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Flye | 三代测序数据组装软件③
Flye软件简介 Flye是针对三代测序数据开发的基因组de novo组装的生信软件。同时也可拼接质粒和宏基因组。 Flye官网 https://github.com/fenderglass/Flye Flye软件安装 #1、conda安装flye conda install -y flye #2、编译安装flye wget \ https://github.com/fenderglass/Flye/archive/refs/heads/flye.zip # 解压文件 unzip flye.zip # 安装软件 cd Flye-flye make # 将软件添加到环境变量 vim ~/.bashrc PATH=/opt/biosoft/GENOME/Flye-flye 使用案例 flye \ --pacbio-raw pacbio.fastq.gz \ --genome-size 5.4m \ --out-dir pacbio_flye_out Flye主要结果输出文件
1.8K30编辑于 2022-08-18 - 来自专栏三代测序-说
全基因组 | 三代长读长基因组组装 -- Flye
这里，Mikhail Kolmogorov 提出了一种名为 Flye 的长读长组装算法。 将 Flye 与五种最先进的组装工具进行了对比测试，结果表明 Flye 生成的组装结果优于或相当于其他工具，并且运行速度快了一个数量级。 此外，Flye 还提供了专门用于宏基因组组装的模式。 目前，Flye 对二倍体基因组的组装会输出合并（collapsed）的组装结果。 二、软件安装 Flye: https://github.com/mikolmogorov/Flye 版本：v2.9.6 （2025.05） #conda一键安装部署 $ conda install -c bioconda flye # v2.9.6 #安装完毕后，调用主程序查看帮助 $ flye -h 三、软件使用 输入的测序数据可以是 FASTA 或 FASTQ 格式，支持未压缩或以 .gz 格式压缩的文件
64921编辑于 2025-05-27 - 来自专栏生信喵实验柴
pacbio及nanopore基因组拼接
拼接基因组 flye 原来叫做 abruijn，是一款适合单分子测序的拼接软件，那么显然就是适合 Pacbio 与nanopore。 flye 适合拼接多种数据集，从小的细菌基因组到很大的哺乳动物基因组。 flye 其实也是一个完整的拼接流程，首先原始测序数据作为输入，最后就可以直接输出经过纠错校正的基因组序列，同时，flye 也有一个独立的模块可以用来拼接宏基因组。 #利用 bioconda 安装 conda install -y flye 使用案例 就像它的名字一样，flye 使用起来也非常简单。 -t 12 -o flye_clean > flye_clean.log" > flye_clean.sh 常用选项参数： --pacbio-raw ：输入原始 pacbio 数据
1.8K30编辑于 2022-05-23 - 来自专栏生信喵实验柴
三代纳米孔宏基因组拼接
flye 适合拼接多种数据集，从小的细菌基因组到很大的哺乳动物基因组。flye 其实也是一个完整的拼接流程，首先原始测序数据作为输入，最后就可以直接输出经过纠错校正的基因组序列，同时给出拼接结果统计。 flye 也有一个独立的模块 metaFlye 可以用来拼接宏基因组。 使用案例 就像它简介的名字一样，flye 使用起来也非常简单。 conda install -y flye echo "time flye --nano-raw ERR3994080_1.fastq.gz --genome-size 200M --out-dir flye --meta --threads 24 1>flye.log 2>flye.err" >flye.sh bsub -q fat -n 24 -o %J.log -e %J.err sh flye.sh
91410编辑于 2023-02-24 - 来自专栏生信喵实验柴
不同物种拼接练习
3 拼接基因组 echo "flye --nano-raw nanopore/ont.fq.gz --out-dir flye --genome-size 120m --threads 12 --iterations 3 --scaffold " >flye.sh #运行脚本 nohup sh flye.sh & #监控进程 jobs top 写在最后：有时间我们会努力更新的。
42720编辑于 2022-10-25 - 来自专栏生信喵实验柴
教你学会编译软件
src sudo make export PATH=$PATH:/用户路径/biosoft/canu 设置路径进环境变量 source ~/.bashrc 刷新环境变量 canu 检查是否安装完成 5 flye git clone https://github.com/fenderglass/Flye cd Flye sudo make export PATH=$PATH:/用户路径/biosoft/Flye 设置路径进环境变量 source ~/.bashrc 刷新环境变量 Flye 检查是否安装完成
1.5K30编辑于 2021-12-15 - 来自专栏DrugOne
Commun. Biol. | 湖南大学罗宵团队开发针对Nanopore R10 simplex 测序纠错工具
为了解决这个问题，作者还应用了Flye组装工具。DeChat+Flye 的组合显着提高了基因组组装的连续性 (N50/NGA50)，同时在其他指标上保持与原始 Flye 组装相当的性能。
