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NK细胞的单细胞层面细分亚群
(CD10+,MME,fibro or CD31+,PECAM1,endo) 参考我前面介绍过 CNS图表复现08—肿瘤单细胞数据第一次分群通用规则，这3大单细胞亚群构成了肿瘤免疫微环境的复杂。 NK细胞的分类可以基于其表面标志物、功能、发育阶段以及组织分布等方面进行。 1. 表面标志物分类： 基于NK细胞在表面上表达的特定标志物，可以将NK细胞分为不同的亚群。 功能分类： 根据NK细胞的功能，可以将其分为几个亚群，如： 细胞毒性NK细胞：具有杀伤肿瘤细胞和感染细胞的能力。 调节性NK细胞：通过分泌细胞因子调节免疫应答，如干扰素（IFN-γ）。 3. 需要注意的是，NK细胞的分类并不是严格的，因为细胞的特性和功能在不同环境中可能发生变化。此外，不同物种中的NK细胞也可能存在一些差异。 细胞数量较多所以就被作者细分了： CD56亚群里面NK细胞数量较多所以就被作者细分了 值得注意是里面的NK-HSP仅仅是因为NK细胞有HSP的状态，其实也可以是干扰素状态，炎症状态，或者细胞增殖状态
1.7K50编辑于 2023-08-31 - 来自专栏生信技能树
SingleR说是NK细胞你就相信了吗
最近单细胞数据挖掘文章如雨后春笋般冒出来了，总体来说就两个方向： 找到一个数据集，降维聚类分群后，拿到基因列表后，去TCGA建模 首先TCGA建模然后拿模型里面的基因去单细胞转录组数据集看是否有特殊的表现 ，三五分钟就可以出结果，但是我看到了它里面的NK细胞数量非常多，不太符合基础认知，如下所示： NK细胞数量非常多 我看了看文章里面的描述； Cells in clusters 0, 1, 2, 3, 7, 9, 10, 12, and 14 were annotated as NK cells based on SingleR 问题就出在这里，SingleR并不是不能使用，毕竟也有那么多人引用，但是它很大概率会被误用 ，而且我们也不推荐它作为唯一的或者说是最后的单细胞亚群命名标准。 细胞吗？
37110编辑于 2023-09-04 - 来自专栏生信技能树
单细胞数据挖掘文章全文图表复现：NK细胞耗竭和肿瘤细胞进化轨迹
细胞和肿瘤细胞在非角化性鼻咽癌（NK-NPC）中的作用，NK-NPC与EBV感染密切相关 方法：收集3例NK-NPC样本和3例正常鼻咽黏膜样本进行蛋白质组分析，联合GSE162025（NK-NPC单细胞转录组数据 ）和GSE150825（NLH单细胞转录组数据）进行分析 分析步骤： 对蛋白组数据进行分析，发现NK细胞介导的细胞毒性相关蛋白显著下调，NK细胞功能可能受到抑制。 免疫组化发现NK-NPC样本中，与NK细胞相关的B2M，CD56+，Granzyme B均下调 对NK-NPC单细胞转录组样本进行分析，T细胞，B细胞，NK细胞在所有类型的细胞中排名前三 对NK细胞取子集进行细分 ，得到1个mast cell和3个NK细胞cluster，从NK细胞毒性激活/抑制，细胞通讯，NK细胞功能相关的标志物，NK细胞介导的毒性通路等角度进行分析，并用NLH单细胞转录数据集进行验证 对上皮细胞取子集进行细分 = 1:10) DimPlot(NK_subtype,reduction = 'tsne') NK_subtype <- FindNeighbors(NK_subtype,dims = 1:10) NK_subtype
1.3K12编辑于 2023-12-04 - 来自专栏流式抗体推文
NK细胞分群不清？Elabscience全流程方案助你高效通关
若需要进行NK细胞的体外分选和培养（进行NK细胞的亚细胞水平的代谢等研究），可参考相关实验流程。2. 抗体选择NK细胞的鉴定主要依赖于其独特的表面标志物表达。 CD56是NK细胞的特征性标志物，但在不同NK细胞亚群中表达水平不同。CD16是另一个重要的NK细胞标志物，主要负责抗体依赖性细胞毒性（ADCC）。 （1）基于CD56和CD16的表达，NK细胞可分为两个主要亚群[4]CD56dimCD16+NK细胞：这是外周血中最主要的NK细胞亚群，约占总NK细胞的90%以上，具有强大的细胞毒性功能。 粒细胞亚群标志物CD16区分功能亚群：CD56dimCD16+（90%，强细胞毒性）；CD56brightCD16dim/-（10%，高细胞因子分泌）功能标志物CD69、CD107a、IFN-7、颗粒酶 PD-1 expression on mouse intratumoral NK cells and its effects on NK cell phenotype. iScience, 25(10)
