个月潜心研发,于2022年11月2日正式更新上线Hiplot Pro平台。 “美”应该是它给你的第二感觉,没有杂乱的排版和复杂的跳转,Hiplot Pro深度优化了UI界面,用极简的外观承载了极繁的功能,简约而不简单;“全”应该是它给你的第三感觉,涵盖云工具、云流程、云课堂、云市场四大模块 ,仅分析工具就新增临床计算、动态绘图、医学统计等诸多功能,追求全方位的分析功能覆盖。 为了提升绘图速度,避免单一参数修改后要需要重新提交任务的耗时耗力操作,Hiplot Pro中所有的原生应用均使用了全新的自研加速框架,参数改修不再需要重头计算,使得图形修改速度极大提升,实现极速响应。 在Hiplot Pro,每一个用户都可以申请成为开发者。入驻Hiplot平台,拥有自己的workbench,随心所欲地发布自己专属的分析工具,然后通过Hiplot平台部署开放给全世界的用户使用。
2022年11月2日,我们科研猫正式发布了Hiplot Pro(https://hiplot.com.cn),一个全新界面,功能强大,全系免费的科研绘图和数据分析平台。 在整个Hiplot Pro的研发中,我们始终把用户体验放在第一位,为了搭建最便捷最优化的使用体验,开发团队在试用了目前市面上十余种云计算/云绘图平台后,结合数十位一线科研人员的使用反馈后,设计了现有的绘图页面 下面我们以最常用的热图绘制工具给大家进行演示一下如何在Hiplot Pro平台快速绘制热图。 Step1:上传数据点击右侧“上传按钮”,可以选择上传本地文件,或者你存在Hiplot云盘中的文件(对的,没错,我们还提供了云存储功能)。 在这里给大家做个一简单的介绍,Hiplot Pro中参数通常分为三大类:数据参数通常用以指明用作绘图的数据列特殊参数是指对于该绘图/分析工具特定的参数,比如热图中聚类的参数,高低数值对应颜色的参数等。
具体如下: 绘图操作:直接登录 Hiplot Pro(https://hiplot.com.cn),读取数据,设置几个参数即可。 下面我们跟随视频一起来学习吧~ 视频教程 http://mpvideo.qpic.cn/0bc3oaaceaaa7qapr4vsnnrva4gdejyaaiqa.f10002.mp4?
目前,该平台提供基于 R 语言的 60 余种基础可视化和 50 余种进阶绘图的功能(可能已经是市面上相对比较全的平台之一),同时还部署了多个 openbiox 社区项目(如 bget 下载文献附录、UCSCXenaShiny 组合热图(基因表达、基因突变、元信息) 两个月前的 Hiplot :基础插件大概 40 个,进阶插件 10 几个,开源书籍 4-5 个。只支持 PNG/PDF 格式导出。 By Chris Lou 随着注册用户人数不断增长,平台操作指南和绘图教学视频的需求日益迫切。 上一次和项目的发起人 Jack Wang 聊天还是六月初录制关于临床医生学习生信的播客 (https://www.bilibili.com/video/BV1RK4y1x7pM),师兄在节目里提到了 Hiplot By YTDai 很荣幸能加入到这样优秀的团队进行平台的开发,看到平台注册使用用户的不断增长和大家的肯定,是对我们莫大的鼓励,平台的功能和性能也在不断的增加和完善,极大地满足了人们对科研绘图的需求,真正实现了零基础绘图
涉及到文章的门面,科研绘图,很多伙伴又需要在纷繁的软件大海、眼花缭乱的公司之间进行选择。Hiplot的出现为大家解决了这些问题。 免费的科研绘图神器—Hiplot,是2020年7月推出的全网首个开源绘图平台,目前提供基于R语言的70余种基础可视化和60余种进阶绘图的功能,同时还部署了多个 openbiox社区项目(如bget下载文献附录 https://hiplot.com.cn 所有功能免费! Hiplot简介 Hiplot 致力于建立一个快速迭代、支持中英文环境的科研数据可视化平台。 目前该平台建设已初具规模,已提供基于 R 语言的 70 余种基础可视化的功能: area,面积图 barplot,柱状图 barplot-3d,三维柱状图 beeswarm,蜜蜂群图 boxplot,箱线图 用户 交互界面 登录 注册 基础绘图卡片浏览与检索 绘图示例 | 相关性热图 绘图示例 | 免疫浸润分析 文件上传窗口 文件浏览与管理 文件在线查看和编辑 (支持文本文件、XLSX、CSV、TXT 等)
