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11-3 激活修改
三、修改环境 现在用户已经知道了系统启动文件的位置和内容，就可以修改启动文件，来自定义我们的环境。(准) 1.用户应当修改哪些文件 一般来说，在 PATH 中添加目录或定义额外的环境变量，需要将这些更改放入到 .bash_profile 文件中（或者是其它的等效文件，这取决于系统的发行版本，比如 Ubuntu 系统使用的是 .profile 文件），其它的改变则应录入 .bashrc 文件中。除非是系统管理员需要修改用户公用的默认设置，普通用户只需对主目录下的文件作出修改即可。当然用户也可以修改其它目录
67810发布于 2020-08-11 - 来自专栏AI机器学习与深度学习算法
机器学习入门 11-3 Soft Margin SVM
本系列是《玩转机器学习教程》一个整理的视频笔记。前面两个小节具体介绍了Hard Margin SVM算法的思想，并将这种思想转换为数学中的最优化问题。这一小节：
1K31发布于 2020-07-02 - 来自专栏阿飞的学习记录
23种设计模式之里氏替换原则
Liskov { public static void main(String[] args) { A a = new A(); System.out.println("11 System.out.println("1-8="+a.func1(1,8)); B b = new B(); System.out.println("11 return a+b; } public int func2(int a,int b){ return func1(a,b)+9; } } 输出 11 -3=8 1-8=-7 11-3=14 1-8=9 11+3+9=23 这里我们B类的本意是调用方法进行 11-3的运算 但是因为我们B类重写了A类的方法 导致我们的11-3的结果变为了14 我们发现原来正常运行的相减功能发生了错误 -3="+b.func3(11,3)); } } 输出 11-3=8 1-8=-7 11+3=14 1+8=9 11+3+9=23 11-3=8 组合的方式依然可以使用A的方法
32110编辑于 2022-03-23 - 来自专栏学习笔记持续记录中...
Java设计模式：（1）设计模式七大设计原则-里氏替换原则
Liskov01 { public static void main(String[] args) { A a = new A(); System.out.println("11 Liskov { public static void main(String[] args) { A a = new A(); System.out.println("11 b.func1(1, 8)); System.out.println("11+3+9=" + b.func2(11, 3)); System.out.println("11
54720发布于 2020-03-17 - 来自专栏愿天堂没有BUG（公众号同名）
如果你精通java虚拟机：新生代垃圾回收YoungGC之后，薪资不止20K
以线程栈为例，G1会扫描虚拟机所有JavaThread和VMThread的线程栈中的每一个栈帧，找到其中的对象引用，并对它们应用G1ParCopyClosure，如代码清单11-3所示： 代码清单11- 之前根集中的引用指向Eden Region对象，对这些引用应用G1ParCopyClosure之后，Eden Region的对象会被复制到SurvivorRegion，所以根集的引用也需要相应改变指向，如图11 图11-3 清理根集 copy_to_survivor_space在移动对象后还会用G1ScanEvacuatedObjClosure处理对象的成员，如果成员也属于CSet，则将它们放入一个G1ParScanThreadState
59020编辑于 2022-10-31 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
Signac R｜如何合并多个 Seurat 对象 (2)
pbmc500_assay <- CreateChromatinAssay(pbmc500.counts, fragments = frags.500) pbmc500 <- CreateSeuratObject meta.data=md.500) pbmc1k_assay <- CreateChromatinAssay(pbmc1k.counts, fragments = frags.1k) pbmc1k <- CreateSeuratObject meta.data=md.1k) pbmc5k_assay <- CreateChromatinAssay(pbmc5k.counts, fragments = frags.5k) pbmc5k <- CreateSeuratObject meta.data=md.5k) pbmc10k_assay <- CreateChromatinAssay(pbmc10k.counts, fragments = frags.10k) pbmc10k <- CreateSeuratObject assay <- CreateChromatinAssay(counts = counts.500, sep = c(":", "-"), min.features = 500) pbmc500 <- CreateSeuratObject
79410编辑于 2024-12-30 - 来自专栏生信补给站
scRNA挖掘 |只有矩阵如何构建单细胞对象？meta信息如何利用？
1.2 创建seurat对象 依然使用CreateSeuratObject 函数，此处count 为读取的矩阵文件。 sce0 <- CreateSeuratObject(counts = data) sce0 head(sce0@meta.data) An object of class Seurat 19790 1，CreateSeuratObject中的meta.data参数 CreateSeuratObject函数除了简单的过滤条件外 ，还有一个重要的meta.data参数，可以输入提供的meta信息。 检索之后https://github.com/satijalab/seurat/issues/2715 发现 ，是因为CreateSeuratObject要求meta文件中rownames是count文件的 CreateSeuratObject函数的帮助文档中也很明确的提到了该点要求。 发现问题后，只需要将meta文件的cellid列转为rownames即可。
1.8K30编辑于 2023-08-25 - 来自专栏单细胞天地
如何读取单细胞数据
Read10X(data.dir = paste(dataset_loc, ids[1],"filtered_feature_bc_matrix", sep="/")) seurat_obj <- CreateSeuratObject Read10X_h5(file.path(dataset_loc, ids[1], "filtered_feature_bc_matrix.h5"), use.names = T) seurat_obj <- CreateSeuratObject row names as the gene IDs rownames(counts) <- gene_ids colnames(counts) <- cell_ids seurat_obj <- CreateSeuratObject 1L),sep="_") d10x }) seurat_merge <- do.call("cbind", d10x.data) # for "dgCMatrix" seurat_data <- CreateSeuratObject Read10X(data.dir = paste(dataset_loc, file,"filtered_feature_bc_matrix", sep="/")) seurat_obj <- CreateSeuratObject
5.9K35发布于 2020-06-23 - 来自专栏小汪Waud
Seurat对象的构建和信息提取
dgCMatrix" # attr(,"package") # [1] "Matrix" # 构建 Seurat 对象 # 初步过滤一般不需要修改参数，除非数据实在太难看 Seurat_object <- CreateSeuratObject ScRNAdata <- Read10X_h5(filename = "GSM3489182_Donor_01_raw_gene_bc_matrices_h5.h5") Seurat_object <- CreateSeuratObject read.table( "data/GSM2829942/GSM2829942_HE6W_LA.TPM.txt", row.names = 1, header = T) Seurat_object <- CreateSeuratObject CreateSeuratObject( counts, project = "CreateSeuratObject", assay = "RNA", names.field = 1,
3.2K33编辑于 2023-02-16 - 来自专栏ops技术分享
Python格式处理--json
11", "items": { "breakfast burritos": "$6.00", "pancakes": "$4.00" } }, "lunch" : { "hours": "11
1.4K30发布于 2021-06-21 - 来自专栏生信技能树
创建Seurat对象时忽略的两个参数竟然有这样的功能？
这两天分析一个单细胞数据发现一个奇怪的问题，就是创建 seurat 对象的时候，我明明设置了参数 CreateSeuratObject 函数的project 参数，但是最后merge 不同的样本后发现 > gsub(".txt","", pro) [1] "IRI1d_1" CreateSeuratObject 这个函数做了什么？ 赶紧查看 CreateSeuratObject 的帮助文档： Create a Seurat object Description Create a Seurat object from raw data = NULL, project = "CreateSeuratObject", ... ) Arguments counts Either a matrix-like object with # 创建Seurat对象 sce <- CreateSeuratObject(counts = counts, min.cells=3, project = gsub(".txt","", pro),
67110编辑于 2025-03-14 - 来自专栏生信菜鸟团
【文献荐读】骨髓单细胞测序：一码通
MACS <- CreateSeuratObject(counts = MACS, project = "H14_MACS", min.cells = 3, min.features = 100) MACS H21 <- CreateSeuratObject(counts = H21, project = "H21", min.cells = 3, min.features = 100) H21 H23 <- CreateSeuratObject(counts = H23, project = "H23", min.cells = 3, min.features = 100) H23 H24 <- CreateSeuratObject = H32, project = "H32", min.cells = 3, min.features = 100) H32 H33 <- CreateSeuratObject(counts = H33 = 3, min.features = 100) H36 H38 <- CreateSeuratObject(counts = H38, project = "H38", min.cells = 3,
92811编辑于 2024-07-10 - 来自专栏ops技术分享
Python格式处理--xml
"$6.00">breakfast burritos</item> <item price="$4.00">pancakes</item> </breakfast> <lunch hours="<em>11</em>
1.4K10发布于 2021-06-18 - 来自专栏生信菜鸟团
V5版seurat读取不同格式单细胞数据