10000编辑于 2026-02-28 - 来自专栏生信技能树
这个肝癌单细胞数据集居然真的有这么多NK细胞亚群啊！！！
根据生信技能树发布的学徒作业：SingleR说是NK细胞你就相信了吗, 验证一下看真的是有这么多NK细胞 首先读取数据，然后降维分群 library(Seurat) library(dplyr) library # 免疫细胞 0,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,15(7和14不是) DotPlot(sce,features = c('PTPRC','CD45')) # T细胞 ','SDC1','CD79A')) # NK细胞 0,4 DotPlot(sce,features = c('FGFBP2','FCG3RA','CX3CR1')) # NK细胞 0,1,3,4,9,10,13 注释为NK细胞 看看NK细胞的marker 再上cellmarker看一下肝癌里NK细胞的marker DotPlot(sce,features = c('CD16','CD57','CD7', ，13都注释为NK cell 最后发现：相比手动注释的结果，它把部分B细胞，部分T细胞都归类为NK细胞，但是整体而言，无论是人工注释还是自动注释，这个数据里NK细胞确实占比较高
68720编辑于 2023-09-04 - 来自专栏生信菜鸟团
【生信文献200篇】09 PDGF-DD作用于NK细胞
NK细胞的效果类似。 经NK(DD+lgG) sup处理的肿瘤细胞上调了CADM1、CD112和CD155，可激活或抑制NK细胞介导的裂解(图4H)。 NCR2-tg小鼠中B16-PDGFD细胞的高排异反应依赖于NKp44。NCR2-tg小鼠在限制B16F10细胞方面不具有非tg小鼠固有的优势。 ? ? ? 此外，IFN-γ 和TNF-α 小鼠模型诱导了CD96配体、CD155作用于B16F10细胞。 阻断CD96-CD155的相互作用可能会增强NK细胞的活化，限制B16-PDGFD细胞的转移。 研究表明CpG-ODN免疫治疗可以刺激皮下B16黑素瘤NK细胞的招募、激活和NK细胞依赖的消退。 当浸润NK细胞被肿瘤表达的PDGF-DD激活时，CpG-ODN可以更有效地抑制实体瘤的生长。
1.2K20发布于 2021-02-03 - 来自专栏单细胞天地
单细胞测序揭示强直性脊柱炎患者 NK 细胞亚群的改变和细胞毒性分子水平的降低
文章使用 10X 单细胞 RNA 测序分析了来自 AS 患者和健康受试者的外周血单个核细胞 (PBMC)，用来探索免疫细胞群的异质性和两者之间的细胞毒性差异。 聚类产生20个cluster，然后注释到10种细胞类型 T 细胞由 7 个高表达 CD3D 和 CD3E 的细胞簇组成； B 细胞以 CD19 和 MS4A1 表达为特征 经典和非经典单核细胞分别以 CD14 得到2个 NK 细胞亚群（命名为 NK0 和 NK1） 对NK0 亚群而言，细胞毒性基因（如 GZMB 和 NKG7）以及 FCGR3A（引发抗体依赖性细胞毒性的重要受体）的高表达暗示了强大的杀伤能力， 表明它与 CD56 bright NK 细胞的身份相同 与健康对照相比，AS 患者 NK 细胞中细胞毒性基因的表达降低 为了了解 NK 细胞的减少是否伴随着转录本的改变，我们分析了两组之间 NK 细胞的基因表达水平 NK 细胞介导的细胞毒性受到阻碍，这可能是由于编码颗粒酶和 NK 的细胞毒性相关基因的表达受损所致
1.6K60编辑于 2022-04-18 AbMole科研讲堂丨OK-432：驱动NK细胞高效活化与功能成熟的无饲养细胞培养系统