50510编辑于 2024-12-25 - 来自专栏Linux基础入门
Pilon | 利用二代测序数据优化三代测序数据组装结果
illumina.sra \ https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/SRR8482586/SRR8482586 Tips: 本期需要纠错的基因组选择上期推文中Flye Pilon使用案例 Tips: 示例使用的是conda安装的Pilon # 对拼接结果建立索引（如何获得assembly.fasta详见Flye三代基因组推文） bwa index assembly.fasta
3.6K20编辑于 2022-08-18 - 来自专栏igenome
20220519_生物信息平台搭建及生物信息软件安装
从网站上下载解压之后，可 以直接调用 #-------------------------------------------------------------------------------- #(76)flye 已安装 conda install -c bioconda flye -y #------------------------------------------------------------
1.7K32编辑于 2022-05-19 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
跟着MER学数据分析:利用ont三代测序数据组装植物叶绿体基因组
手头有数据的可以试试 这个流程首先使用minimap2将ont数据比对到参考的叶绿体基因组，然后生成paf文件，然后根据paf文件去过滤比对上的reads，然后选取50X的reads去组装，组装用到的软件是flye
59740编辑于 2023-08-23 - 来自专栏生信喵实验柴
组装结果纠错
nanoporetech/medaka 软件安装运行 #创建文件夹 mkdir 41.polish;cd 41.polish cp /share/home/xiehs/05.assembly/40.nanopore/flye ；（2G） 第三步测序方案：至少要测（2x30倍=60G或者200倍=400G）；3代测序+2代纠错，nanopore+illumina； 第四步质控过滤； 第五步flye
2.6K20编辑于 2022-10-25 - 来自专栏生信喵实验柴
宏基因组基因预测
./2/nanopore/flye/assembly.fasta mg.fasta echo "time prokka mg.fasta --outdir prokka --prefix mg --metagenome
1K30编辑于 2023-02-24 - 来自专栏简说基因
用Chromeister超快速可视化庞大的成对基因组比较
等数值化评估工具形成互补，Chromeister的图形化输出特别适合检测： • 组装连续性（Contiguity） • 染色体方向错误 • 大规模结构变异 在酿酒酵母基因组组装案例中，研究者通过比较Hifiasm和Flye
35110编辑于 2025-03-17 - 来自专栏简说基因
用Chromeister快速可视化成对基因组比较
等数值化评估工具形成互补，Chromeister的图形化输出特别适合检测： • 组装连续性（Contiguity） • 染色体方向错误 • 大规模结构变异 在酿酒酵母基因组组装案例中，研究者通过比较Hifiasm和Flye
49110编辑于 2025-02-28 - 来自专栏Linux基础入门
Racon | 三代测序数据组装结果优化
本期需要纠错的基因组选择上期推文中Flye组装的nanopore数据进行演示，即下文assembly.fasta racon示例数据处理（sra转fastq) # nanopore原始数据处理（sra转
3.3K20编辑于 2022-08-18 - 来自专栏生信喵实验柴
安装生物软件和配置数据库
y fastp mamba create -n nanoplot -y nanoplot #安装基因组拼接相关工具 mamba install -y velvet mamba install -y flye
1.4K20编辑于 2022-10-25 - 来自专栏简说基因
跟着Nature学细菌耐药基因分析：实时基因组学检测隐藏的抗生素耐药性
基因组组装：使用Flye进行从头组装，使用Minimap2和Racon进行抛光，使用SAMtools depth评估组装覆盖度，使用Pathogenwatch进行物种复杂分析和核心基因组多位点序列分型。
63010编辑于 2025-02-05 - 来自专栏三代测序-说
全基因组 | 三代长读长基因组组装 -- Canu
相应地，资源消耗较多，较其它组装工具而言运行会稍慢（如Flye）。 Canu对原始数据的组装分为三个阶段和四个步骤 (图3)： 1.
70921编辑于 2025-05-29 - 来自专栏生信喵实验柴
熟练使用Bioconda
-y fastp mamba create -n nanoplot -y nanoplot 安装基因组拼接相关工具 mamba install -y velvet mamba install -y flye
4.2K72编辑于 2021-12-16 - 来自专栏简说基因
一文详解细菌耐药性生信分析:从下机数据到耐药基因鉴定
常用的基因组组装工具有SPAdes、 Unicycler、Shovill和Flye等。 SPAdes SPAdes是一款专为测序数据组装和分析而设计的多功能工具包。
1.6K11编辑于 2025-01-08
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