下面我们就跳过对图形背景的描述,进入到实际的绘图时间过程当中。 实例练习 首先我们来看一下绘图用的测试数据集。这个数据集当中分了4个肿瘤的阶段。 现在,我们要做的,就是比较这150个基因在4个分组中的变化趋势。那么下面我们就来进行图形的绘制。在这里我们用了GGally包中的ggparcoord()函数进行绘图。具体代码如下: ? ? 介绍完平行坐标图,给大家隆重介绍一下全网首个开源绘图平台-Hiplot。Hiplot是openbiox联合科研猫郑重推出的,免费注册,无需安装,一站式绘图的开源绘图平台,你还在等什么? 近年来,随着各类云计算平台(如生物医学领域的 Galaxy 和 DNAnexus)、相关 IT 软硬件基础设施的发展(如分布式计算、容器技术、软件包管理器、数据分析流程构建框架等),初级科研工作者已经可以相对比较轻松地获取相关数据的上游分析结果 Hiplot简介 Hiplot 是由 openbiox 社区于 2019 年 10 月发起,并在新冠疫情爆发后快速发展的一个社区开发项目:致力于建立一个快速迭代、支持中英文环境的科研数据可视化平台和协作社区
01 BioGDP——国产原创绘图平台,版权无忧BioGDP是一款国产生物医学绘图平台,拥有10000+原创手绘素材,覆盖分子、细胞、动物模型全学科方向。 它最大的亮点是所有素材均为平台原创,可提供官方版权授权文件,彻底解决科研发表的版权隐患。 ——免费生信可视化神器Hiplot是一个国产免费在线科研数据可视化平台,专为生物医学领域设计。 免费科研绘图工具能满足 SCI 投稿吗?可以!BioGDP+ Hiplot+SciDraw 的组合,支持高清导出与矢量格式,版权合规,完全适配普通 SCI 期刊要求。 3. 4. 想绘制顶刊封面或复杂复合图,该选什么工具?选 Adobe Illustrator,高自由度设计 + 精细化排版,可组合多类型图表优化细节,是顶刊封面的行业标准工具。
BioGDP——全学科覆盖的国产绘图平台定位:生物医学绘图的“全能型选手”。 Hiplot——国产免费数据可视化平台定位:生物医学数据的“快速可视化工具”。 二、数据分析与图表:让数据“开口说话”这类工具解决的是“怎么分析”的问题,将原始数据转化为符合期刊规范的图表,是科研绘图的“硬核”环节。4. 推荐 BioGDP 免费版 + Hiplot+SciDraw,三者覆盖素材获取、数据可视化、快速出图,版权合规且支持高清导出,完全满足基础科研绘图与普通期刊投稿。 4.无设计基础,想优化图表细节提升美观度,该怎么做?
科研绘图中有两种图像类型,矢量图(通常是PDF和AI格式)和位图(通常是JPG、TIF、PNG格式)。 矢量图在科研绘图中的地位可谓举足轻重,很多期刊在最后校稿proof完成,要发表的时候,都会要求作者上传矢量图文件。那么就给我们带来一个困扰已久的问题: 矢量图如何拼图? 2022年12月15日,Hiplot平台(https://hiplot.com.cn)上线了全新的拼图工具,登录网页以后,点击云工具模块,第一个就是。 如果要调整位置,就选中图片后直接拖拽就行啦,稍作调整成下面的效果: step3:再然后,我们输入图标,默认我们喜欢用A.B.C.标注,点击左上角的编号,可以自动编号哦,记住是自动的哦,方便吧 step4: 工具使用地址: https://hiplot.com.cn/cloud-tool/drawing-tool/link/635 温馨提示 建议大家在使用的时候,先点击工具右上角的“全屏”,再去上传文件,全屏使用效果更加哦
