2-6 链表逆序 我只介绍两种常用方法吧,非递归方法 和 递归 方法 我觉得够用就行 1、非递归方法: 将第二个元素后面的元素依次插入到头结点后面, 最后再把原始第一个元素放到原始第二个元素后面,整个链表就能够反转了
> is.na(x) [1] FALSE TRUE FALSE TRUE FALSE
题意:题目的意思就是insert 是在一个地方插入一个字符串,然后delete是删除一个字符串,show是展示当前存在的所有字符串,然后search 是查找字符串然后输出字符串存在的序号。
代码清单2-6 ret = 0; for(i = 1; i <= N; i++) { j = i; while(j % 5 ==0) { ret++;
一个物体从100米的高空自由落下。编写程序,求它在前3秒内下落的垂直距离。设重力加速度为10米/秒
本文链接:https://blog.csdn.net/shiliang97/article/details/101025378 2-6 两个有序序列的中位数 (20 分) 已知有两个等长的非降序序列S1
这是使用plink学习GWAS中质控的最后一篇,后面是使用GLM和MLM模型进行建模,以及对结果的整理和可视化。
练习2-6 计算物体自由下落的距离 (5分) 本题要求掌握printf()函数的格式化输出以及两位小数的输出。
pbmc500_assay <- CreateChromatinAssay(pbmc500.counts, fragments = frags.500) pbmc500 <- CreateSeuratObject meta.data=md.500) pbmc1k_assay <- CreateChromatinAssay(pbmc1k.counts, fragments = frags.1k) pbmc1k <- CreateSeuratObject meta.data=md.1k) pbmc5k_assay <- CreateChromatinAssay(pbmc5k.counts, fragments = frags.5k) pbmc5k <- CreateSeuratObject meta.data=md.5k) pbmc10k_assay <- CreateChromatinAssay(pbmc10k.counts, fragments = frags.10k) pbmc10k <- CreateSeuratObject assay <- CreateChromatinAssay(counts = counts.500, sep = c(":", "-"), min.features = 500) pbmc500 <- CreateSeuratObject
1.2 创建seurat对象 依然使用CreateSeuratObject 函数,此处count 为读取的矩阵文件。 sce0 <- CreateSeuratObject(counts = data) sce0 head(sce0@meta.data) An object of class Seurat 19790 1,CreateSeuratObject中的meta.data参数 CreateSeuratObject函数除了简单的过滤条件外 ,还有一个重要的meta.data参数,可以输入提供的meta信息。 检索之后https://github.com/satijalab/seurat/issues/2715 发现 ,是因为CreateSeuratObject要求meta文件中rownames是count文件的 CreateSeuratObject函数的帮助文档中也很明确的提到了该点要求。 发现问题后,只需要将meta文件的cellid列转为rownames即可。
Read10X(data.dir = paste(dataset_loc, ids[1],"filtered_feature_bc_matrix", sep="/")) seurat_obj <- CreateSeuratObject Read10X_h5(file.path(dataset_loc, ids[1], "filtered_feature_bc_matrix.h5"), use.names = T) seurat_obj <- CreateSeuratObject row names as the gene IDs rownames(counts) <- gene_ids colnames(counts) <- cell_ids seurat_obj <- CreateSeuratObject 1L),sep="_") d10x }) seurat_merge <- do.call("cbind", d10x.data) # for "dgCMatrix" seurat_data <- CreateSeuratObject Read10X(data.dir = paste(dataset_loc, file,"filtered_feature_bc_matrix", sep="/")) seurat_obj <- CreateSeuratObject
dgCMatrix" # attr(,"package") # [1] "Matrix" # 构建 Seurat 对象 # 初步过滤一般不需要修改参数,除非数据实在太难看 Seurat_object <- CreateSeuratObject ScRNAdata <- Read10X_h5(filename = "GSM3489182_Donor_01_raw_gene_bc_matrices_h5.h5") Seurat_object <- CreateSeuratObject read.table( "data/GSM2829942/GSM2829942_HE6W_LA.TPM.txt", row.names = 1, header = T) Seurat_object <- CreateSeuratObject CreateSeuratObject( counts, project = "CreateSeuratObject", assay = "RNA", names.field = 1,
练习2-6 计算物体自由下落的距离 一个物体从100米的高空自由落下。编写程序,求它在前3秒内下落的垂直距离。设重力加速度为10米/秒 2。 输入格式: 本题目没有输入。
