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NK细胞的单细胞层面细分亚群
首先让我们看看chatGPT对于NK细胞的介绍 自然杀伤细胞（Natural Killer cells，简称NK细胞）是一类免疫细胞，主要参与体内的免疫应答和抗肿瘤免疫。 NK细胞的分类可以基于其表面标志物、功能、发育阶段以及组织分布等方面进行。 1. 表面标志物分类： 基于NK细胞在表面上表达的特定标志物，可以将NK细胞分为不同的亚群。 功能分类： 根据NK细胞的功能，可以将其分为几个亚群，如： 细胞毒性NK细胞：具有杀伤肿瘤细胞和感染细胞的能力。 调节性NK细胞：通过分泌细胞因子调节免疫应答，如干扰素（IFN-γ）。 3. 需要注意的是，NK细胞的分类并不是严格的，因为细胞的特性和功能在不同环境中可能发生变化。此外，不同物种中的NK细胞也可能存在一些差异。 细胞数量较多所以就被作者细分了： CD56亚群里面NK细胞数量较多所以就被作者细分了 值得注意是里面的NK-HSP仅仅是因为NK细胞有HSP的状态，其实也可以是干扰素状态，炎症状态，或者细胞增殖状态
1.7K50编辑于 2023-08-31 - 来自专栏生信技能树
SingleR说是NK细胞你就相信了吗
最近单细胞数据挖掘文章如雨后春笋般冒出来了，总体来说就两个方向： 找到一个数据集，降维聚类分群后，拿到基因列表后，去TCGA建模 首先TCGA建模然后拿模型里面的基因去单细胞转录组数据集看是否有特殊的表现 and bulk RNA‐sequencing identifies a signature based on NK cell marker genes to predict prognosis and ，三五分钟就可以出结果，但是我看到了它里面的NK细胞数量非常多，不太符合基础认知，如下所示： NK细胞数量非常多 我看了看文章里面的描述； Cells in clusters 0, 1, 2, 3, ，而且我们也不推荐它作为唯一的或者说是最后的单细胞亚群命名标准。 细胞吗？
37110编辑于 2023-09-04 - 来自专栏生信技能树
单细胞数据挖掘文章全文图表复现：NK细胞耗竭和肿瘤细胞进化轨迹
（NK-NPC单细胞转录组数据）和GSE150825（NLH单细胞转录组数据）进行分析 分析步骤： 对蛋白组数据进行分析，发现NK细胞介导的细胞毒性相关蛋白显著下调，NK细胞功能可能受到抑制。 免疫组化发现NK-NPC样本中，与NK细胞相关的B2M，CD56+，Granzyme B均下调 对NK-NPC单细胞转录组样本进行分析，T细胞，B细胞，NK细胞在所有类型的细胞中排名前三 对NK细胞取子集进行细分 ，得到1个mast cell和3个NK细胞cluster，从NK细胞毒性激活/抑制，细胞通讯，NK细胞功能相关的标志物，NK细胞介导的毒性通路等角度进行分析，并用NLH单细胞转录数据集进行验证 对上皮细胞取子集进行细分 ) gseaplot2(NK_2_down_gse,geneSetID = 1:8,title = 'NK2') ############ NK3 NK_3df <- NK_deg[NK_deg$cluster ) gseaplot2(NK_3_down_gse,geneSetID = 1:8,title = 'NK3') ############ NK4 NK_4df <- NK_deg[NK_deg$cluster
1.3K12编辑于 2023-12-04 - 来自专栏流式抗体推文
NK细胞分群不清？Elabscience全流程方案助你高效通关