科研绘图不是孤立的“画图”,而是贯穿从数据处理到最终发表的全流程。本文模拟一篇典型生物医学论文的配图制作过程,为你呈现8款工具如何各司其职、无缝协作,最终产出符合顶刊要求的全套配图。 操作:打开 BioGDP 官网,无需安装在“模板库”中搜索“信号通路”,选择一个顶刊级模板拖拽替换素材:用平台自带的细胞膜、受体蛋白、信号分子素材添加文字标注,调整配色导出为300DPI高清PNG等格式这一步的成果 总结生物医学科研绘图可按全流程搭配工具:实验数据统计用 GraphPad Prism/Origin,机制图快速绘制选 BioGDP,生信图表用 Hiplot,免费素材可选用 SciDraw、Bioicons 2.实验数据统计与绘图用哪款工具?常规数据选 GraphPad Prism,复杂数据拟合与批量处理选 Origin。3.生信数据可视化(火山图 / 热图)用什么工具? 推荐 Hiplot,在线操作无需编程,可快速导出符合 SCI 规范的矢量图。4.科研配图最终精修和组合用什么软件?用 Adobe Illustrator,可统一配色、优化细节,制作顶刊级复合图与封面。
封面图 Hiplot Gallery。 via 本周话题:Hiplot开发库开源 Hiplot 项目发起于 2019 年,是由国内生物信息学开源社区 Openbiox 和多家单位和机构共同建设的一个免费、易用、部分开源的综合在线绘图系统(生物医学为主 截至目前,该网站已提供超过 230+余个在线可视化分析功能,涵盖了基础科研绘图、组学可视化和部分临床模型可视化功能。 Hiplot 网站应用的本地运行和开发库:https://github.com/hiplot/hiplotlib。 生信科技动态 1、Nat Biotechnol|基于多中心、多平台、高深度WGS的参考调用集,为癌症突变检测提供更高参照标准 研究团队选取三阴性乳腺癌(TNBC)细胞系 (HCC1395)和B淋巴细胞衍生的正常细胞系
BioGDP特点:一个拥有10000+原创手绘素材、200+顶刊模板、支持高清多格式导出的全学科覆盖型国产生物医学在线绘图平台。 优势:所有素材均为平台原创并官方提供版权授权文件,消除发表版权风险,同时凭借顶刊级审美与极简中文界面,大幅缩短绘图时间、提升科研产出效率。 Hiplot特点:一个支持超过200种可视化图表并内置医学统计学分析模块的国产免费在线科研数据可视化平台。 MATLAB特点:一个在工程生物学领域具备高级建模与仿真能力、可生成高精度三维心脏模型及脑电信号动态模拟图等专业可视化成果的综合性平台。 总结科研绘图工具可按 “基础 - 进阶 - 高阶” 分级选择:基础友好型的 BioGDP、Hiplot、SciDraw,零门槛适配新手快速出图与素材补充;进阶专业型的 GraphPad Prism、Origin
一些思考 生物信息有很多小而实用的小工具,像序列处理、统计、绘图等等,这些工具在命令行下可以信手拈来,但基于 web 集成的平台却极少(可能个人孤陋寡闻)。 在绘图领域,个人接触过感觉比较好用的有 Hiplot、ImageGP,或者是更大一点的 omicshare tools,以及其他的一些平台。 这样的情况在国内的生物类公司尤为明显,几乎每一个大一点的生物公司都有一个自己所谓的"云平台",而用户每接触一个这样的平台都要先花一段时间去熟悉这些平台的操作使用逻辑,然后再去上传自己的数据和分析。 而且大部分的这些平台都是闭源的(所以轮子也只有它自己才能造)。 对于一些逻辑比较简单的平台还好,对那些大而臃肿,逻辑极其复杂的平台而言,虽然提供了使用教程,但是用起来非常耗时,费心费力。 国内为什么没有人考虑过开源的生物信息云平台,集中力量办大事?可能有利益或者其他原因,但个人感觉如果有,会更香。
Child Development, 2021; DOI: 10.1111/cdev.13565 免费的科研绘图神器—hiplot,是2020年7月推出的全网首个开源绘图平台,目前提供基于R语言的70余种基础可视化和 60余种进阶绘图的功能,同时还部署了多个 openbiox社区项目(如bget下载文献附录、UCSCXenaShiny 等)。 https://hiplot.com.cn 所有功能免费!