在NK细胞培养体系中，OK432主要作为免疫调节剂发挥作用，通过激活固有免疫信号通路，促进NK细胞的活化、增殖及功能成熟。 NK细胞作为天然免疫系统的关键效应细胞，可以清除病原体和肿瘤细胞，以此原理诞生了NK细胞过继法（Adoptive NK Cell Therapy）以抑制肿瘤。 其中NK细胞的体外扩增效率和功能状态直接影响其后继的研究应用。传统NK细胞作培养方法依赖饲养层细胞和多种细胞因子的组合，存在成本高、操作复杂等问题。 传统NK细胞培养方法如K562饲养细胞培养系统，是通过基因工程改造表达4-1BBL和IL-15等膜结合因子的K562细胞作为滋养层，为NK细胞提供持续刺激信号。 OK432相比传统方法具有显著优势：首先，无需饲养细胞即可实现高效扩增，规避了细胞共培养的污染隐患；其次，单次刺激即可维持7-10天的增殖活性，减少操作步骤和污染风险。
19410编辑于 2025-12-02- 来自专栏yw的数据分析
10X单细胞测序细胞分类
介绍 文章对已知的多种细胞系混合后进行单细胞10X RNA测序，研究多克隆之间的互作模式。我们这里介绍里面的单细胞测序基因表达细胞分类操作。 & n_cls < 100+param_range) { clust_res <- 4 } else { stop('Not implemented') } 根据之前QC时的标记，选择过质控的细胞 = 'pca', dims = 1:n_pcs, k.param = 10 FindClusters(seuObj, resolution = clust_res, verbose = FALSE) 原文出处 http://www.thecodesearch.com/2021/02/04/10x 单细胞测序细胞分类/
67410发布于 2021-02-22 - 来自专栏流式抗体推文
聚焦 NK 细胞功能研究，Elabscience APC 标记抗小鼠 Ly-49CI 抗体，实验数据稳准狠
它能特异性识别小鼠多种品系的 Ly-49C 和 Ly-49I 抑制性受体，在 NK 细胞、NK-T 细胞等相关研究中表现优异，具备高特异性、稳定性能和便捷使用等优势，是生命科学研究中不可或缺的实验工具。 配套试剂：可搭配 10×ACK 裂解缓冲液（E-CK-A105）、细胞染色缓冲液（E-CK-A107）等相关试剂使用，优化实验流程。 该受体主要表达于小鼠 NK 细胞、NK-1.1+（或 DX5+）T 淋巴细胞（NK-T 细胞）亚群，在 C57BL/6 小鼠的记忆 CD8+ T 淋巴细胞、NK1.1+ γδ T 细胞以及 BALB/c Ly-49C/I 的表达水平与细胞发育阶段相关，胸腺中 NK T 细胞的表达比例是肝脏中的 2-5 倍，其表达下调对 NK T 细胞正常发育至关重要。 应用领域小鼠 NK 细胞、NK-T 细胞的表型鉴定与分选。Ly-49 受体家族表达调控机制研究。MHC I 类抗原与 Ly-49 受体相互作用研究。免疫细胞发育及功能调控相关研究。
18510编辑于 2025-11-13 - 来自专栏生物信息云
单细胞专题 | 10.细胞周期分析
最重要的两个特点就是DNA复制、分裂成两个一样的子细胞。 在分析单细胞数据时，同一类型的细胞往往来自于不同的细胞周期阶段，这可能对下游聚类分析，细胞类型注释产生混淆；由于细胞周期也是通过cell cycle related protein 调控，即每个阶段有显著的 marker基因；通过分析细胞周期有关基因的表达情况，可以对细胞所处周期阶段进行注释；在单细胞周期分析时，通常只考虑三个阶段：G1、S、G2M。 下面文章中的：sce3 单细胞专题 | 9.如何人工注释单细胞类群？ 具体参考文章【单细胞数据分析中scran包进行细胞周期分析时细胞周期marker基因的转换】 ###基因转换 library(clusterProfiler) library(org.Hs.eg.db)
2.5K31编辑于 2022-11-24 NK+HEK293细胞双杀！AD600150玩转Trim28-Eomes互作实验
Eomes）来影响NK细胞的抗肿瘤免疫。 NK细胞：转染Eomes过表达质粒（用于验证Eomes对DX5表达的挽救效应）。 原代NK细胞转染Eomes（Fig.5E）： ◦ 实验内容：通过转染Eomes过表达质粒，恢复gp96缺陷型NK细胞中DX5的表达。 ◦ 结果：DX5+ NK细胞比例显著回升（p=0.0117），证明Eomes是gp96调控NK成熟的关键下游因子。2. 5.转染试剂的核心贡献• 高效递送能力：成功转染难转染的原代NK细胞（转染效率>60%），为功能挽救实验提供技术保障。
22010编辑于 2025-05-27顶刊分享----空间免疫评分系统预测肝癌复发