若需要进行NK细胞的体外分选和培养（进行NK细胞的亚细胞水平的代谢等研究），可参考相关实验流程。2. 抗体选择NK细胞的鉴定主要依赖于其独特的表面标志物表达。 CD56是NK细胞的特征性标志物，但在不同NK细胞亚群中表达水平不同。CD16是另一个重要的NK细胞标志物，主要负责抗体依赖性细胞毒性（ADCC）。 （1）基于CD56和CD16的表达，NK细胞可分为两个主要亚群[4]CD56dimCD16+NK细胞：这是外周血中最主要的NK细胞亚群，约占总NK细胞的90%以上，具有强大的细胞毒性功能。 例如，前列腺癌患者外周血NK细胞显示CD9、CD49a、CXCR4、CXCL8、MMP-9表达增强[5,6]。趋化因子受体：例如CXCR4，与NK细胞的归巢和迁移有关[6]。 Prostate Cancer Peripheral Blood NK Cells Show Enhanced CD9, CD49a, CXCR4, CXCL8, MMP-9 Production and
10000编辑于 2026-02-28 - 来自专栏生信技能树
这个肝癌单细胞数据集居然真的有这么多NK细胞亚群啊！！！
根据生信技能树发布的学徒作业：SingleR说是NK细胞你就相信了吗, 验证一下看真的是有这么多NK细胞 首先读取数据，然后降维分群 library(Seurat) library(dplyr) library [3],6,8,9,10 DotPlot(sce,features = c('CD3D','CD3E','CD8A', 'CD8B')) # B细胞 11 DotPlot(sce,features ','SDC1','CD79A')) # NK细胞 0,4 DotPlot(sce,features = c('FGFBP2','FCG3RA','CX3CR1')) # NK细胞 0,1,3,4,9,10,13 细胞 看看NK细胞的marker 再上cellmarker看一下肝癌里NK细胞的marker DotPlot(sce,features = c('CD16','CD57','CD7','GNLY cell 最后发现：相比手动注释的结果，它把部分B细胞，部分T细胞都归类为NK细胞，但是整体而言，无论是人工注释还是自动注释，这个数据里NK细胞确实占比较高
68720编辑于 2023-09-04 - 来自专栏生信菜鸟团
【生信文献200篇】09 PDGF-DD作用于NK细胞
NK细胞的效果类似。 NK(DD+lgG) sup 处理的肿瘤细胞仍然具有代谢活性。它们分泌更多的IL-8(图4E和4F)和IL-6(图4G)，这可能会诱导炎症细胞的募集。 ? 经NK(DD+lgG) sup处理的肿瘤细胞上调了CADM1、CD112和CD155，可激活或抑制NK细胞介导的裂解(图4H)。 在体外被IL-2和IL-15激活后，NK细胞NKp44明显上调，炎症细胞因子进一步刺激NKp44升高(图6B)。 ? 作者选择B16转移性肿瘤模型(对NK细胞IFN-γ分泌能力敏感)。 研究表明CpG-ODN免疫治疗可以刺激皮下B16黑素瘤NK细胞的招募、激活和NK细胞依赖的消退。 当浸润NK细胞被肿瘤表达的PDGF-DD激活时，CpG-ODN可以更有效地抑制实体瘤的生长。
1.2K20发布于 2021-02-03 - 来自专栏单细胞天地
单细胞测序揭示强直性脊柱炎患者 NK 细胞亚群的改变和细胞毒性分子水平的降低
