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CytoTRACE2单细胞分化潜力预测工具学习
步骤流程1、导入rm(list=ls())library(tidyverse)library(CytoTRACE2) library(Seurat)library(paletteer)library(BiocParallel 提取表达矩阵信息expression_data <- GetAssayData(sub_dat,layer = "counts")# 运行CytoTRACE2cytotrace2_result <- cytotrace2 developmental potential in health and disease with interpretable deep learning. 2024 Mar 21:2024.03.19.5856372、CytoTRACE2
75410编辑于 2024-09-18 - 来自专栏R语言及实用科研软件
🤩 CytoTRACE2 | 新版CytoTRACE预测发育分化潜能！~
用到的包 rm(list = ls()) library(tidyverse) # devtools::install_github("digitalcytometry/cytotrace2", subdir = "cytotrace2_r") #installing library(CytoTRACE2) library(Seurat) 示例数据 # load rds data <- readRDS( 10x_downsampled.rds") data 提取表达数据 # extract expression data expression_data <- data$expression_data 使用cytotrace2 # running CytoTRACE 2 main function - cytotrace2 - with default parameters cytotrace2_result <- cytotrace2
1.1K10编辑于 2024-11-23 - 来自专栏生信补给站
scRNA|R版CytoTRACE v2从0开始完成单细胞分化潜能预测
一 载入R包，数据 1，R包安装 及 解决报错 根据https://github.com/digitalcytometry/cytotrace2? /tarball/HEAD' failed （2）如果出现上述的报错，这时候只要将报错内容的“https://api.github.com/repos/digitalcytometry/cytotrace2 本推文是使用 人 的单细胞对象（sce3）进行cytotrace2分析的示例。 #######输入seurat 对象########### cytotrace2_result_sce <- cytotrace2(sce3, 注1：cytotrace2默认的是小鼠，所以需要指定species = 'human' ；如果是单细胞对象的话需要指定is_seurat = TRUE ；指定seed 方便后续的结果复现。。
9.9K34编辑于 2024-04-26 - 来自专栏单细胞
CytoTRACE2可视化进阶(修改坐标维持umap图前后一致)
上一期推文已经简单说明了CytoTRACE2的分析流程、注意事项和可视化。 CytoTRACE2单细胞分化潜力预测工具学习：https://mp.weixin.qq.com/s/inF9iGy2X9D2CZLzQBtRdw有小伙伴观察到使用CytoTRACE2之后的图形会与原始的 但既然提出了问题，笔者就尝试着去解决一下~步骤流程1、导入rm(list=ls())library(tidyverse)library(CytoTRACE2) library(Seurat)library 提取表达矩阵信息expression_data <- GetAssayData(sub_dat,layer = "counts")# 运行CytoTRACE2cytotrace2_result <- cytotrace2
75211编辑于 2024-09-19 - 来自专栏单细胞
单细胞实战之CytoTRACE2和monocle3——入门到进阶(高级篇2）
接下来将回顾学习CytoTRACE2和monocle3两个工具，CytoTRACE2通过预测细胞发育潜能分数和分类，辅助研究者定位发育轨迹的起始点；而monocle3则基于图论算法构建细胞伪时间分化轨迹 Cytotrace2分析流程1.导入rm(list=ls())source('scRNA_scripts/lib.R')source('scRNA_scripts/mycolors.R')library (tidyverse)library(CytoTRACE2) library(Seurat)library(paletteer)library(BiocParallel)register(MulticoreParam group.by = "celltype",label = T)dir.create("./13-monocle")setwd("./13-monocle")2.数据预处理cytotrace2_res <- cytotrace2 Nat Methods. 2017 Oct;14(10):979-982.CytoTRACE2：https://github.com/digitalcytometry/cytotrace2生信技能树：https
1.5K10编辑于 2025-04-20 - 来自专栏生信技能树
我们开发的单细胞分析框架超过500个点赞拉！
scml.get_cell_types_and_embds_for_adata(parallel=False) # for only using CPU, but it is really slow. 1.7 轨迹分析-CytoTrace2 预测细胞发育潜能 对于拟时序分析而言，确定发育的起点是至关重要的，因此我们在OmicVerse中整合了CytoTrace2来预测单细胞数据中每个细胞的分化潜能。
57110编辑于 2024-12-27 多组学文献分享--围手术期IDH抑制剂治疗初治IDH突变型胶质瘤：一项先导性试验
使用CytoTRACE2分析显示，治疗后祖细胞分化潜能显著增强（P<0.001），且肿瘤细胞状态异质性增加（熵值从1.83升至1.96，P<0.001），表明祖细胞通过增加适应性直接响应mIDH抑制。
41220编辑于 2025-08-22- 来自专栏单细胞
单细胞RNA速率(velocyto)分析学习(二)
因此结合既往推文内容：单细胞实战之CytoTRACE2和monocle3——入门到进阶(高级篇2)：https://mp.weixin.qq.com/s/KGSoRx3klmliKPVL7ml28Q发现
84300编辑于 2025-05-10 - 来自专栏单细胞
单细胞实战之单细胞hdWGCNA分析——入门到进阶(高级篇3）
在高级篇2中回顾了用于拟时序分析的CytoTRACE2和monocle3两个工具。
1.9K10编辑于 2025-04-27 - 来自专栏生信菜鸟团
数据库 | scImmOmics：一个人工编纂的单细胞多组学免疫数据资源
R包CytoTRACE2被用来通过量化基因多样性来评估分化潜力和细胞状态（27）。
39100编辑于 2025-05-09
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