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来自专栏三代测序-说
三代测序 - 数据质控 | LongReadSum
一、LongReadSum简介LongReadSum 是美国费城儿童医院Kai Wang教授团队（图1）开发的一款专门针对长读长测序数据设计的快速质控工具（如纳米孔测序、PacBio测序等）。 #创建conda环境$ conda create -n longreadsum python=3.9#激活longreadsum环境$ conda activate longreadsum#如果使用mamba 1_raw_fastq/Case_1.fastq -o 1_longreadsum/Case1$ longreadsum fq -i 1_raw_fastq/Case_2.fastq -o 0_longreadsum /Case2$ longreadsum fq -i 1_raw_fastq/Case_3.fastq -o 0_longreadsum/Case3$ longreadsum fq -i 1_raw_fastq /Control_1.fastq -o 0_longreadsum/Control_1$ longreadsum fq -i 1_raw_fastq/Control_2.fastq -o 0_longreadsum
57121编辑于 2025-02-25
来自专栏天意生信俱乐部
三代测序100问（5）：PacBio数据分析如何挑选最佳质控工具？
常用的质控利器：新旧交替，各有所长针对PacBio长读长数据的质控，有一些工具在过去和现在都发挥着重要作用： LongReadSum：这是一款历史相对悠久的工具，但仍在持续更新。 LongReadSum能够提供关于reads数量、长度分布等关键统计信息，帮助用户快速了解数据概况。 LongQC： LongQC是另一款功能较为全面的长读长质控工具。
53010编辑于 2025-06-08
来自专栏三代测序-说
三代测序 - 数据质控 | fastplong
在拿到测序质量未知的数据时，大家可以使用 LongQC 或 LongReadSum 等软件对数据质量进行查看统计，使用 chopper 对序列进行过滤修剪。
1.3K23编辑于 2025-02-24

三代测序 - 数据质控 | LongReadSum

三代测序100问（5）：PacBio数据分析如何挑选最佳质控工具？

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