这两天分析一个单细胞数据发现一个奇怪的问题,就是创建 seurat 对象的时候,我明明设置了参数 CreateSeuratObject 函数的project 参数,但是最后merge 不同的样本后发现 > gsub(".txt","", pro) [1] "IRI1d_1" CreateSeuratObject 这个函数做了什么? 赶紧查看 CreateSeuratObject 的帮助文档: Create a Seurat object Description Create a Seurat object from raw data = NULL, project = "CreateSeuratObject", ... ) Arguments counts Either a matrix-like object with # 创建Seurat对象 sce <- CreateSeuratObject(counts = counts, min.cells=3, project = gsub(".txt","", pro),
MACS <- CreateSeuratObject(counts = MACS, project = "H14_MACS", min.cells = 3, min.features = 100) MACS H21 <- CreateSeuratObject(counts = H21, project = "H21", min.cells = 3, min.features = 100) H21 H23 <- CreateSeuratObject(counts = H23, project = "H23", min.cells = 3, min.features = 100) H23 H24 <- CreateSeuratObject = H32, project = "H32", min.cells = 3, min.features = 100) H32 H33 <- CreateSeuratObject(counts = H33 = 3, min.features = 100) H36 H38 <- CreateSeuratObject(counts = H38, project = "H38", min.cells = 3,
如果是单个样品,直接读取进来然后创建seurat对象即可:初试Seurat的V5版本 主要区别在于,V4版本中一般是循环读取样品,使用CreateSeuratObject创建seurat对象,然后使用merge 那我们可以先把多个样品合并成为了一个超级大的表达量矩阵,并使其行名为基因名,列名为barcodes信息,后面直接针对它来使用CreateSeuratObject函数去构建Seurat对象,就是完美的下游分析的输入数据啦 GSE212975/',samples) names(dir) <- samples #读取数据创建Seurat对象 counts <- Read10X(data.dir = dir) sce.all = CreateSeuratObject sceList[[i]])<-paste0(samples[i],"_",col) } #数据整合后创建seurat对象 merge <- do.call(cbind,sceList) sce =CreateSeuratObject F,data.table = F ) head(rl) #整合矩阵信息 colnames(mtx)=cl$V1 rownames(mtx)=rl$V1 #创建seurat对象 sce.all=CreateSeuratObject
习题2-6 求阶乘序列前N项和 本题要求编写程序,计算序列 1!+2!+3!+⋯ 的前N项之和。 输入格式: 输入在一行中给出一个不超过12的正整数N。 输出格式: 在一行中输出整数结果。
,tsv/txt,h5ad格式10x格式的读取展开代码语言:TXTAI代码解释library(Seurat)ct=Read10X(data.dir="GSE145154_RAW/")seu.obj<-CreateSeuratObject install.packages("hdf5r")ct<-Read10X_h5("GSE200874_RAW/GSM6045826_wt_filtered_gene_bc_matrices_h5_2.h5")seu.obj<-CreateSeuratObject row.names=1#是将第一列设置为行名的意思ct<-read.csv("GSE130148_raw_counts.csv.gz",row.names=1)class(ct)seu.obj<-CreateSeuratObject
library("Seurat") scrna_data_ctrl <- Read10X("data/GSE96583/ctrl/") ctrl <- CreateSeuratObject( counts , min.cells = 3, min.features = 200) scrna_data_stim <- Read10X("data/GSE96583/stim/") stim <- CreateSeuratObject sample_list){ filedir = str_c("data/GSE96583/",sample) scrna_data <- Read10X(filedir) Seurat_object <- CreateSeuratObject str_c("data/GSE96583/",sample) # 数据的读取 scrna_data <- Read10X(filedir) # 对象的构建 Seurat_object <- CreateSeuratObject
使用CreateSeuratObject生成Seurat对象,后续分析都是在该对象上进行操作。 rownames(x = raw.data), value = FALSE) raw.data <- raw.data[-ercc.index,] dim(raw.data) 有了表达矩阵,直接使用 CreateSeuratObject 然后慢慢添加这个表达矩阵的一些其它外部属性,全部代码如下: # Create the Seurat object with all the data (unfiltered) main_tiss <- CreateSeuratObject # lapply是对列表或向量进行循环,而apply是对数据框或矩阵操作) library(Seurat) sceList <- lapply(folders,function(folder){ CreateSeuratObject ##### # 读取单个 sce <- Read10X_h5(filename = "GSM4107899_LH16.3814_raw_gene_bc_matrices_h5.h5") sce <- CreateSeuratObject