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NK细胞的单细胞层面细分亚群
首先让我们看看chatGPT对于NK细胞的介绍 自然杀伤细胞（Natural Killer cells，简称NK细胞）是一类免疫细胞，主要参与体内的免疫应答和抗肿瘤免疫。 NK细胞的分类可以基于其表面标志物、功能、发育阶段以及组织分布等方面进行。 1. 表面标志物分类： 基于NK细胞在表面上表达的特定标志物，可以将NK细胞分为不同的亚群。 功能分类： 根据NK细胞的功能，可以将其分为几个亚群，如： 细胞毒性NK细胞：具有杀伤肿瘤细胞和感染细胞的能力。 调节性NK细胞：通过分泌细胞因子调节免疫应答，如干扰素（IFN-γ）。 3. 需要注意的是，NK细胞的分类并不是严格的，因为细胞的特性和功能在不同环境中可能发生变化。此外，不同物种中的NK细胞也可能存在一些差异。 细胞数量较多所以就被作者细分了： CD56亚群里面NK细胞数量较多所以就被作者细分了 值得注意是里面的NK-HSP仅仅是因为NK细胞有HSP的状态，其实也可以是干扰素状态，炎症状态，或者细胞增殖状态
1.7K50编辑于 2023-08-31 - 来自专栏生信技能树
SingleR说是NK细胞你就相信了吗
最近单细胞数据挖掘文章如雨后春笋般冒出来了，总体来说就两个方向： 找到一个数据集，降维聚类分群后，拿到基因列表后，去TCGA建模 首先TCGA建模然后拿模型里面的基因去单细胞转录组数据集看是否有特殊的表现 and bulk RNA‐sequencing identifies a signature based on NK cell marker genes to predict prognosis and ，三五分钟就可以出结果，但是我看到了它里面的NK细胞数量非常多，不太符合基础认知，如下所示： NK细胞数量非常多 我看了看文章里面的描述； Cells in clusters 0, 1, 2, 3, ，而且我们也不推荐它作为唯一的或者说是最后的单细胞亚群命名标准。 细胞吗？
37110编辑于 2023-09-04 - 来自专栏生信技能树
单细胞数据挖掘文章全文图表复现：NK细胞耗竭和肿瘤细胞进化轨迹
细胞和肿瘤细胞在非角化性鼻咽癌（NK-NPC）中的作用，NK-NPC与EBV感染密切相关 方法：收集3例NK-NPC样本和3例正常鼻咽黏膜样本进行蛋白质组分析，联合GSE162025（NK-NPC单细胞转录组数据 ）和GSE150825（NLH单细胞转录组数据）进行分析 分析步骤： 对蛋白组数据进行分析，发现NK细胞介导的细胞毒性相关蛋白显著下调，NK细胞功能可能受到抑制。 免疫组化发现NK-NPC样本中，与NK细胞相关的B2M，CD56+，Granzyme B均下调 对NK-NPC单细胞转录组样本进行分析，T细胞，B细胞，NK细胞在所有类型的细胞中排名前三 对NK细胞取子集进行细分 ，得到1个mast cell和3个NK细胞cluster，从NK细胞毒性激活/抑制，细胞通讯，NK细胞功能相关的标志物，NK细胞介导的毒性通路等角度进行分析，并用NLH单细胞转录数据集进行验证 对上皮细胞取子集进行细分 ] # NK cell ['PTPRC','NKG7','CD96','KLRC1','NCAM1']---[7,11] [0,1,5,7,10,11,13] # Myeloid cells ['CD14
1.3K12编辑于 2023-12-04 - 来自专栏流式抗体推文
NK细胞分群不清？Elabscience全流程方案助你高效通关
若需要进行NK细胞的体外分选和培养（进行NK细胞的亚细胞水平的代谢等研究），可参考相关实验流程。2. 抗体选择NK细胞的鉴定主要依赖于其独特的表面标志物表达。 CD56是NK细胞的特征性标志物，但在不同NK细胞亚群中表达水平不同。CD16是另一个重要的NK细胞标志物，主要负责抗体依赖性细胞毒性（ADCC）。 （1）基于CD56和CD16的表达，NK细胞可分为两个主要亚群[4]CD56dimCD16+NK细胞：这是外周血中最主要的NK细胞亚群，约占总NK细胞的90%以上，具有强大的细胞毒性功能。 ，所有品系均表达亚群标志物CD27、CD11b区分发育阶段：CD11blowCD27high（未成熟）和CD11bhighCD27low（成熟，高细胞毒性）3. Frontiers in Immunology, 11. https://doi.org/10.3389/fimmu.2020.586126.[7] Wagner, A.
