker看一下肝癌里NK细胞的marker DotPlot(sce,features = c('CD16','CD57','CD7','GNLY 10,12，13都注释为NK cell 最后发现：相比手动注释的结果，它把部分B细胞，部分T细胞都归类为NK细胞，但是整体而言，无论是人工注释还是自动注释，这个数据里NK细胞确实占比较高
68720编辑于 2023-09-04 - 来自专栏生信菜鸟团
【生信文献200篇】09 PDGF-DD作用于NK细胞
NK细胞的效果类似。 经NK(DD+lgG) sup处理的肿瘤细胞上调了CADM1、CD112和CD155，可激活或抑制NK细胞介导的裂解(图4H)。 portal (https://xenabrowser.net) and matched to the gene expression data (Figures 4C and 4D). 7 of 9 在体外被IL-2和IL-15激活后，NK细胞NKp44明显上调，炎症细胞因子进一步刺激NKp44升高(图6B)。 ? 作者选择B16转移性肿瘤模型(对NK细胞IFN-γ分泌能力敏感)。 研究表明CpG-ODN免疫治疗可以刺激皮下B16黑素瘤NK细胞的招募、激活和NK细胞依赖的消退。 当浸润NK细胞被肿瘤表达的PDGF-DD激活时，CpG-ODN可以更有效地抑制实体瘤的生长。
1.2K20发布于 2021-02-03 - 来自专栏单细胞天地
单细胞测序揭示强直性脊柱炎患者 NK 细胞亚群的改变和细胞毒性分子水平的降低
粒细胞（c 17）、MKI67+ 增殖细胞（c 18）、造血干细胞（c 19） AS 患者 CD56 dim NK 细胞亚群减少 自然杀伤细胞（NK），也称为大颗粒淋巴细胞，是具有识别和杀死有害细胞的能力而无需 得到2个 NK 细胞亚群（命名为 NK0 和 NK1） 对NK0 亚群而言，细胞毒性基因（如 GZMB 和 NKG7）以及 FCGR3A（引发抗体依赖性细胞毒性的重要受体）的高表达暗示了强大的杀伤能力， 和之前报道的 CD56 dim NK 细胞类似 NK1 亚群在细胞数量上不占优势，但是该亚群富含 GPR183、IL7R、SELL 和 TCF7 等基因，这些基因对淋巴细胞的激活、迁移和功能调节很重要， 表明它与 CD56 bright NK 细胞的身份相同 与健康对照相比，AS 患者 NK 细胞中细胞毒性基因的表达降低 为了了解 NK 细胞的减少是否伴随着转录本的改变，我们分析了两组之间 NK 细胞的基因表达水平 NK 细胞介导的细胞毒性受到阻碍，这可能是由于编码颗粒酶和 NK 的细胞毒性相关基因的表达受损所致
1.6K60编辑于 2022-04-18 AbMole科研讲堂丨OK-432：驱动NK细胞高效活化与功能成熟的无饲养细胞培养系统
在NK细胞培养体系中，OK432主要作为免疫调节剂发挥作用，通过激活固有免疫信号通路，促进NK细胞的活化、增殖及功能成熟。 这种源于微生物的生物活性物质，为体外NK细胞的规模化培养提供了一种高效的刺激方案[1]。 NK细胞作为天然免疫系统的关键效应细胞，可以清除病原体和肿瘤细胞，以此原理诞生了NK细胞过继法（Adoptive NK Cell Therapy）以抑制肿瘤。 其中NK细胞的体外扩增效率和功能状态直接影响其后继的研究应用。传统NK细胞作培养方法依赖饲养层细胞和多种细胞因子的组合，存在成本高、操作复杂等问题。 传统NK细胞培养方法如K562饲养细胞培养系统，是通过基因工程改造表达4-1BBL和IL-15等膜结合因子的K562细胞作为滋养层，为NK细胞提供持续刺激信号。
19410编辑于 2025-12-02- 来自专栏流式抗体推文
聚焦 NK 细胞功能研究，Elabscience APC 标记抗小鼠 Ly-49CI 抗体，实验数据稳准狠
