此教程目前仅限于v1.31以及以上版本,低版本可能存在其他兼容问题 目前最新版本:v1.32 欢迎使用nuoyis-lnp docker版部署你的博客,使用该docker程序能快速部署你的网站或者博客系统 nuoyis-lnp优点 快,docker-compose up -d 就可部署完毕 稳定,nuoyis特有的健康检查方法,对不健康容器进行自动重启 防黑,nuoyis特有的版本号抹除,对黑客有一定的干扰性 内快速切换,快速回滚(docker特性) docker部署方法 拉取docker指令 docker pull swr.cn-north-4.myhuaweicloud.com/nuoyis/nuoyis-lnp 10s \ --health-timeout=10s \ --restart always \ swr.cn-north-4.myhuaweicloud.com/nuoyis/nuoyis-lnp :v1.32 networks: nuoyis-net: aliases: - nuoyis-lnp ports: - 80
Section.01LNP 如何成为基因的"纳米顺丰"LNP:核酸投递的"科幻快递系统"脂质纳米颗粒 (Lipid Nanoparticles, LNP) 是一类由脂质分子构成的纳米级载体 (粒径通常为 一句话总结:如果把核酸比作“娇贵小公主”,那么 LNP 就是它的全能保镖 + 五星级外卖骑手。Section.02LNP 试剂盒为何如此抢手? MCE LNP 试剂盒:纳米级解决方案,细胞顺利签收• 精准投递,细胞无可拒签:LNP 特有的跨膜转运及逃逸机制,实现 RNA 的高效递送;• “零”暴力拆箱:温和转染,微量样品的包封率 > 80%,递送效率高 传统转染 VS MCE LNP 试剂盒投递无忧:用数据说话精准投递不是说说而已——来看实测数据,带你直观感受我们 LNP 试剂盒是如何让细胞“签收率”一路飙升的! 从基因治疗到疫苗研究,LNP 正在成为生命科学领域的重要工具。未来,LNP 技术将帮助我们继续功课更多科学难题,迎接一个更加精准、高效的科研时代!
脂质纳米颗粒 (LNP) 的制备依赖于自组装的能力,带负电荷的核酸和带正电荷的脂质之间产生静电络合,LNP 通过脂质组分之间的疏水作用和范德华作用相互生长。 03LNP 的表征Characterization of LNPs为了确保 LNP 的质量和有效性,需要对 LNP 进行参数表征,例如尺寸、PDI、电荷、RNA EE。 LNP 来测量 LNP 内部和外部的总 RNA 浓度,计算公式如下:图 2. LNP 的表征参数与相关检测仪器[10]。 但是,LNP 在实际应用中仍存在许多问题,其一是因为 LNP 在经过体循环后通常在肝部富集,对其他给药器官的靶向困难[11]。其二是 LNP 只能作为载体参与药物递送,无法协同 mRNA 治疗。
文章来源 | 授权转载自知乎专栏-奥斯陆的气象生活 作者 | 冰心浴血,奥斯陆大学气象研究生 Summary of T-lnP图 搞这个东西的初衷是因为我自己学的时候也被搞的很烦,而且概念乱七八糟,
LNP的有效性取决于其脂质成分及其比例,但实验优化过程十分繁琐且无法覆盖完整的设计空间。研究人员提出了一种深度学习方法,能够整合LNP的多组分与多模态特征,并以端到端方式预测其性能。 COMET还能在外部细胞系中预测LNP性能,并在小规模训练数据下预测LNP冻干过程中的稳定性。 该数据集包含3000余种LNP配方,覆盖不同脂质种类、合成条件和摩尔比例,转染效率以萤光素酶信号量化并归一化。 配方因素对LNP效率的影响 实验显示,可电离脂质的选择对转染效率影响显著。 适应新材料与新细胞类型 COMET被扩展至聚合物LNP(PBAE类),即使训练样本有限,也能取得良好预测效果,并成功优化出高效的新型聚合物-LNP配方。 稳定性预测 在冻干稳定性任务中,COMET能够预测LNP在冻干后效能的损失,并通过多任务学习获得更高准确性。这为LNP在实际生产与储存中的稳定性优化提供了可行路径。
Mirkin合成了脂质纳米颗粒SNAs(LNP-SNAs),并将其用于将DNA和RNA递送至细胞质中的目标。 LNP的核心和其表面呈现的DNA序列的组成都与LNP-SNAs的活性相关。 与T-rich序列相比,G-rich序列能够提高LNP-SNAs的活性。而在LNP的核心中,胆固醇含量的增加也会使得活性更强。 与基于脂质体的SNAs相比,优化后的LNP-SNA能够将沉默mRNA所需的siRNA浓度降低两个数量级。 此外,LNP-SNA的结构也会影响其在小鼠体内的生物分布和疗效。 静脉注射后,LNP-SNAs中的mRNA主要在脾脏中表达;而LNPs封装的mRNA(表面无DNA)则主要在肝脏中表达,而在脾脏中的表达量相对较少。 这一研究表明,LNP-SNA结构的活性和生物分布与传统的脂质体SNAs不同,有望被用于实现组织靶向。 Andrew J. Sinegra. et al.