10000编辑于 2026-02-28 - 来自专栏生信技能树
这个肝癌单细胞数据集居然真的有这么多NK细胞亚群啊！！！
根据生信技能树发布的学徒作业：SingleR说是NK细胞你就相信了吗, 验证一下看真的是有这么多NK细胞 首先读取数据，然后降维分群 library(Seurat) library(dplyr) library # 免疫细胞 0,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,15(7和14不是) DotPlot(sce,features = c('PTPRC','CD45')) # T细胞 ','SDC1','CD79A')) # NK细胞 0,4 DotPlot(sce,features = c('FGFBP2','FCG3RA','CX3CR1')) # NK细胞 0,1,3,4,9,10,13 细胞 看看NK细胞的marker 再上cellmarker看一下肝癌里NK细胞的marker DotPlot(sce,features = c('CD16','CD57','CD7','GNLY cell 最后发现：相比手动注释的结果，它把部分B细胞，部分T细胞都归类为NK细胞，但是整体而言，无论是人工注释还是自动注释，这个数据里NK细胞确实占比较高
68720编辑于 2023-09-04 - 来自专栏生信菜鸟团
【生信文献200篇】09 PDGF-DD作用于NK细胞
DAP12缺陷的NK细胞在细胞表面缺乏NKp44和所有DAP12相关受体的表达。 NK细胞的效果类似。 经NK(DD+lgG) sup处理的肿瘤细胞上调了CADM1、CD112和CD155，可激活或抑制NK细胞介导的裂解(图4H)。 在体外被IL-2和IL-15激活后，NK细胞NKp44明显上调，炎症细胞因子进一步刺激NKp44升高(图6B)。 ? 作者选择B16转移性肿瘤模型(对NK细胞IFN-γ分泌能力敏感)。 研究表明CpG-ODN免疫治疗可以刺激皮下B16黑素瘤NK细胞的招募、激活和NK细胞依赖的消退。 当浸润NK细胞被肿瘤表达的PDGF-DD激活时，CpG-ODN可以更有效地抑制实体瘤的生长。
1.2K20发布于 2021-02-03 - 来自专栏单细胞天地
单细胞测序揭示强直性脊柱炎患者 NK 细胞亚群的改变和细胞毒性分子水平的降低
这里使用 CD11C (ITGAX) 来区分 cDC（c14 ）并选择三个标记（CLEC4C、RASD1 和 LILRA4）来定义 pDC (c15) 其他4个小的clusters：红细胞（c 16）、 粒细胞（c 17）、MKI67+ 增殖细胞（c 18）、造血干细胞（c 19） AS 患者 CD56 dim NK 细胞亚群减少 自然杀伤细胞（NK），也称为大颗粒淋巴细胞，是具有识别和杀死有害细胞的能力而无需 得到2个 NK 细胞亚群（命名为 NK0 和 NK1） 对NK0 亚群而言，细胞毒性基因（如 GZMB 和 NKG7）以及 FCGR3A（引发抗体依赖性细胞毒性的重要受体）的高表达暗示了强大的杀伤能力， 表明它与 CD56 bright NK 细胞的身份相同 与健康对照相比，AS 患者 NK 细胞中细胞毒性基因的表达降低 为了了解 NK 细胞的减少是否伴随着转录本的改变，我们分析了两组之间 NK 细胞的基因表达水平 NK 细胞介导的细胞毒性受到阻碍，这可能是由于编码颗粒酶和 NK 的细胞毒性相关基因的表达受损所致
1.6K60编辑于 2022-04-18 AbMole科研讲堂丨OK-432：驱动NK细胞高效活化与功能成熟的无饲养细胞培养系统
在NK细胞培养体系中，OK432主要作为免疫调节剂发挥作用，通过激活固有免疫信号通路，促进NK细胞的活化、增殖及功能成熟。 这种源于微生物的生物活性物质，为体外NK细胞的规模化培养提供了一种高效的刺激方案[1]。 NK细胞作为天然免疫系统的关键效应细胞，可以清除病原体和肿瘤细胞，以此原理诞生了NK细胞过继法（Adoptive NK Cell Therapy）以抑制肿瘤。 其中NK细胞的体外扩增效率和功能状态直接影响其后继的研究应用。传统NK细胞作培养方法依赖饲养层细胞和多种细胞因子的组合，存在成本高、操作复杂等问题。 传统NK细胞培养方法如K562饲养细胞培养系统，是通过基因工程改造表达4-1BBL和IL-15等膜结合因子的K562细胞作为滋养层，为NK细胞提供持续刺激信号。