它能特异性识别小鼠多种品系的 Ly-49C 和 Ly-49I 抑制性受体，在 NK 细胞、NK-T 细胞等相关研究中表现优异，具备高特异性、稳定性能和便捷使用等优势，是生命科学研究中不可或缺的实验工具。 该受体主要表达于小鼠 NK 细胞、NK-1.1+（或 DX5+）T 淋巴细胞（NK-T 细胞）亚群，在 C57BL/6 小鼠的记忆 CD8+ T 淋巴细胞、NK1.1+ γδ T 细胞以及 BALB/c Ly-49C/I 的表达水平与细胞发育阶段相关，胸腺中 NK T 细胞的表达比例是肝脏中的 2-5 倍，其表达下调对 NK T 细胞正常发育至关重要。 此外，该受体通过其免疫受体酪氨酸抑制基序（ITIMs）的酪氨酸磷酸化，介导 NK 细胞溶细胞活性的负调控，在同种异体和杂交抗 H-2d 骨髓移植抵抗中发挥作用。 应用领域小鼠 NK 细胞、NK-T 细胞的表型鉴定与分选。Ly-49 受体家族表达调控机制研究。MHC I 类抗原与 Ly-49 受体相互作用研究。免疫细胞发育及功能调控相关研究。
18510编辑于 2025-11-13 NK+HEK293细胞双杀！AD600150玩转Trim28-Eomes互作实验
Eomes）来影响NK细胞的抗肿瘤免疫。 NK细胞：转染Eomes过表达质粒（用于验证Eomes对DX5表达的挽救效应）。 原代NK细胞转染Eomes（Fig.5E）： ◦ 实验内容：通过转染Eomes过表达质粒，恢复gp96缺陷型NK细胞中DX5的表达。 ◦ 结果：DX5+ NK细胞比例显著回升（p=0.0117），证明Eomes是gp96调控NK成熟的关键下游因子。2. 5.转染试剂的核心贡献• 高效递送能力：成功转染难转染的原代NK细胞（转染效率>60%），为功能挽救实验提供技术保障。
22010编辑于 2025-05-27- 来自专栏生物信息云
单细胞专题 | 9.如何人工注释单细胞类群？
单细胞专题 | 1.单细胞测序（10×genomics技术）的原理 单细胞专题 | 2.如何开始单细胞RNASeq数据分析 单细胞专题 | 3.单细胞转录组的上游分析-从BCL到FASTQ 单细胞专题 | 4.单细胞转录组的上游分析-从SRA到FASTQ 单细胞专题 | 5.单细胞转录组的上游分析-从FASTQ到count矩阵 单细胞专题 | 6.单细胞下游分析——不同类型的数据读入 单细胞专题 | 其他的大部分类群都是Bladder Cancer 细胞。但是上次使用singleR注释时，第12个亚群是NK细胞，查看一下CD45的表达。 下面这个图是来自一篇使用了该数据集的一篇生信文章【PMID：35769986】中的结果图，作者使用的是SingleR包注释，也的确有NK细胞，但它的过滤条件和我这里教程的不一样，作者还融合了其他数据集。 cells (IGHG1, MZB1, SDC1, CD79A), # Monocytes and macrophages (CD68, CD163, CD14), # NK Cells (FGFBP2
8.7K21编辑于 2022-12-16 - 来自专栏单细胞天地
单细胞分析揭示了ZNF683在多发性骨髓瘤的NK细胞耗竭中的关键作用
、NK细胞 概述 问题：在多发性骨髓瘤（MM）中 NK 细胞的细胞毒性降低。 Healthy_control, n = 3), MM patients before treatment (MM_Pre, n = 10), and after treatment (MM_Post, n = 9) ZNF683 NK细胞在骨髓瘤中表现出细胞毒性相关标志物降低 MM患者和健康个体之间ZNF683 NK细胞的功能差异 来自MM患者的BM和PB中的 ZNF683 NK细胞的NK细胞毒性通路与来自健康志愿者的 同时，与健康志愿者来源的NK细胞相比，细胞毒性测定显示MM来源的ZNF683 NK细胞的细胞毒性降低，而在MM患者的ZNF683-KD NK细胞中观察到NK细胞对靶细胞的细胞毒性增加，进一步证实了ZNF683 与正常浆细胞相比，多种免疫细胞包括NK细胞、NK样T细胞、CD8+T细胞、活化单核细胞及树突状细胞均低表达SLAMF7。抗体与SLAMF7结合可以激活NK细胞和固有免疫。
1.1K30编辑于 2022-11-24 - 来自专栏纳米药物前沿
陈填锋ACS Nano：共载硒代半胱氨酸TGF-β抑制剂的纳米乳增强基于NK细胞的肿瘤免疫治疗