此外,在临床 MPE 样本中也观察到 LNP-CDN 诱导的免疫学效应,表明胸膜内 LNP-CDN 用于临床 MPE 免疫治疗的潜力。 ,LNP-CDN,抗PD-L1抗体(Ab)或LNP-CDN抗PD-L1 Ab后的细胞类型特异性转录谱。 在响应LNP-CDN或LNP-CDN抗PD-L1时,发现CD8 T细胞在效应轨迹上积聚,一些在记忆/朴素轨迹上积聚(补充图9)。 与t-SNE簇一致,轨迹分析表明LNP-CDN或LNP-CDN抗PD-L1使NK细胞从未成熟状态向成熟状态倾斜(补充图16)。 总之,这些数据支持胸腔内LNP-CDN在人MPE中的潜在应用。 图6 a,用 LNP-CDN 治疗患者 MPE 的方案。
,则有 (lnp(y|\theta^i) \le lnp(y|\theta^{i+1}), \forall i)。 如下图所示,黑线是F函数,红线是(lnp(\pmb{y}|\theta))。 F函数是(lnp(\pmb{y}|\theta))的下界函数,每次完成M和E步骤,F都上升,并和(lnp(\pmb{y}|\theta))交汇一次。 我们需证明(lnp(y|\theta^))也是极大值。 假设(lnp(y|\theta^))不是极大值,则存在接近(在任意邻域内)(\theta^)的参数(\theta^{}),使得(F(\bar{p}_{\theta^*}, \theta^*) = lnp
,-p 显示正在使用Socket的程序识别码和程序名称) # grep 以一定的规则匹配 # | 将“|”后面运算得到的结果作为左边函数的入参,例如这里就是 对“80”进行匹配查询 netstat -lnp 1587/nginx: master 我们可以看到最后一列 这里/左边的是进程号 我们可以使用kill命令去终止 # -9表示强制终止 kill -9 1587 然后再次查看 > netstat -lnp active(running)表示存活 那我们关掉该服务 # 系统服务 关闭 [服务名] > systemctl stop nginx 再次查看占用端口的进程,找到进程号并杀掉 > netstat -lnp 0.0.0.0:80 0.0.0.0:* LISTEN 1589/nginx: worker > kill -9 1589 > netstat -lnp
为了解决这一问题,作者整合了机器学习(ML)方法,以进一步加快LNP筛选过程。 为此,作者在C57/BL6小鼠中对初始LNP库采用基于批次的策略进行了高通量体内筛选。 在使用实验设计方法优化配方后,mLuc负载的119-23 LNP在透射电子显微镜下显示出球形、层状形态,大小约为100 nm,并且相比于SM102和MC3 LNP,在肌肉内转染效率显著提高(图4e)。 注射后24小时,含hEPO mRNA的119-23 LNP在血清中显示出显著高于MC3 LNP的hEPO表达。 即使没有特定的靶向配体,119-23 LNP在体内将mRNA递送到肝脏免疫细胞的能力与之前含金刚烷磷脂的LNP配方的研究结果一致。
我们可以先来看一组数据 X的取值 方案一 方案二 方案三 方案四 P的平方 方案一 方案二 方案三 方案四 类别一 0.9 0.5 0.4 0.2 p1*(-lnp1) 0.09 0.35 0.37 0.32 类别二 0.1 0.5 0.3 0.2 p2*(-lnp2) 0.23 0.35 0.36 0.32 类别三 0 0 0.3 0.2 p3*(-lnp3) 0.00 0.00 0.36 0.32 类别四 0 0 0 0.2 p4*(-lnp4) 0.00 0.00 0.00 0.32 类别五 0 0 0 0.2 p5*(-lnp5) 0.00 0.00 0.00 0.32 熵 0.82 0.50 0.34
df['revenue'] = df.Quantity * df.UnitPrice 同时对P / Q进行对数化处理: # 将单价和数量取log df_mdl = df_mdl.assign( LnP ,没有协变量,用最简单的OLS回归 最简单的求解,也不管啥因果推断,有偏无偏,将上述数据的lnp和lnQ,一股脑子都分段,比如(-2.814,-0.868)就是这区间内lnp和lnQ的平均值,如下: 新生成的LnP和LnQ直接回归即得回归系数: x='LnP' y='LnQ' df = df_mdl n_bins=15 x_bin = x + '_bin' df[x_bin] = pd.qcut frac{-0.52}{0.9}=-0.60 θ=0.9−0.52=−0.60 2.3 [v2版]求解价格弹性:Poisson回归+多元岭回归 v2版 = LnQ~LnP 的回归系数为 -2.87559, Ridge—OLS回归中LnP的回归系数为 -1.79945, 尝试下来各个方法得到的结果差异很大。