19410编辑于 2025-12-02- 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
单细胞分析：marker鉴定（11）
例如，我们可能对基因 TPSB2 感兴趣，它显示簇中的大部分细胞表达该基因，但其他簇中表达该基因的细胞很少。 因此簇20可能代表肥大细胞。肥大细胞是免疫系统的重要细胞，属于造血谱系。 我们将标记幼稚细胞并将剩余的簇标记为 CD4+ T 细胞。 现在获取所有这些信息，我们可以推测不同簇的细胞类型并绘制带有细胞类型标签的细胞。 "7" = "Stressed cells / Activated T cells", "8" = "NK + monocytes", "10" = "CD4+ T cells", "11 " = "B cells", "12" = "NK cells", "13"
1.2K40编辑于 2023-02-27 - 来自专栏流式抗体推文
聚焦 NK 细胞功能研究，Elabscience APC 标记抗小鼠 Ly-49CI 抗体，实验数据稳准狠
它能特异性识别小鼠多种品系的 Ly-49C 和 Ly-49I 抑制性受体，在 NK 细胞、NK-T 细胞等相关研究中表现优异，具备高特异性、稳定性能和便捷使用等优势，是生命科学研究中不可或缺的实验工具。 该受体主要表达于小鼠 NK 细胞、NK-1.1+（或 DX5+）T 淋巴细胞（NK-T 细胞）亚群，在 C57BL/6 小鼠的记忆 CD8+ T 淋巴细胞、NK1.1+ γδ T 细胞以及 BALB/c Ly-49C/I 的表达水平与细胞发育阶段相关，胸腺中 NK T 细胞的表达比例是肝脏中的 2-5 倍，其表达下调对 NK T 细胞正常发育至关重要。 此外，该受体通过其免疫受体酪氨酸抑制基序（ITIMs）的酪氨酸磷酸化，介导 NK 细胞溶细胞活性的负调控，在同种异体和杂交抗 H-2d 骨髓移植抵抗中发挥作用。 应用领域小鼠 NK 细胞、NK-T 细胞的表型鉴定与分选。Ly-49 受体家族表达调控机制研究。MHC I 类抗原与 Ly-49 受体相互作用研究。免疫细胞发育及功能调控相关研究。
18510编辑于 2025-11-13 - 来自专栏生信探索
文献阅读02: CD39抑制改变肿瘤微环境
图片 从11个样本中随机选2000个细胞，从tsne看出癌旁有更多免疫细胞 图片 TCGA-BCLA也说明癌旁有更多免疫细胞 图片 免疫组化说明CD39在BC中高表达 图片 CD39表达增加导致T细胞耗竭和 + CD11b+和CD27-CD11b+ NK 细胞比例，但是减少 CD27-CD11b- and CD27 + CD11b- NK 细胞比例，这表明主要增加了成熟NK细胞；但是 Granzyme B + NK细胞比例未增加，这表明Granzyme B + NK细胞细胞增加的原因是NK细胞数量的增加而不是依赖单个细胞Granzyme B的表达。 NK细胞与cDC1通过Xcl1通讯，Xcl1使cDC1进入肿瘤，CD39i通过增加肿瘤中NK细胞数量从而增加该过程。 图片 去除NK细胞可以逆转CD39i的抗肿瘤作用 转基因小鼠去除NK细胞。
71140编辑于 2023-02-17 - 来自专栏生物信息云
医学生物信息学文献第2期：肿瘤微环境
虽然来自IL2RG-/-小鼠的B16F10肿瘤的肿瘤面积与其WT对照组大致相同，但是IL2RG-/-动物肿瘤可显著降低TME中CD 103+SDC的表达，而CD11b+DC的频率无明显变化(图3a和补充图 与IL2RG-/：WT-混合骨髓嵌合体相比，IL2RG-/：Flt3l-/-混合骨髓嵌合体的CD11b+DC无明显减少(图3b)；此外，在肿瘤引流和非引流皮肤LN中，居住或迁移的CD11b+DC均无缺陷 ，提示IL2RG-/：Flt3l-/-混合骨髓嵌合体中CD11b+DC无整体缺陷(补充图5c)。 而缺乏NK细胞的小鼠TME中CD 103+SDC的频率降低，CD11b+DC的水平无明显变化(图3d)。 11、NK-SDC轴与抗PD-1免疫治疗的反应性相关 用于黑色素瘤群组A的综合流式细胞仪板对TME中的33个免疫群体进行定量(补充图2和补充表2)。
84230发布于 2019-08-07 - 来自专栏单细胞
单细胞实战之亚细胞分群从TNK至CD4+T细胞——从入门到进阶(中级篇1）
NK细胞GNLY 和 XCL1：NK细胞 的典型效应分子，参与抗病毒和抗肿瘤反应。 再看一下cosg分析后每个簇中的Top10基因，第11簇细胞高表达BCAS1, HOXA5, KRT86, DLL1, ENPP1, TNFSF11, KRT81,CD300LF, PCDH9, KIT 因此综合上面的信息考虑，第11簇很可能是一群“混杂”细胞，具体是什么笔者也不知道。 当然我们还需要考虑一件事，是不是因为我们的分辨率不够，导致第11簇没有分开，因此笔者特异会多查看几个标记基因库。 同时再看一下分辨率为0.6时的结果，我们发现第0, 1, 5簇属于CD4+T细胞，第2, 6, 8, 11簇属于CD8+T细胞，第10簇属于NK细胞，第3, 4, 7, 9簇暂时还不能够确定。 细胞，第10_0簇拟命名为CD8+ NK,但我们这里不重点探查NK细胞，因此这两群细胞统一命名为NK。
89710编辑于 2025-02-22 NK+HEK293细胞双杀！AD600150玩转Trim28-Eomes互作实验
Eomes）来影响NK细胞的抗肿瘤免疫。 NK细胞：转染Eomes过表达质粒（用于验证Eomes对DX5表达的挽救效应）。 原代NK细胞转染Eomes（Fig.5E）： ◦ 实验内容：通过转染Eomes过表达质粒，恢复gp96缺陷型NK细胞中DX5的表达。 ◦ 结果：DX5+ NK细胞比例显著回升（p=0.0117），证明Eomes是gp96调控NK成熟的关键下游因子。2. 5.转染试剂的核心贡献• 高效递送能力：成功转染难转染的原代NK细胞（转染效率>60%），为功能挽救实验提供技术保障。
22010编辑于 2025-05-27文献分享--血管STING激活促进自然杀伤细胞在小细胞肺癌中的抗肿瘤免疫
作者，Evil Genius每年的大约1-5月份左右，都是新技术、新思路、高分文章产出的高峰期，而11-12月一般是平静期，不知道这是不是跟国人的习惯有关。 转录响应具有细胞类型特异性：非恶性细胞（单核细胞、EC、成纤维细胞） 在cGAMP处理后显著上调STING介导的干扰素信号通路及趋化因子（CXCL10/CXCL11）。 其他通路分析还提示，cGAMP促进EC-NK细胞黏附（ICAM1）、单核细胞-NK细胞趋化（CCL家族） 以及NK-SCLC黏附（CD96）。 NK细胞和T细胞浸润。 同时耗竭NK细胞和CD8+ T细胞可显著削弱联合治疗疗效，表明NK细胞在该联合策略中发挥重要作用，但内源性NK细胞数量稀少可能限制其疗效。
18220编辑于 2026-03-09- 来自专栏单细胞天地
单细胞分析揭示了ZNF683在多发性骨髓瘤的NK细胞耗竭中的关键作用
、NK细胞 概述 问题：在多发性骨髓瘤（MM）中 NK 细胞的细胞毒性降低。 ZNF683 NK细胞在骨髓瘤中表现出细胞毒性相关标志物降低 MM患者和健康个体之间ZNF683 NK细胞的功能差异 来自MM患者的BM和PB中的 ZNF683 NK细胞的NK细胞毒性通路与来自健康志愿者的 ZNF683 NK细胞在MM中表现出耗竭表型 除了上面提到的细胞毒性标志物外，还比较了MM患者ZNF683 NK细胞和其他NK细胞簇中的激活/抑制受体表达 来自MM患者的ZNF683 NK细胞表现出比其他 同时，与健康志愿者来源的NK细胞相比，细胞毒性测定显示MM来源的ZNF683 NK细胞的细胞毒性降低，而在MM患者的ZNF683-KD NK细胞中观察到NK细胞对靶细胞的细胞毒性增加，进一步证实了ZNF683 与正常浆细胞相比，多种免疫细胞包括NK细胞、NK样T细胞、CD8+T细胞、活化单核细胞及树突状细胞均低表达SLAMF7。抗体与SLAMF7结合可以激活NK细胞和固有免疫。
1.1K30编辑于 2022-11-24 - 来自专栏单细胞天地
CellChat：细胞间相互作用分析利器
前言 我们知道，细胞间信息传递方式一个是细胞表面配受体的相互作用，另一个通过细胞产生的可溶性小分子，即细胞因子。 在单细胞数据分析中下游，有时候我们想看某几种细胞类型之间的相互作用，就有人推荐我们做一个配受体分析。那什么是配受体？ 除了从任何给定的scRNA-seq数据推断细胞间通信外，CellChat还提供了进一步的数据探索、分析和可视化功能。 它能够分析细胞与细胞间的通讯，以获得细胞发展轨迹上的连续状态。 识别细胞群的信号转导作用，通过计算每个细胞群的网络中心性指标，CellChat允许随时识别细胞间通信网络中的主要发送者、接收者、调解者和影响者。 1.252374e-10 9.715001e-13 6.532072e-11 1.078708e-10 4.600719e-11 5.375799e-12 1.393535e-11 CD8 T