粒细胞（c 17）、MKI67+ 增殖细胞（c 18）、造血干细胞（c 19） AS 患者 CD56 dim NK 细胞亚群减少 自然杀伤细胞（NK），也称为大颗粒淋巴细胞，是具有识别和杀死有害细胞的能力而无需 得到2个 NK 细胞亚群（命名为 NK0 和 NK1） 对NK0 亚群而言，细胞毒性基因（如 GZMB 和 NKG7）以及 FCGR3A（引发抗体依赖性细胞毒性的重要受体）的高表达暗示了强大的杀伤能力， 和之前报道的 CD56 dim NK 细胞类似 NK1 亚群在细胞数量上不占优势，但是该亚群富含 GPR183、IL7R、SELL 和 TCF7 等基因，这些基因对淋巴细胞的激活、迁移和功能调节很重要， 表明它与 CD56 bright NK 细胞的身份相同 与健康对照相比，AS 患者 NK 细胞中细胞毒性基因的表达降低 为了了解 NK 细胞的减少是否伴随着转录本的改变，我们分析了两组之间 NK 细胞的基因表达水平 NK 细胞介导的细胞毒性受到阻碍，这可能是由于编码颗粒酶和 NK 的细胞毒性相关基因的表达受损所致
1.6K60编辑于 2022-04-18 AbMole科研讲堂丨OK-432：驱动NK细胞高效活化与功能成熟的无饲养细胞培养系统
在NK细胞培养体系中，OK432主要作为免疫调节剂发挥作用，通过激活固有免疫信号通路，促进NK细胞的活化、增殖及功能成熟。 这种源于微生物的生物活性物质，为体外NK细胞的规模化培养提供了一种高效的刺激方案[1]。 NK细胞作为天然免疫系统的关键效应细胞，可以清除病原体和肿瘤细胞，以此原理诞生了NK细胞过继法（Adoptive NK Cell Therapy）以抑制肿瘤。 其中NK细胞的体外扩增效率和功能状态直接影响其后继的研究应用。传统NK细胞作培养方法依赖饲养层细胞和多种细胞因子的组合，存在成本高、操作复杂等问题。 传统NK细胞培养方法如K562饲养细胞培养系统，是通过基因工程改造表达4-1BBL和IL-15等膜结合因子的K562细胞作为滋养层，为NK细胞提供持续刺激信号。
19410编辑于 2025-12-02- 来自专栏流式抗体推文
聚焦 NK 细胞功能研究，Elabscience APC 标记抗小鼠 Ly-49CI 抗体，实验数据稳准狠
它能特异性识别小鼠多种品系的 Ly-49C 和 Ly-49I 抑制性受体，在 NK 细胞、NK-T 细胞等相关研究中表现优异，具备高特异性、稳定性能和便捷使用等优势，是生命科学研究中不可或缺的实验工具。 储存与运输：需在 2-8℃避光保存，保质期 12 个月，运输过程采用冰袋冷藏，避免冷冻和 prolonged 光照。 该受体主要表达于小鼠 NK 细胞、NK-1.1+（或 DX5+）T 淋巴细胞（NK-T 细胞）亚群，在 C57BL/6 小鼠的记忆 CD8+ T 淋巴细胞、NK1.1+ γδ T 细胞以及 BALB/c Ly-49C/I 的表达水平与细胞发育阶段相关，胸腺中 NK T 细胞的表达比例是肝脏中的 2-5 倍，其表达下调对 NK T 细胞正常发育至关重要。 应用领域小鼠 NK 细胞、NK-T 细胞的表型鉴定与分选。Ly-49 受体家族表达调控机制研究。MHC I 类抗原与 Ly-49 受体相互作用研究。免疫细胞发育及功能调控相关研究。
18510编辑于 2025-11-13 - 来自专栏生信技能树
SARS-CoV-2感染的雪貂支气管肺泡灌洗液单细胞转录组数据挖掘（2） 细分NK和CD8的T单细胞亚群
（全部的代码复制粘贴即可运行，欢迎尝试以及批评指正） 现在是雪貂支气管肺泡灌洗液单细胞转录组显示SARS-CoV-2感染期间巨噬细胞的顺序变化专辑第2讲：主要是对 NK cells and CD8+T 细胞与CD8 T细胞 MPcov <- readRDS("Seurat_object_total_cells.Rds") #常规降维聚类分群(NK细胞与CD8 T细胞) Idents(MPcov) <- = 0.3) cov.NK <- RunUMAP(object = cov.NK, dims = 1:5) cov.CD8 <- subset(MPcov, idents = c("CD8 T cell 1:5) #NK细胞的UMAP pdf("Fig2a.NK_umap_seurat_clusters.pdf",900/72*0.8, 688/72*0.8) DimPlot(cov.NK,group.by 细胞群中的比例 pdf("Fig2b.NK_stacked_bar_composition_celltype.pdf",3.8,5) x = table(cov.NK$seurat_clusters,cov.NK