基于NK细胞的免疫疗法代表了克服癌症治疗瓶颈的一种有前途的策略。然而，由于肿瘤细胞表面的识别配体的下调，其治疗效果受到极大的限制，并且转化生长因子-β（TGF-β）会阻碍NK细胞介导的免疫反应。 SSB NMs将NK92细胞的肿瘤杀伤能力显著提高了2.1倍。 该策略具有以下优点：（i）纳米化SeC的预处理可显著提高NK细胞的裂解能力，而SeC对NK细胞的细胞毒性则大大减弱。（ii）引入免疫调节剂后，体外和体内治疗效率进一步提高。 （iv）SSB NMs通过重新平衡Smad3 / Smad7信号传导来刺激NK92细胞表面的NKG2D表达，并增强对癌细胞的识别能力，从而提高了基于NK92细胞的过继免疫疗法的治疗效率。 原文链接： https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acsnano.9b10103
56610发布于 2021-02-04 - 来自专栏生信探索
文献阅读02: CD39抑制改变肿瘤微环境
+ CD11b+和CD27-CD11b+ NK 细胞比例，但是减少 CD27-CD11b- and CD27 + CD11b- NK 细胞比例，这表明主要增加了成熟NK细胞；但是 Granzyme B + NK细胞比例未增加，这表明Granzyme B + NK细胞细胞增加的原因是NK细胞数量的增加而不是依赖单个细胞Granzyme B的表达。 NK细胞与cDC1通过Xcl1通讯，Xcl1使cDC1进入肿瘤，CD39i通过增加肿瘤中NK细胞数量从而增加该过程。 cDC1和 mDC1通过表达 CD274 (Pd-l1), Lgals9, and Tnfsf9抑制免疫。 图片 去除NK细胞可以逆转CD39i的抗肿瘤作用 转基因小鼠去除NK细胞。
71140编辑于 2023-02-17 - 来自专栏生信菜鸟团
提供数据代码，基于空间信息的基因表达用于预测疾病结果
Para_02 为了剖析NK细胞对Spon2缺陷促进肿瘤效果的具体贡献，我们在HCC小鼠模型中选择性地耗竭了NK细胞、CD8+ T细胞或两者兼有（扩展数据图9i）。 观察到Spon2−/−小鼠比WT小鼠的肿瘤显著更大，这一现象仅在存在NK细胞且CD8+ T细胞被耗竭时才明显（P < 10−4），而在NK细胞耗竭或两种细胞类型同时耗竭时则不明显（扩展数据图9j）。 为进一步验证这种表型的NK细胞依赖性质，我们生成了NK细胞特异性Spon2−/−小鼠模型（图5i和扩展数据图9k,l）。 此外，体外刺激的SPON2+ NK细胞（NK刺激）表现出比未刺激的NK细胞更强的肿瘤抑制能力（P = 1.4 × 10−3；扩展数据图9p-s）。 Para_04 肝癌中肿瘤浸润的NK细胞的预后意义以前已被探讨过9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20，但患者肿瘤中NK细胞的确切空间分布尚未得到广泛表征21。
61510编辑于 2025-04-26 - 来自专栏单细胞天地
单细胞python复现|| 01-文献解读：肺癌转移中的再生谱系和免疫介导的杀伤
相比之下，转移瘤表达内胚层和肺特异性转录因子SOX2和SOX9，并具有更原始的转录程序，跨越干细胞到再生肺上皮祖细胞状态。 这种发育连续过程反映了小鼠模型中转移性休眠自发爆发的进展阶段，并表现出对自然杀伤细胞的SOX9依赖性抵抗。 一共40,505个细胞。 image-20221128141541397 一、肺腺癌样本中的NK细胞显著减少 原发肺腺癌样本中的NK细胞显著减少，与之前的报道一致。 单细胞测序分析后发现，上述模型的4个过程在小鼠中也存在， image-20221128142239838 DTCs细胞与NK细胞共培养发现：SOX2和SOX9转录因子的表达与肿瘤细胞的存活有关。 具体而言，表达SOX2的肿瘤细胞在分裂时，很容易被免疫系统中的NK细胞检测到，并被NK细胞杀死。相反，表达SOX9的癌细胞可以对NK细胞耐受。
85610编辑于 2023-02-10 - 来自专栏单细胞
生信技能树单细胞分析流程基础直播课(曾老师版本)细节学习