NK cells at the IF lowers recurrence分析免疫细胞的空间异质性是否影响HCC复发（10X visium）聚类分析将整个组织分成三个组织区域：相邻间质（AS）、IF和TC REC和非REC HCC之间最显著的差异是非REC HCC IF中NK细胞的富集评分显著高于REC HCC（P = 4.3 × 10-4），表明IF中NK细胞浸润增加的患者复发风险较低。 与REC HCC相比，非REC HCC的IF中显著富集三种不同的NK细胞群：CD3-CD56+ ordinary NK（P = 3.5 × 10-2）、CD3-CD16+CD56+细胞毒性NK（P = 3.0 × 10-3）和CD3-CD57+ mature NK（P = 8.0 × 10-4）。 人外周血的流式细胞术分析进一步证明，SPON2+NK细胞比SPON2-NK细胞表达显著更高水平的IFNγ（P = 1.0 × 10-4）和穿孔素（P = 2.0 × 10-4）。
24520编辑于 2025-03-17- 来自专栏单细胞天地
单细胞分析揭示了ZNF683在多发性骨髓瘤的NK细胞耗竭中的关键作用
in natural killer cell exhaustion in multiple myeloma 发表期刊：Clin Transl Med 影响因子: 2区8.554 发表时间: 2022/10 方法：对10例MM患者和3名健康志愿者的骨髓和外周血样本进行了单细胞RNA测序（Illumina Novaseq6000），鉴定NK细胞耗竭的关键调节因素。 ZNF683 NK亚群在多发性骨髓瘤中富集 MM患者和健康个体之间免疫微环境的差异 对10名MM患者和3名健康志愿者的骨髓和外周血的单个核细胞进行了单细胞RNA测序。 healthy volunteers (Healthy_control, n = 3), MM patients before treatment (MM_Pre, n = 10), and after 三个细胞毒性基因包括SH2D1B，SYK和FCER1G在BM来源的ZNF683 NK细胞中相对于健康志愿者显著下调，在BM和PB样品中肿瘤坏死因子（TNF，CCL3，CCL4，XCL1和IL10）的表达显著低于大多数其他
1.1K30编辑于 2022-11-24 - 来自专栏生物信息云
医学生物信息学文献第2期：肿瘤微环境
Flt3l-纯合报告小鼠注射异常的B16F10肿瘤，在肿瘤移植后2周，TFP作为Flt3l表达的读数，仅在淋巴细胞内检测到(Fig. 2b,c)。 对缺乏T细胞和NK细胞的IL2RG-/-小鼠(补充图5a)注射异常的B16F10黑色素瘤，分析肿瘤中髓系细胞和淋巴系细胞的水平。 为了直接检测特定类型淋巴细胞在肿瘤中控制CD 103+SDC水平的作用，在小鼠B16F10黑色素瘤模型中，我们敲出了表达Flt3l报告基因的T细胞和NK细胞。 为了探讨NK细胞的作用，小鼠在B16F10肿瘤注射前3天开始每3天用抗NK1.1抗体治疗一次，结果导致了NK细胞的大量丧失，但淋巴细胞的其他变化和肿瘤生长受限(补充图5e)。 10、NK细胞预测黑色素瘤患者对抗PD-1免疫治疗的反应 鉴于NK细胞产生FLT3LG和控制肿瘤中SDC水平，从而预测抗PD-1免疫治疗反应中的重要作用，我们探讨了NK细胞和/或T细胞是否与免疫治疗反应有关
84230发布于 2019-08-07 文献分享--血管STING激活促进自然杀伤细胞在小细胞肺癌中的抗肿瘤免疫
SCLC中NK细胞趋化因子（如CXCL9、CXCL10）的基因表达显著下调。 STING激动剂诱导炎症反应2'3'-cGAMP处理显著诱导炎症细胞因子/趋化因子产生，尤其在存在单核细胞时效果最强。CXCL10（关键NK细胞趋化因子） 的表达在cGAMP+单核细胞条件下显著升高。 CORL47 SCLC细胞则无此响应，印证其STING功能缺陷。CXCL10主要来源于cGAMP刺激后的非恶性细胞（尤其是单核细胞和EC）。 NK细胞功能状态优化在cGAMP+单核细胞条件下，NK细胞呈现激活表型：上调：激活受体/标志物（FCER1G、CD69）、细胞毒性基因（GZMB、TNFSF10）。 核心结论：通过CellChat分析和体外验证，研究者证明：STING激动剂可激活肿瘤微环境中的血管内皮细胞，诱导其表达黏附分子（SELE、VCAM1、ICAM1）和趋化因子（CXCL10等），从而促进NK
18220编辑于 2026-03-09- 来自专栏生信菜鸟团
提供数据代码，基于空间信息的基因表达用于预测疾病结果
分析鉴定了三种不同的NK细胞群体：CD3−CD56+普通NK细胞（P = 3.5 × 10−2）、CD3−CD16+CD56+细胞毒性NK细胞（P = 3.0 × 10−3）和CD3−CD57+成熟NK 人类外周血的流式细胞术分析进一步表明，SPON2+ NK细胞表达的IFNγ（P = 1.0 × 10−4）和穿孔素（P = 2.0 × 10−4）水平显著高于SPON2− NK细胞（图4b）。 在NK细胞中条件性敲除Spon2（Spon2f/f-Ncr1Cre+）导致肿瘤显著增大（P = 7.8 × 10−3；图5j和扩展数据图9m），NK细胞浸润减少（P = 8.0 × 10−4）以及IFNγ 此外，体外刺激的SPON2+ NK细胞（NK刺激）表现出比未刺激的NK细胞更强的肿瘤抑制能力（P = 1.4 × 10−3；扩展数据图9p-s）。 ，P = 1.6 × 10−4；扩展数据图10e），突显了SPON2+ NK细胞在HCC中的临床意义。
61510编辑于 2025-04-26 AbMole科研讲堂丨OK-432：如何成为优于K562饲养体系的NK细胞培养方案？
OK-432（AbMole，M9414）是一种源自链球菌的生物活性物质，具有免疫调节作用，能够显著增强NK细胞的活性和扩增效率，为促进NK细胞的体外扩增提供了新的选择。 传统NK细胞培养方法主要依赖K562饲养细胞系统，其原理是K562细胞通过细胞间接触和旁分泌作用以支持NK细胞的扩增，但这种方法操作复杂且存在潜在的污染风险。 OK432是一种新型的NK细胞培养用试剂，在分子机制上，OK432的核心活性成分中的肽聚糖与脂磷壁酸可模拟细菌感染，通过结合NK细胞表面Toll样受体4（TLR4）启动相应信号通路。 其机制是OK-432可能通过上调NK细胞表面的激活受体（如DNAM-1）或促进颗粒酶B、穿孔素等效应分子的释放，增强NK细胞对肿瘤细胞的杀伤能力。 in immunology 10 (2019) 879.[2] G.
17810编辑于 2025-12-03- 来自专栏单细胞
单细胞实战之亚细胞分群从TNK至CD4+T细胞——从入门到进阶(中级篇1）
NK细胞GNLY 和 XCL1：NK细胞 的典型效应分子，参与抗病毒和抗肿瘤反应。 同时再看一下分辨率为0.6时的结果，我们发现第0, 1, 5簇属于CD4+T细胞，第2, 6, 8, 11簇属于CD8+T细胞，第10簇属于NK细胞，第3, 4, 7, 9簇暂时还不能够确定。 NK细胞通常不表达CD3/CD4，理论上我们需要再对第10簇进行细分，这里分辨率选择1.5和0.6都可以，笔者选择了0.6。 _2簇是classical NK细胞，第10_0簇拟命名为CD8+ NK,但我们这里不重点探查NK细胞，因此这两群细胞统一命名为NK。 _2","10_0" ),2]='NK'celltype[celltype$ClusterID %in% c("10_1","7_0","7_2","7_4" ),2]='CD3+T'table(celltype
89710编辑于 2025-02-22 - 来自专栏生信宝典
Nature Immunology｜肝脏肿瘤逃脱自然杀伤细胞免疫监视的新机制
自然杀伤细胞（Natural killer cells， NK cells）是一种效应性淋巴细胞，在人体抗肿瘤过程中发挥重要作用，但是，仍然有一些肿瘤细胞能够逃避机体NK细胞的攻击，逐步发生发展，侵袭转移 研究成果在2019年10月21日以“Mitochondrial fragmentation limits natural killer cell-based tumour immunosurveillance ，正常NK细胞的线粒体表现为管状、体积大，而肿瘤浸润NK细胞线粒体表现为碎片状、体积小。 进一步研究其机理，发现肿瘤微环境的低氧状态，是诱导NK细胞线粒体断裂的重要原因；低氧能够持续激活肿瘤微环境NK细胞的mTOR-Drp1信号,导致线粒体过度分裂，引起NK细胞活性降低和杀瘤能力减弱。 该研究从代谢角度诠释了肿瘤来源NK细胞功能絮乱和免疫逃逸的新机制，也为提高NK细胞的免疫治疗提供新策略。
81410发布于 2019-10-28
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