如果是单个样品，直接读取进来然后创建seurat对象即可：初试Seurat的V5版本 主要区别在于，V4版本中一般是循环读取样品，使用CreateSeuratObject创建seurat对象，然后使用merge 那我们可以先把多个样品合并成为了一个超级大的表达量矩阵，并使其行名为基因名，列名为barcodes信息，后面直接针对它来使用CreateSeuratObject函数去构建Seurat对象，就是完美的下游分析的输入数据啦 GSE212975/',samples) names(dir) <- samples #读取数据创建Seurat对象 counts <- Read10X(data.dir = dir) sce.all = CreateSeuratObject sceList[[i]])<-paste0(samples[i],"_",col) } #数据整合后创建seurat对象 merge <- do.call(cbind,sceList) sce =CreateSeuratObject F,data.table = F ) head(rl) #整合矩阵信息 colnames(mtx)=cl$V1 rownames(mtx)=rl$V1 #创建seurat对象 sce.all=CreateSeuratObject
6.4K24编辑于 2024-01-06 - 来自专栏CSDNToQQCode
软考中级(软件设计师)——数据流图(DFD图下午第一题15分)(必拿题)
信用 卡客户可以通过CCMS查询并核实其交易信息(包括信用卡交易记录及交易额)●图11-3和图11-4分别给出了该系统的顶层数据流图和0层数据流图的初稿。 11-3 11-4 [问题1] (3分) 根据[说明]， 将图11- 3中的E1 ~ E3填充完整。 [问题2] (3分) 图11-3中缺少三条数据流,根据[说明] , 分别指出这三条数据流的起点和终点。
3.8K21编辑于 2022-11-30 0单细胞单样本读取方法
，tsv/txt，h5ad格式10x格式的读取展开代码语言：TXTAI代码解释library(Seurat)ct=Read10X(data.dir="GSE145154_RAW/")seu.obj<-CreateSeuratObject install.packages("hdf5r")ct<-Read10X_h5("GSE200874_RAW/GSM6045826_wt_filtered_gene_bc_matrices_h5_2.h5")seu.obj<-CreateSeuratObject row.names=1#是将第一列设置为行名的意思ct<-read.csv("GSE130148_raw_counts.csv.gz",row.names=1)class(ct)seu.obj<-CreateSeuratObject
13610编辑于 2026-01-14- 来自专栏小汪Waud
多个单细胞样本数据的循环读取
library("Seurat") scrna_data_ctrl <- Read10X("data/GSE96583/ctrl/") ctrl <- CreateSeuratObject( counts , min.cells = 3, min.features = 200) scrna_data_stim <- Read10X("data/GSE96583/stim/") stim <- CreateSeuratObject sample_list){ filedir = str_c("data/GSE96583/",sample) scrna_data <- Read10X(filedir) Seurat_object <- CreateSeuratObject str_c("data/GSE96583/",sample) # 数据的读取 scrna_data <- Read10X(filedir) # 对象的构建 Seurat_object <- CreateSeuratObject
2.7K10编辑于 2023-02-16 - 来自专栏生物信息云
单细胞专题 | 6.单细胞下游分析——不同类型的数据读入
使用CreateSeuratObject生成Seurat对象，后续分析都是在该对象上进行操作。 rownames(x = raw.data), value = FALSE) raw.data <- raw.data[-ercc.index,] dim(raw.data) 有了表达矩阵，直接使用 CreateSeuratObject 然后慢慢添加这个表达矩阵的一些其它外部属性，全部代码如下： # Create the Seurat object with all the data (unfiltered) main_tiss <- CreateSeuratObject # lapply是对列表或向量进行循环，而apply是对数据框或矩阵操作) library(Seurat) sceList <- lapply(folders,function(folder){ CreateSeuratObject ##### # 读取单个 sce <- Read10X_h5(filename = "GSM4107899_LH16.3814_raw_gene_bc_matrices_h5.h5") sce <- CreateSeuratObject
4.6K41编辑于 2022-12-16 - 来自专栏瓜大三哥
移位寄存器的工作原理
依此类推，可得4位右向移位寄存器的状态，如表11-3所示。 通过Verilog HDL 实现8 比特位宽、64 深度的移位寄存器。
1.6K80发布于 2018-02-24 - 来自专栏单细胞生信分析
单细胞实战(1)数据下载-数据读取-seurat对象创建
读取h5格式的文件（使用Read10X_h5函数读取h5格式的单细胞数据文件） seurat_data <- Read10X_h5(file = h5_file) # 创建Seurat对象（使用CreateSeuratObject /data/GSE130148/GSE130148_raw_counts.csv.gz"), row.names = 1) # 使用CreateSeuratObject()函数创建Seurat对象，并在此处指定项目名称 seurat_obj <- CreateSeuratObject(counts = seurat_data, min.features /data/GSE130xxx/xxxx.txt.gz"), row.names = 1, header = TRUE, sep = "\t") # 使用CreateSeuratObject()函数创建 Seurat对象，并在此处指定项目名称 seurat_obj <- CreateSeuratObject(counts = seurat_data,
6.4K33编辑于 2023-08-26
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