最近重新回溯了一下曾老师版本的单细胞教学视频课—肝癌单细胞数据集里面的NK多吗(视频号：2023年8月9日) ，降维聚类分群环节细节满满非常值得新手们学习~一、这个肝癌单细胞数据集居然真的有这么多NK细胞亚群啊 (生信技能树推文：2023年8月9日)单细胞+bulk分析常规思路(最最基本的)：找到数据集，降维聚类分群后，拿到基因列表后，去TCGA建模TCGA建模然后拿到模型基因去单细胞转录组数据集中看是否会有特殊的表现代码分析流程 3.1 选择的分辨率是0.1，从marker看0/1/3最可能是NK，2是T细胞(主要可能是CD8T细胞)，5是浆细胞，6是B细胞，7是增殖的NK，8是髓系细胞，9是干细胞。 3.2 细胞亚群的认定流程：第一：是否是细胞群所特有的，比如T细胞的CD3, B细胞的MS4A1(CD20)，NK细胞的KLRB1，髓系细胞的C1QA/C1QB，肝细胞的APOC3。 推文，里面存在多个分的比较开的NK，那么此时就可以选择这些不同的NK细胞进行分别命名，比如这里的0群可以命名为经典NK，。如果后续还需要进一步分析NK细胞，那么就可以聚焦到NK细胞进行进一步的细分。
42200编辑于 2024-12-01 - 来自专栏单细胞
单细胞实战之亚细胞分群从TNK至CD4+T细胞——从入门到进阶(中级篇1）
NK细胞GNLY 和 XCL1：NK细胞 的典型效应分子，参与抗病毒和抗肿瘤反应。 同时再看一下分辨率为0.6时的结果，我们发现第0, 1, 5簇属于CD4+T细胞，第2, 6, 8, 11簇属于CD8+T细胞，第10簇属于NK细胞，第3, 4, 7, 9簇暂时还不能够确定。 细胞，第10_0簇拟命名为CD8+ NK,但我们这里不重点探查NK细胞，因此这两群细胞统一命名为NK。 PMID: 34302920 接下来，我们重点关注CD4⁺T细胞。首先来看尚未确定的第3、4、7、9簇细胞。 因此，我们可以初步判断：第3簇和第4簇倾向于CD4⁺T细胞，第9簇倾向于CD8⁺T细胞，而第7簇的分类暂时还不能确定。
89710编辑于 2025-02-22 AbMole科研讲堂丨OK-432：如何成为优于K562饲养体系的NK细胞培养方案？
OK-432（AbMole，M9414）是一种源自链球菌的生物活性物质，具有免疫调节作用，能够显著增强NK细胞的活性和扩增效率，为促进NK细胞的体外扩增提供了新的选择。 传统NK细胞培养方法主要依赖K562饲养细胞系统，其原理是K562细胞通过细胞间接触和旁分泌作用以支持NK细胞的扩增，但这种方法操作复杂且存在潜在的污染风险。 OK432是一种新型的NK细胞培养用试剂，在分子机制上，OK432的核心活性成分中的肽聚糖与脂磷壁酸可模拟细菌感染，通过结合NK细胞表面Toll样受体4（TLR4）启动相应信号通路。 在与OK432的刺激下，TLR4胞内段与MyD88适配器结合，激活NF-κB与MAPK信号级联，最终促进NK细胞的增殖。与传统的NK细胞培养方法相比，OK-432的优势在于：1. 其机制是OK-432可能通过上调NK细胞表面的激活受体（如DNAM-1）或促进颗粒酶B、穿孔素等效应分子的释放，增强NK细胞对肿瘤细胞的杀伤能力。
17810编辑于 2025-12-03- 来自专栏生物信息云
医学生物信息学文献第2期：肿瘤微环境
有趣的是，在总抗原呈递细胞（APCs; gating on CD19–HLA-DR+ cells）中，BDCA- 3+ DCs（通过CLEC9a染色进一步证实哪些是cDC1）的高比例强烈预测了两组黑素瘤患者对抗 7、TME中NK细胞与SDCs发生频繁而稳定的相互作用 NK细胞是肿瘤中SDC水平所必需的主要淋巴细胞。 根据这些发现，我们通过基于先前发表的数据集和NK细胞特异性基因的表达谱生成NK细胞基因特征来调查人类数据集中NK细胞的丰度(图5a和补充图6)。 用NK细胞基因标记对TCGA黑色素瘤样本中NK细胞丰度的估计，我们发现肿瘤中NK细胞的水平与FLT3LG的表达(图5b)有明显的相关性，这与肿瘤内NK细胞是FLT3LG的来源是一致的。 9、人类黑色素瘤中的NK细胞与整体存活率的提高相关 SDC与NK细胞呈正相关，从逻辑上预测NK细胞数量也能预测生存期。
84230发布于 2019-08-07
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