6.9K54发布于 2020-07-29 - 来自专栏生信技能树
SARS-CoV-2感染的雪貂支气管肺泡灌洗液单细胞转录组数据挖掘（2） 细分NK和CD8的T单细胞亚群
（全部的代码复制粘贴即可运行，欢迎尝试以及批评指正） 现在是雪貂支气管肺泡灌洗液单细胞转录组显示SARS-CoV-2感染期间巨噬细胞的顺序变化专辑第2讲：主要是对 NK cells and CD8+T 细胞与CD8 T细胞 MPcov <- readRDS("Seurat_object_total_cells.Rds") #常规降维聚类分群(NK细胞与CD8 T细胞) Idents(MPcov) <- ", label=T) dev.off() 1643460147179 #未感染对照组(n=3)、2 dpi (n=3)和5 dpi (n=4)各细胞类型在NK细胞群中的比例 pdf("Fig2b.NK_stacked_bar_composition_celltype.pdf nrow(x):1,c("Ct","C2","C5")] colnames(x) = c("dpi 0","dpi 2","dpi 5") x <- x[nrow(x):1,] par(mar=c(11,4,1,1 细胞中的表达水平 pdf("Fig2c.vln_plot_NK.pdf",3.8,5) VlnPlot(cov.NK, features = "STAT1", pt.size = 0) VlnPlot(
55020编辑于 2022-03-03 AbMole科研讲堂丨OK-432：如何成为优于K562饲养体系的NK细胞培养方案？
OK-432（AbMole，M9414）是一种源自链球菌的生物活性物质，具有免疫调节作用，能够显著增强NK细胞的活性和扩增效率，为促进NK细胞的体外扩增提供了新的选择。 传统NK细胞培养方法主要依赖K562饲养细胞系统，其原理是K562细胞通过细胞间接触和旁分泌作用以支持NK细胞的扩增，但这种方法操作复杂且存在潜在的污染风险。 OK432是一种新型的NK细胞培养用试剂，在分子机制上，OK432的核心活性成分中的肽聚糖与脂磷壁酸可模拟细菌感染，通过结合NK细胞表面Toll样受体4（TLR4）启动相应信号通路。 在与OK432的刺激下，TLR4胞内段与MyD88适配器结合，激活NF-κB与MAPK信号级联，最终促进NK细胞的增殖。与传统的NK细胞培养方法相比，OK-432的优势在于：1. 其机制是OK-432可能通过上调NK细胞表面的激活受体（如DNAM-1）或促进颗粒酶B、穿孔素等效应分子的释放，增强NK细胞对肿瘤细胞的杀伤能力。
17810编辑于 2025-12-03- 来自专栏生信技能树
张泽民课题组的泛癌层面NK单细胞水平分群及其标记基因能带动一波数据挖掘文章吗
这两天看到了各种交流群以及朋友圈小伙伴都在转发和祝贺张泽民课题组的泛癌层面NK单细胞数据挖掘文章， 我简单看了看，类似的策略的数据挖掘居然一直可以发CNS级别杂志，让人膜拜： 2021年2月发表在CELL 绝大部分文章都是抓住免疫细胞亚群进行细分，包括淋巴系（T,B,NK细胞）和髓系（单核，树突，巨噬，粒细胞）的两大类作为第二次细分亚群。 但是也有部分小伙伴表示，这个张泽民课题组的泛癌层面NK单细胞水平分群及其标记基因能带动一波数据挖掘文章，让大家赶快去使用他们的结果去做数据挖掘文章，最近单细胞数据挖掘文章如雨后春笋般冒出来了，总体来说就两个方向 ，但是因为张泽民课题组的泛癌层面已经对各个单细胞亚群做完了单细胞水平分群并且得到了其标记基因，实际上它就是一个数据库资源： 做完了单细胞水平分群并且得到了其标记基因 不同层级的NK细胞亚群里面的基因列表就可以无缝连接到下游的数据挖掘文章啦 比如我们拿到上面的3个文章的第一个细看； GSE131907, we obtained gene expression profiles of 45,149 cells from 11 primary
77820编辑于 2023-09-04
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