55020编辑于 2022-03-03 NK+HEK293细胞双杀！AD600150玩转Trim28-Eomes互作实验
Eomes）来影响NK细胞的抗肿瘤免疫。 NK细胞：转染Eomes过表达质粒（用于验证Eomes对DX5表达的挽救效应）。 原代NK细胞转染Eomes（Fig.5E）： ◦ 实验内容：通过转染Eomes过表达质粒，恢复gp96缺陷型NK细胞中DX5的表达。 ◦ 结果：DX5+ NK细胞比例显著回升（p=0.0117），证明Eomes是gp96调控NK成熟的关键下游因子。2. 5.转染试剂的核心贡献• 高效递送能力：成功转染难转染的原代NK细胞（转染效率>60%），为功能挽救实验提供技术保障。
22010编辑于 2025-05-27- 来自专栏单细胞天地
单细胞分析揭示了ZNF683在多发性骨髓瘤的NK细胞耗竭中的关键作用
、NK细胞 概述 问题：在多发性骨髓瘤（MM）中 NK 细胞的细胞毒性降低。 用Cellcall研究治疗前后的免疫微环境中C3与其他细胞成分（耗竭T细胞和浆细胞）之间的联系，在接受治疗后ZNF683 NK细胞与耗竭 CD8T细胞的细胞间通讯减少，表明抑制性免疫细胞之间的通讯在治疗过程中部分逆转 与正常浆细胞相比，多种免疫细胞包括NK细胞、NK样T细胞、CD8+T细胞、活化单核细胞及树突状细胞均低表达SLAMF7。抗体与SLAMF7结合可以激活NK细胞和固有免疫。 Transcription factor ZNF683 inhibits SIV/HIV replication through regulating IFNγ secretion of CD8+ T cells ZNF683增加了CD8+ T细胞的增殖和IFN-γ的分泌能力，从而减少了SIV或HIV的复制，进一步抑制了微生物侵袭。
1.1K30编辑于 2022-11-24 顶刊分享----空间免疫评分系统预测肝癌复发
SPON2+NK和CD8+T细胞相互作用为了研究SPON2+NK细胞是否在抗肿瘤免疫应答中与CD8+T细胞相互作用，使用mIHC和单细胞RNA-seq数据进行了进一步分析。 HCC单细胞RNA-seq数据28的配体-受体网络分析揭示了II型IFN（IFNγ）途径是区分SPON2+与SPON2-NK细胞的主要免疫相关信号,预测CD8+T细胞是作用于SPON2+NK细胞的IFNγ 空间相关性表明SPON2+NK细胞和CD8+T细胞之间可能存在相互作用，这可能有助于抗肿瘤免疫。 为了确定CD8+T细胞和SPON2+NK细胞之间的直接接触是否是CD8+T细胞抗肿瘤活性所必需的，使用HepG 2细胞、SPON2敲除的NK细胞和未敲除的NK细胞进行共培养实验。 研究表明，SPON2+NK细胞和CD8+T细胞之间的直接接触对于它们的抗肿瘤活性是必需的，由IFNγ信号传导介导。NK细胞中的SPON2缺失增加HCC复发小鼠模型。
24520编辑于 2025-03-17- 来自专栏生物信息云
医学生物信息学文献第2期：肿瘤微环境
因此，我们寻求确定SDC水平是否与T细胞检查点阻断剂治疗的有效性有关，预计该治疗将可能释放更多的CD8+T细胞控制肿瘤。 此外，通过抗体消耗CD4+或CD8+T细胞的WT小鼠也表现出正常的SDC细胞密度（数据未显示)。 8、人肿瘤中NK细胞丰度与FLT3LG表达及BDCA-3+ SDCs相关 我们的小鼠研究表明，NK细胞产生FLT3L，并控制肿瘤中SDC的水平。 肿瘤中的BDCA-3+DC与肿瘤中CD4+T辅助细胞(TH)、CD8+T细胞或CD 45-细胞水平无关(补充图7c-e)，提示NK细胞与BDCA-3+DC之间存在特异性的相关性。 特别是，我们没有重述以前的数据，表明PD-1+CTLA-4+CD8+“耗尽”的T细胞特征可以预测预后。 然而，NK细胞在抗PD-1免疫治疗后的肿瘤中明显增多(Fig. 6c)。
84230发布于 2019-08-07 - 来自专栏生信探索
文献阅读02: CD39抑制改变肿瘤微环境
图片 CD39i激活CD8 + T细胞，促进T细胞扩增 淋巴细胞分为10群，包括CD8-G2M, CD8-S,CD8-Slfn5, CD8-TRM, CD8-Ififitm1, NK, Th, CD4- Pdcd1, Th17, and Treg CD39i治疗后cycling CD8 + T cells (CD8-G2M and CD8-S)增加、NK增加、Treg减少 流式结果表明CD39i增加CD27 以上结果表明，CD39i 治疗增加NK细胞浸润，释放Xcl1从而招募cDC1，cDC1通过Il15, Il12b, Cd80 ，Cd86激活cycling CD8 + T细胞，同时也被免疫检查点抑制。 淋巴系分为15群，WT中CD39治疗后proliferating CD8 + T细胞、NK细胞增加，Treg 减少。 KO中CD39i虽然增加NK量，但是CD8+功能缺失，这表明CD39i是通过NK/cDC1间接激活T细胞。
71140编辑于 2023-02-17 - 来自专栏生信菜鸟团
提供数据代码，基于空间信息的基因表达用于预测疾病结果
SPON2+ NK and CD8+ T cell interactions Para_01 为了调查SPON2+ NK细胞是否与CD8+ T细胞在抗肿瘤免疫反应中相互作用，我们使用mIHC和单细胞RNA 与SPON2−CD57+ NK细胞相比，CD8+ T细胞在SPON2+CD57+ NK细胞附近的数量更多（P = 7.9 × 10−3；扩展数据图8a-c）。 扩展数据图8d，e）和SPON2过表达（NKOE-SPON2）原代NK细胞以及CD8+ T细胞。 SPON2过表达（NKOE-SPON2）原代NK细胞以及CD8+ T细胞。 Subcutaneous HCC mouse models that depleted NK, CD8+ T or both cell types 耗竭NK细胞、CD8+ T细胞或两种细胞类型的皮下HCC
61510编辑于 2025-04-26 AbMole科研讲堂丨OK-432：如何成为优于K562饲养体系的NK细胞培养方案？
OK-432（AbMole，M9414）是一种源自链球菌的生物活性物质，具有免疫调节作用，能够显著增强NK细胞的活性和扩增效率，为促进NK细胞的体外扩增提供了新的选择。 传统NK细胞培养方法主要依赖K562饲养细胞系统，其原理是K562细胞通过细胞间接触和旁分泌作用以支持NK细胞的扩增，但这种方法操作复杂且存在潜在的污染风险。 OK432是一种新型的NK细胞培养用试剂，在分子机制上，OK432的核心活性成分中的肽聚糖与脂磷壁酸可模拟细菌感染，通过结合NK细胞表面Toll样受体4（TLR4）启动相应信号通路。 在与OK432的刺激下，TLR4胞内段与MyD88适配器结合，激活NF-κB与MAPK信号级联，最终促进NK细胞的增殖。与传统的NK细胞培养方法相比，OK-432的优势在于：1. 其机制是OK-432可能通过上调NK细胞表面的激活受体（如DNAM-1）或促进颗粒酶B、穿孔素等效应分子的释放，增强NK细胞对肿瘤细胞的杀伤能力。
17810编辑于 2025-12-03- 来自专栏流式抗体推文
Elabscience PECyanine7 标记抗小鼠 Ly-49CI 抗体，解锁 NK 细胞调控核心机制
存储与运输：运输过程采用冰袋冷藏，产品可在 2-8℃条件下保存 12 个月，需避免长时间光照及反复冻融，确保抗体活性稳定。 NK-1.1+（或DX5+） T淋巴细胞（NK-T细胞）上表达的抑制性受体）、C57BL/6小鼠的记忆性CD8+ T淋巴细胞和NK1.1+ γδ T细胞群以及BALB/c和C57BL/6小鼠的B-1细胞亚群发生反应 胸腺中表达Ly-49C/I的NK T细胞比例高于肝脏（分别为未成熟NK T细胞和成熟NK T细胞）（2-5倍），有证据表明，Ly-49受体表达的下调是正常NK T细胞发育所必需的。 应用领域免疫细胞表型分析：用于 NK 细胞、NK-T 细胞、记忆 CD8+ T 细胞等免疫细胞亚群的鉴定与分选，明确 Ly-49C/I 在不同细胞群体中的表达特征。 稳定性高：严格的生产工艺与质控标准确保抗体活性稳定，2-8℃长期保存无需冷冻，运输过程中活性不受影响，降低实验风险。
49610编辑于 2025-11-21 - 来自专栏作图丫
【单细胞文章解读】食管鳞状细胞癌肿瘤微环境的免疫抑制图景
02 T细胞和NK细胞的聚类及亚型分型 （1）T细胞和NK细胞是主要的免疫毒性细胞，文章识别出了CD4 T细胞群，7个CD8 T细胞群，1个CD4和CD8双阴性T细胞群，3个NK细胞群(a)。 03 肿瘤T细胞和NK细胞状态的改变 （1）比较肿瘤和邻近组织之间的T细胞簇。 （3）在ESCC中，PD1在CD8 T细胞中的表达始终较高(f)，肿瘤中NK细胞的主要簇群由邻近组织的NKC1-NCR3转变为NK- c3 - klrc1，肿瘤中NK- c2 - stmn1显著增加。 （4）分析NK三种细胞群表达差异(h，j)。 （5）分析T细胞和NK细胞簇的细胞周期，以确定细胞的增殖能力，生成G1/S或G2/M期的细胞周期基因的增殖评分。 （4）CD8 T细胞的克隆细胞明显多于CD4 T细胞，CD8 T细胞中细胞毒性细胞簇CD8- c1 - NKG7在癌旁组织中出现频率较高，在癌旁组织中也表现出较肿瘤组织中增加的克隆扩张(e)。
76640编辑于 2022-03-29 - 来自专栏流式抗体推文
小鼠 Ly-49 家族检测难区分？Elabscience PerCP/Cyanine5.5 标记抗小鼠 Ly-49C/I 抗体精准靶向 C/I 亚型
其凭借高特异性、稳定的荧光性能和便捷的使用体验，成为自然杀伤细胞（NK 细胞）、NK-T 细胞等相关免疫研究的理想工具，为免疫调控机制、移植免疫等领域的实验提供可靠支持。 浓度为 5 μL/Test，呈液体形态，存储于 pH 7.2 的磷酸盐缓冲液中（含 0.09% 叠氮NA），2-8℃避光保存可稳定 12 个月，运输需全程冰袋冷藏。 NK-1.1+（或DX5+） T淋巴细胞（NK-T细胞）上表达的抑制性受体）、C57BL/6小鼠的记忆性CD8+ T淋巴细胞和NK1.1+ γδ T细胞群以及BALB/c和C57BL/6小鼠的B-1细胞亚群发生反应 胸腺中表达Ly-49C/I的NK T细胞比例高于肝脏（分别为未成熟NK T细胞和成熟NK T细胞）（2-5倍），有证据表明，Ly-49受体表达的下调是正常NK T细胞发育所必需的。 Mouse IgG2a, κ Isotype Control [C1.18.4]），实验设计更严谨；存储便捷：无需冷冻，2-8℃冷藏即可长期保存，避免反复冻融导致的抗体活性下降。
24510编辑于 2025-11-21
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