其中包含绘制模拟域的示例程序,先读取namelist.wps设置,然后绘制 获取探空数据: 1)爬取uwyo探空数据 示例程序: (1)根据uwyo探空数据绘制T-lnP 图,先爬取再绘制 (2)根据micaps 第5类数据绘制T-lnP(使用时需将所用站点数据单独存储到一个文件中) (3)根据FNL再分析数据绘制T-lnP图(需要nctoolbox工具箱
ln p ( R ∣ U , V ) + ln p ( U ) + ln p ( V ) \ln p(U,V|R)=\ln p(R|U,V) + \ln p(U) + \ln p(V) lnp (U,V∣R)=lnp(R∣U,V)+lnp(U)+lnp(V) 高斯分布公式及其对数形式: p ( x ) = 1 2 π σ exp ( − ( x − μ ) 2 2 σ 2 ) p(x ln ( 2 π σ ) − ( x − μ ) 2 2 σ 2 \ln p(x)=-\ln (\sqrt{2\pi}\sigma) – \frac{(x-\mu)^2}{2\sigma^2} lnp Theta_U,\Theta_V|R)=\ln p(R|U,V) + \ln p(U|\Theta_U) + \ln p(V|\Theta_V)+\ln p(\Theta_U)+\ln p(\Theta_V) lnp (U,V,ΘU,ΘV∣R)=lnp(R∣U,V)+lnp(U∣ΘU)+lnp(V∣ΘV)+lnp(ΘU)+lnp(ΘV) 类似地,可以给 Θ U , Θ V \Theta_U,\Theta_V
C12-200是一种可电离脂质纳米颗粒(LNP)的关键组分,在核酸递送领域展现出显著优势。 例如,在骨髓来源的树突细胞(BMDCs)中,含C12-200的LNP配方(C12-200-cho-10%DOPE)可有效递送编码模型抗原卵白蛋白OVA的mRNA,最终上调共刺激受体(CD40/CD86)
df['revenue'] = df.Quantity * df.UnitPrice 同时对P / Q进行对数化处理: # 将单价和数量取log df_mdl = df_mdl.assign( LnP ,没有协变量,用最简单的OLS回归 最简单的求解,也不管啥因果推断,有偏无偏,将上述数据的lnp和lnQ,一股脑子都分段,比如(-2.814,-0.868)就是这区间内lnp和lnQ的平均值,如下: 新生成的LnP和LnQ直接回归即得回归系数: x='LnP' y='LnQ' df = df_mdl n_bins=15 x_bin = x + '_bin' df[x_bin] = pd.qcut frac{-0.52}{0.9}=-0.60 θ=0.9−0.52=−0.60 2.3 [v2版]求解价格弹性:Poisson回归+多元岭回归 v2版 = LnQ~LnP 的回归系数为 -2.87559, Ridge—OLS回归中LnP的回归系数为 -1.79945, 尝试下来各个方法得到的结果差异很大。
docker 查看docker状态: 一直是这个状态, 网上说,开启docker需要先开启监控:dockerd 那么就输入这个命令: 奇怪到时,进入有端口占用,ps -ef , netstat-lnp article/details/92759417 关闭keepalived 让虚拟IP漂移到可以用的宿主机上 systemctl stop keepalived 找对应到容器,并关闭 netstat-lnp
11、free (查看内存使用情况,free -m以M为单位显示) 12、watch -d <command> (定时执行command并高亮显示和上次执行结果的差异) 13、netstat -lnp (查看正在监听的端口和进程,或ss -lnp) 14、find (查找文件或目录。
on the interp_levels """ # Make veritcal coordinate data and grid level log variables lnp = np.log(vcoord_data) lnp_intervals = np.log(interp_levels) # Use numpy to interpolate from observed levels to grid levels interp_data = np.interp(lnp_intervals[::-1], lnp[::-1], interp_var
}koptimal=nm⋅ln2≈0.693⋅nm最优mmm的计算(给定目标误判率ppp):m≈−n⋅lnp(ln2)2≈−1.44⋅n⋅lnpm\approx-\frac{n\cdot\lnp }{(\ln2)^2}\approx-1.44\cdotn\cdot\lnpm≈−(ln2)2n⋅lnp≈−1.44⋅n⋅lnp降低误差率的5大策略1.增加位数组大小mmm(最直接有效)原理:空间越大