Dear PyGui还可以绘图、创建主题、创建2D游戏,还拥有一些小工具,比如说内置文档、日志记录、源代码查看器之类的,这些小工具可以协助App的开发。 开源地址: https://github.com/hoffstadt/DearPyGui 4、PrettyErrors PrettyErrors是一个精简Python错误信息的工具,特点是界面十分简洁友好 它们的图标来自多家云服务商,包括AWS, Azure, GCP等。 仅需几行代码,就可以简单地创造出箭头符号和结构图。 ? 由于它使用Graphviz来渲染图,所以还需要先安装好Graphviz。 HiPlot是今年3月Facebook发行的一个库,主要用于处理高维数据。 Facebook AI通过几十个超参数和10万多个实验,利用HiPlot,来分析深度神经网络。 默认情况下,HiPlot的Web服务可以解析CSV或JSON文件,还可以为其提供自定义Python解析器,将实验转换为HiPlot实验。
Openbiox Hiplot (ORG) 开源绘图工具在基础模块中提供了基于 igraph 的发表级网络图绘制功能 Network (igraph)。 在线工具地址: https://hiplot.cn/basic/network-igraph 源代码下载: https://github.com/hiplot/plugins-open/tree/master Brief Bioinform. 2022 Jul 18;23(4):bbac261. doi: 10.1093/bib/bbac261. PMID: 35788820. 其输出结果如 图4 所示。 图4 Demo 1 输出 示例 2 图5 Demo 2 示例输入 如 图5 所示,Demo 2 指定了节点大小列和标记组列,颜色画板 1 使用了 nejm 画板,颜色画板 2 使用了自定义画板,并设置为均一灰色
正是因为掌握了如此多的数据分析技能,我们作为开发者才能携手搭建起来这个Hiplot(https://hiplot.org)。 随着知名的生物信息学云平台的建立,如 Galaxy 和 DNAnexus,一些常见的组学数据上游分析任务已经相对简化,比如序列比对、突变检测和基因组表观调控分析。 知名的生物信息学云平台 Galaxy 提供了非常有限的生物医学可视化任务插件,使用方法上也相对繁琐,且未针对基于表格的轻量级可视化分析任务进行相应优化。 其他一些功能特性方面的不足,如可视化任务输出不及时,参数/结果重现不方便,以及缺乏跨平台和易于使用的命令行程序,也可能会阻碍在线可视化分析网页工具的广泛应用。 ://hiplot.org)。
SketchUp Pro 是Mac平台一款 3D 建模软件,建筑师、工程师和设计师使用它来创建建筑物、景观和其他物体的详细 3D 模型。它由 Trimble Inc. SketchUp Pro 允许用户使用各种工具和功能创建模型,包括 3D 绘图和编辑工具、组件库、逼真的渲染功能以及对第三方插件的支持。 图片 SketchUp Pro 2022 for Mac(草图大师)中英文双语 SketchUp Pro有许多特点,以下是其中一些: 直观易用:SketchUp Pro采用了简单的工具和用户界面设计,使得新手也能够快速上手 精度和灵活性:SketchUp Pro支持高精度细节建模,同时具有非常灵活的编辑和修改功能。 大量扩展功能:SketchUp Pro拥有大量的插件和扩展功能,可以扩展其功能和定制性能力。 图片 云存储和共享:SketchUp Pro可以与Trimble Connect云平台集成,使得用户可以在任何设备上访问他们的模型并与其他人实时协作。
在 Hiplot 中使用 Sigflow 介绍 突变模式(印记)分析(mutational signature analysis)目前已经成为变异检测后一个重要分析流程,它能够揭示癌症组织样本受哪些内外界因素的影响以及其贡献大小 在 Hiplot 平台上,目前 Sigflow 开放了 2 个核心的子命令 extract 和 fit 。 使用 在 Hiplot 平台的进阶模块中,我们可以找到 Sigflow。 ? 点击即可进行工具使用界面。 点击数据文件右侧的突变,可以载入示例输入文件。 经过简化,extract 命令只需要设置 4 个参数: 基因组版本 hg19 hg38 mm10 模式 SBS - 单碱基替换 DBS - 双碱基替换 ID - 插入和删除 MAF - 包含上面 3 种
如果你想尝试在线使用,上 Hiplot 平台 https://hiplot.com.cn/,搜索 Xena。 目前有 4 个模块,分别用于 2 变量相关、多变量相关、分组比较和生存分析。 诸多泛癌分析功能模块 下面是一些截图: